青島single cell RNA單細胞多組學技術支持

來源: 發(fā)布時間:2022-08-18

其實,空間轉錄組的概念早就已經(jīng)存在了,目前已經(jīng)發(fā)表的空間轉錄組技術有Slide-seq,LCM-seq,seqFISH,MERFISH,Liversinglecellzonation,Geo-seqandTomo-seq。但是這些方法存在操作復雜、檢測精度不準確、基因和細胞檢測量的限制等問題。10xGenomics公司升級spatialTranscriptomic后推出的Visium空間基因表達解決方案是一款商業(yè)化的高精度、高通量空間轉錄組測序方案。烈冰科技自2020年起,國內(nèi)率先搭建空間轉錄組測序服務平臺,聯(lián)合上線單細胞核轉錄組測序、AbSeq、單細胞TCR-Seq、單細胞ATAC-Seq(ARCHR測序)、空間轉錄組測序產(chǎn)品結合scRNA-Seq服務,多組學聯(lián)合助力科研人員探索時空等多維度、多角度的動態(tài)變化的生物學信息。烈冰生物為您提供貼心的單細胞研究完整解決方案!單細胞多組學測序技術整合了單細胞各個組學特征, 提供了揭示細胞內(nèi)復雜分子調(diào)控網(wǎng)絡及其互動關系的機會。青島single cell RNA單細胞多組學技術支持

機體為響應各種應激,其細胞會從一種功能“狀態(tài)”轉變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”;當細胞在不同狀態(tài)之間轉變時,往往會經(jīng)歷轉錄重組,導致一些基因被“沉默”,一些基因被重新“喚醒”,但純化這些瞬態(tài)細胞進行研究是很困難或不可能的;scRNA-seq擬時序分析可以讓我們在不需要純化的情況下查看這些細胞狀態(tài)。擬時序分析,即根據(jù)不同細胞亞群基因表達量隨時間的變化情況,構建細胞譜系發(fā)育,但這里的時間并不是真時間,而是一個虛擬的時間,是指的細胞與細胞之間的轉化和演替的順序和軌跡。即使在同一個樣本中,也會存在多種不同的細胞形態(tài)。因此,不論測定了多少樣本,我們都可以采用擬時序分析對樣本中的細胞轉化和變化進行描述。重慶single cell RNA單細胞多組學平臺單細胞多組學可從整體層面快速有效地探尋疾病發(fā)生、發(fā)展的根本原因或藥物作用靶點等信息。

單細胞測序技術的不斷發(fā)展解決了以往群體細胞組學分析面臨的兩個瓶頸:一是大量細胞的混合測序會掩蓋細胞間的異質(zhì)性;二是傳統(tǒng)的測序技術需要大量的細胞作為起始,細胞數(shù)目稀有的樣品則難以研究.利用單細胞測序方法不僅能夠揭示組織中的細胞類型和稀有亞群、細胞狀態(tài)和命運的變化,還可以研究細胞數(shù)稀有的珍貴樣品,從而幫助人們理解發(fā)育、衰老和疾病發(fā)展的機制。隨著單細胞轉錄組、基因組、表觀遺傳組、蛋白組等各組學測序技術的快速發(fā)展,研究者開始將它們相互組合,使得單個細胞或同類細胞的多個組學數(shù)據(jù)能夠聯(lián)合分析.因此,利用單細胞多組學技術能夠更有效地研究細胞在特定時空狀態(tài)下各組學間的復雜聯(lián)系,從而揭示細胞狀態(tài)和命運調(diào)控的分子機制。

空間轉錄組數(shù)據(jù)可以用單細胞轉錄組數(shù)據(jù)的分析策略進行分析,例如,利用GO和Pathway分析篩選不同發(fā)育時期特定空間區(qū)域內(nèi)的信號通路及其關鍵基因的較大情況,揭示在特定發(fā)育時期特定區(qū)域內(nèi)發(fā)生的生物學過程。針對任何一個基因,空間轉錄組可以顯示表達該基因的點陣及其空間排布;單細胞轉錄組可以給出該基因表達的細胞類群;原位測序可以給出該基因在細胞內(nèi)的表達狀況。通過不同發(fā)育時間點的信息比較,可以分析細胞類群在某個部位在不同時間點的差異,給出其在細胞內(nèi)的真實的演變狀況。單細胞多組學突破了以往單細胞檢測的單一性,可更多樣化。

烈冰科技作為國內(nèi)同時擁有10XGenomics和BDRhapsody雙分選平臺的測序服務商及云計算服務供應商,經(jīng)過多年實戰(zhàn),擁有豐富的單細胞懸液制備和分選經(jīng)驗,實測BDRhapsody對能夠高效捕獲粒細胞。針對不同的分選平臺、建庫方法,實戰(zhàn)總結搭建出不同的數(shù)據(jù)預處理工作流程;烈冰科技NovelBrain®生物大數(shù)據(jù)平臺能有效支撐生命科學研究、醫(yī)療健康等領域?qū)Υ髷?shù)據(jù)分析的需求。完備的高通量測序?qū)嶒炂脚_,包括NovaSeq6000、10XChromiumX、BDFACSMelody、PANNORAMIC數(shù)字切片掃描儀等,配合一支來自海內(nèi)外名校、多學科交叉型的高素質(zhì)綜合團隊,為您的科學研究保駕護航。單細胞多組學測序技術是在單細胞分辨率下精確分析細胞異質(zhì)性和基因調(diào)控網(wǎng)絡的新技術。重慶single cell RNA單細胞多組學平臺

單細胞多組學的研究對生物標志物的發(fā)現(xiàn),細胞分化發(fā)育研究等均有重要意義。青島single cell RNA單細胞多組學技術支持

烈冰生物生信分析團隊緊追國際前沿、整合添加多項國際期刊認可的空轉分析工具,構建一套完整的數(shù)據(jù)分析流程;精心研發(fā)空轉結果瀏覽器,可同步展示空間轉錄組與單細胞測序分析結果,詳細深入地解析空間轉錄組數(shù)據(jù)。完成從Rawdata(原始數(shù)據(jù))到Spot-Gene的具有定位信息的表達矩陣的過程后,就進入了空轉的第二步,去進行Spot的Cluster的過程,熟悉單細胞測序的研究者知道,Cluster在單細胞測序中往往表示為細胞的類型,也就是說能聚在一起采用算法分為一個群體細胞是一個Celltype(當然分情況也會有不同)。而在空轉中,也正是由于前面提到了細胞的非單一性,導致了這里的分群并不是單純的同一細胞類型,而應該認為是具有相同細胞組成的點陣區(qū)域,或者說是近似的組織結構區(qū)域。青島single cell RNA單細胞多組學技術支持

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