湖北專業(yè)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)服務(wù)至上

    于是，每個(gè)反應(yīng)會(huì)產(chǎn)生許多不同長(zhǎng)度的DN**段，并在模版的任一核苷酸位置上由其中一種雙脫氧核糖核苷酸終止鏈的延伸。反應(yīng)混合物可以通過手動(dòng)灌膠或自動(dòng)灌膠到用毛細(xì)管進(jìn)入測(cè)序機(jī)器，再根據(jù)DNA分子大小不同用電泳分離DNA。當(dāng)DNA流過凝膠后，DNA序列可以通過雙脫氧核糖核苷酸上發(fā)出的熒光來進(jìn)行分析。當(dāng)今的Sanger測(cè)序儀使用的是毛細(xì)管自動(dòng)上樣的凝膠電泳，一般可以同時(shí)分析8-96個(gè)系列反應(yīng)。二代測(cè)序系統(tǒng)在十年前就是因其可同時(shí)進(jìn)行大量平行測(cè)序反應(yīng)而廣為人知。這些系統(tǒng)可以同時(shí)分析百萬甚至上億個(gè)序列反應(yīng)。雖然不同的機(jī)器生產(chǎn)時(shí)會(huì)在技術(shù)細(xì)節(jié)上有許多不同，但他們都有以下幾個(gè)共同點(diǎn)：1,文庫(kù)建立：所有二代測(cè)序的平臺(tái)都需要一個(gè)基因文庫(kù)，這個(gè)基因文庫(kù)包含通過引申或者連接自定義的接頭序列。2,測(cè)序儀器：每個(gè)文庫(kù)片段在共階吸附的DNA連接因子的作用下，以文庫(kù)適配序列為模版，在固體表面上進(jìn)行擴(kuò)增。這步擴(kuò)增會(huì)產(chǎn)生許多DNA蔟，每個(gè)來源于一個(gè)文庫(kù)片段，每個(gè)基因蔟都會(huì)像**的測(cè)序反應(yīng)一樣起作用。3,數(shù)據(jù)輸出：每個(gè)儀器都會(huì)在測(cè)序結(jié)束后給出原始數(shù)據(jù)。這個(gè)原始數(shù)據(jù)時(shí)每個(gè)基因蔟中形成的DNA序列的**。 邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)蛋白免疫產(chǎn)品開發(fā)平臺(tái)可提供基于IHC平臺(tái)的體外診斷試劑盒以及蛋白抗體原料一站式開發(fā)服務(wù)。湖北專業(yè)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)服務(wù)至上

    pcrpurificationkit為德國(guó)qiagen公司的產(chǎn)品，產(chǎn)品目錄號(hào)為y5-28006。。qubittmdsdnahsassaykit為thermofisher公司的產(chǎn)品，貨號(hào)為q32854。truseqdnapcr-freehtlibraryprepkit為illumina公司的產(chǎn)品，產(chǎn)品目錄號(hào)為fc-121-3003。kapalibraryquantificationkit為kapa公司的產(chǎn)品，產(chǎn)品目錄號(hào)為kk4824。miseqreagentkitv3-600cycles測(cè)序試劑為illumina公司的產(chǎn)品，貨號(hào)為ms-102-3003。miseqfgx二代測(cè)序儀為illumina公司的產(chǎn)品。實(shí)施例1、基于二代測(cè)序技術(shù)檢測(cè)68個(gè)基因座的試劑盒的制備一、68個(gè)基因座的篩選本發(fā)明的發(fā)明人通過查閱文獻(xiàn)和現(xiàn)有二代測(cè)序str分型產(chǎn)品獲得大量候選的y-str基因座，然后根據(jù)中國(guó)人群str群體遺傳多態(tài)性分析結(jié)果，**終篩選獲得68個(gè)基因座，包括67個(gè)y-str基因座和1個(gè)性別決定amelogenin基因座。北京多靶點(diǎn)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)鄭重承諾邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)目前已完成約30+靶點(diǎn)的方法學(xué)驗(yàn)證，50+靶點(diǎn)的方法學(xué)建立。

    基于以上研究，邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)可針對(duì)患者分層及各類研究指標(biāo)提供FGFR抑制劑***中生物標(biāo)志物研究的整體解決方案，包含：HumanComprehensivePanelMed1CDx；定制的panFGFxpanel；QIAGENtherascreen®FGFRRGQRT-PCRKit；RNAscope檢測(cè)FGFR1/2/3/4mRNA表達(dá)；FISH（FGF19擴(kuò)增）；IHC（FGF19表達(dá)）等（圖4）。圖4FGFR抑制劑相關(guān)的生物標(biāo)志物整體解決方案??方案1：Med1CDxNGSpanel(601基因)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)的Med1CDx綜合panel包含原*基因、遺傳性驅(qū)動(dòng)基因、細(xì)胞周期基因和免疫/炎癥相關(guān)基因等601個(gè)基因，可用于對(duì)TMB、MMR、MSI、免疫檢查點(diǎn)分子、**新生抗原和HLA分型等***的分析。對(duì)于FGFR抑制劑研究，該panel除了能夠檢測(cè)FGFR基因的SNV/INDEL、基因重排和擴(kuò)增等異常，也可以評(píng)估已知和探索新的耐藥變異（圖5）。圖5Med1CDx基因分布??方案2：定制panelpanFGFx（40基因）值得關(guān)注的是，邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)針對(duì)FGFR抑制劑的研究研發(fā)了“小而精”的panFGFxpanel：FGFR1-4探針覆蓋基因全部外顯子，包括UTR區(qū)，覆蓋**全，同時(shí)檢測(cè)已知與未知SNV/InDel；針對(duì)融合檢測(cè)，加入了已知融合伙伴的相關(guān)探針，提高已知融合檢出率；如有新融合發(fā)現(xiàn)需求，可提供涵蓋全部?jī)?nèi)含子區(qū)版本；針對(duì)拷貝數(shù)擴(kuò)增檢測(cè)。

    既節(jié)約時(shí)間又降低測(cè)序成本。目前，基于法庭科學(xué)領(lǐng)域運(yùn)用**多的ngs系統(tǒng)為illumina公司的miseqfgxtm系統(tǒng)和thermofisher公司的iontorrentpgmtm系統(tǒng)，但針對(duì)以上平臺(tái)的二代測(cè)序商業(yè)化str分型試劑盒的研發(fā)尚處于起步階段，主要有powerseqautosystem(promega，madison，wi,usa)、forenseqtmdnasignatureprepkit(illumina，sandiego，ca，usa)和precisionidglobalfilerngsstrkit(termofisher，waltham，ma，usa)。但以上試劑盒涉及的y-str相對(duì)較少，三個(gè)試劑盒分別包含了1個(gè)y-str基因座、26個(gè)y-str基因座、2個(gè)y-str基因座。同時(shí)存在試劑盒價(jià)格昂貴，配套的數(shù)據(jù)分析軟件只能針對(duì)各自開發(fā)試劑盒，參數(shù)的設(shè)置相對(duì)固定，只能對(duì)固有基因座的測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，不利于法醫(yī)學(xué)實(shí)際應(yīng)用。因此，構(gòu)建一種適用于當(dāng)前主流二代測(cè)序檢測(cè)平臺(tái)miseqfgxtm系統(tǒng)及開放性測(cè)序數(shù)據(jù)分析軟件straitrazor、myflq等，且能容納更多y-str基因座的復(fù)合擴(kuò)增體系具有一定的意義。技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素：本發(fā)明的目的是制備檢測(cè)更多y-str基因座的試劑盒，提高了父系親緣關(guān)系分析能力和鑒定效能。本發(fā)明首先保護(hù)引物組合，可包括引物1—引物120；引物1—引物120均為單鏈dna分子，核苷酸序列依次可如seqid**—seqid**20所示。 邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)與全球品牌藥企廣f泛展開伴隨診斷產(chǎn)品的開發(fā)合作，已有多個(gè)診斷產(chǎn)品上市。

    1、文庫(kù)把DNA樣本片段化或篩分成指定長(zhǎng)度的目標(biāo)序列，再加上寡核苷酸接頭（和條形碼DN**段的大小是NGS文庫(kù)構(gòu)建的主要因素。片段化可以通過不同的方法，比如PCR擴(kuò)增法。（NGS實(shí)驗(yàn)流程相對(duì)復(fù)雜，在過程中會(huì)應(yīng)用到PCR擴(kuò)增技術(shù)）），用于后續(xù)測(cè)序上機(jī)。2、讀長(zhǎng)被片段化后的DNA鏈長(zhǎng)度，二代測(cè)序通常是100-200bp（bp是雙鏈DNA堿基對(duì)單位）。3、通量一次測(cè)序上機(jī)可以運(yùn)行的樣本（基因）數(shù)量。4、測(cè)序深度一個(gè)基因片段被掃描的次數(shù)，測(cè)序深度深可提高低頻突變檢出率和檢測(cè)準(zhǔn)確率。5、全基因組測(cè)序一種生物的全部基因序列的測(cè)序，人的基因組序列約3G，基因組是一個(gè)細(xì)胞或者生物體所攜帶的全部遺傳信息。作者：心平氣和鏈接：源：知乎著作權(quán)歸作者所有。商業(yè)轉(zhuǎn)載請(qǐng)聯(lián)系作者獲得授權(quán)，非商業(yè)轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明出處。 邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)擁有3D HISTECH Pannoramic MIDI數(shù)字化病理掃描儀及91360遠(yuǎn)程病理系統(tǒng)。湖北專業(yè)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)服務(wù)至上

邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)擁有全技術(shù)平臺(tái)及豐富的伴隨診斷開發(fā)經(jīng)驗(yàn)，為藥企合作伙伴提供一體化開發(fā)服務(wù)。湖北專業(yè)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)服務(wù)至上

    ，需將磁珠固定在特制的PTP平板上。這種平板上含有許多直徑約為44μm的小孔，每個(gè)小孔*能容納一個(gè)磁珠，通過這種方法來固定每個(gè)磁珠的位置。啟動(dòng)測(cè)序反應(yīng)后，每次向PTP平板中加入一種dNTP，如果能與待測(cè)序列配對(duì)，則會(huì)在堿基連接在模板上之后釋放焦磷酸，焦磷酸通過ATP硫酸化學(xué)酶***熒光素酶產(chǎn)生熒光，通過PTP板另一側(cè)的CCD照相機(jī)記錄熒光，從而確定目的模板的核酸序列。ABI/SOLiDABI/SOLiD技術(shù)原理SOLiD測(cè)序技術(shù)與454技術(shù)的原理比較類似，同樣是采用油包水的方式進(jìn)行EmulsionPCR。不同之處在于SOLiD形成的小水滴要比454系統(tǒng)小得多，只有1μm大小，并且在PCR擴(kuò)增的同時(shí)對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物的3'端進(jìn)行修飾，為下一步的測(cè)序做準(zhǔn)備。在PCR完成之后，SOLiD技術(shù)進(jìn)行測(cè)序時(shí)，其反應(yīng)底物不是dNTP也不是ddNTP，而含有8個(gè)堿基的單鏈熒光探針混合物，在測(cè)序時(shí)，這些探針按照堿基互補(bǔ)規(guī)則與單鏈DNA模板鏈配對(duì)，不同的探針的5'末端分別標(biāo)記不同顏色的熒光染料，每?jī)蓚€(gè)堿基確定一個(gè)熒光信號(hào)，相當(dāng)于一次能決定兩個(gè)堿基，因此，這種測(cè)序方法也被稱為兩堿基測(cè)序法。 湖北專業(yè)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)服務(wù)至上