河南多基因聯(lián)合檢測(cè)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)服務(wù)至上

    基于以上研究，邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)可針對(duì)患者分層及各類研究指標(biāo)提供FGFR抑制劑***中生物標(biāo)志物研究的整體解決方案，包含：HumanComprehensivePanelMed1CDx；定制的panFGFxpanel；QIAGENtherascreen®FGFRRGQRT-PCRKit；RNAscope檢測(cè)FGFR1/2/3/4mRNA表達(dá)；FISH（FGF19擴(kuò)增）；IHC（FGF19表達(dá)）等（圖4）。圖4FGFR抑制劑相關(guān)的生物標(biāo)志物整體解決方案??方案1：Med1CDxNGSpanel(601基因)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)的Med1CDx綜合panel包含原*基因、遺傳性驅(qū)動(dòng)基因、細(xì)胞周期基因和免疫/炎癥相關(guān)基因等601個(gè)基因，可用于對(duì)TMB、MMR、MSI、免疫檢查點(diǎn)分子、**新生抗原和HLA分型等***的分析。對(duì)于FGFR抑制劑研究，該panel除了能夠檢測(cè)FGFR基因的SNV/INDEL、基因重排和擴(kuò)增等異常，也可以評(píng)估已知和探索新的耐藥變異（圖5）。圖5Med1CDx基因分布??方案2：定制panelpanFGFx（40基因）值得關(guān)注的是，邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)針對(duì)FGFR抑制劑的研究研發(fā)了“小而精”的panFGFxpanel：FGFR1-4探針覆蓋基因全部外顯子，包括UTR區(qū)，覆蓋**全，同時(shí)檢測(cè)已知與未知SNV/InDel；針對(duì)融合檢測(cè)，加入了已知融合伙伴的相關(guān)探針，提高已知融合檢出率；如有新融合發(fā)現(xiàn)需求，可提供涵蓋全部?jī)?nèi)含子區(qū)版本；針對(duì)拷貝數(shù)擴(kuò)增檢測(cè)。 邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)可以提供覆蓋肺ai、腸ai、肝ai、胃ai、乳腺ai、前列腺ai等多種實(shí)體瘤的上百項(xiàng)檢測(cè)項(xiàng)目。河南多基因聯(lián)合檢測(cè)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)服務(wù)至上

    反應(yīng)體系為20μl，由10μl2×mastermix(德國(guó)qiagen公司)、1μl標(biāo)準(zhǔn)品2800m水溶液、引物混合物和無核酶水組成。該反應(yīng)體系中，各個(gè)引物的濃度見表1中第5列。反應(yīng)程序：95℃5min；95℃30s，60℃2min，72℃2min，28個(gè)循環(huán)；72℃5min；4℃保存。3、純化和定量(1)取pcr擴(kuò)增產(chǎn)物，按照pcrpurificationkit的說明書步驟進(jìn)行純化，得到pcr純化產(chǎn)物。(2)將pcr純化產(chǎn)物按照qubittmdsdnahsassaykit說明書，采用，得到pcr純化產(chǎn)物的濃度。4、文庫(kù)制備取pcr純化產(chǎn)物，按照truseqdnapcr-freehtlibraryprepkit的說明書操作步驟依次進(jìn)行末端修復(fù)、末端修復(fù)產(chǎn)物純化、連接a-tail、連接adapter和連接產(chǎn)物的純化，然后按照kapalibraryquantificationkit的說明書步驟進(jìn)行文庫(kù)定量及文庫(kù)標(biāo)準(zhǔn)化，完成文庫(kù)制備。5、上樣測(cè)試取步驟4制備的文庫(kù)，使用miseqreagentkitv3-600cycles測(cè)序試劑于miseqfgx二代測(cè)序儀上進(jìn)行測(cè)序。6、數(shù)據(jù)分析測(cè)序結(jié)束后儀器自動(dòng)生成fastq文件，使用。運(yùn)行，在notepad中錄入68個(gè)基因座基因配置文件?；蜃蚺渲梦募缦拢孩倩蜃Q，②y，③正向引物后12個(gè)堿基，④反向引物前12個(gè)堿基的反向互補(bǔ)序列，⑤該基因座**序列的兩個(gè)重復(fù)單元，⑥一個(gè)重復(fù)單元的堿基數(shù)。 湖南一體化邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)經(jīng)驗(yàn)豐富使用北歐免疫組化質(zhì)控中心NordiQC推薦的IHC抗體組合。

    67個(gè)y-str基因座分別為：dys19、dys385a/b、dyf387s1a/b、dys388、dys389-i、dys389-ii、dys390、dys391、dys392、dys393、dyf399s1、dyf404s1a/b、dys437、dys438、dys439、dys443、dys444、dys446、dys447、dys448、dys449、dys456、dys458、dys459a/b、dys460、dys481、dys485、dys504、dys505、dys508、dys510、dys518、dys520、dys522、dys527a/b、dys531、dys533、dys549、dys552、dys557、dys570、dys576、dys587、dys593、dys596、dys612、dys617、dys622、dys626、dys627、dys630、dys635、dys641、dys643、dys644、dys645、dys710、dys720、y-gata-a10、y-gata-h4；其中，dys385a/b、dyf387s1a/b、dyf404s1a/b、dys459a/b、dys527a/b分別包含兩個(gè)分型片段，dyf399s1包含三個(gè)分型片段。二、引物組合的制備1、人工設(shè)計(jì)并合成用于擴(kuò)增每個(gè)基因座的引物(要求擴(kuò)增長(zhǎng)度**好300bp以下)，然后進(jìn)行pcr擴(kuò)增，獲得每個(gè)基因座的特異性擴(kuò)增產(chǎn)物。2、綜合單個(gè)基因座的擴(kuò)增條件，選擇適宜擴(kuò)增程序，進(jìn)行復(fù)合擴(kuò)增。由于復(fù)合的基因座數(shù)目較多，引物間相互抑制情況復(fù)雜，所以需要一一排除，找出這些基因座，重新設(shè)計(jì)并合成引物。此外，不同基因座的引物之間還會(huì)形成引物二聚體。

    包括67個(gè)y-str基因座和1個(gè)性別決定基因座amelogenin)。相比于illumina公司的forenseqtmdnasignatureprepkit，本發(fā)明提供的試劑盒中包含41個(gè)新的y-str基因座，能提供更多新的遺傳信息。而且本發(fā)明提供的復(fù)合擴(kuò)增體系中所有y-str基因座的**大擴(kuò)增子長(zhǎng)度都小于300bp，而forenseqtmdnasignatureprepkit中有約％(7/24)基因座的**大擴(kuò)增子長(zhǎng)度大于300bp，不利于降解檢材的分析。本發(fā)明提供的試劑盒是本發(fā)明的發(fā)明人經(jīng)過大量實(shí)驗(yàn)摸索獲得的，試劑盒中的引物具有不可替換性；即引物被替換后，部分基因座將會(huì)被抑制且抑制效果不可預(yù)知。實(shí)驗(yàn)證明，采用本發(fā)明提供的試劑盒檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)品2800m中68個(gè)基因座的str分型，分型結(jié)果準(zhǔn)確。本發(fā)明具有重要的應(yīng)用價(jià)值。附圖說明圖1為67個(gè)y-str基因座的pcr擴(kuò)增產(chǎn)物的長(zhǎng)度范圍分布。具體實(shí)施方式以下的實(shí)施例便于更好地理解本發(fā)明，但并不限定本發(fā)明。下述實(shí)施例中的實(shí)驗(yàn)方法，如無特殊說明，均為常規(guī)方法。下述實(shí)施例中所用的試驗(yàn)材料，如無特殊說明，均為自常規(guī)生化試劑商店購(gòu)買得到的。以下實(shí)施例中的定量試驗(yàn)，均設(shè)置三次重復(fù)實(shí)驗(yàn)，結(jié)果取平均值。標(biāo)準(zhǔn)品2800m為promega公司的產(chǎn)品，產(chǎn)品目錄號(hào)為dd7251。邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)設(shè)有病原體檢測(cè)平臺(tái)Qiastat-Dx進(jìn)行呼吸道及胃腸道病原體檢測(cè)。

    圖1為兩輪多重PCR的二代測(cè)序建庫(kù)過程。圖2為10個(gè)樣本100SNPs平均覆蓋深度。具體實(shí)施方式下面結(jié)合附圖和實(shí)施例，對(duì)本發(fā)明的具體實(shí)施方式作進(jìn)一步描述。以下實(shí)施例*用于更加清楚地說明本發(fā)明的技術(shù)方案，而不能以此來限制本發(fā)明的保護(hù)范圍。實(shí)施例1.基因組DN**段化a.打開Qsonica超聲破碎儀，提前讓循環(huán)水浴降溫，工作溫度為4℃。b.轉(zhuǎn)移總量為1ug的基因組DNA到，用NucleaseFreeWater(以下稱NFW)補(bǔ)足到100uL，震蕩混勻，短時(shí)離心。c.將，旋緊中軸，插入頂蓋，閉合機(jī)器，設(shè)定打斷程序：振幅-25％，on&off為20s-30秒，時(shí)長(zhǎng)15分鐘。開始打斷。d.打斷結(jié)束后，取出，按照順序排列整齊，開蓋。實(shí)施例，先配置去除DNA之外的試劑，按照理論值的125％配，震蕩混勻，短時(shí)離心，分裝到96孔板中，每孔加7uL，之后從前面，蓋上蓋子。震蕩混勻，短時(shí)離心。。設(shè)定程序：25℃30分鐘、72℃15分鐘、4℃保持。c.結(jié)束后，每孔中加入Ligase(單***)和1uL的Adapter，蓋上新的蓋子。震蕩混勻，短時(shí)離心。室溫下孵育20-30分鐘。d.磁珠震蕩30秒，充分混勻后，每一孔中加入25uL的磁珠，蓋上新蓋子。震蕩混勻，短時(shí)離心。室溫下孵育5分鐘。e.將96孔板或八聯(lián)管放上磁力架，等待2分鐘，溶液澄清后。邁杰與大學(xué)，研究院所，醫(yī)院的科研人員進(jìn)行科研轉(zhuǎn)化研究合作,包括基礎(chǔ)科學(xué)研究及臨床應(yīng)用研究等。北京專注邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)鄭重承諾

邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)致力于解決創(chuàng)新藥物的研發(fā)痛點(diǎn)及患者的用藥痛點(diǎn)，助力精z準(zhǔn)醫(yī)療！河南多基因聯(lián)合檢測(cè)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)服務(wù)至上

    1977年，WalterGilbert和FrederickSanger發(fā)明了***臺(tái)測(cè)序儀，并應(yīng)用其測(cè)定了***個(gè)基因組序列，噬菌體X174，全長(zhǎng)5375個(gè)堿基。由此開始，人類獲得了探索生命遺傳本質(zhì)的能力，生命科學(xué)的研究進(jìn)入了基因組學(xué)的時(shí)代，到至今為止的四十年時(shí)間內(nèi)，測(cè)序技術(shù)已取得了相當(dāng)大的發(fā)展，從***代發(fā)展到了第三代測(cè)序技術(shù)。Sanger所發(fā)明的測(cè)序方法被稱為***代測(cè)序技術(shù)，該技術(shù)直到現(xiàn)在依然被***使用，但是其一次只能獲得一條長(zhǎng)度在700～1000個(gè)堿基的序列，無法滿足現(xiàn)代科學(xué)發(fā)展對(duì)生物基因序列獲取的迫切需求。高通量測(cè)序(High-ThroughputSequencing,HTS)是對(duì)傳統(tǒng)Sanger測(cè)序的**性變革，其解決了一代測(cè)序一次只能測(cè)定一條序列的限制，一次運(yùn)行即可同時(shí)得到幾十萬到幾百萬條核酸分子的序列，因此也被稱為新一代測(cè)序(NextGenerationSequencing,NGS)或第二代測(cè)序。第二代測(cè)序技術(shù)雖然測(cè)序的通量**增加，但是其獲得單條序列長(zhǎng)度很短，想要得到準(zhǔn)確的基因序列信息依賴于較高的測(cè)序覆蓋度和準(zhǔn)確的序列拼接技術(shù)，因此**終得到的結(jié)果中會(huì)存在一定的錯(cuò)誤信息。因此，科研人員又發(fā)明了第三代測(cè)序技術(shù)也稱為單分子測(cè)序技術(shù)，該技術(shù)在保證測(cè)序通量的基礎(chǔ)上，對(duì)單條長(zhǎng)序列進(jìn)行從頭測(cè)序。 河南多基因聯(lián)合檢測(cè)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)服務(wù)至上