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烈冰生物生信分析團(tuán)隊(duì)緊追國際前沿、整合添加多項(xiàng)國際期刊認(rèn)可的空轉(zhuǎn)分析工具,構(gòu)建一套完整的數(shù)據(jù)分析流程;精心研發(fā)空轉(zhuǎn)結(jié)果瀏覽器,可同步展示空間轉(zhuǎn)錄組與單細(xì)胞測序分析結(jié)果,詳細(xì)深入地解析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。完成從Rawdata(原始數(shù)據(jù))到Spot-Gene的具有定位信息的表達(dá)矩陣的過程后,就進(jìn)入了空轉(zhuǎn)的第二步,去進(jìn)行Spot的Cluster的過程,熟悉單細(xì)胞測序的研究者知道,Cluster在單細(xì)胞測序中往往表示為細(xì)胞的類型,也就是說能聚在一起采用算法分為一個(gè)群體細(xì)胞是一個(gè)Celltype(當(dāng)然分情況也會(huì)有不同)。而在空轉(zhuǎn)中,也正是由于前面提到了細(xì)胞的非單一性,導(dǎo)致了這里的分群并不是單純的同一細(xì)胞類型,而應(yīng)該認(rèn)為是具有相同細(xì)胞組成的點(diǎn)陣區(qū)域,或者說是近似的組織結(jié)構(gòu)區(qū)域。烈冰對于一個(gè)細(xì)胞群體中的每個(gè)細(xì)胞單獨(dú)進(jìn)行建庫測序分析。蘇州BD空間轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)公司
空間轉(zhuǎn)錄組測序在病理學(xué)中,通過添加基因表達(dá)維度,得出形態(tài)學(xué)結(jié)論,通過觀察基因表達(dá)區(qū)域,了解可能發(fā)生假陰性/假陽性的位置; 在免疫學(xué),研究免疫細(xì)胞浸潤、不同區(qū)域的免疫細(xì)胞中的基因表達(dá)特征;免疫群體擴(kuò)散、不同類型免疫細(xì)胞的空間位置解析; 在神經(jīng)科學(xué),研究大腦皮層層狀組織解析,揭示大腦皮層的結(jié)構(gòu)-功能關(guān)系,正常vs.疾病大腦結(jié)構(gòu)特征分析與疾病相關(guān)的基因表達(dá)于特定的大腦皮層; 在發(fā)育生物學(xué),通過解析每個(gè)發(fā)育階段不同解剖區(qū)域特有的基因表達(dá)特征,解析組織中與形態(tài)形成相關(guān)基因;豐富基因表達(dá)的空間注釋信息,創(chuàng)建組織發(fā)育的空間細(xì)胞圖譜。深圳烈冰科技空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析強(qiáng)勢發(fā)文!烈冰空間轉(zhuǎn)錄組測序助力揭示愈傷組織能再生的機(jī)制。
烈冰科技于2010年誕生之初便立足于高通量測序行業(yè),為科研學(xué)者提供專注的測序數(shù)據(jù)分析服務(wù),先后經(jīng)歷基因芯片時(shí)代、基因測序、轉(zhuǎn)錄組測序時(shí)代...在科技日新月異的洪流中始終獨(dú)占鰲頭。2018年以來,烈冰依托自主研發(fā)的NovelBrain®生物大數(shù)據(jù)分析平臺(tái),為用戶提供一站式全流程的空間轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)和解決方案。烈冰經(jīng)過十幾年的經(jīng)歷,已具備大鼠、小鼠、斑馬魚、猴、裸鼴鼠、水稻、擬南芥等10+物種,皮膚、腦、胰腺、脂肪、心臟、花序等50+組織類型,100+細(xì)胞類型,1000+靶標(biāo)基因,10000+樣本處理經(jīng)驗(yàn)。
空間組學(xué)可以應(yīng)用的方向:1.可以鑒定到疾病的空間位置異質(zhì)性:對于阿爾茨海默癥的研宄可以探索到小神經(jīng)質(zhì)細(xì)胞趨向于阿爾茨海默神經(jīng)班。 2.建立空間轉(zhuǎn)錄組圖譜構(gòu)建個(gè)人空間轉(zhuǎn)錄組圖譜將極大提升科研人員對生物體組織間的細(xì)胞差異。3、描述胚胎發(fā)育及空間藍(lán)區(qū)胚胎發(fā)育的動(dòng)態(tài)過程是科研人員一直為之著迷的,空間組學(xué)發(fā)展可以清晣的描繪胚胎發(fā)育的藍(lán)圖。除了皮膚、胰腺和骨頭組織外,其余樣本類型均可開展10xGenomics空間轉(zhuǎn)錄組研究。10xGenomics公司已經(jīng)測試完畢的組織類型有:人:心勝、腎勝、卵巢、乳房、淋巴結(jié)、大腦、大腸、肺、脾臟小鼠:大腦、眼睛、心勝、腎勝、大腸、肝臟、肺、卵巢,四頭肌、小腸、脾勝、胃、翠丸、甲狀腺、舌頭大鼠:大腦、腎臟、心臟烈冰生物成立于2010年,專注于空間轉(zhuǎn)錄組測序領(lǐng)域科研服務(wù)。
多樣本數(shù)據(jù)合并:FractionofReadsKept:合并樣本時(shí),各樣本根據(jù)MappedBarcodedReadsperCell數(shù)量計(jì)算出來的數(shù)據(jù)利用率。如果各樣本間該參數(shù)值相差很大,需要進(jìn)行Downsample處理,以數(shù)據(jù)量少的樣本為基準(zhǔn)將不同樣本中細(xì)胞測序深度標(biāo)化到同一水平,從而避免因測序深度差異導(dǎo)致的基因檢測數(shù)量、基因表達(dá)水平的差異。烈冰科技自主研發(fā)的單細(xì)胞云平臺(tái)致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),深入解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果,深入挖掘其背后的生物學(xué)意義;從操作便捷、結(jié)果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細(xì)胞研究,加速科研進(jìn)程!空間轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)分析,認(rèn)準(zhǔn)烈冰NovelBrain生物信息數(shù)據(jù)分析平臺(tái)。廣州烈冰空間轉(zhuǎn)錄組服務(wù)機(jī)構(gòu)
高通量測序技術(shù)是對傳統(tǒng)測序一次翻天覆地的改變,一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進(jìn)行測定。蘇州BD空間轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)公司
冰凍切片的空間轉(zhuǎn)錄組測序在RNA捕獲、文庫構(gòu)建方面,需要將組織切片貼合在帶有mRNA結(jié)合捕獲探針的載玻片上,通過甲醛固定、H&E染色得到組織切片的形態(tài)結(jié)構(gòu)。再進(jìn)行透化處理,使細(xì)胞中的mRNA釋放,并結(jié)合到芯片相鄰的捕獲探針上。將捕獲的mRNA反轉(zhuǎn)錄合成cDNA并構(gòu)建測序文庫進(jìn)行上機(jī)測序,從而獲取基因表達(dá)信息??傮w來說,空間轉(zhuǎn)錄組的實(shí)驗(yàn)流程包括:組織凍存-OCT包埋-冷凍切片-固定染色-組織透化-cDNA合成及建庫-上機(jī)測序,而需要客戶進(jìn)行樣本準(zhǔn)備的步驟相對簡單:組織凍存與OCT包埋。蘇州BD空間轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)公司
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司屬于醫(yī)藥健康的高新企業(yè),技術(shù)力量雄厚。公司是一家有限責(zé)任公司(自然)企業(yè),以誠信務(wù)實(shí)的創(chuàng)業(yè)精神、專業(yè)的管理團(tuán)隊(duì)、踏實(shí)的職工隊(duì)伍,努力為廣大用戶提供***的產(chǎn)品。以滿足顧客要求為己任;以顧客永遠(yuǎn)滿意為標(biāo)準(zhǔn);以保持行業(yè)優(yōu)先為目標(biāo),提供***的單細(xì)胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái),空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細(xì)胞多組學(xué)測序。烈冰生物自成立以來,一直堅(jiān)持走正規(guī)化、專業(yè)化路線,得到了廣大客戶及社會(huì)各界的普遍認(rèn)可與大力支持。