cfDNA，cellfreeDNA，就是血液中游離的自身DNA，這些DNA多是從身體的細(xì)胞或者白血球破裂釋放出來的，基本上都是無害的，不用多久會(huì)被自身清理掉。不過值得一提的是，當(dāng)孕婦懷孕的時(shí)候，胎兒的DNA也會(huì)同時(shí)釋放到母親的血液里頭去，這是當(dāng)前火熱的無創(chuàng)唐氏篩查的基礎(chǔ)。通過抽取母親的外周血測序分析其中的游離DNA就可以判斷胎兒是否存在整個(gè)染色體或者大片段DNA的變異。有研究已經(jīng)證實(shí)，**患者外周血中的cfDNA總量，要高于健康人。通過這一點(diǎn)，雖然不能武斷的說cfDNA能成為**標(biāo)志物，但是cfDNA的含量增多，能起到一個(gè)較好的提示作用，作為一個(gè)初篩的手段?；赾fDNA的液態(tài)活檢中，盡管ctDNA在**診斷中的應(yīng)用是當(dāng)下cfDNA*****，研究**深入的分支。但是，cfDNA作為液態(tài)活檢，不只是局限于**學(xué)。例如，有研究報(bào)道對(duì)于接受***移植手術(shù)的病人，可以通過監(jiān)測術(shù)后外周血中具有捐獻(xiàn)者基因特征，片段化的cfDNA含量變化，來評(píng)估移植***的排斥情況。 基于高通量測序平臺(tái)的甲基化圖譜分析。RIP-seq技術(shù)服務(wù)售后分析
Hepatic
stellate cell transdifferentiation involves genome-wide remodeling of the DNA
methylation landscape. J Hepatol. 2016;64(3):661-73. (IF= 14.911)
肝星狀細(xì)胞(HSC)是導(dǎo)致肝纖維化發(fā)生和進(jìn)展的關(guān)鍵細(xì)胞類型。DNA羥甲基化與轉(zhuǎn)錄***有關(guān)，其模式在人類疾病中經(jīng)常發(fā)生改變。研究者采用簡化基因組氧化-亞硫酸鹽測序(RRBS/oxRRBS)檢測靜止和******狀態(tài)的大鼠HSC細(xì)胞的5mC和5hmC水平，證實(shí)了5mC和5hmC在肝纖維化和HSC轉(zhuǎn)分化過程中的整體變化，表明DNA甲基化/羥甲基化是HSC***的關(guān)鍵步驟，可能會(huì)為支持纖維生成的分子事件帶來新的見解，并可能為疾病進(jìn)展提供生物標(biāo)志物以及潛在的新藥物靶點(diǎn)。 RIP-seq技術(shù)服務(wù)售后分析提供樣本DNA完整性質(zhì)檢結(jié)果。
N6-甲基脫氧腺苷(6mA)是原核生物和真核生物的DNA修飾類型之一，在細(xì)菌、藻類及植物基因組中***存在，在DNA錯(cuò)配修復(fù)、染色體分離和毒力調(diào)節(jié)中發(fā)揮作用。6mA免疫沉淀測序(6mA-IPSeq)通過特異性抗體富集6mA甲基化的DN**段，然后結(jié)合高通量測序技術(shù)在全基因組水平上以較小的數(shù)據(jù)量，快速、高效地尋找6mA甲基化區(qū)域。技術(shù)優(yōu)勢全基因組范圍鑒定6mA甲基化修飾區(qū)域技術(shù)方法適合所有物種(一般推薦藻類及植物)科學(xué)方案設(shè)計(jì)從項(xiàng)目背景了解、協(xié)助方案設(shè)計(jì)、實(shí)驗(yàn)材料選取、建庫測序，到數(shù)據(jù)分析每個(gè)項(xiàng)目有特定的科學(xué)問題；需要專業(yè)、有價(jià)值的建議；科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì)及時(shí)高效的溝通；以保障高質(zhì)量研究成果樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>50ng/ul；無RNA和蛋白污染建庫測序：測序策略：IlluminaHiSeq,PE150。
亞硫酸鹽結(jié)合測序是DNA甲基化檢測的“金標(biāo)準(zhǔn)”方案。除了全基因組甲基化測序等研究手段，對(duì)于目標(biāo)基因/位點(diǎn)檢測或者轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)應(yīng)用研究來說，需要靈活的靶向甲基化測序方案。BSP(BisulfiteSequencingPCR)結(jié)合高通量測序的TargetBisulfiteSequencing滿足幾個(gè)到上百個(gè)基因/位點(diǎn)的驗(yàn)證需求,具有高通量、低成本的優(yōu)勢,***用于臨床大樣本多位點(diǎn)的甲基化biomarker篩選及高水平文章甲基化驗(yàn)證環(huán)節(jié)。微生物定植對(duì)腸道免疫和代謝相關(guān)基因DNA甲基化的影響——團(tuán)隊(duì)成員發(fā)表.(IF=)我們以早產(chǎn)幼豬為模型，利用RRBS測序比較正常(n=7)和口服***(n=7)的腸道DNA甲基化差異，發(fā)現(xiàn)與先天免疫應(yīng)答、吞噬和代謝等相關(guān)基因的DNA甲基化和表達(dá)存在***的差異，并通過高通量BSP測序?qū)GFL7、LBP8、PTPRE差異甲基化基因進(jìn)行了驗(yàn)證。 高通量BSP測序結(jié)果多種展示形式。
RIP-seqRNAImmunoprecipitation是研究細(xì)胞內(nèi)蛋白與RNA相互作用的技術(shù)，是了解轉(zhuǎn)錄后調(diào)控網(wǎng)絡(luò)動(dòng)態(tài)過程的有力工具，能更有效地發(fā)現(xiàn)miRNA的調(diào)節(jié)靶點(diǎn)。這種技術(shù)運(yùn)用針對(duì)目標(biāo)蛋白的抗體把相應(yīng)的RNA-蛋白復(fù)合物沉淀下來，然后經(jīng)過分離純化就可以對(duì)結(jié)合在復(fù)合物上的RNA進(jìn)行測序分析。RIP可以看成是普遍使用的染色質(zhì)免疫沉淀RIP技術(shù)的類似應(yīng)用，但由于研究對(duì)象是RNA-蛋白復(fù)合物而不是DNA-蛋白復(fù)合物，因此RIP實(shí)驗(yàn)的優(yōu)化條件與ChIP實(shí)驗(yàn)并不相同。RIP實(shí)驗(yàn)下游結(jié)合二代測序技術(shù)稱為RIP-seq，通過高通量測序和分析，深度解析與目標(biāo)蛋白相互結(jié)合的RNA的區(qū)域或種類和相互作用強(qiáng)弱。應(yīng)用領(lǐng)域1.高效獲取蛋白所結(jié)合的RNA，在全轉(zhuǎn)錄組范圍得到與蛋白有相互作用的RNA，包括mRNA、lncRNA、circRNA、microRNA。2.準(zhǔn)確獲取蛋白結(jié)合RNA的特征，通過RNA結(jié)合區(qū)域的富集得到蛋白結(jié)合的RNA位置。3.通過motif分析獲取蛋白結(jié)合序列的偏好性。技術(shù)優(yōu)勢***的確定蛋白質(zhì)在細(xì)胞自然狀態(tài)下與RNA結(jié)合的研究手段，可以有效的鑒定一個(gè)蛋白是否是RNA結(jié)合蛋白以及RNA結(jié)合蛋白與哪些RNA直接作用，并確定其結(jié)合位點(diǎn)。，得知相互作用RNA的類型。，可通過分析可得知與蛋白作用的RNA序列。 不同的芯片平臺(tái)，各自的實(shí)驗(yàn)過程也是不一樣的。浙江h(huán)MeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)歡迎咨詢
甲基化驗(yàn)證方案是TBS。RIP-seq技術(shù)服務(wù)售后分析
**預(yù)防和***的一個(gè)手段是通過去甲基化恢復(fù)某些關(guān)鍵的抑*基因或DNA修復(fù)基因的活性，目前研究**多的是DNMTs***劑，它通過***DNMT活性以逆轉(zhuǎn)異常的DNA甲基化。**個(gè)表型修飾藥物為5-azacytidine及其類似物5-aza-2'-deoxycytidine（5-aza-CdR），這類藥物已經(jīng)美國FDA批準(zhǔn)用于白血病前骨髓增生異常綜合征的***。5-aza-CdR是胞嘧啶的類似物，在DNA復(fù)制過程中可以摻入到DNA鏈中，一方面它可以降低DNA接收甲基的能力，另一方面它***DNMT活性，導(dǎo)致DNA甲基化水平的降低。體外和體內(nèi)試驗(yàn)均表明，5-aza-CdR具有降低超甲基化的抑*基因甲基化水平從而*****的能力，臨床表明應(yīng)用5-aza-CdR可提高部分IV期小細(xì)胞肺*患者生存率，但該藥也存在著不可忽視的毒副作用（如特異性不強(qiáng)，不能針對(duì)某一特定抑*基因進(jìn)行靶向***；高劑量的5-aza-CdR可能誘發(fā)**的轉(zhuǎn)移），因此其在臨床上的應(yīng)用受到了很大限制。也有研究表明，低劑量的As2O3可起到***肝*的目的。 RIP-seq技術(shù)服務(wù)售后分析