DNA甲基化修飾類型。5mc是表觀遺傳**重要的一種修飾，***存在于植物、動(dòng)物等真核生物基因組中，被譽(yù)為“第五堿基”；5hmc是***發(fā)現(xiàn)的一種修飾堿基，成為哺乳動(dòng)物的“第六堿基”；6mA在細(xì)菌、藻類及動(dòng)植物基因組中存在。1992年，F(xiàn)rommeretal.將重亞硫酸鹽處理結(jié)合測(cè)序進(jìn)行DNA甲基化檢測(cè)。從此，BisulfiteSequencing（BS）成為金標(biāo)準(zhǔn)方案。其特點(diǎn)是：?jiǎn)螇A基分辨率；結(jié)合測(cè)序。甲基化5mc檢測(cè)的金標(biāo)準(zhǔn)——BisulfiteSequencing。Wholegenomebisulfitesequencing,WGBS——DNA甲基化檢測(cè)**有力的工具。ImprovedReduceRepresentationBisulfiteSequencing,強(qiáng)化RRBS——高性價(jià)比DNA甲基化檢測(cè)方案。TargetedBisulfiteSequencing,高通量BSP——目標(biāo)位點(diǎn)/基因甲基化驗(yàn)證方案。 WGBS和RRBS都是金標(biāo)準(zhǔn)技術(shù), CNS發(fā)表文章都很多，廣發(fā)被接受。廣東焦磷酸測(cè)序技術(shù)服務(wù)服務(wù)
焦磷酸測(cè)序（Pyrosequencing）技術(shù)服務(wù)基于QIAGEN公司的PyroMarkQ96ID平臺(tái)，能提供基于序列測(cè)定的SNP檢測(cè)、等位基因頻率分析和甲基化檢測(cè)，雜合子缺失及細(xì)菌和病毒分型等技術(shù)服務(wù)。樣品要求·樣品類型細(xì)胞、新鮮組織或DNA樣品·樣品量細(xì)胞樣品請(qǐng)?zhí)峁┲辽?×106個(gè)細(xì)胞，組織樣品請(qǐng)?zhí)峁┲辽?00mg的組織塊或切片，DNA樣品請(qǐng)?zhí)峁?μg以上的DNA·樣品質(zhì)量基因組DNA無明顯降解，主帶清晰，大于23Kb，無明顯彌散。OD260/280值在～，濃度≥50ng/μl·樣品保存細(xì)胞樣品或新鮮組織塊（切成～50mg的小塊）可液氮凍存后，-80℃保存。DNA樣品可溶于乙醇或超純水中，-80℃保存。樣品保存期間避免反復(fù)凍融·樣品運(yùn)輸樣品置于ml凍存管中，封口膜封好，干冰運(yùn)輸。 陜西hMeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)專業(yè)服務(wù)DNA甲基化多發(fā)生在CpG二核苷酸中的胞嘧啶的5位碳原子。
Agilent平臺(tái)因?yàn)镸eDIP技術(shù)本身的特點(diǎn)，都不能到達(dá)單堿基的分辨率，而Illumina的Infinium和GoldenGate檢測(cè)技術(shù)卻做得到。Illumina的Infinium甲基化檢測(cè)技術(shù)來源與前期的SNP檢測(cè)，采用的是單堿基延伸的原理。分析利用兩個(gè)位點(diǎn)特異的探針檢測(cè)這些序列差異的位點(diǎn)，一個(gè)探針是為甲基化位點(diǎn)(M磁珠類型)設(shè)計(jì)的，而另一個(gè)是為未甲基化位點(diǎn)(U磁珠類型)設(shè)計(jì)的。探針的單堿基延伸摻入了一個(gè)標(biāo)記的ddNTP，它隨后被熒光試劑染色。通過計(jì)算甲基化與未甲基化位點(diǎn)的熒光信號(hào)比例，可確定檢測(cè)位點(diǎn)的甲基化水平。Illumina公司早期推出的InfiniumHumanMethylation27BeadChip芯片覆蓋27,578個(gè)CpG位點(diǎn)。這款芯片在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域有***的應(yīng)用，除了和**相關(guān)的甲基化篩選之外，也能用于其他疾病相關(guān)甲基化檢測(cè)。因此對(duì)這款產(chǎn)品，研究者給予了很高的評(píng)價(jià)，目前此產(chǎn)品已停產(chǎn)，取而代之的是InfiniumHumanMethylation450BeadChip芯片。它以單堿基分辨率覆蓋了基因組中超過45萬個(gè)甲基化位點(diǎn)，實(shí)現(xiàn)了基因區(qū)域和CpG島的***覆蓋。此外，還包括CpG島之外的CpG位點(diǎn)，在人類干細(xì)胞中鑒定出的非CpG甲基化位點(diǎn)，以及**和正常組織中差異表達(dá)的甲基化位點(diǎn)等等。它的高覆蓋度、高通量以及低價(jià)格。
全基因組甲基化測(cè)序(WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS)是結(jié)合重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測(cè)序，對(duì)有參考基因組進(jìn)行全基因組的單堿基分辨率的甲基化檢測(cè)“金標(biāo)準(zhǔn)”方案，***用于人、哺乳動(dòng)物及農(nóng)林牧漁方向的高水平甲基化研究。WGBS滿足全基因組DNA甲基化圖譜及疾病關(guān)聯(lián)分析、基因調(diào)控分析、疾病的甲基化標(biāo)志物篩選等探索性課題的研究。靈長(zhǎng)類早期著床前胚胎發(fā)育中的DNA甲基化重編程研究——(團(tuán)隊(duì)成員發(fā)表).(IF=)靈長(zhǎng)類胚胎發(fā)生的關(guān)鍵表觀遺傳調(diào)控需要DNA甲基化重編程。我們首先建立了基于轉(zhuǎn)座酶的超微量WGBS測(cè)序技術(shù)，詳細(xì)研究了獼猴早期著床前胚胎7個(gè)階段(Sperm、Oocytes、Zygotes、2-cell、8-cell、Morula和ICM)的DNA甲基化動(dòng)態(tài)變化過程。******闡明了DNA甲基化動(dòng)力學(xué)的“盈與虧”階段特征，并通過DNA甲基轉(zhuǎn)移酶功能缺失實(shí)驗(yàn)表明DNA甲基化影響早期猴胚胎發(fā)育。 在哺乳動(dòng)物中CpG以兩種形式存在。
DNA甲基化作為表觀遺傳學(xué)研究的重要范疇，已經(jīng)越來越受到研究者的關(guān)注。近些年來，隨著DNA甲基化與組蛋白甲基化的聯(lián)合作用機(jī)制、RNA干擾機(jī)制及去甲基化機(jī)制的發(fā)現(xiàn)，使得DNA甲基化研究受到***關(guān)注，從醫(yī)學(xué)領(lǐng)域擴(kuò)展到動(dòng)植物研究當(dāng)中，同時(shí)在研究方法上也取得了很大的突破?，F(xiàn)在用于DNA甲基化檢測(cè)的方法大概有十多種，從應(yīng)用上來分，大致可以分成兩類：全基因組甲基化分析及特異位點(diǎn)甲基化檢測(cè)。下面，我們就這兩大類檢測(cè)技術(shù)進(jìn)行分析比較，以便于在實(shí)際的科研工作中進(jìn)行選擇?；诟咄繙y(cè)序平臺(tái)的甲基化圖譜分析。廣東ATAC技術(shù)服務(wù)活動(dòng)
RRBS開發(fā)的初衷就是為人和哺乳動(dòng)物，提供全基因組范圍的、高性價(jià)比的甲基化檢測(cè)金標(biāo)準(zhǔn)方案。廣東焦磷酸測(cè)序技術(shù)服務(wù)服務(wù)
**預(yù)防和***的一個(gè)手段是通過去甲基化恢復(fù)某些關(guān)鍵的抑*基因或DNA修復(fù)基因的活性，目前研究**多的是DNMTs***劑，它通過***DNMT活性以逆轉(zhuǎn)異常的DNA甲基化。**個(gè)表型修飾藥物為5-azacytidine及其類似物5-aza-2'-deoxycytidine（5-aza-CdR），這類藥物已經(jīng)美國(guó)FDA批準(zhǔn)用于白血病前骨髓增生異常綜合征的***。5-aza-CdR是胞嘧啶的類似物，在DNA復(fù)制過程中可以摻入到DNA鏈中，一方面它可以降低DNA接收甲基的能力，另一方面它***DNMT活性，導(dǎo)致DNA甲基化水平的降低。體外和體內(nèi)試驗(yàn)均表明，5-aza-CdR具有降低超甲基化的抑*基因甲基化水平從而*****的能力，臨床表明應(yīng)用5-aza-CdR可提高部分IV期小細(xì)胞肺*患者生存率，但該藥也存在著不可忽視的毒副作用（如特異性不強(qiáng)，不能針對(duì)某一特定抑*基因進(jìn)行靶向***；高劑量的5-aza-CdR可能誘發(fā)**的轉(zhuǎn)移），因此其在臨床上的應(yīng)用受到了很大限制。也有研究表明，低劑量的As2O3可起到***肝*的目的。 廣東焦磷酸測(cè)序技術(shù)服務(wù)服務(wù)