杭州高通量測序空間轉錄組測序服務

來源: 發(fā)布時間:2022-09-11

已發(fā)表的關于空間轉錄組技術有Slide-seq,LCM-seq,seqFISH,MERFISH,Liversinglecellzonation,Geo-seqandTomo-seq。這些方法或是在細胞數(shù)量上限制較大,或是存在有效測序深度不足等問題。10xGenomics公司提供的Visium空間基因表達解決方案是目前一個高通量空間轉錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案可以輕松地將空間轉錄組學技術應用到組織切片和染色的標準方法中,從而研究空間分辨率下整個轉錄組mRNA的表達情況,同時在同一組織切片中獲得組織學相關信息。空間轉錄組測序因其強大的探究疾病--細胞--基因的關系,一度成為高通量測序技術的“天花板”。杭州高通量測序空間轉錄組測序服務

當前的技術主要有四種策略:1、基于組學實驗結合空間重建的計算策略這種計算方法可以充分利用內在基因表達模式或共表達的趨勢,從單個細胞的大量轉錄組數(shù)據(jù)中重構細胞間的環(huán)境。然而,這些推論方法在某些情況下只呈現(xiàn)空間趨勢或特定組織的總體布局。2激光切割與NGS測序結合的策略基于LCM的轉錄組學或基因組學成功地獲得了單個細胞的空間轉錄組,盡管其通量很低,但是在可以標記成千上萬個單個細胞位買的多路復用條形碼策路可行之前,將少量細胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構成組織的巨大背景中,可能具有一定價值。3、基于熒光物質原位的轉錄組學基于圖像的原位轉錄組學在很大程度上增加了可檢測區(qū)域,但也存在一些問題,例如幾種smFISH方法很難從包括信號干擾、轉錄本積累等復雜背景中提取單個細胞。4、基于身核苷酸的空間條碼加上NGS測序。無錫BD空間轉錄組測序服務自主研發(fā)PanoCell單細胞實驗測序平臺。

烈冰配置了LEICA CM1950冷凍切片機,搭配切片經驗豐富的實驗團隊,可以提供一致性更高、實驗操作更精細的冷凍切片準備方案,保持密切高效的溝通,設計更適合的實驗方案,確保每一個實驗細節(jié)有效進行;烈冰升級配置尼康相差顯微鏡和CCD成像系統(tǒng),更高清分辨率解析組織切片原始圖像信息,10X,20X,40X,60X更多物鏡選擇,為不同大小的樣本提供更清晰的圖像,更精細的圖像信息采集、拼接策略,為樣本內微小區(qū)域的組織學提供更清晰的影像;

其實,空間轉錄組的概念早就已經存在了,目前已經發(fā)表的空間轉錄組技術有Slide-seq,LCM-seq,seqFISH,MERFISH,Liversinglecellzonation,Geo-seqandTomo-seq。但是這些方法存在操作復雜、檢測精度不準確、基因和細胞檢測量的限制等問題。10xGenomics公司升級spatialTranscriptomic后推出的Visium空間基因表達解決方案是一款商業(yè)化的高精度、高通量空間轉錄組測序方案。烈冰科技自2020年起,國內率先搭建空間轉錄組測序服務平臺,聯(lián)合上線單細胞核轉錄組測序、AbSeq、單細胞TCR-Seq、單細胞ATAC-Seq(ARCHR測序)、空間轉錄組測序產品結合scRNA-Seq服務,多組學聯(lián)合助力科研人員探索時空等多維度、多角度的動態(tài)變化的生物學信息。烈冰生物為您提供貼心的單細胞研究完整解決方案!測序可準確地分析基因表達差異、基因結構變異、篩選分子標記(SNPs或SSR)等生命科學重要問題。

空間轉錄組測序的關鍵就在于,解決了空間位置保留的問題。被放置在芯片區(qū)域內的冰凍組織切片在經過H&E染色和成像記錄后,會被進行透化處理,釋放細胞中的RNA。芯片上的捕獲引物的中段設置了帶有獨特標識的條形碼區(qū)域。芯片被劃分為了數(shù)個不同的捕獲區(qū)域,每個捕獲區(qū)域中錨定的引物都帶有不同的條形碼序列。每個區(qū)域對應的組織位置會被記錄下來,然后再進行測序后,通過條形碼將不同區(qū)域的測序結果,映射到對應的組織位置上,拼貼形成組織樣品的空間轉錄組圖像。烈冰對于一個細胞群體中的每個細胞單獨進行建庫測序分析。杭州高通量測序空間轉錄組測序服務

烈冰專精空間轉錄組測序領域。杭州高通量測序空間轉錄組測序服務

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