南五味子含有17個正向重復序列，16個回文重復序列和25個串聯(lián)重復序列。五味子包含30個正向重復序列，13個回文重復和25個串聯(lián)重復。而八角茴香含有8個正向重復序列，21個回文重復和32個串聯(lián)重復。長度為30-40bp的重復**常見的（平均％），切位于非編碼區(qū)的重復比例高于編碼區(qū)。采用mVISTA和DnaSP程序分析葉綠體基因組水平的總體序列同一性，并檢測五味子科葉綠體基因組中的不同區(qū)域。結果表明，葉綠體基因組存在高度的共線性和基因順序保守性，同時非編碼區(qū)域的差異比編碼區(qū)域更高。IR的擴增和收縮導致各種植物譜系之間的基因組大小變化，可用于研究植物譜系的系統(tǒng)發(fā)育分類和基因組進化。與其他植物葉綠體譜系相比，五味子科中的IR具有10kb的收縮。IRa/SSC邊界延伸到y(tǒng)cf1，導致三種Schisandraceae葉綠體基因組中的存在ycf1假基因。 云生物小基因組測序可進行測序組裝。云南細胞質(zhì)遺傳小基因組測序報價
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SNP檢測及注釋：SNP（單核苷酸多態(tài)性）是指由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。在基因組DNA中，任何堿基均有可能發(fā)生變異，因此SNP既有可能在編碼基因內(nèi)，也有可能在非編碼序列上，位于編碼區(qū)內(nèi)的SNP（codingSNP，cSNP）因其可能影響個體的功能而備受關注。從對生物的遺傳性狀的影響來看，cSNP又可分為2種：一種是同義cSNP（synonymouscSNP），即SNP所致的編碼序列的改變并不影響其所翻譯的氨基酸序列；另一種是非同義cSNP(non-synonymouscSNP)，指堿基序列的改變可使以其為模板翻譯的氨基酸序列發(fā)生改變，從而影響了蛋白質(zhì)的功能。利用MUMmer比對軟件，將每個樣品與參考序列進行全局比對，找出樣品序列與參考序列之間有差異的位點并進行了初步的過濾，檢測出潛在SNP位點；提取參考序列SNP位點兩邊各100bp的序列，然后使用BLATv35軟件將提取的序列和組裝結果進行比對，驗證SNP位點。如果比對的長度小于101bp，則認為是不可信的SNP，將去除；如比對上多次，認為是重復區(qū)域的SNP，也將被去除，***得到可靠的SNP。 云生物已完成葉綠體&線粒體基因組項目數(shù)百例。
InDel檢測及注釋：InDel是DNA序列的插入（Insertion）和缺失（Deletion）現(xiàn)象的總稱，狹義的InDel表示1~10bp的短InDel。在基因組編碼區(qū)域，InDel的發(fā)生可能會引起移碼突變、氨基酸改變、假基因的出現(xiàn)等等現(xiàn)象。這里分析的是狹義的InDel。利用LASTZ軟件將樣品和參考序列進行比對，檢測得到初步InDel結果。然后取參考序列InDel位點上下游150bp與樣品的測序reads用BWA軟件及SAMtools進行比對驗證，過濾得到可靠的InDel。SV檢測：基因組結構變異（SV，StructuralVariation）通常是指基因組內(nèi)DN**段缺失、插入、重復、倒位、異位。使用MUMmer軟件對目標基因組和參考基因組進行比對，再使用LASTZ對區(qū)域間進行比對，從區(qū)域比對結果中查找SV。 云生物的小基因組測序包括多數(shù)據(jù)庫功能注釋。云南線粒體小基因組測序售后服務
細胞質(zhì)中主要的遺傳物質(zhì)的載體是線粒體和葉綠體。云南細胞質(zhì)遺傳小基因組測序報價
三種五味子科葉綠體基因組編碼113個獨特基因，包括79個蛋白質(zhì)編碼基因，30個tRNA基因和4個rRNA基因。其中，4個蛋白質(zhì)編碼基因，4個rRNA基因和5個tRNA基因在IR區(qū)域中重復；18個基因含有內(nèi)含子，clpP和ycf3含有兩個內(nèi)含子；rps12中存在反式剪接，其中5'末端位于LSC區(qū)域中，并且重復的3'末端位于IR區(qū)域中；matK基因trnK-UUU內(nèi)部。SSR是葉綠體基因組中經(jīng)常觀察到的1-6bp重復類型，可用于基因組多態(tài)性以及物種的群體遺傳學研究。研究人員鑒定到**豐富的SSR是A或T單核苷酸重復序列，分別占南五味子、五味子和八角茴香總SSR的約％，％和69％，而G或C重復罕見。此外，南五味子、五味子和八角茴香SSR的大多數(shù)SSR位于LSC區(qū)域，其次是SSC區(qū)域和IR區(qū)域。 云南細胞質(zhì)遺傳小基因組測序報價