青島上海烈冰生物空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可視化

為同時(shí)獲得空間表達(dá)和組織學(xué)背景信息，該方案首先將FFPE組織切片置于Visium基因芯片上進(jìn)行組織學(xué)染色和成像，然后利用切片下方Visium基因芯片上的探針進(jìn)行表達(dá)定量。由于FFPE樣本通常存在RNA高度降解的問題，針對FFPE樣本的Visium空間基因表達(dá)解決方案無法像新鮮凍存組織樣本一樣利用完整mRNA具有的poly（dA）序列進(jìn)行mRNA捕獲。該方案采用針對編碼基因的成對RNA模板連接探針（RTL）與mRNA雜交。左側(cè)探針（LHS）具有部分Read 2序列，右側(cè)探針（RHS）具有合成的poly(A)序列。左右探針與mRNA雜交后彼此連接，而mRNA被RNase降解。組織透化后，被連接的成對探針與芯片上包含空間Barcode、UMI和poly(dT）序列的引物序列捕獲，并且空間Barcode和UMI序列被延伸到成對探針序列上。攜帶空間Barcode的探針序列用于進(jìn)行測序文庫構(gòu)建和測序。測序序列上的空間Barcode用于將測序序列定位到組織切片圖像上，UMI用于基因表達(dá)定量。烈冰對于一個(gè)細(xì)胞群體中的每個(gè)細(xì)胞單獨(dú)進(jìn)行建庫測序分析。青島上海烈冰生物空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可視化

烈冰生物生信分析團(tuán)隊(duì)緊追國際前沿、整合添加多項(xiàng)國際期刊認(rèn)可的空轉(zhuǎn)分析工具，構(gòu)建一套完整的數(shù)據(jù)分析流程；精心研發(fā)空轉(zhuǎn)結(jié)果瀏覽器，可同步展示空間轉(zhuǎn)錄組與單細(xì)胞測序分析結(jié)果，詳細(xì)深入地解析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。完成從Rawdata（原始數(shù)據(jù)）到Spot-Gene的具有定位信息的表達(dá)矩陣的過程后，就進(jìn)入了空轉(zhuǎn)的第二步，去進(jìn)行Spot的Cluster的過程，熟悉單細(xì)胞測序的研究者知道，Cluster在單細(xì)胞測序中往往表示為細(xì)胞的類型，也就是說能聚在一起采用算法分為一個(gè)群體細(xì)胞是一個(gè)Celltype（當(dāng)然分情況也會(huì)有不同）。而在空轉(zhuǎn)中，也正是由于前面提到了細(xì)胞的非單一性，導(dǎo)致了這里的分群并不是單純的同一細(xì)胞類型，而應(yīng)該認(rèn)為是具有相同細(xì)胞組成的點(diǎn)陣區(qū)域，或者說是近似的組織結(jié)構(gòu)區(qū)域。南京scRNA空間轉(zhuǎn)錄組商業(yè)化服務(wù)空間轉(zhuǎn)錄組可展示組織切片中不同區(qū)域的基因表達(dá)情況，揭示精細(xì)病理區(qū)域的信號通路。

烈冰生信團(tuán)隊(duì)傾情研發(fā)的NovelBrain®生信大數(shù)據(jù)分析平臺(tái)，可實(shí)現(xiàn)零代碼操作、簡單方便：單細(xì)胞瀏覽器的操作簡單，不需要命令行操作。簡單拖拽、設(shè)置參數(shù)即可運(yùn)行，即使生信0基礎(chǔ)用戶也可以運(yùn)用自如；可視化展示海量結(jié)果文件：可視化展示Cluster的基因數(shù)，UMI數(shù)量、線粒體RNA占比信息；以及不同Cluster對應(yīng)的細(xì)胞數(shù)量、基因表達(dá)量、RNA表達(dá)量、樣本細(xì)胞分布、線粒體RNA表達(dá)量等；3D立體展示，文章動(dòng)圖先人一步：單細(xì)胞瀏覽器針對t-SNE圖、UMAP圖和pseudotime結(jié)果進(jìn)行三維立體展示，更加直觀立體的觀察細(xì)胞分布和聚類情況。

烈冰與國內(nèi)高校、研究所、醫(yī)院和藥企單位開展深度合作，服務(wù)于600+臨床與研究機(jī)構(gòu)，1000+客戶和5000+重要科研項(xiàng)目，助力并聯(lián)合發(fā)表300+篇CNS等國際學(xué)術(shù)期刊（不完全統(tǒng)計(jì)），在單細(xì)胞領(lǐng)域，烈冰助力用戶發(fā)表單細(xì)胞文獻(xiàn)30+篇，總IF＞300+，IF＞10+以上文章占比65%以上，包含Immunity、NatureCellBiology、NaturePlants、AdvancedScience等生物領(lǐng)域國際主流學(xué)術(shù)期刊，已發(fā)表文章研究領(lǐng)域涵蓋包括COVID-19研究、疾病發(fā)生轉(zhuǎn)移機(jī)制，免疫研究、腦神經(jīng)、白血病、胚胎發(fā)育、糖尿病、退行性疾病和植物領(lǐng)域研究等。空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的迅速發(fā)展和應(yīng)用推廣，為從多維度揭示疾病進(jìn)展提供了強(qiáng)有力的工具。

烈冰生物已空間轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)提供從一個(gè)組織切片樣本中獲取包括空間信息在內(nèi)的全部轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，從而可以區(qū)分和定位功能基因在特定組織區(qū)域內(nèi)的活躍表達(dá)。其可以檢測組織樣本中的所有基因活動(dòng)，并繪制活動(dòng)發(fā)生的位置，這將有助于科學(xué)家更好地構(gòu)建生物圖譜，并進(jìn)一步理解疾病和生物學(xué)過程。目前，空間轉(zhuǎn)錄組主要應(yīng)用于多種疾病、免疫、發(fā)育、神經(jīng)和病理學(xué)等研究領(lǐng)域。烈冰生物具有專業(yè)的實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)、豐富的切片經(jīng)驗(yàn)，配置了國際主流的儀器設(shè)備，實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)針對不同組織類型優(yōu)化完善實(shí)驗(yàn)方案，并制定了嚴(yán)謹(jǐn)規(guī)范的實(shí)驗(yàn)室SOP流程，保證空間轉(zhuǎn)錄組切片的質(zhì)量，全優(yōu)保障測序數(shù)據(jù)質(zhì)量。烈冰智造空間轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞捕獲，媲美國際主流的單細(xì)胞平臺(tái)。南京烈冰空間轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)公司

空間轉(zhuǎn)錄組測序因其強(qiáng)大的探究疾病--細(xì)胞--基因的關(guān)系，一度成為高通量測序技術(shù)的“天花板”。青島上海烈冰生物空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可視化

單細(xì)胞測序技術(shù)是一種在單細(xì)胞水平上對基因組、轉(zhuǎn)錄組、表觀組等進(jìn)行高通量測序分析的技術(shù)。單細(xì)胞測序技術(shù)能夠在組學(xué)水平揭示細(xì)胞間的異質(zhì)性。單細(xì)胞水平細(xì)胞譜系追蹤技術(shù)位居2018年Science 雜志評選的科學(xué)突破。常規(guī)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)丟失了細(xì)胞在原組織中至關(guān)重要的空間位置信息，而單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序的同時(shí)保留并記錄了細(xì)胞的空間位置信息?？臻g轉(zhuǎn)錄組技術(shù)能夠揭示細(xì)胞間的相互作用以及細(xì)胞所處的微環(huán)境，將成為發(fā)育生物學(xué)、神經(jīng)生物學(xué)、免疫生物學(xué)等領(lǐng)域的研究利器。青島上海烈冰生物空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可視化

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司屬于醫(yī)藥健康的高新企業(yè)，技術(shù)力量雄厚。公司致力于為客戶提供安全、質(zhì)量有保證的良好產(chǎn)品及服務(wù)，是一家有限責(zé)任公司（自然）企業(yè)。公司始終堅(jiān)持客戶需求優(yōu)先的原則，致力于提供高質(zhì)量的單細(xì)胞測序，生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái)，空間轉(zhuǎn)錄組測序，單細(xì)胞多組學(xué)測序。烈冰生物以創(chuàng)造***產(chǎn)品及服務(wù)的理念，打造高指標(biāo)的服務(wù)，引導(dǎo)行業(yè)的發(fā)展。