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二代測序技術(shù)在測序方法上取得了重大突破,基于“邊合成邊測序”(sequencingbysynthesis)和大規(guī)模平行測序技術(shù)(massiveparallelanalysis,MPS),使測序通量和讀取速度得到極大提升,例如IlluminaSolexa測序儀。Illumina的測序原理可以簡化為四步:樣品文庫構(gòu)建、簇生成、測序和數(shù)據(jù)分析。由于讀長限制,樣品DNA或由RNA逆轉(zhuǎn)錄得到的cDNA需要被打斷成300-500bp的片段,并在3和5端接上3種序列:1)Index,用于區(qū)分樣品來源;2)Adapter,用于結(jié)合測序通道上的位點(diǎn);3)Primerbindingsite,用于結(jié)合PCR引物啟動(dòng)擴(kuò)增反應(yīng)。
烈冰單細(xì)胞測序,助力您的深入科學(xué)探究。上海二代測序單細(xì)胞測序服務(wù)公司
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序是在單細(xì)胞水平上高通量測序分析基因表達(dá)譜的技術(shù),突破傳統(tǒng)高通量測序的局限性,組織解離后,單個(gè)樣本一次上機(jī)能捕獲500-20000個(gè)細(xì)胞,基于每個(gè)細(xì)胞分別建庫測序,獲得單個(gè)細(xì)胞的基因結(jié)構(gòu)和基因表達(dá)狀態(tài),并鑒定細(xì)胞的類型,可以在不同樣本間從細(xì)胞類型的組成和豐度角度進(jìn)行比較,反映細(xì)胞間的異質(zhì)性。而2021年橫空出世的10XGenomicsChromiumX平臺(tái)實(shí)現(xiàn)了單塊chip上的百萬級(jí)別通量的細(xì)胞捕獲,系統(tǒng)實(shí)現(xiàn)16個(gè)通道同時(shí)運(yùn)行,每個(gè)通道可捕獲2000-20000個(gè)細(xì)胞(不混樣),并支持原ChromiumController體統(tǒng)外的多種細(xì)胞捕獲百萬級(jí)別通量實(shí)驗(yàn),可準(zhǔn)確鑒別稀有細(xì)胞類型和適配大規(guī)模單細(xì)胞研究。上海二代測序單細(xì)胞測序服務(wù)公司從樣本處理到終端數(shù)據(jù)分析,只要您需要,烈冰提供全流程的無憂服務(wù)。
針對(duì)樣本活性的問題,10×Genomics官方建議當(dāng)單細(xì)胞懸液活性低于70%時(shí)應(yīng)做去除死細(xì)胞操作,但也需要注意到,去除死細(xì)胞的操作會(huì)損失一定的細(xì)胞數(shù)量,10×Genomics和MiltenyiBiotec都沒有給出單細(xì)胞懸液含有多少細(xì)胞數(shù)量才建議做去除死細(xì)胞的操作。基于烈冰多年單細(xì)胞測序?qū)嶒?yàn)經(jīng)驗(yàn),建議當(dāng)細(xì)胞懸液進(jìn)行質(zhì)量和活性檢測后,考慮對(duì)細(xì)胞活性在50%-70%的懸液進(jìn)行去除死細(xì)胞的操作。而太低活性的懸液(小于30%),懸液中細(xì)胞大量死亡,可能已經(jīng)丟失了原組織內(nèi)的細(xì)胞比例和狀態(tài),失真嚴(yán)重,建議重新收集樣本進(jìn)行新的實(shí)驗(yàn),保證數(shù)據(jù)的高質(zhì)量和實(shí)驗(yàn)結(jié)果的準(zhǔn)確性。
作為單細(xì)胞測序的一個(gè)重要里程碑,10xgenomic公司于2016年2月推出10xChromiumSingleCellGeneExpressionSolution,此平臺(tái)整合了儀器、試劑盒和信息學(xué)軟件,能精確對(duì)接illumina測序儀,因此可實(shí)現(xiàn)大量大細(xì)胞的快速高效標(biāo)記、測序和分析,獲得單細(xì)胞水平的基因表達(dá)譜和差異情況,并通過對(duì)復(fù)雜細(xì)胞群體進(jìn)行深入細(xì)致分析,繪制大規(guī)模單細(xì)胞表達(dá)圖譜。以量化細(xì)胞內(nèi)的群體異質(zhì)性,并逐個(gè)鑒定細(xì)胞類型、細(xì)胞狀態(tài)和動(dòng)態(tài)細(xì)胞躍遷。除了有望鑒定新的細(xì)胞亞型和稀有細(xì)胞群體,單細(xì)胞技術(shù)還能更好地了解轉(zhuǎn)錄動(dòng)態(tài)和基因調(diào)控關(guān)系。烈冰測序服務(wù)已助力300余篇國際期刊研究文章發(fā)表。
烈冰生信團(tuán)隊(duì)傾情研發(fā)的NovelBrain®生信大數(shù)據(jù)分析平臺(tái),針對(duì)龐大的單細(xì)胞測序數(shù)據(jù),能夠?qū)崿F(xiàn)細(xì)胞類型鑒定的快、精、準(zhǔn):一鍵導(dǎo)入genelist構(gòu)建個(gè)性化基因列表;輕松一點(diǎn)即可展示Marker基因的Featureplot;任意修改Cluster的顏色和名稱助力高效鑒定細(xì)胞類型;一鍵獲得t-SNE圖、Heatmap和Violin圖:輕松獲得并下載基因表達(dá)的t-SNE圖、Heatmap、Violin圖,還可以通過調(diào)節(jié)寬、高和系數(shù)比例來調(diào)節(jié)美觀。平臺(tái)上線300+task自主分析工具、50+pipeline工作流模板,幫助烈冰生信分析團(tuán)隊(duì)和自主分析用戶實(shí)現(xiàn)分析工具和模板的快速調(diào)用和一站式全流程自動(dòng)化分析,節(jié)省工作時(shí)間并提升整體工作效率豐富的測序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗(yàn),烈冰配套全程個(gè)性化、定制化地?cái)?shù)據(jù)分析服務(wù)。武漢二代測序單細(xì)胞測序平臺(tái)
深度的單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)解讀助力醫(yī)療健康大時(shí)代。上海二代測序單細(xì)胞測序服務(wù)公司
基于10XGeomics動(dòng)態(tài)微流控技術(shù),利用Tn5轉(zhuǎn)座酶酶切開放染色質(zhì),形成短片段,單細(xì)胞ATAC測序在表觀基因組學(xué)水平上,揭示單細(xì)胞染色質(zhì)的可及性問題,區(qū)分細(xì)胞異質(zhì)性,獲得開放染色質(zhì)的位置、轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)、核小體的調(diào)控區(qū)域和染色質(zhì)狀態(tài)等信息,是單細(xì)胞表觀遺傳學(xué)的重要突破:分析每個(gè)細(xì)胞數(shù)千個(gè)獨(dú)特的染色質(zhì)開放區(qū)域,識(shí)別細(xì)胞類型和細(xì)胞狀態(tài);識(shí)別重要的轉(zhuǎn)錄因子,進(jìn)行譜系和發(fā)育追蹤;探究驅(qū)動(dòng)細(xì)胞類型和狀態(tài)之間基因表達(dá)差異的非編碼序列;探究細(xì)胞類型特異性和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)特征等。是當(dāng)前重要的多組學(xué)研究基因表達(dá)和表觀遺傳學(xué)的手段。上海二代測序單細(xì)胞測序服務(wù)公司
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司主營品牌有NovelBio,烈冰生物,NovelBrain,PanoCell,烈冰智造,發(fā)展規(guī)模團(tuán)隊(duì)不斷壯大,該公司服務(wù)型的公司。是一家有限責(zé)任公司(自然)企業(yè),隨著市場的發(fā)展和生產(chǎn)的需求,與多家企業(yè)合作研究,在原有產(chǎn)品的基礎(chǔ)上經(jīng)過不斷改進(jìn),追求新型,在強(qiáng)化內(nèi)部管理,完善結(jié)構(gòu)調(diào)整的同時(shí),良好的質(zhì)量、合理的價(jià)格、完善的服務(wù),在業(yè)界受到寬泛好評(píng)。公司業(yè)務(wù)涵蓋單細(xì)胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái),空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細(xì)胞多組學(xué)測序,價(jià)格合理,品質(zhì)有保證,深受廣大客戶的歡迎。烈冰生物自成立以來,一直堅(jiān)持走正規(guī)化、專業(yè)化路線,得到了廣大客戶及社會(huì)各界的普遍認(rèn)可與大力支持。