重亞硫酸鹽處理結(jié)合測(cè)序是目前檢測(cè)甲基化的金標(biāo)準(zhǔn)。除了全基因組甲基化測(cè)序技術(shù)等研究手段，對(duì)于大樣本量甲基化研究來說，更需要靈活、有針對(duì)性的技術(shù)方案。NGS-BSP方法適合幾個(gè)到幾十個(gè)基因或者位點(diǎn)進(jìn)行大樣本甲基化測(cè)序或者驗(yàn)證項(xiàng)目，具有更快速的實(shí)驗(yàn)周期及低成本優(yōu)勢(shì)。技術(shù)優(yōu)勢(shì)高效靈活的目標(biāo)區(qū)域甲基化檢測(cè)的工具BSP和高通量測(cè)序完美結(jié)合，單堿基分辨率適合幾個(gè)到幾十個(gè)位點(diǎn)的大樣本驗(yàn)證項(xiàng)目適合所有動(dòng)物樣本、周期快、檢測(cè)位點(diǎn)靈活、性價(jià)比高科學(xué)方案設(shè)計(jì)從項(xiàng)目背景了解、協(xié)助方案設(shè)計(jì)、實(shí)驗(yàn)材料選取、建庫(kù)測(cè)序，到數(shù)據(jù)分析每個(gè)項(xiàng)目有特定的科學(xué)問題；需要專業(yè)、有價(jià)值的建議；科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì)及時(shí)高效的溝通；以保障高質(zhì)量研究成果樣本要求：基因組DNA:>=1ug(20個(gè)區(qū)域/位點(diǎn))；樣品濃度>30ng/ul；無RNA和蛋白污染建庫(kù)測(cè)序：測(cè)序策略：IlluminaHiSeq,PE150；測(cè)序深度：>。 基因組DNA冰袋或者干冰運(yùn)輸。上海技術(shù)服務(wù)經(jīng)驗(yàn)豐富
簡(jiǎn)化基因組甲基化測(cè)序(ReducedRepresentationBisulfiteSequencing,RRBS)是通過限制性酶切的方法富集基因組DNA上富含CCGG位點(diǎn)的片段，經(jīng)Bisulfite處理和高通量測(cè)序技術(shù)進(jìn)行基因組CpG富集區(qū)域內(nèi)的單堿基分辨率的甲基化測(cè)序。相對(duì)WGBS而言RRBS技術(shù)作為高性價(jià)比的甲基化測(cè)序方案，測(cè)序量大幅減少，在大規(guī)模臨床樣本研究中具有很不錯(cuò)的應(yīng)用價(jià)值。技術(shù)優(yōu)勢(shì)從項(xiàng)目背景了解、協(xié)助方案設(shè)計(jì)、實(shí)驗(yàn)材料選取、建庫(kù)測(cè)序，到數(shù)據(jù)分析，每個(gè)項(xiàng)目有特定的科學(xué)問題；需要專業(yè)、有價(jià)值的建議；科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì)；及時(shí)高效的溝通；以保障高質(zhì)量研究成果。信息分析基于簡(jiǎn)化基因組范圍的甲基化分析，數(shù)據(jù)質(zhì)控，5mCCalling，5mC在基因組、染色體、功能元件上的分布，多樣本甲基化差異聚類，差異甲基化DMR鑒定及相關(guān)基因的功能分析，結(jié)合項(xiàng)目背景和科學(xué)問題的數(shù)據(jù)亮點(diǎn)挖掘。 RRBS技術(shù)服務(wù)歡迎咨詢?cè)粕锾峁┘谆?wù)。
Hepatic
stellate cell transdifferentiation involves genome-wide remodeling of the DNA
methylation landscape. J Hepatol. 2016;64(3):661-73. (IF= 14.911)
肝星狀細(xì)胞(HSC)是導(dǎo)致肝纖維化發(fā)生和進(jìn)展的關(guān)鍵細(xì)胞類型。DNA羥甲基化與轉(zhuǎn)錄***有關(guān)，其模式在人類疾病中經(jīng)常發(fā)生改變。研究者采用簡(jiǎn)化基因組氧化-亞硫酸鹽測(cè)序(RRBS/oxRRBS)檢測(cè)靜止和******狀態(tài)的大鼠HSC細(xì)胞的5mC和5hmC水平，證實(shí)了5mC和5hmC在肝纖維化和HSC轉(zhuǎn)分化過程中的整體變化，表明DNA甲基化/羥甲基化是HSC***的關(guān)鍵步驟，可能會(huì)為支持纖維生成的分子事件帶來新的見解，并可能為疾病進(jìn)展提供生物標(biāo)志物以及潛在的新藥物靶點(diǎn)。
6mAIP-Seq送樣要求一、送樣類型基因組DNA、動(dòng)植物組織(包含藻類等)二、保存方式基因組DNA、動(dòng)植物組織(包含藻類)：放-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中長(zhǎng)期保存(1年以內(nèi))；保存期間避免反復(fù)凍融。三、運(yùn)輸條件1、基因組DNA：冰袋或者干冰運(yùn)輸；2、植物組織(包含藻類)：干冰運(yùn)輸，順豐陸運(yùn)（3-4天時(shí)間），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰；四、樣本量要求1、基因組DNA：不少于6ug1）提供樣本DNA完整性質(zhì)檢結(jié)果，例如瓊脂糖凝膠電泳或者Agilent2100電泳等；2）提取基因組DNA，要加RNA酶，去除RNA污染;3）提取基因組DNA，溶到TE或者elutionbuffer,避免溶解到純水；樣本體積不超過100ul;4）提供Qubit檢測(cè)濃度，基于OD值的檢測(cè)方法，例如NanoDrop,會(huì)嚴(yán)重高估濃度。2、植物組織(包含藻類)：1g以上;植物組織，不同組織，送樣量不同植物組織：從植物體上，取下新鮮組織，用清水將材料表面的灰塵或泥土沖洗干凈，吸干；取不少于1g葉片等組織，對(duì)于果實(shí)等含糖很高的組織，送樣前需要咨詢技術(shù)人員。3、動(dòng)物組織：30mg以上用預(yù)冷的1×PBS溶液洗掉組織表面殘留的血液；取不少于30mg（1/2綠豆大小）組織塊，放置-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中長(zhǎng)期保存(1年以內(nèi))。 DNA甲基化作為表觀遺傳學(xué)研究的重要范疇。
焦磷酸測(cè)序(Pyrosequencing)隨著技術(shù)的不斷改進(jìn)，現(xiàn)在認(rèn)為焦磷酸測(cè)序技術(shù)（Pyrosequencing）是甲基化檢測(cè)新的金標(biāo)準(zhǔn)。焦磷酸測(cè)序作為一種新的序列分析技術(shù)，能夠快速地檢測(cè)甲基化的頻率，對(duì)樣品中的甲基化位點(diǎn)進(jìn)行定性及定量檢測(cè)，為甲基化研究提供了新的途徑。在序列延伸過程中，根據(jù)C和T的摻入量來定量確定單個(gè)位點(diǎn)的C-T比例。因此，不同位點(diǎn)的甲基化變異就能被準(zhǔn)確檢測(cè)，并給出精確的甲基化程度的數(shù)據(jù)。QIAGEN公司在焦磷酸測(cè)序的應(yīng)用上具有明顯的優(yōu)勢(shì)，目前提供三種焦磷酸測(cè)序儀器，通量由低到高，適合不同的應(yīng)用。PyroMarkQ24的強(qiáng)項(xiàng)在于可對(duì)多達(dá)24個(gè)樣品進(jìn)行焦磷酸測(cè)序。需要大樣品量的應(yīng)用更適合在PyroMarkQ96ID上進(jìn)行。在考慮到處理成百上千個(gè)樣品所需的大量試劑時(shí)，運(yùn)行通量**化可能會(huì)使實(shí)驗(yàn)成本變得很高。而PyroMarkQ96MD裝有一臺(tái)高度靈敏的光檢測(cè)攝像頭，可以在減少試劑量的情況下對(duì)少量的DNA模板進(jìn)行準(zhǔn)確測(cè)序。這些不同平臺(tái)的推出，對(duì)于我們實(shí)際研究提供了更有效的檢測(cè)手段。 云生物提供測(cè)序服務(wù)。850K芯片技術(shù)服務(wù)怎么樣
850K芯片為半金標(biāo)準(zhǔn)，價(jià)格低，分析簡(jiǎn)單，較為適合EWAS類型的課題。上海技術(shù)服務(wù)經(jīng)驗(yàn)豐富
雖然焦磷酸測(cè)序可以進(jìn)行單個(gè)位點(diǎn)甲基化程度的精確定量，但是目前來看，測(cè)序的片段長(zhǎng)度還比較短，只有一百多bp，其中有效長(zhǎng)度約為60bp。以上是對(duì)幾種常用的特異位點(diǎn)甲基化檢測(cè)方法進(jìn)行了介紹及比較，還有一些檢測(cè)技術(shù)是在常用的檢測(cè)手段上進(jìn)行優(yōu)化或者將不同的方法進(jìn)行結(jié)合應(yīng)用，比如以MSP方法為基礎(chǔ)，發(fā)展了SMART-MSP技術(shù)，該技術(shù)利用定量技術(shù)對(duì)MSP擴(kuò)增過程進(jìn)行檢測(cè)，同時(shí)后續(xù)結(jié)合HRM技術(shù)來分析甲基化差異。此外，利用質(zhì)譜平臺(tái)進(jìn)行甲基化檢測(cè)的有MALDI-TOF技術(shù)，可以對(duì)甲基化進(jìn)行精確檢測(cè)并能進(jìn)行高通量篩選。從對(duì)這些技術(shù)的比較分析來看，沒中檢測(cè)技術(shù)都有各自的優(yōu)點(diǎn)，并也存在一定的局限性，研究者可以根據(jù)自己的實(shí)際研究情況進(jìn)行選擇。在特異甲基化位點(diǎn)檢測(cè)上，能夠提供BSP、HRM及焦磷酸測(cè)序三種技術(shù)的完整的檢測(cè)服務(wù)，具有豐富的經(jīng)驗(yàn)，幫助客戶加速甲基化研究進(jìn)程。 上海技術(shù)服務(wù)經(jīng)驗(yàn)豐富