廣州BD VDJ單細胞實驗服務(wù)

根據(jù)烈冰多年單細胞測序服務(wù)經(jīng)驗，為什么不建議您一味的追求高細胞數(shù)量的捕獲：單細胞測序所有的分析都是基于細胞聚類進行，而細胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后，獲得細胞基因表達譜，通過降維（pca），無監(jiān)督聚類以及可視化（t-SNE）得到的。進行細胞聚類時需要考慮到每個細胞的基因表達模式，因此即使是相同的數(shù)據(jù)，在剔除幾個細胞的情況下，前后獲得的聚類圖也會出現(xiàn)明顯不同。而當(dāng)細胞捕獲數(shù)過多時，無論是假陰性和假陽性數(shù)據(jù)還是多細胞數(shù)據(jù)，都會對正常細胞聚類產(chǎn)生影響，造成聚類結(jié)果失真。這也是很多文章，特別是很多高分文章，為什么單個樣本捕獲細胞數(shù)在2000-3000的原因了。烈冰建議單個樣本捕獲細胞數(shù)在3000-5000個時，數(shù)據(jù)量在100G左右時，可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求。搭建多種測序數(shù)據(jù)的生物信息分析平臺，5000+項目檢驗，真實可信賴。廣州BD VDJ單細胞實驗服務(wù)

烈冰生物單細胞測序服務(wù)，為您提供可視化質(zhì)控系統(tǒng)，保證每次實驗的可靠性：BDRhapsody掃描儀具有直接成像功能，可在工作流程的不同階段進行質(zhì)量控制，如細胞捕獲率和細胞多態(tài)率（雙細胞率）。成像儀指標可以確認起始細胞樣本的質(zhì)量，并確認微孔板工作流程中每個步驟的成功完成狀態(tài)；在細胞裂解前的步驟中評估細胞活性；并對通過測序確定的細胞回收量進行可靠估算。利用這些信息，在進行高成本的下游測序之前，用戶可根據(jù)需要改變方向并解決實驗中遇到的問題。這些指標允許用戶對不同工作日間的或者不同研究中心間的工作流程性能進行跟蹤。西安scRNA單細胞服務(wù)機構(gòu)烈冰全線實驗平臺滿足超深度、大規(guī)模發(fā)現(xiàn)和復(fù)雜疾病研究的測序。

針對單細胞測序的細胞數(shù)量判斷環(huán)節(jié)：主要是對細胞數(shù)量、基因表達量、測序質(zhì)量進行整體描述。過濾標準：由于細胞破碎后游離RNA會釋放到環(huán)境或孔中，并且測序中也會存在一些死細胞，導(dǎo)致數(shù)據(jù)存在background值。因此，我們需要設(shè)定一定的標準來過濾掉假細胞或死細胞。以10×Genomics為例，細胞數(shù)量判斷主要通過分析UMICounts-Barcode曲線斜率拐點，當(dāng)存在多個斜率拐點的時候，結(jié)合預(yù)期UMI=500時的細胞數(shù)量進行過濾。當(dāng)斜率拐點低于UMI=500的時候，選擇UMI=500作為細胞的判斷的標準；否則，選擇和預(yù)期細胞數(shù)量接近的拐點作為細胞判斷的位置。這樣我們能夠有效獲得真實的并且在基因數(shù)量上可以分析的數(shù)據(jù)。

烈冰生物BD Rhapsody平臺，采用精簡的工作流程助力您的實驗成功： 1.制備單細胞懸液：可使用碧迪醫(yī)療單細胞多樣本分析試劑盒和 /或BD Ab-seq寡核苷酸偶聯(lián)抗體( Ab-Oligos)將細胞染色 2.微孔板預(yù)充和處理:使用自動移液器進行液體交換 3.單細胞捕獲工作流程: (1)細胞上樣:上樣 575微升細胞懸液；系統(tǒng)未采用微流體通道設(shè)計，無需擔(dān)心通道堵寨；通過重力輕輕沉淀細胞，可捕獲脆弱細胞，BD Rhapsody微孔板包含大于220,000個分區(qū)，可在低雙細胞率下捕獲多達40000個細胞 (2)細胞上樣掃描：估算捕獲的活細胞數(shù)量和細胞多態(tài)率 (3)磁珠上樣：微孔的正六邊形幾何形狀和尺寸可防止磁珠多重分配在微孔中 (4)磁珠上樣和磁珠洗滌掃描：估算包含活細胞和磁珠的微孔數(shù)量；測定細胞存留率，評估是否發(fā)生細胞損失 (5)細胞裂解：使用裂解緩沖液，確保細胞完全裂解 (6)磁珠回收：輕松、高效地磁性回收磁珠并采用Scanner掃描磁珠回收情況單細胞測序是高通量測序下的又一重大技術(shù)突破。

烈冰生物單細胞測序服務(wù)體系，不僅提供10XGenomics和BDRhapsody兩大國際認可的單細胞實驗平臺，在“附加”產(chǎn)品上，我們提供BDFACSMelody流式細胞儀，滿足您對特殊細胞類型的富集需求，自主研發(fā)的Panocell單細胞捕獲芯片，可兼容BD平臺全套原裝磁珠、試劑和protocol,為您提供完整的單細胞多組學(xué)解決方案。從細胞多樣本分析和染色所需的試劑到檢測試劑盒，生物信息分析工具，和在線大數(shù)據(jù)分析系統(tǒng)、精簡方案和專業(yè)團隊技術(shù)支持，烈冰生物可為您提供用于單細胞多組學(xué)甚至到空間轉(zhuǎn)錄組測序的各種工具，助您加速科研探索之旅。豐富的測序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗，烈冰配套全程個性化、定制化地數(shù)據(jù)分析服務(wù)。青島BD單細胞測序服務(wù)公司

烈冰實驗室包含從樣本處理到測序下機的全套實驗平臺。廣州BD VDJ單細胞實驗服務(wù)

多樣本數(shù)據(jù)合并：FractionofReadsKept：合并樣本時，各樣本根據(jù)MappedBarcodedReadsperCell數(shù)量計算出來的數(shù)據(jù)利用率。如果各樣本間該參數(shù)值相差很大，需要進行Downsample處理，以數(shù)據(jù)量少的樣本為基準將不同樣本中細胞測序深度標化到同一水平，從而避免因測序深度差異導(dǎo)致的基因檢測數(shù)量、基因表達水平的差異。烈冰科技自主研發(fā)的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù)，深度解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果，深入挖掘其背后的生物學(xué)意義；從操作便捷、結(jié)果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細胞研究，加速科研進程！廣州BD VDJ單細胞實驗服務(wù)

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