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針對(duì)單細(xì)胞測(cè)序的細(xì)胞數(shù)量判斷環(huán)節(jié):主要是對(duì)細(xì)胞數(shù)量、基因表達(dá)量、測(cè)序質(zhì)量進(jìn)行整體描述。過(guò)濾標(biāo)準(zhǔn):由于細(xì)胞破碎后游離RNA會(huì)釋放到環(huán)境或孔中,并且測(cè)序中也會(huì)存在一些死細(xì)胞,導(dǎo)致數(shù)據(jù)存在background值。因此,我們需要設(shè)定一定的標(biāo)準(zhǔn)來(lái)過(guò)濾掉假細(xì)胞或死細(xì)胞。以10× Genomics為例,細(xì)胞數(shù)量判斷主要通過(guò)分析UMI Counts-Barcode曲線斜率拐點(diǎn),當(dāng)存在多個(gè)斜率拐點(diǎn)的時(shí)候,結(jié)合預(yù)期UMI=500時(shí)的細(xì)胞數(shù)量進(jìn)行過(guò)濾。當(dāng)斜率拐點(diǎn)低于UMI=500的時(shí)候,選擇UMI=500作為細(xì)胞的判斷的標(biāo)準(zhǔn);否則,選擇和預(yù)期細(xì)胞數(shù)量非常接近的拐點(diǎn)作為細(xì)胞判斷的位置。這樣我們能夠有效獲得真實(shí)的并且在基因數(shù)量上可以分析的數(shù)據(jù)。測(cè)序的革新讓科學(xué)研究從個(gè)體基因差異逐漸轉(zhuǎn)為個(gè)體細(xì)胞的基因差異。單細(xì)胞TCR測(cè)序平臺(tái)
細(xì)胞中基因的表達(dá)是嚴(yán)格按照時(shí)間和空間順序發(fā)生,因此細(xì)胞類型和基因表達(dá)具有時(shí)間特異性和空間特異性。時(shí)間特異性可以通過(guò)收集不同時(shí)間點(diǎn)的樣本進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序來(lái)分析。但是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(scRNA-Seq)在單細(xì)胞懸液制備的過(guò)程中破壞了細(xì)胞的空間結(jié)構(gòu),無(wú)法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細(xì)胞空間排布信息。而空間轉(zhuǎn)錄組可以解決這個(gè)問(wèn)題,其以點(diǎn)陣形式記錄組織切片細(xì)胞的空間信息,在保留組織形態(tài)結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上,獲得細(xì)胞/基因的空間表達(dá)特異性。南京單細(xì)胞BCR測(cè)序多重?zé)晒饷庖呓M化ATCG堿基的排列組合構(gòu)成了測(cè)序的龐大世界。
烈冰科技自主研發(fā)的單細(xì)胞云平臺(tái)致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),深入解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果,深入挖掘其背后的生物學(xué)意義;從操作便捷、結(jié)果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細(xì)胞研究,加速科研進(jìn)程!此外,烈冰生信團(tuán)隊(duì)根據(jù)豐富的實(shí)戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)為用戶量身打造了一款單細(xì)胞測(cè)序結(jié)果解讀的神兵利器——單細(xì)胞瀏覽器(Single Cell Browser),不僅可以將海量復(fù)雜的結(jié)果文件可視化,還可以實(shí)現(xiàn)分析結(jié)果的三維立體化的展示呈現(xiàn)。專業(yè)的生信代碼交給專業(yè)的烈冰,專業(yè)的生物學(xué)意義交給專業(yè)的您!
隨著單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)(scRNA-Seq)的蓬勃發(fā)展,其在在胚胎發(fā)育,腫瘤細(xì)胞異質(zhì)性,免疫細(xì)胞轉(zhuǎn)化等多方面屢建奇功,但是由于細(xì)胞形態(tài)的不同和單細(xì)胞制備中細(xì)胞敏感性的差異等因素影響,scRNA-Seq在數(shù)據(jù)分析時(shí)可能會(huì)出現(xiàn)細(xì)胞類型占比失真,個(gè)別細(xì)胞類型丟失等情況。為了克服單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)的局限性,單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)(snRNA-Seq)應(yīng)運(yùn)而生,snRNA-Seq可利用凍存組織直接制備單細(xì)胞核進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,不僅克服了細(xì)胞形態(tài)差異致使的細(xì)胞捕獲差異,還克服了單細(xì)胞測(cè)序必須使用新鮮樣本的多個(gè)局限性。烈冰單細(xì)胞測(cè)序,多平臺(tái)任意選擇,隨心組合,優(yōu)化您的科學(xué)研究,助力探索新的科學(xué)視角。
相對(duì)于Smart-Seq技術(shù)在細(xì)胞數(shù)量上的問(wèn)題,BD和10X這兩個(gè)平臺(tái)普遍提供的細(xì)胞數(shù)量都在1-6K不等的測(cè)序細(xì)胞量,這個(gè)量級(jí)的測(cè)序細(xì)胞量已經(jīng)可以說(shuō)能夠完全覆蓋絕大部分組織的Single Cell群體類型。因此,這兩種技術(shù)對(duì)于基于基因表達(dá)進(jìn)行準(zhǔn)確細(xì)胞分型上,無(wú)論是從細(xì)胞數(shù)量上來(lái)說(shuō)還是表達(dá)檢測(cè)可靠性來(lái)說(shuō),都會(huì)更實(shí)用。同時(shí)依托Random Cell Label技術(shù),使得其對(duì)于NovaSeq、HiSeq?X?Ten、Hiseq 4000等設(shè)備存在的Index hooping現(xiàn)象,相對(duì)于Smart-Seq數(shù)據(jù)來(lái)說(shuō),影響幾乎可以忽略不計(jì)(10X Genomics官方網(wǎng)站曾給出hooping測(cè)試結(jié)果,顯示無(wú)影響。烈冰全線實(shí)驗(yàn)平臺(tái)滿足超深度、大規(guī)模發(fā)現(xiàn)和復(fù)雜疾病研究的測(cè)序。寧波全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序平臺(tái)
烈冰一站式多平臺(tái)測(cè)序服務(wù):立足科學(xué)研究,解碼生命本質(zhì)。單細(xì)胞TCR測(cè)序平臺(tái)
隨著2020年離我們已經(jīng)越來(lái)越近,遵循政策導(dǎo)向,調(diào)整企業(yè)布局將成為未來(lái)企業(yè)戰(zhàn)略布局的重中之重。隨著我國(guó)醫(yī)藥健康深入推進(jìn)、“兩票制”進(jìn)一步推行,以及各項(xiàng)行業(yè)政策的出臺(tái),使得我國(guó)冷鏈物流市場(chǎng)規(guī)模不斷擴(kuò)大。對(duì)于冷鏈物流行業(yè)而言,“十三五”規(guī)劃時(shí)期是冷鏈物流調(diào)整和發(fā)展的關(guān)鍵時(shí)期。在《2019年本》鼓勵(lì)類條目中增加了“單細(xì)胞測(cè)序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái),空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序的開發(fā)和生產(chǎn)”。在中藥產(chǎn)業(yè)領(lǐng)域,增加了“中藥飲片炮制技術(shù)傳承與創(chuàng)新,中藥經(jīng)典名方的開發(fā)與生產(chǎn),中藥創(chuàng)新的研發(fā)與生產(chǎn)”等內(nèi)容??傮w而言,健康科技行業(yè)前景光明。在過(guò)去五年里,這一行業(yè)的穩(wěn)健增長(zhǎng)已經(jīng)給未上市有限責(zé)任公司(自然)公司帶來(lái)逾270億美元的收入,14家公司的估值超過(guò)10億美元。另外,2019年退出總價(jià)值已經(jīng)超過(guò)2018年,達(dá)到創(chuàng)紀(jì)錄的80億美元,這在很大程度上是因?yàn)閺?qiáng)勁IPO的推動(dòng)。生物科技、醫(yī)藥科技、信息科技、計(jì)算機(jī)科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā)、技術(shù)服務(wù)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢,市場(chǎng)營(yíng)銷策劃,市場(chǎng)信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會(huì)調(diào)查、社會(huì)調(diào)研、民意調(diào)查、民意測(cè)驗(yàn)),從事貨物及技術(shù)的進(jìn)出口業(yè)務(wù),計(jì)算機(jī)、軟件及耗材(除??兀浖_發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目,經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營(yíng)活動(dòng)】是我國(guó)國(guó)民經(jīng)濟(jì)重要組成部分之一,具有高產(chǎn)出、高危險(xiǎn)、高技術(shù)密集型特點(diǎn),有很強(qiáng)的技術(shù)壁壘。而且對(duì)于保護(hù)和增進(jìn)大家健康、提高生活質(zhì)量,為計(jì)劃生育、救災(zāi)防疫、**戰(zhàn)備以及促進(jìn)經(jīng)濟(jì)發(fā)展和社會(huì)進(jìn)步均具有十分重要的作用。單細(xì)胞TCR測(cè)序平臺(tái)
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