DNA甲基化修飾類型。5mc是表觀遺傳**重要的一種修飾，***存在于植物、動物等真核生物基因組中，被譽為“第五堿基”；5hmc是***發(fā)現(xiàn)的一種修飾堿基，成為哺乳動物的“第六堿基”；6mA在細菌、藻類及動植物基因組中存在。1992年，F(xiàn)rommeretal.將重亞硫酸鹽處理結合測序進行DNA甲基化檢測。從此，BisulfiteSequencing（BS）成為金標準方案。其特點是：單堿基分辨率；結合測序。甲基化5mc檢測的金標準——BisulfiteSequencing。Wholegenomebisulfitesequencing,WGBS——DNA甲基化檢測**有力的工具。ImprovedReduceRepresentationBisulfiteSequencing,強化RRBS——高性價比DNA甲基化檢測方案。TargetedBisulfiteSequencing,高通量BSP——目標位點/基因甲基化驗證方案。 WGBS和RRBS都是金標準技術, CNS發(fā)表文章都很多，廣發(fā)被接受。廣東焦磷酸測序技術服務服務
焦磷酸測序（Pyrosequencing）技術服務基于QIAGEN公司的PyroMarkQ96ID平臺，能提供基于序列測定的SNP檢測、等位基因頻率分析和甲基化檢測，雜合子缺失及細菌和病毒分型等技術服務。樣品要求·樣品類型細胞、新鮮組織或DNA樣品·樣品量細胞樣品請?zhí)峁┲辽?×106個細胞，組織樣品請?zhí)峁┲辽?00mg的組織塊或切片，DNA樣品請?zhí)峁?μg以上的DNA·樣品質(zhì)量基因組DNA無明顯降解，主帶清晰，大于23Kb，無明顯彌散。OD260/280值在～，濃度≥50ng/μl·樣品保存細胞樣品或新鮮組織塊（切成～50mg的小塊）可液氮凍存后，-80℃保存。DNA樣品可溶于乙醇或超純水中，-80℃保存。樣品保存期間避免反復凍融·樣品運輸樣品置于ml凍存管中，封口膜封好，干冰運輸。 陜西hMeDIP-Seq技術服務專業(yè)服務DNA甲基化多發(fā)生在CpG二核苷酸中的胞嘧啶的5位碳原子。
Agilent平臺因為MeDIP技術本身的特點，都不能到達單堿基的分辨率，而Illumina的Infinium和GoldenGate檢測技術卻做得到。Illumina的Infinium甲基化檢測技術來源與前期的SNP檢測，采用的是單堿基延伸的原理。分析利用兩個位點特異的探針檢測這些序列差異的位點，一個探針是為甲基化位點(M磁珠類型)設計的，而另一個是為未甲基化位點(U磁珠類型)設計的。探針的單堿基延伸摻入了一個標記的ddNTP，它隨后被熒光試劑染色。通過計算甲基化與未甲基化位點的熒光信號比例，可確定檢測位點的甲基化水平。Illumina公司早期推出的InfiniumHumanMethylation27BeadChip芯片覆蓋27,578個CpG位點。這款芯片在醫(yī)學領域有***的應用，除了和**相關的甲基化篩選之外，也能用于其他疾病相關甲基化檢測。因此對這款產(chǎn)品，研究者給予了很高的評價，目前此產(chǎn)品已停產(chǎn)，取而代之的是InfiniumHumanMethylation450BeadChip芯片。它以單堿基分辨率覆蓋了基因組中超過45萬個甲基化位點，實現(xiàn)了基因區(qū)域和CpG島的***覆蓋。此外，還包括CpG島之外的CpG位點，在人類干細胞中鑒定出的非CpG甲基化位點，以及**和正常組織中差異表達的甲基化位點等等。它的高覆蓋度、高通量以及低價格。
全基因組甲基化測序(WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS)是結合重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測序，對有參考基因組進行全基因組的單堿基分辨率的甲基化檢測“金標準”方案，***用于人、哺乳動物及農(nóng)林牧漁方向的高水平甲基化研究。WGBS滿足全基因組DNA甲基化圖譜及疾病關聯(lián)分析、基因調(diào)控分析、疾病的甲基化標志物篩選等探索性課題的研究。靈長類早期著床前胚胎發(fā)育中的DNA甲基化重編程研究——(團隊成員發(fā)表).(IF=)靈長類胚胎發(fā)生的關鍵表觀遺傳調(diào)控需要DNA甲基化重編程。我們首先建立了基于轉(zhuǎn)座酶的超微量WGBS測序技術，詳細研究了獼猴早期著床前胚胎7個階段(Sperm、Oocytes、Zygotes、2-cell、8-cell、Morula和ICM)的DNA甲基化動態(tài)變化過程。******闡明了DNA甲基化動力學的“盈與虧”階段特征，并通過DNA甲基轉(zhuǎn)移酶功能缺失實驗表明DNA甲基化影響早期猴胚胎發(fā)育。 在哺乳動物中CpG以兩種形式存在。
DNA甲基化作為表觀遺傳學研究的重要范疇，已經(jīng)越來越受到研究者的關注。近些年來，隨著DNA甲基化與組蛋白甲基化的聯(lián)合作用機制、RNA干擾機制及去甲基化機制的發(fā)現(xiàn)，使得DNA甲基化研究受到***關注，從醫(yī)學領域擴展到動植物研究當中，同時在研究方法上也取得了很大的突破。現(xiàn)在用于DNA甲基化檢測的方法大概有十多種，從應用上來分，大致可以分成兩類：全基因組甲基化分析及特異位點甲基化檢測。下面，我們就這兩大類檢測技術進行分析比較，以便于在實際的科研工作中進行選擇?；诟咄繙y序平臺的甲基化圖譜分析。廣東ATAC技術服務活動
RRBS開發(fā)的初衷就是為人和哺乳動物，提供全基因組范圍的、高性價比的甲基化檢測金標準方案。廣東焦磷酸測序技術服務服務
**預防和***的一個手段是通過去甲基化恢復某些關鍵的抑*基因或DNA修復基因的活性，目前研究**多的是DNMTs***劑，它通過***DNMT活性以逆轉(zhuǎn)異常的DNA甲基化。**個表型修飾藥物為5-azacytidine及其類似物5-aza-2'-deoxycytidine（5-aza-CdR），這類藥物已經(jīng)美國FDA批準用于白血病前骨髓增生異常綜合征的***。5-aza-CdR是胞嘧啶的類似物，在DNA復制過程中可以摻入到DNA鏈中，一方面它可以降低DNA接收甲基的能力，另一方面它***DNMT活性，導致DNA甲基化水平的降低。體外和體內(nèi)試驗均表明，5-aza-CdR具有降低超甲基化的抑*基因甲基化水平從而*****的能力，臨床表明應用5-aza-CdR可提高部分IV期小細胞肺*患者生存率，但該藥也存在著不可忽視的毒副作用（如特異性不強，不能針對某一特定抑*基因進行靶向***；高劑量的5-aza-CdR可能誘發(fā)**的轉(zhuǎn)移），因此其在臨床上的應用受到了很大限制。也有研究表明，低劑量的As2O3可起到***肝*的目的。 廣東焦磷酸測序技術服務服務