江蘇專注邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺經(jīng)驗豐富

    67個y-str基因座分別為：dys19、dys385a/b、dyf387s1a/b、dys388、dys389-i、dys389-ii、dys390、dys391、dys392、dys393、dyf399s1、dyf404s1a/b、dys437、dys438、dys439、dys443、dys444、dys446、dys447、dys448、dys449、dys456、dys458、dys459a/b、dys460、dys481、dys485、dys504、dys505、dys508、dys510、dys518、dys520、dys522、dys527a/b、dys531、dys533、dys549、dys552、dys557、dys570、dys576、dys587、dys593、dys596、dys612、dys617、dys622、dys626、dys627、dys630、dys635、dys641、dys643、dys644、dys645、dys710、dys720、y-gata-a10、y-gata-h4；其中，dys385a/b、dyf387s1a/b、dyf404s1a/b、dys459a/b、dys527a/b分別包含兩個分型片段，dyf399s1包含三個分型片段。二、引物組合的制備1、人工設(shè)計并合成用于擴(kuò)增每個基因座的引物(要求擴(kuò)增長度**好300bp以下)，然后進(jìn)行pcr擴(kuò)增，獲得每個基因座的特異性擴(kuò)增產(chǎn)物。2、綜合單個基因座的擴(kuò)增條件，選擇適宜擴(kuò)增程序，進(jìn)行復(fù)合擴(kuò)增。由于復(fù)合的基因座數(shù)目較多，引物間相互抑制情況復(fù)雜，所以需要一一排除，找出這些基因座，重新設(shè)計并合成引物。此外，不同基因座的引物之間還會形成引物二聚體。方法簡單易行，醫(yī)保覆蓋，適于臨床推廣。江蘇專注邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺經(jīng)驗豐富

    成纖維細(xì)胞生長因子受體（FGFR）在多種惡性**中存在異常***，并與**的發(fā)***展密切相關(guān)，已成為目前“不限*種”的熱點研究靶標(biāo)之一。至今已有4款靶向FGFR的抑制劑上市：國際***FDA批準(zhǔn)的泛FGFR抑制劑為強(qiáng)生的Balversa（Erdafitinib），同時獲批的伴隨診斷為QIAGENE基于PCR方法的FGFR2/3異常檢測；2020年獲批的Incyte公司的Pemigatinib為較早膽管*靶向藥物，其伴隨診斷為FoundationMedicine的FoundationOneCDxNGSpanel，檢測FGFR2融合或重排；2021年,又有連續(xù)兩個藥物Futibatinib和Infigratinib獲批，***攜帶FGFR2融合或重排的局部晚期或轉(zhuǎn)移性膽管*患者。伴隨診斷和生物標(biāo)志物的開發(fā)和驗證，已成為患者分層/富集及藥物上市的“標(biāo)配”。基于綜合性轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究平臺，邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究針對FGFR抑制劑的藥物臨床研究提供從生物標(biāo)志物檢測到伴隨診斷產(chǎn)品開發(fā)的完整解決方案。 四川抗體全邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺推薦咨詢邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)希望能和創(chuàng)新型藥企共同探索創(chuàng)新生物標(biāo)志物的臨床應(yīng)用潛力。

    pcrpurificationkit為德國qiagen公司的產(chǎn)品，產(chǎn)品目錄號為y5-28006。。qubittmdsdnahsassaykit為thermofisher公司的產(chǎn)品，貨號為q32854。truseqdnapcr-freehtlibraryprepkit為illumina公司的產(chǎn)品，產(chǎn)品目錄號為fc-121-3003。kapalibraryquantificationkit為kapa公司的產(chǎn)品，產(chǎn)品目錄號為kk4824。miseqreagentkitv3-600cycles測序試劑為illumina公司的產(chǎn)品，貨號為ms-102-3003。miseqfgx二代測序儀為illumina公司的產(chǎn)品。實施例1、基于二代測序技術(shù)檢測68個基因座的試劑盒的制備一、68個基因座的篩選本發(fā)明的發(fā)明人通過查閱文獻(xiàn)和現(xiàn)有二代測序str分型產(chǎn)品獲得大量候選的y-str基因座，然后根據(jù)中國人群str群體遺傳多態(tài)性分析結(jié)果，**終篩選獲得68個基因座，包括67個y-str基因座和1個性別決定amelogenin基因座。

panFGFxpanel的優(yōu)勢在于：針對性強(qiáng)——panel“小而精”，集中研究FGFR及上下游信號通路關(guān)鍵基因；應(yīng)用性廣——panel小，成本低；搭配酶切建庫法、快速雜交法，縮短TAT；靈活性強(qiáng)——探針可實現(xiàn)物理上模塊區(qū)分，隨時滿足伴隨診斷產(chǎn)品開發(fā)需求。??方案3：IHC法檢測FGF-19過表達(dá)當(dāng)前針對肝*及乳腺*的FGFR4抑制劑開發(fā)速度很快，多個藥物進(jìn)入臨床II期的研究。FGFR4-FGF19信號通路在肝細(xì)胞*（HCC）的發(fā)***展過程中發(fā)揮重要的作用。有研究顯示，在骨骼肌中過表達(dá)FGF19的轉(zhuǎn)基因小鼠在其生命早期會發(fā)生多發(fā)性HCC，而其他組織則不會受到影響，初步推斷FGF19通過***FGFR4增加肝細(xì)胞增殖而誘導(dǎo)肝*（圖6）。

圖6高表達(dá)FGF19-FGFR4靶向晚期肝*[10]FGFR4高選擇性抑制劑在FGF-19過表達(dá)的HCC荷瘤小鼠病理模型上呈現(xiàn)了***的抗**藥效。FGF-19擴(kuò)增和過表達(dá)有望成為FGFR4選擇性抑制劑***HCC的重要生物標(biāo)志物。邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)的病理平臺已經(jīng)建立并系統(tǒng)驗證了FGF-19IHC檢測方法，迄今已為國內(nèi)眾多創(chuàng)新藥企的臨床研究提供了檢測支持服務(wù)（圖7）。 邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)利用數(shù)字PCR進(jìn)行低豐度突變研究等；提供循環(huán)腫l瘤DNA檢測，可檢測EGFR、ERBB2等Biomarker。

    第三代測序技術(shù)以PacBio公司的SMRT技術(shù)和OxfordNanoporeTechnologies公司的納米孔單分子技術(shù)為**的新一代測序技術(shù)被稱為第三代測序技術(shù)，與前兩代測序技術(shù)相比，其比較大的特點就是單分子測序，測序過程無需進(jìn)行PCR擴(kuò)增，并且理論上可以測定無限長度的核酸序列。PacBio技術(shù)平臺SMRT芯片是一種帶有很多ZMW孔的厚度為100nm的金屬片，將DNA聚合酶、待測序列和不同熒光標(biāo)記的dNTP放入ZMW孔的底部。熒光標(biāo)記的位置是磷酸基團(tuán)，當(dāng)一個dNTP被添加到合成鏈上的同時，它會進(jìn)入ZMW孔的熒光信號檢測區(qū)，根據(jù)熒光的種類就可以判定dNTP的種類，從而獲得核酸的堿基序列信息。ZMW孔PacBio平臺測序原理每個ZWM孔只允許一條DNA模板進(jìn)入，DNA模板進(jìn)入后，DNA聚合酶與模板結(jié)合，加入4種不同顏色熒光標(biāo)記4種dNTP，其通過布朗運動隨機(jī)進(jìn)入檢測區(qū)域并與聚合酶結(jié)合從而延伸模板，與模板匹配的堿基生成化學(xué)鍵的時間遠(yuǎn)遠(yuǎn)長于其他堿基停留的時間，因此統(tǒng)計熒光信號存在時間的長短，可區(qū)分匹配的堿基與游離堿基。通過統(tǒng)計4種熒光信號與時間的關(guān)系，即可測定DNA模板序列。 MSH2抗體試劑 蘇蘇械備20180568號.江蘇Claudin18.2邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺創(chuàng)新服務(wù)

邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)分子平臺可以基于成熟的qPCR技術(shù)定量檢測外源載體拷貝數(shù)，應(yīng)用于藥物分布實驗如CAR-T等。江蘇專注邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺經(jīng)驗豐富

    ⑦側(cè)翼序列堿基數(shù)，各部分之間用tab鍵隔開。按照這種格式依次對68個基因座進(jìn)行錄入。68個基因座基因配置文件錄入完成后，運行***。該文件給出了①基因座名稱，②基因分型，③擴(kuò)增子堿基數(shù)，④擴(kuò)增子序列信息，⑤測序深度五個部分。根據(jù)國際法醫(yī)遺傳學(xué)會(internationalsocietyforforensicgenetics，isfg)發(fā)表的關(guān)于y-str基因座的str序列指南()和niststr數(shù)據(jù)庫(strbase.)y染色體str情況說明對67個y-str基因座的序列構(gòu)建**重復(fù)結(jié)構(gòu)。實驗結(jié)果見表3。結(jié)果表明，標(biāo)準(zhǔn)品2800m得到了完整的str分型，完全能夠滿足法醫(yī)str檢驗的要求。表3-1注：n與其后數(shù)字表示一段堿基序列，其后數(shù)字表示序列的堿基數(shù)目。表3-2注：n與其后數(shù)字表示一段堿基序列，其后數(shù)字表示序列的堿基數(shù)目。二、采用實施例1制備的試劑盒的應(yīng)用——口腔拭子樣本的基因座分型樣本一、樣本二和樣本三為3名漢族男性無關(guān)個體的口腔拭子的基因組dna，濃度均為1ng/μl。3名漢族男性均知情同意。將步驟一中的標(biāo)準(zhǔn)品2800m水溶液替換為樣本一、樣本二或樣本三，其它步驟均不變。檢測結(jié)果見表3。結(jié)果表明，樣本一、樣本二和樣本三均獲得了完整的str分型結(jié)果。江蘇專注邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺經(jīng)驗豐富