重慶高通量測(cè)序單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序服務(wù)

單細(xì)胞測(cè)序結(jié)果動(dòng)輒上百G數(shù)據(jù)量，龐大的數(shù)據(jù)對(duì)于分析平臺(tái)和分析能力有著很高的要求，首先針對(duì)下機(jī)數(shù)據(jù)的質(zhì)控環(huán)節(jié)：?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序產(chǎn)生數(shù)億的結(jié)果序列，不可避免的會(huì)出現(xiàn)低質(zhì)量的測(cè)序結(jié)果，存在各種情況的序列污染。因此序列過濾及質(zhì)量評(píng)估就會(huì)變得極為重要。序列質(zhì)量主要通過測(cè)序質(zhì)量值Q20/Q30的占比來表征，即堿基測(cè)序結(jié)果的錯(cuò)誤率在1%/0.1%以下的比例。理想的測(cè)序結(jié)果reads的堿基質(zhì)量均高于30。保證數(shù)據(jù)獲得后第一步的處理結(jié)果的準(zhǔn)確性，為后續(xù)細(xì)胞類型鑒定準(zhǔn)確和功能分析打下堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。分子檢測(cè)型單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序技術(shù)中也有一些集 中于探究單細(xì)胞內(nèi)表觀遺傳組各層面的變化及關(guān)聯(lián)。重慶高通量測(cè)序單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序服務(wù)

細(xì)胞是構(gòu)成生命的基礎(chǔ)單元，迅速發(fā)展的單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)為在單細(xì)胞層面研究細(xì)胞功能及其背后的基因調(diào)控機(jī)制提供了重要的技術(shù)手段，單細(xì)胞測(cè)序可用于檢測(cè)多種不同的組學(xué)種類，包括轉(zhuǎn)錄組、染色質(zhì)開放組、DNA甲基化組、組蛋白修飾組等等，對(duì)不同組學(xué)技術(shù)產(chǎn)生的數(shù)據(jù)進(jìn)行整合分析有助于更地刻畫細(xì)胞內(nèi)的基因調(diào)控狀態(tài)、揭示調(diào)控機(jī)制。然而，與傳統(tǒng)的bulk數(shù)據(jù)相比，單細(xì)胞數(shù)據(jù)具有規(guī)模大、噪聲高、異構(gòu)性強(qiáng)等特點(diǎn)，如何通過開發(fā)新的計(jì)算方法實(shí)現(xiàn)對(duì)這些寶貴數(shù)據(jù)的有效利用已成為當(dāng)今生物信息學(xué)領(lǐng)域關(guān)注的重點(diǎn)與熱點(diǎn)。北京scRNA單細(xì)胞多組學(xué)平臺(tái)單細(xì)胞多組學(xué)可從整體層面快速有效地探尋疾病發(fā)生、發(fā)展的根本原因或藥物作用靶點(diǎn)等信息。

基因測(cè)序是基因檢測(cè)的方法之一，其又叫基因譜測(cè)序，是國(guó)際上公認(rèn)的一種基因檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)。高通量測(cè)序技術(shù)是對(duì)傳統(tǒng)測(cè)序一次顛覆性的改變，一次對(duì)幾十萬到幾百萬條核酸序列進(jìn)行測(cè)定，被稱為下一代測(cè)序技術(shù)(nextgenerationsequencing)，足見其劃時(shí)代的改變，同時(shí)高通量測(cè)序使得對(duì)一個(gè)物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行細(xì)致全貌的分析成為可能，所以又被稱為深度測(cè)序(deepsequencing)。基因測(cè)序相關(guān)產(chǎn)品和技術(shù)已由實(shí)驗(yàn)室研究逐漸演變到臨床應(yīng)用，可以說，基因測(cè)序技術(shù)將是下一個(gè)改變世界的技術(shù)。

冰凍切片的空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序在RNA捕獲、文庫構(gòu)建方面，需要將組織切片貼合在帶有mRNA結(jié)合捕獲探針的載玻片上，通過甲醛固定、H&E染色得到組織切片的形態(tài)結(jié)構(gòu)。再進(jìn)行透化處理，使細(xì)胞中的mRNA釋放，并結(jié)合到芯片相鄰的捕獲探針上。將捕獲的mRNA反轉(zhuǎn)錄合成cDNA并構(gòu)建測(cè)序文庫進(jìn)行上機(jī)測(cè)序，從而獲取基因表達(dá)信息?？傮w來說，空間轉(zhuǎn)錄組的實(shí)驗(yàn)流程包括：組織凍存-OCT包埋-冷凍切片-固定染色-組織透化-cDNA合成及建庫-上機(jī)測(cè)序，而需要客戶進(jìn)行樣本準(zhǔn)備的步驟相對(duì)簡(jiǎn)單：組織凍存與OCT包埋。烈冰專精單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序領(lǐng)域。

空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的數(shù)據(jù)分析基本分為三個(gè)階段：1.數(shù)據(jù)的預(yù)處理部分；2.Spot點(diǎn)陣的分群與定義；3.Spot分群的功能與生物學(xué)價(jià)值。每一個(gè)部分都不可或缺，其結(jié)果都對(duì)后續(xù)的分析結(jié)果有重要影響。由于空間轉(zhuǎn)錄組的序列結(jié)構(gòu)與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的左端序列結(jié)構(gòu)是非常接近的，都是Cellbarcode/SpotBarcode+UMI+捕獲區(qū)域這樣的設(shè)計(jì)。右端普遍為捕獲的RNA序列。因此采用單細(xì)胞的原始數(shù)據(jù)過濾策略即可，左端可以考慮切下捕獲區(qū)域前的序列區(qū)域作為后續(xù)分析用的序列以減少分析負(fù)荷。隨后，采用10X官方的Spatialranger的策略進(jìn)行后續(xù)分析，解析出位于空間位置中的有效的Spot表達(dá)矩陣。單細(xì)胞多組學(xué)對(duì)不同組學(xué)技術(shù)產(chǎn)生的數(shù)據(jù)進(jìn)行整合分析有助于更刻畫細(xì)胞內(nèi)的基因調(diào)控狀態(tài)、揭示調(diào)控機(jī)制。武漢高通量測(cè)序單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)支持

功能研究型單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序技術(shù)結(jié)合了CRISPR基因編輯技術(shù), 深度挖掘基因表達(dá)調(diào)控與細(xì)胞功能。重慶高通量測(cè)序單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序服務(wù)

轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)都是獲得基因表達(dá)情況的重要工具，從生物學(xué)角度上看，轉(zhuǎn)錄組表示了基因表達(dá)的中間狀態(tài)，可以反映諸如轉(zhuǎn)錄調(diào)控、轉(zhuǎn)錄后調(diào)控的機(jī)理；而蛋白質(zhì)是生物體直接的功能執(zhí)行者，因而對(duì)其表達(dá)水平的研究有著不可替代的優(yōu)勢(shì)。要探究生物體疾病機(jī)理、脅迫機(jī)制，精確研究重要基因的表達(dá)模式和調(diào)控機(jī)理，只有聯(lián)合轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白組學(xué)表達(dá)量數(shù)據(jù)對(duì)生物樣本進(jìn)行系統(tǒng)研究，才能真正觀察到mRNA-蛋白質(zhì)關(guān)聯(lián)性，進(jìn)而從整體上解釋生物學(xué)問題。重慶高通量測(cè)序單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序服務(wù)

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