寧波烈冰科技空間轉(zhuǎn)錄組平臺(tái)

空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的數(shù)據(jù)質(zhì)量和玻片有效區(qū)域的利用率、貼片的質(zhì)量和透化時(shí)間息息相關(guān)。貼片質(zhì)量不良會(huì)影響總的有效spot數(shù)等；而透化不合理會(huì)導(dǎo)致spot的reads數(shù)、基因中位數(shù)等參數(shù)。而在特異性基因表達(dá)方面，我們也可以統(tǒng)計(jì)空間轉(zhuǎn)錄組群體的特異性基因表達(dá)即Markergene，將他們?cè)诮M織切片以及空轉(zhuǎn)上進(jìn)行著色。我們也可以對(duì)于任意一個(gè)已知的基因或者數(shù)據(jù)庫(kù)中的一些細(xì)胞Marker，然后將其在基因表達(dá)在空間轉(zhuǎn)錄組的切片以及HE染色上展示自己的基因表達(dá)進(jìn)而了解，群體中的可能的細(xì)胞組成關(guān)系。烈冰科技已建立了基于空間轉(zhuǎn)錄組的高通量測(cè)序?qū)嶒?yàn)多平臺(tái)。寧波烈冰科技空間轉(zhuǎn)錄組平臺(tái)

基于橋式PCR技術(shù)的簇生成可以將模版鏈迅速擴(kuò)增成千上萬(wàn)倍，保證過(guò)程中足夠的測(cè)序深度。測(cè)序時(shí)使用特殊標(biāo)記的dNTP：1）堿基上通過(guò)敏感鍵修飾上不同的熒光基團(tuán)，用于區(qū)分ATCG；2）3端使用疊氮基團(tuán)封閉，保證一次循環(huán)只上一個(gè)dNTP。每一輪循環(huán)結(jié)束時(shí)，會(huì)通過(guò)高速熒光顯微鏡記錄熒光圖像，再通入試劑除去熒光基團(tuán)和疊氮基團(tuán)，開(kāi)啟下一循環(huán)。通過(guò)分析讀取同一位點(diǎn)的熒光，實(shí)時(shí)獲取模版鏈的堿基序列。由于過(guò)程中使用的化學(xué)反應(yīng)并不可控，隨著循環(huán)數(shù)的增大會(huì)出現(xiàn)不同步的情況，因此Illumina的讀長(zhǎng)只能限制在200bp左右。杭州高通量測(cè)序空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可視化搭建多種測(cè)序數(shù)據(jù)的生物信息分析平臺(tái)，5000+項(xiàng)目檢驗(yàn)，真實(shí)可信賴(lài)。

空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)流程：1、組織優(yōu)化由于不同物種、組織來(lái)源的樣本所需的比較好透化時(shí)間不盡相同，在正式開(kāi)展空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序?qū)嶒?yàn)前，需要利用組織優(yōu)化kit進(jìn)行條件的摸索。組織優(yōu)化芯片上包含8個(gè)捕獲區(qū)域，每個(gè)區(qū)域均覆蓋了熒光標(biāo)記探針，可捕獲mRNA形成帶有熒光標(biāo)簽的cDNA，隨即可通過(guò)熒光成像結(jié)果判定比較好透化時(shí)間及組織優(yōu)化條件。2、空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序確定組織優(yōu)化條件后，即可進(jìn)行切片、H&E染色及成像、空間轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)構(gòu)建及測(cè)序分析流程。

當(dāng)組織冷凍切片附在帶有spatialbarcode的空間轉(zhuǎn)錄組芯片上時(shí)，通過(guò)透化處理，細(xì)胞內(nèi)的mRNA釋放出來(lái)，從而被芯片上帶有oligo-dT的探針捕獲。被捕獲的mRNA開(kāi)始逆轉(zhuǎn)錄，得到的cDNA中包含了spatialbarcode序列。通過(guò)上機(jī)測(cè)序，可以將每個(gè)mRNA轉(zhuǎn)錄的序列映射回組織切片中的映射回組織切片中的原始位置。Visium空間轉(zhuǎn)錄組的重點(diǎn)在于芯片部分：正式文庫(kù)構(gòu)建的芯片上有4個(gè)捕獲區(qū)域（6.5mmX6.5mm，可以檢測(cè)4個(gè)樣本）每個(gè)捕獲區(qū)域含有約5000個(gè)被條形碼標(biāo)記的點(diǎn)（barcodedspots）每個(gè)spot直徑55μm，每個(gè)spot能捕獲1-10個(gè)細(xì)胞spot與spot中心點(diǎn)之間的距離為100μm每個(gè)spot含有上百萬(wàn)個(gè)可以與mRNA結(jié)合的捕獲探針，每個(gè)探針上都帶有獨(dú)特的spatialbarcodes，用以標(biāo)記捕獲的mRNA的空間位置。烈冰科技成立10余年，為科研學(xué)者提供專(zhuān)注的測(cè)序數(shù)據(jù)分析服務(wù)。

10xGenomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫(kù)構(gòu)建的每張載玻片上有四個(gè)捕獲區(qū)域，每個(gè)捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個(gè)被條形碼標(biāo)記的點(diǎn)（barcodedspots），每個(gè)點(diǎn)的直徑為55μm，點(diǎn)和點(diǎn)之間中心的距離為100μm，并且每個(gè)點(diǎn)都有一個(gè)barcode序列。組織切片的細(xì)胞中會(huì)釋放出mRNA，遷移到每個(gè)spot的mRNA會(huì)被標(biāo)記上相應(yīng)的barcode序列，然后進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建并進(jìn)行測(cè)序。根據(jù)數(shù)據(jù)的條形碼信息對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，以確定哪些數(shù)據(jù)來(lái)自哪個(gè)位置，從而實(shí)現(xiàn)空間基因表達(dá)的可視化。空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)遍地開(kāi)花，烈冰服務(wù)讓您的生物醫(yī)學(xué)研究如虎添翼。廣州烈冰科技空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析

烈冰測(cè)序數(shù)據(jù)分析平臺(tái)，不依賴(lài)已有物種信息，可研究非模式物種，針對(duì)不同平臺(tái)的數(shù)據(jù)，制定多套流程；寧波烈冰科技空間轉(zhuǎn)錄組平臺(tái)

空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)可以用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分析策略進(jìn)行分析，例如，利用GO和Pathway分析篩選不同發(fā)育時(shí)期特定空間區(qū)域內(nèi)的信號(hào)通路及其關(guān)鍵基因的較大情況，揭示在特定發(fā)育時(shí)期特定區(qū)域內(nèi)發(fā)生的生物學(xué)過(guò)程。針對(duì)任何一個(gè)基因，空間轉(zhuǎn)錄組可以顯示表達(dá)該基因的點(diǎn)陣及其空間排布；單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組可以給出該基因表達(dá)的細(xì)胞類(lèi)群；原位測(cè)序可以給出該基因在細(xì)胞內(nèi)的表達(dá)狀況。通過(guò)不同發(fā)育時(shí)間點(diǎn)的信息比較，可以分析細(xì)胞類(lèi)群在某個(gè)部位在不同時(shí)間點(diǎn)的差異，給出其在細(xì)胞內(nèi)的真實(shí)的演變狀況。寧波烈冰科技空間轉(zhuǎn)錄組平臺(tái)

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司是一家有著雄厚實(shí)力背景、信譽(yù)可靠、勵(lì)精圖治、展望未來(lái)、有夢(mèng)想有目標(biāo)，有組織有體系的公司，堅(jiān)持于帶領(lǐng)員工在未來(lái)的道路上大放光明，攜手共畫(huà)藍(lán)圖，在上海市等地區(qū)的醫(yī)藥健康行業(yè)中積累了大批忠誠(chéng)的客戶(hù)粉絲源，也收獲了良好的用戶(hù)口碑，為公司的發(fā)展奠定的良好的行業(yè)基礎(chǔ)，也希望未來(lái)公司能成為*****，努力為行業(yè)領(lǐng)域的發(fā)展奉獻(xiàn)出自己的一份力量，我們相信精益求精的工作態(tài)度和不斷的完善創(chuàng)新理念以及自強(qiáng)不息，斗志昂揚(yáng)的的企業(yè)精神將**上海烈冰生物醫(yī)藥科技供應(yīng)和您一起攜手步入輝煌，共創(chuàng)佳績(jī)，一直以來(lái)，公司貫徹執(zhí)行科學(xué)管理、創(chuàng)新發(fā)展、誠(chéng)實(shí)守信的方針，員工精誠(chéng)努力，協(xié)同奮取，以品質(zhì)、服務(wù)來(lái)贏得市場(chǎng)，我們一直在路上！