寧波single cell RNA單細(xì)胞多組學(xué)平臺(tái)

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2022-08-23

從單細(xì)胞測(cè)序描述性分析轉(zhuǎn)向復(fù)雜樣本中不同細(xì)胞類型的功能解析,越來(lái)越需要一種多組學(xué)的細(xì)胞生物學(xué)視角。通過(guò)單細(xì)胞多組學(xué)——即對(duì)不同組學(xué)的數(shù)據(jù)集進(jìn)行分析和整合——科學(xué)家能夠從同一個(gè)單細(xì)胞來(lái)源中檢測(cè)多種細(xì)胞特征。這些特征包括全轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)、細(xì)胞表面蛋白表達(dá)、免疫組庫(kù)序列(包括T細(xì)胞和B細(xì)胞受體)以及用于了解表觀基因組調(diào)控的開放染色質(zhì)區(qū)域。隨著單個(gè)實(shí)驗(yàn)可提供更多信息豐富的數(shù)據(jù),研究人員的獲益更多,包括保留珍貴樣本、提高生產(chǎn)力、減少因批次效應(yīng)引起的錯(cuò)誤,并節(jié)省更多的高科技資源(從資助基金到人員時(shí)間)。單細(xì)胞測(cè)序因其強(qiáng)大的探究疾病--細(xì)胞--基因的關(guān)系,一度成為高通量測(cè)序技術(shù)的“天花板”。烈冰科技已建立了基于單細(xì)胞測(cè)序的高通量測(cè)序?qū)嶒?yàn)多平臺(tái)。寧波single cell RNA單細(xì)胞多組學(xué)平臺(tái)

二代測(cè)序技術(shù)在測(cè)序方法上取得了重大突破,基于“邊合成邊測(cè)序”(sequencingbysynthesis)和大規(guī)模平行測(cè)序技術(shù)(massiveparallelanalysis,MPS),使測(cè)序通量和讀取速度得到極大提升,烈冰生物斥巨資購(gòu)置的Novaseq6000測(cè)序儀的測(cè)序原理可以簡(jiǎn)化為四步:樣品文庫(kù)構(gòu)建、簇生成、測(cè)序和數(shù)據(jù)分析。由于讀長(zhǎng)限制,樣品DNA或由RNA逆轉(zhuǎn)錄得到的cDNA需要被打斷成300-500bp的片段,并在3和5端接上3種序列:1)Index,用于區(qū)分樣品來(lái)源;2)Adapter,用于結(jié)合測(cè)序通道上的位點(diǎn);3)Primerbindingsite,用于結(jié)合PCR引物啟動(dòng)擴(kuò)增反應(yīng)。蘇州高通量測(cè)序單細(xì)胞多組學(xué)平臺(tái)分子檢測(cè)型單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序技術(shù)中也有一些集 中于探究單細(xì)胞內(nèi)表觀遺傳組各層面的變化及關(guān)聯(lián)。

細(xì)胞中基因的表達(dá)是嚴(yán)格按照時(shí)間和空間順序發(fā)生,因此細(xì)胞類型和基因表達(dá)具有時(shí)間特異性和空間特異性。時(shí)間特異性可以通過(guò)收集不同時(shí)間點(diǎn)的樣本進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序來(lái)分析。但是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(scRNA-Seq)在單細(xì)胞懸液制備的過(guò)程中破壞了細(xì)胞的空間結(jié)構(gòu),無(wú)法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細(xì)胞空間排布信息。而空間轉(zhuǎn)錄組可以解決這個(gè)問(wèn)題,其以點(diǎn)陣形式記錄組織切片細(xì)胞的空間信息,在保留組織形態(tài)結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上,獲得細(xì)胞/基因的空間表達(dá)特異性。

機(jī)體為響應(yīng)各種應(yīng)激,其細(xì)胞會(huì)從一種功能“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”;當(dāng)細(xì)胞在不同狀態(tài)之間轉(zhuǎn)變時(shí),往往會(huì)經(jīng)歷轉(zhuǎn)錄重組,導(dǎo)致一些基因被“沉默”,一些基因被重新“喚醒”,但純化這些瞬態(tài)細(xì)胞進(jìn)行研究是很困難或不可能的;scRNA-seq擬時(shí)序分析可以讓我們?cè)诓恍枰兓那闆r下查看這些細(xì)胞狀態(tài)。擬時(shí)序分析,即根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時(shí)間的變化情況,構(gòu)建細(xì)胞譜系發(fā)育,但這里的時(shí)間并不是真時(shí)間,而是一個(gè)虛擬的時(shí)間,是指的細(xì)胞與細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡。即使在同一個(gè)樣本中,也會(huì)存在多種不同的細(xì)胞形態(tài)。因此,不論測(cè)定了多少樣本,我們都可以采用擬時(shí)序分析對(duì)樣本中的細(xì)胞轉(zhuǎn)化和變化進(jìn)行描述。單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序技術(shù)已應(yīng)用于心肌再生領(lǐng)域。

分子檢測(cè)型單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序技術(shù)中也有一些集中于探究單細(xì)胞內(nèi)表觀遺傳組各層面的變化及關(guān)聯(lián)。功能研究型單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序技術(shù),結(jié)合了強(qiáng)大的CRISPR基因編輯技術(shù),從而可以深度挖掘基因表達(dá)調(diào)控與細(xì)胞功能以及命運(yùn)決定之間的因果關(guān)系。在未來(lái),為了更系統(tǒng)地研究多層組學(xué)之間的互動(dòng)關(guān)系對(duì)細(xì)胞命運(yùn)的影響,一方面,單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序技術(shù)的策略會(huì)繼續(xù)向轉(zhuǎn)錄組結(jié)合其他多個(gè)組學(xué)的三組學(xué)甚至四組學(xué)方向發(fā)展.另一方面,單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序技術(shù)會(huì)轉(zhuǎn)向研發(fā)多組學(xué)測(cè)序分析和功能驗(yàn)證同時(shí)進(jìn)行的方法,這種探究因果關(guān)系的策略對(duì)于揭示發(fā)育和疾病發(fā)展中的關(guān)鍵因子和分子網(wǎng)絡(luò)模塊十分重要。單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析,認(rèn)準(zhǔn)烈冰NovelBrain生物信息數(shù)據(jù)分析平臺(tái)。濟(jì)南single cell 單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序服務(wù)公司

烈冰專精單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序領(lǐng)域。寧波single cell RNA單細(xì)胞多組學(xué)平臺(tái)

我國(guó)經(jīng)濟(jì)進(jìn)入“新常態(tài)”,總體上推動(dòng)單細(xì)胞測(cè)序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái),空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序從粗放式增長(zhǎng)向注重質(zhì)量、效率方向轉(zhuǎn)變。民間資本的進(jìn)入也一定程度刺激我國(guó)單細(xì)胞測(cè)序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái),空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序市場(chǎng)活力。社會(huì)對(duì)健康類產(chǎn)業(yè)的關(guān)注度越來(lái)越高,迫切需要對(duì)單細(xì)胞測(cè)序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái),空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序的規(guī)模和結(jié)構(gòu)進(jìn)行核算。從世界范圍來(lái)看,美、歐、日等發(fā)達(dá)地區(qū)的銷售產(chǎn)業(yè)發(fā)展歷史悠久,無(wú)論是銷售產(chǎn)品制造業(yè)還是銷售服務(wù)業(yè),都處于全球優(yōu)先地位。而泰國(guó)、印度等東南亞及南亞地區(qū),銷售產(chǎn)業(yè)雖然起步晚,但是發(fā)展較快,已成為經(jīng)濟(jì)社會(huì)發(fā)展重要組成部分。除此之外,我國(guó)支付端仍是以醫(yī)保支付為主,單細(xì)胞測(cè)序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái),空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序鏈的延伸以及消費(fèi)醫(yī)藥市場(chǎng)價(jià)值的獲取也需要進(jìn)一步探索解決的途徑。從單細(xì)胞測(cè)序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái),空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序的健康發(fā)展來(lái)看依舊有待完善。醫(yī)藥健康上下游未整體規(guī)劃,醫(yī)用物流公司十分分散,許多下游需求店鋪及用戶因物流體系不完善而放棄該種醫(yī)藥的引入和使用。由于醫(yī)用藥保存條件要求十分高,存儲(chǔ)倉(cāng)庫(kù)與冷藏運(yùn)輸車等的建設(shè)與運(yùn)行成本便居高不下,使得醫(yī)藥冷鏈物流從建設(shè)到運(yùn)營(yíng)中的成本都遠(yuǎn)超于傳統(tǒng)物流成本。寧波single cell RNA單細(xì)胞多組學(xué)平臺(tái)

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