安徽多組學(xué)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)技術(shù)指導(dǎo)

    下游的引物IP用于第二輪多重PCR。具體的建庫(kù)過(guò)程是：步驟1，將樣本DNA進(jìn)行片段化處理，隨后每個(gè)片段兩端加上特殊的接頭；步驟2，加入***輪擴(kuò)增的上游引物混合池，與特殊接頭互補(bǔ)的通用引物，配制成PCR總體系，進(jìn)行***輪擴(kuò)增；步驟3，將***輪PCR產(chǎn)物純化后，加入第二輪擴(kuò)增的下游引物混合池，與第二步中使用過(guò)的特殊接頭互補(bǔ)的通用引物配制成PCR總體系，進(jìn)行第二輪擴(kuò)增；步驟4，將第二輪PCR產(chǎn)物純化后，配置反應(yīng)總體系，進(jìn)行Q-PCR定量，稀釋到合適的濃度，即可用于二代測(cè)序。上述技術(shù)方案中，作為推薦，步驟2中，***輪特異性引物是普通的PCR擴(kuò)增引物，共20個(gè)左右的堿基，Tm值設(shè)定在60℃，序列根據(jù)目標(biāo)區(qū)域設(shè)計(jì)得到，多個(gè)引物混成一個(gè)OP引物池做為***輪PCR的上游引物。PCR總體系為：2倍PCRMix35uL，10umol/LP71uL，1umol/LOP1uL或OP2uL，DNA25uL。上述技術(shù)方案中，作為推薦，步驟3中，第二輪特異性引物是普通的PCR擴(kuò)增引物，在其5’端加上測(cè)序接頭5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-3’共80個(gè)左右的堿基，其中根據(jù)目標(biāo)區(qū)域設(shè)計(jì)得到的序列長(zhǎng)度是20個(gè)堿基左右，Tm值設(shè)定在60℃，多個(gè)引物混成一個(gè)IP引物池做為第二輪PCR的上游引物?！具~杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)】一直以來(lái)致力于轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)服務(wù)和伴隨診斷產(chǎn)品開(kāi)發(fā)及商業(yè)化。安徽多組學(xué)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)技術(shù)指導(dǎo)

    三代測(cè)序簡(jiǎn)介1、HelicoBioScience2008年4月，HelicoBioScience報(bào)道了單分子測(cè)序技術(shù)，讀取單分子熒光的能力，是***家商業(yè)化單分子測(cè)序技術(shù)的公司，但儀器過(guò)于較貴，數(shù)據(jù)質(zhì)量較差，于2010年停止運(yùn)營(yíng)。2、PacificBiosciences單分子實(shí)時(shí)技術(shù)（singlemoleculerealtime,SMRT）利用單分子技術(shù)和DNA聚合酶，在聚合反應(yīng)的同時(shí)就可以讀取測(cè)序產(chǎn)物，在測(cè)序速度、讀長(zhǎng)和成本方面有著巨大的優(yōu)勢(shì)和潛力，但目前讀取速度偏低。以對(duì)單分子DNA進(jìn)行非PCR測(cè)序?yàn)橹饕卣鳎ǘ鷾y(cè)序平臺(tái)基于PCR擴(kuò)增的信號(hào)放大過(guò)程），長(zhǎng)讀長(zhǎng)，實(shí)時(shí)，單分子等，但三代測(cè)序基于單分子酶學(xué)或者單分子電學(xué)，信號(hào)容易丟失，通量不高，單堿基的測(cè)序成本也居高不下。目前主要有RSII和sequel兩款測(cè)序儀。3、納米孔測(cè)序OxfordNanopore：納米孔測(cè)序的原理可以簡(jiǎn)單地描述為：?jiǎn)蝹€(gè)堿基通過(guò)納米尺度的通道時(shí)，會(huì)引起通道電學(xué)性質(zhì)的變化。理論上，A、C、G、T四種不同的堿基由于化學(xué)性質(zhì)的差異，它們穿越納米孔時(shí)引起的電學(xué)參數(shù)變化量也有差異，檢測(cè)這些變化量，即可得到相應(yīng)堿基的類(lèi)型。 北京多基因聯(lián)合檢測(cè)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)服務(wù)至上邁杰中心實(shí)驗(yàn)室設(shè)有SLAN 96P、Rotor-Gene Q、ABI 7500、ABI ViiA7、Roche z480等實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀及數(shù)字PCR儀！

    本發(fā)明屬于法醫(yī)學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及基于二代測(cè)序技術(shù)檢測(cè)68個(gè)基因座的試劑盒及其使用的引物組合，尤其涉及基于二代測(cè)序技術(shù)檢測(cè)67個(gè)y-str基因座和amelogenin基因座的試劑盒及其使用的引物組合。背景技術(shù)：短串聯(lián)重復(fù)(shorttandemrepeat，str)是由2～6bp重復(fù)單位串聯(lián)組成且***存在于人類(lèi)基因組中的一類(lèi)具有長(zhǎng)度多態(tài)性的dna序列，是目前法醫(yī)個(gè)體識(shí)別和親子鑒定應(yīng)用*****的遺傳標(biāo)記。人類(lèi)y染色體短串聯(lián)重復(fù)(y-chromosomeshorttandemrepeats，y-str)具有父系遺傳、缺乏重組、分型簡(jiǎn)單、信息量大、多態(tài)性高等特點(diǎn)，是研究人類(lèi)的起源進(jìn)化、民族差異、種族差異、群體及地區(qū)分布等的有力工具。因此，y染色體str基因座多態(tài)性研究可為法醫(yī)學(xué)個(gè)體識(shí)別和親權(quán)鑒定提供重要手段，在諸如父系家族的親權(quán)鑒定、混合斑男性成分的檢測(cè)、不同男性個(gè)體混合物的分析、追溯父系遷移歷史及重構(gòu)同一父系家族等方向都具有獨(dú)特的應(yīng)用價(jià)值。目前，熒光標(biāo)記多重?cái)U(kuò)增結(jié)合毛細(xì)管電泳(fluorescentlabeledmultiplexpcr-capillaryelectrophoresis，pcr-ce)是str分型的主流技術(shù)；常用的商業(yè)化y-str分型試劑盒有y23(promega)、y(promega)、yfiler(thermofisherscientific)和yfilerplus。

    套峰細(xì)分的話有如下幾種情形:全雙峰：如樣品為克隆后質(zhì)粒，則質(zhì)粒中含有多個(gè)引物結(jié)合位點(diǎn)；如樣品為PCR產(chǎn)物，則含有非特異性擴(kuò)增。前端雙峰：如樣品為克隆后質(zhì)粒，則其含有多個(gè)引物結(jié)合位點(diǎn)，并且其中一套模板出現(xiàn)測(cè)序中斷的現(xiàn)象；如樣品為PCR產(chǎn)物，則PCR產(chǎn)物中含有多個(gè)引物結(jié)合位點(diǎn)，或者PCR產(chǎn)物中含有引物二聚體等小片段污染。中間雙峰：如樣品為克隆后質(zhì)粒，則質(zhì)粒并非單克隆；如樣品為PCR產(chǎn)物，則部分產(chǎn)物中具有堿基缺失現(xiàn)象，或目的基因?yàn)榈任换驅(qū)е翽CR產(chǎn)物自身不純。后端雙峰：如樣品為克隆后質(zhì)粒，則質(zhì)粒并非單克??；如樣品為PCR產(chǎn)物，則部分產(chǎn)物中具有堿基缺失現(xiàn)象。解決辦法：針對(duì)二聚體及小片段干擾的情況，可以使用切膠回收的方法純化PCR產(chǎn)物；針對(duì)含有多個(gè)引物結(jié)合位點(diǎn)的情況，應(yīng)當(dāng)更換測(cè)序引物；針對(duì)PCR產(chǎn)物出現(xiàn)堿基缺失的情況，可以使用克隆后測(cè)序以排除堿基缺失的產(chǎn)物；針對(duì)非單克隆的情況，應(yīng)在確認(rèn)克隆無(wú)誤的前提下重新挑取單克隆進(jìn)行測(cè)序；針對(duì)PCR產(chǎn)物含有非特異性擴(kuò)增的情況，應(yīng)優(yōu)化PCR反應(yīng)條件去除非特異性擴(kuò)增，重新制備樣品測(cè)序；針對(duì)等位基因具有雙模板的情況，應(yīng)當(dāng)采用克隆測(cè)序以保證單次測(cè)序樣品序列一致。 MSH2抗體試劑 蘇蘇械備20180568號(hào).

    h1)str分型；(h2)y-str分型；(h3)個(gè)體識(shí)別；(h4)親權(quán)鑒定；(h5)種族推斷。本發(fā)明還保護(hù)上述任一所述引物組合或上述任一所述復(fù)合擴(kuò)增體系的應(yīng)用，可為(h1)-(h5)中的至少一種：(h1)str分型；(h2)y-str分型；(h3)個(gè)體識(shí)別；(h4)親權(quán)鑒定；(h5)種族推斷。上述任一所述68個(gè)基因座具體可由amelogenin、dys19、dys385a/b、dyf387s1a/b、dys388、dys389-i、dys389-ii、dys390、dys391、dys392、dys393、dyf399s1、dyf404s1a/b、dys437、dys438、dys439、dys443、dys444、dys446、dys447、dys448、dys449、dys456、dys458、dys459a/b、dys460、dys481、dys485、dys504、dys505、dys508、dys510、dys518、dys520、dys522、dys527a/b、dys531、dys533、dys549、dys552、dys557、dys570、dys576、dys587、dys593、dys596、dys612、dys617、dys622、dys626、dys627、dys630、dys635、dys641、dys643、dys644、dys645、dys710、dys720、y-gata-a10和y-gata-h4組成。其中，amelogenin為性別決定基因座。dyf399s1包含三個(gè)分型片段。dys385a/b、dyf387s1a/b、dyf404s1a/b、dys459a/b和dys527a/b均包含兩個(gè)分型片段。本發(fā)明提供的試劑盒可以檢測(cè)68個(gè)基因座。邁杰多平臺(tái)的研究?jī)?yōu)勢(shì)以及多組學(xué)數(shù)據(jù)的挖掘能力，促進(jìn)產(chǎn)學(xué)研醫(yī)結(jié)合，加速項(xiàng)目成果轉(zhuǎn)化，創(chuàng)新科技產(chǎn)品研發(fā)。浙江Claudin18.2邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)值得推薦

邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)利用新一代智能技術(shù)補(bǔ)充傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)的檢測(cè)模式，賦能醫(yī)療健康建設(shè)，更好地為臨床和患者服務(wù)。安徽多組學(xué)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)技術(shù)指導(dǎo)

    細(xì)胞鑒定：表面標(biāo)志物鑒定（流式細(xì)胞術(shù)），分化能力鑒定（間充質(zhì)干細(xì)胞成骨分化、間充質(zhì)干細(xì)胞成脂分化、間充質(zhì)干細(xì)胞成軟骨分化），核型分析；細(xì)胞轉(zhuǎn)染：慢病毒、腺相關(guān)病毒、腺病毒、質(zhì)粒、microRNA、lncRNA等轉(zhuǎn)染服務(wù)；免疫學(xué)分析：免疫細(xì)胞化學(xué)、免疫熒光、激光共聚焦、westernblot、Co-IP、ELISA等；分子技術(shù)：qPCR、PCR、***定量PCR等。關(guān)鍵詞：人骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞、人臍帶間充質(zhì)干細(xì)胞、人臍帶血間充質(zhì)干細(xì)胞、人羊膜間充質(zhì)干細(xì)胞、人胎盤(pán)間充質(zhì)干細(xì)胞、人脂肪間充質(zhì)干細(xì)胞、大鼠骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞、大鼠脂肪間充質(zhì)干細(xì)胞、小鼠骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞、小鼠脂肪間充質(zhì)干細(xì)胞、兔骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞、犬骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞、犬脂肪間充質(zhì)干細(xì)胞、豬骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞、細(xì)胞培養(yǎng)、原代細(xì)胞弗元生物，中國(guó)自己的生物品牌。安徽多組學(xué)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)技術(shù)指導(dǎo)