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單細胞RNA-seq、RNA-seq和逆轉錄qPCR(RT-qPCR)都采用一個共同過程,即分離RNA并將其轉化為cDNA進行分析。不過,每種分析在開展方式和獲得的數(shù)據(jù)上有所不同。RNA-seq和RT-qPCR都是先從大量細胞中分離RNA,然后將其轉化為cDNA。RNA-seq是使用cDNA來構建新一代測序文庫,從而測定整個轉錄組的基因表達。RT-qPCR則是從cDNA中擴增特定靶點,并通過熒光測定表達水平。RT-qPCR限于已知靶點,而RNA-seq可實現(xiàn)無偏倚的全轉錄組基因表達分析。然而,這兩者只能提供細胞群體內(nèi)基因表達的平均情況。單細胞RNA-seq則在分離RNA之前將單細胞分離到微孔或單個微反應容器中。然后用細胞特異性的條形碼標記RNA,確保來自每個細胞的cDNA可以追溯到起源細胞。與RNA-seq相似,帶有條形碼的cDNA也被用于構建新一代測序文庫,從而能夠?qū)γ總€細胞的整個轉錄組進行基因表達測定。從樣本處理到終端數(shù)據(jù)分析,只要您需要,烈冰提供全流程的無憂服務。武漢高通量測序單細胞測序價格
一味的追求高細胞數(shù)量的捕獲,小心得不償失,原因在這:單細胞測序所有的分析都是基于細胞聚類進行,而細胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后,獲得細胞基因表達譜,通過降維(pca),無監(jiān)督聚類以及可視化(t-SNE)得到的。進行細胞聚類時需要考慮到每個細胞的基因表達模式,因此即使是相同的數(shù)據(jù),在剔除幾個細胞的情況下,前后獲得的聚類圖也會出現(xiàn)明顯不同。而當細胞捕獲數(shù)過多時,無論是假陰性和假陽性數(shù)據(jù)還是多細胞數(shù)據(jù),都會對正常細胞聚類產(chǎn)生影響,造成聚類結果失真。這也是很多文章,特別是很多高分文章,為什么單個樣本捕獲細胞數(shù)在2000-3000的原因了。烈冰建議單個樣本捕獲細胞數(shù)在3000-5000個時,數(shù)據(jù)量在100G左右時,可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求。武漢10X Genomics單細胞測序服務公司截至2021年10月,烈冰助力發(fā)表單細胞測序文章近20篇。
單細胞獲得困難,不同組織要求不盡相同難以搞定?烈冰2000+項目消化經(jīng)驗,100+組織類型解離protocol,精心設計不同組織實驗的解離、細胞懸浮實驗體系,確保單細胞的獲得。凍存樣本無法實驗,珍貴樣本無法使用?烈冰采用國際認可的凍存組織復蘇技術以及死細胞過濾技術,確保凍存組織使用。珍貴樣本,細胞數(shù)量太少,消化背景雜無法做單細胞?采用國際認可的10XGenomics,BDRhapsody雙平臺模式,根據(jù)樣本實際情況和用戶需求提供客觀有效的實驗方案,細胞量少,背景雜也能做單細胞。單細胞RNA分類精度不足,部分細胞無法細分?烈冰同時采用單細胞蛋白質(zhì)組與單細胞轉錄組測序技術,真正做到從上游到下游的全流程檢測,確保超高的細胞分類精度。
對于單細胞測序而言,常常需要先構建細胞圖譜,在此基礎上再開展后續(xù)各項分析,并且數(shù)據(jù)分析時以細胞聚類(cellcluster)為討論對象,而不是像常規(guī)Bulk測序一樣以組別為分析對象,因此單細胞測序項目對樣本入組要求沒有Bulk測序那樣嚴格,但是單細胞測序,特別是目的為圖譜研究時,需要通過提高樣本復雜度(增加樣本數(shù)),盡可能的構建某一疾病類型、群體細胞圖譜信息。因此,單細胞測序?qū)嶒炘O計時首先需要保證生物學重復,不同樣本來源的樣本建議單獨進行細胞解離和捕獲、建庫、測序,以保證捕獲到足夠的細胞數(shù),單個樣本分別捕獲細胞時,后續(xù)分析除了整體分析以外,還可以做單樣本分析,保證分析的完備準確性。搭建多種測序數(shù)據(jù)的生物信息分析平臺,5000+項目檢驗,真實可信賴。
多樣本數(shù)據(jù)合并:FractionofReadsKept:合并樣本時,各樣本根據(jù)MappedBarcodedReadsperCell數(shù)量計算出來的數(shù)據(jù)利用率。如果各樣本間該參數(shù)值相差很大,需要進行Downsample處理,以數(shù)據(jù)量少的樣本為基準將不同樣本中細胞測序深度標化到同一水平,從而避免因測序深度差異導致的基因檢測數(shù)量、基因表達水平的差異。烈冰科技自主研發(fā)的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),深度解讀數(shù)據(jù)分析結果,深入挖掘其背后的生物學意義;從操作便捷、結果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細胞研究,加速科研進程!個性化制定測序項目方面,滿足從檢測基因到蛋白的多組學測序要求。福州單細胞測序數(shù)據(jù)分析
深度的單細胞測序數(shù)據(jù)解讀助力醫(yī)療健康大時代。武漢高通量測序單細胞測序價格
烈冰生信團隊傾情研發(fā)的NovelBrain®生信大數(shù)據(jù)分析平臺,針對龐大的單細胞測序數(shù)據(jù),能夠?qū)崿F(xiàn)細胞類型鑒定的快、精、準:一鍵導入genelist構建個性化基因列表;輕松一點即可展示Marker基因的Featureplot;任意修改Cluster的顏色和名稱助力高效鑒定細胞類型;一鍵獲得t-SNE圖、Heatmap和Violin圖:輕松獲得并下載基因表達的t-SNE圖、Heatmap、Violin圖,還可以通過調(diào)節(jié)寬、高和系數(shù)比例來調(diào)節(jié)美觀。平臺上線300+task自主分析工具、50+pipeline工作流模板,幫助烈冰生信分析團隊和自主分析用戶實現(xiàn)分析工具和模板的快速調(diào)用和一站式全流程自動化分析,節(jié)省工作時間并提升整體工作效率武漢高通量測序單細胞測序價格
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司發(fā)展規(guī)模團隊不斷壯大,現(xiàn)有一支專業(yè)技術團隊,各種專業(yè)設備齊全。致力于創(chuàng)造***的產(chǎn)品與服務,以誠信、敬業(yè)、進取為宗旨,以建NovelBio,烈冰生物,NovelBrain,PanoCell,烈冰智造產(chǎn)品為目標,努力打造成為同行業(yè)中具有影響力的企業(yè)。我公司擁有強大的技術實力,多年來一直專注于生物科技、醫(yī)藥科技、信息科技、計算機科技領域內(nèi)的技術開發(fā)、技術服務、技術轉讓、技術咨詢,市場營銷策劃,市場信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會調(diào)查、社會調(diào)研、民意調(diào)查、民意測驗),從事貨物及技術的進出口業(yè)務,計算機、軟件及耗材(除專控),軟件開發(fā)【依法須經(jīng)批準的項目,經(jīng)相關部門批準后方可開展經(jīng)營活動】的發(fā)展和創(chuàng)新,打造高指標產(chǎn)品和服務。自公司成立以來,一直秉承“以質(zhì)量求生存,以信譽求發(fā)展”的經(jīng)營理念,始終堅持以客戶的需求和滿意為重點,為客戶提供良好的單細胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉錄組測序,單細胞多組學測序,從而使公司不斷發(fā)展壯大。