陜西cfDNA甲基化技術(shù)服務(wù)方案

甲基化敏感性高分辨率熔解曲線分析(MS-HRM)

通過熔解曲線分析可以將單堿基序列的差異轉(zhuǎn)變成熔解曲線的差異，因此DNA樣本經(jīng)過亞硫酸氫鹽處理后，甲基化與未甲基化DNA會存在序列差異，這種差異可通過熔解曲線分析來發(fā)現(xiàn)。使用該方法進行甲基化分析*需一對引物，相對簡單，不過這種方法對儀器的要求頗高，需要帶HRM模塊的熒光定量PCR儀，并且在進行實時定量PCR過程中，需要使用飽和的熒光染料。利用MS-HRM技術(shù)進行甲基化檢測只能對檢測片段整體甲基化情況進行分析，并不能明確每個CpG位點的甲基化狀態(tài)。因此這種技術(shù)適用于大量樣本的檢測，篩選出感興趣的CPG位點，然后利用其他方法進行單個位點的精確檢測及甲基化程度的精確定量。 DNA異常甲基化與疾病的發(fā)生、發(fā)展有著密切的聯(lián)系。陜西cfDNA甲基化技術(shù)服務(wù)方案

Chip-Seq 是指通過染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（ChIP）特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DN**段，并對其進行純化和文庫構(gòu)建；然后對富集得到的DN**段進行高通量測序，通過將獲得的數(shù)百萬條序列標簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的 DNA 區(qū)段信息，是目前在全基因組水平研究蛋白結(jié)合靶DNA序列的重要手段，為轉(zhuǎn)錄因子、組蛋白修飾、核小體定位等表觀遺傳學(xué)的研究提供有效方法。

應(yīng)用領(lǐng)域

1、確定組蛋白修飾的位置及其與基因表達的關(guān)系。

2、完成對轉(zhuǎn)錄因子及其它蛋白在基因組上結(jié)合位點的精細定位。

3、研究特定的核小體或組蛋白的分布。 重慶cfDNA甲基化技術(shù)服務(wù)售后分析中小樣本篩選, 大樣本中進一步驗證。

    MethylationEPICBEadChip兼具***的覆蓋范圍和高通量功能，因此是EWAS的理想之選。其他優(yōu)勢包括：***的全基因組覆蓋范圍(>850,000個甲基化位點)CpG島非CpG和差異甲基化位點FANTOM5增強子ENCODE染色質(zhì)ENCODE轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點miRNA啟動子區(qū)域?qū)嶒灧治龇椒ㄖ噩F(xiàn)性98%（針對技術(shù)性重復(fù)）98%（針對傳統(tǒng)HumanMethylation450K芯片對照，MethylationEPIC芯片采用的相同樣本）>90%（針對HumanMethylation450K位點內(nèi)容）用戶友好的簡化工作流程與FFPE樣本兼容MethylationEPICBeadChip遵循用戶友好的簡化的工作流程，可以從低樣本起始量（低至250ng）同時處理多達96個樣本該甲基化芯片針對常規(guī)樣本和FFPE樣本提供單CpG位點級別的定量測量，因此能實現(xiàn)超級精細的解析度，方便用戶了解表觀遺傳的變化。

相比之下，VeraCode GoldenGate甲基化分析技術(shù)更適合中通量的篩選及驗證研究，它以以矩陣微珠芯片(Sentrix Array Matrix(SAM)）形式分析48至384個用戶指定的CpG位點。首先，將亞硫酸氫鹽處理的基因組DNA 與分析oligo混合，oligo與未甲基化位點的U互補，或者與甲基化位點的C互補。雜交之后，引物延伸，并連接上位點特異的oligo來產(chǎn)生通用 PCR的模板。***，用標記的PCR引物生成可檢測的產(chǎn)物。據(jù)Illumina的產(chǎn)品**介紹，其產(chǎn)品的**優(yōu)勢在于單個CpG位點的分辨率。其它分析將甲基化定位在一段區(qū)域，而通過Illumina分析，你能精確測定某個CpG位點的甲基化水平。DNA甲基化對基因表達調(diào)控起著動態(tài)的重要作用。

    cfDNABS-Seq送樣要求一、送樣類型分離好的血漿二、保存方式分離后的血漿，用ml離心管分裝，例如：1ml/管；放-20℃冰箱中保存（短暫保存，1-2周）；放-80℃冰箱中長期保存(1年以內(nèi))；保存期間不能凍融。三、運輸條件干冰運輸：順豐陸運（3-4天時間），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰四、抽血要求1、使用Streck**管（不建議使用普通的EDTA-鈉抗凝管），采集10ml外周靜脈血（客戶沒有Streck**管，公司配送）；2、室溫或者放置4℃冰箱中半小時以上，不超過8小時，進行血漿分離步驟五、血漿分離步驟1、4℃條件下以1600g離心10min，離心后將上清（血漿）分裝到2、4℃條件下以16000g離心10min去除殘余細胞，將上清移入新的離心管中，每管分裝1ml;3、血漿樣本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰運輸,提取之前不能凍融。備注1：血漿分離在4℃條件進行，如果客戶沒有冷凍離心機，也可以在室溫條件下進行；備注2：離心后取血漿上清，避免吸取白細胞；通常10ml全血可以獲得4-5ml血漿。 通過甲基化數(shù)據(jù)，篩選疾病耐藥的差異甲基化。北京WGBS技術(shù)服務(wù)服務(wù)

芯片平臺作為目前比較成熟的篩選工具。陜西cfDNA甲基化技術(shù)服務(wù)方案

    Agilent甲基化芯片通過SurePrint芯片合成**技術(shù)，結(jié)合優(yōu)化的探針設(shè)計及實驗方法，可靈活進行甲基化研究，得到高靈敏度、高特異性、高重復(fù)性的結(jié)果。技術(shù)流程：1.將基因組DNA超聲打斷成400-500bpDN**段；2.加熱變性并將變性后的單鏈DNA樣品分成兩份；3.其中一份單鏈DNA樣品加入抗5'-甲基化胞嘧啶核苷抗體。使用免疫磁珠法分離樣品中甲基化DN**段的抗體復(fù)合物，樣品中其余的非甲基化DN**段被洗脫；4.純化免疫共沉淀的DN**段；對MeDIP(Cy5)與Input(Cy3)樣品分別進行標記；5.標記后的MeDIP與Input樣品混合、變性，與芯片雜交；6.檢測雜交信號并進行數(shù)據(jù)分析。芯片種類：Agilent**甲基化芯片，8x60K●和合作伙伴在Agilent公司定制的Promoter芯片。●絕大多數(shù)基因是針對基因啟動子區(qū)域的CpG島設(shè)計探針?！裥酒弦还灿?160個功能注釋比較明確的基因，其中2128個和**發(fā)生有關(guān)系?！駨墓δ苌戏郑?56基因和細胞凋亡有關(guān)，1273個基因和信號傳導(dǎo)有關(guān)，487個基因和壓力和衰老有關(guān)。●特別適用于**甲基化研究。 陜西cfDNA甲基化技術(shù)服務(wù)方案