scRNA單細(xì)胞測序

來源: 發(fā)布時間:2022-07-09

單細(xì)胞測序技術(shù)(Single Cell Sequencing)從一種新興的研究角度,借助已有的高通量測序手段,幫助研究者在樣本中細(xì)胞的異質(zhì)性、免疫微環(huán)境、發(fā)育學(xué)、免疫學(xué)以及其他領(lǐng)域中進(jìn)行單細(xì)胞層面的數(shù)據(jù)解析,解決了Bulk Population Sequencing所無法解決的問題。這樣一個新的研究領(lǐng)域必然也需要足夠可靠的實(shí)驗(yàn)手段來支撐。BD Rhapsody單細(xì)胞分選系統(tǒng)為此提供了完善的硬件設(shè)備,保證了從單細(xì)胞懸液質(zhì)量評估到單細(xì)胞分選標(biāo)記過程中每一個實(shí)驗(yàn)步驟的準(zhǔn)確質(zhì)控。NovelBio單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)借助BD Rhapsody單細(xì)胞分選系統(tǒng),在實(shí)驗(yàn)實(shí)施層面對單細(xì)胞測序結(jié)果的可靠性提供了強(qiáng)有力的保證。繼單細(xì)胞懸液制備之后,又在另一道關(guān)鍵關(guān)卡提供了可靠的支持,幫助研究者在單細(xì)胞測序領(lǐng)域收獲更多的成果。搭建多種測序數(shù)據(jù)的生物信息分析平臺,5000+項(xiàng)目檢驗(yàn),真實(shí)可信賴。scRNA單細(xì)胞測序

烈冰生物BD Rhapsody單細(xì)胞分析系統(tǒng),可平行分析成千上萬個單細(xì)胞內(nèi)數(shù)千個基因的表達(dá)水平,單細(xì)胞RNA-seq正在改變我們對細(xì)胞的理解。而烈冰作為多平臺的技術(shù)服務(wù)提供商,基于BD 在生物學(xué)領(lǐng)域40年的專業(yè)技術(shù),滿足您的實(shí)驗(yàn)需求,在單細(xì)胞水平理解細(xì)胞形態(tài)和功能。BD單細(xì)胞測序分析系統(tǒng)克服了傳統(tǒng)檢測的局限性,如微陣列和大量細(xì)胞RNA-seq,這些技術(shù)檢測通過實(shí)現(xiàn)對各個細(xì)胞之間的微妙差異的觀察,依賴于對多個細(xì)胞的平行檢測。用戶可以鑒定和表征新型和罕見細(xì)胞類型,其進(jìn)一步幫助理解從免疫學(xué)到疾病發(fā)展的多個領(lǐng)域內(nèi)的生物學(xué)過程。成都BD單細(xì)胞多組學(xué)測序烈冰實(shí)驗(yàn)室包含從樣本處理到測序下機(jī)的全套實(shí)驗(yàn)平臺。

機(jī)體為響應(yīng)各種應(yīng)激,其細(xì)胞會從一種功能“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”;當(dāng)細(xì)胞在不同狀態(tài)之間轉(zhuǎn)變時,往往會經(jīng)歷轉(zhuǎn)錄重組,導(dǎo)致一些基因被沉默,一些基因被重新“喚醒”,但純化這些瞬態(tài)細(xì)胞進(jìn)行研究是很困難或不可能的;scRNA-seq擬時序分析可以讓我們在不需要純化的情況下查看這些細(xì)胞狀態(tài)。擬時序分析,即根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時間的變化情況,構(gòu)建細(xì)胞譜系發(fā)育,但這里的時間并不是真時間,而是一個虛擬的時間,是指的細(xì)胞與細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡。即使在同一個樣本中,也會存在多種不同的細(xì)胞形態(tài)。因此,不論測定了多少樣本,我們都可以采用擬時序分析對樣本中的細(xì)胞轉(zhuǎn)化和變化進(jìn)行描述。

針對單細(xì)胞測序的細(xì)胞數(shù)量判斷環(huán)節(jié):主要是對細(xì)胞數(shù)量、基因表達(dá)量、測序質(zhì)量進(jìn)行整體描述。過濾標(biāo)準(zhǔn):由于細(xì)胞破碎后游離RNA會釋放到環(huán)境或孔中,并且測序中也會存在一些死細(xì)胞,導(dǎo)致數(shù)據(jù)存在background值。因此,我們需要設(shè)定一定的標(biāo)準(zhǔn)來過濾掉假細(xì)胞或死細(xì)胞。以10× Genomics為例,細(xì)胞數(shù)量判斷主要通過分析UMI Counts-Barcode曲線斜率拐點(diǎn),當(dāng)存在多個斜率拐點(diǎn)的時候,結(jié)合預(yù)期UMI=500時的細(xì)胞數(shù)量進(jìn)行過濾。當(dāng)斜率拐點(diǎn)低于UMI=500的時候,選擇UMI=500作為細(xì)胞的判斷的標(biāo)準(zhǔn);否則,選擇和預(yù)期細(xì)胞數(shù)量接近的拐點(diǎn)作為細(xì)胞判斷的位置。這樣我們能夠有效獲得真實(shí)的并且在基因數(shù)量上可以分析的數(shù)據(jù)。烈冰生物成立于2010年,專注于單細(xì)胞測序領(lǐng)域科研服務(wù)。

烈冰生物單細(xì)胞測序服務(wù),為您提供可視化質(zhì)控系統(tǒng),保證每次實(shí)驗(yàn)的可靠性:BD Rhapsody 掃描儀具有直接成像功能,可在工作流程的不同階段進(jìn)行質(zhì)量控制,如細(xì)胞捕獲率和細(xì)胞多態(tài)率(雙細(xì)胞率)。成像儀指標(biāo)可以確認(rèn)起始細(xì)胞樣本的質(zhì)量,并確認(rèn)微孔板工作流程中每個步驟的成功完成狀態(tài) ;在細(xì)胞裂解前的步驟中評估細(xì)胞活性;并對通過測序確定的細(xì)胞回收量進(jìn)行可靠估算。利用這些信息,在進(jìn)行高成本的下游測序之前,用戶可根據(jù)需要改變方向并解決實(shí)驗(yàn)中遇到的問題。這些指標(biāo)允許用戶對不同工作日間的或者不同研究中心間的工作流程性能進(jìn)行跟蹤。搭配BD FACSMelody流式分選儀,全線搭建BD Rahpsody單細(xì)胞測序平臺。烈冰單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序

截至2022年6月,烈冰助力發(fā)表單細(xì)胞測序文章30+篇。scRNA單細(xì)胞測序

烈冰科技自主研發(fā)的單細(xì)胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),深度解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果,深入挖掘其背后的生物學(xué)意義;從操作便捷、結(jié)果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細(xì)胞研究,加速科研進(jìn)程!此外,烈冰生信團(tuán)隊(duì)根據(jù)豐富的實(shí)戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)為用戶量身打造了一款單細(xì)胞測序結(jié)果解讀的神兵利器——單細(xì)胞瀏覽器(Single Cell Browser),不但可以將海量復(fù)雜的結(jié)果文件可視化,還是可以實(shí)現(xiàn)三維立體化展示的軟件。專業(yè)的生信代碼交給專業(yè)的烈冰,專業(yè)的生物學(xué)意義交給專業(yè)的您!scRNA單細(xì)胞測序

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司位于江月路999號奇亞特中心22幢,交通便利,環(huán)境優(yōu)美,是一家服務(wù)型企業(yè)。烈冰生物是一家有限責(zé)任公司(自然)企業(yè),一直“以人為本,服務(wù)于社會”的經(jīng)營理念;“誠守信譽(yù),持續(xù)發(fā)展”的質(zhì)量方針。公司擁有專業(yè)的技術(shù)團(tuán)隊(duì),具有單細(xì)胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細(xì)胞多組學(xué)測序等多項(xiàng)業(yè)務(wù)。烈冰生物以創(chuàng)造***產(chǎn)品及服務(wù)的理念,打造高指標(biāo)的服務(wù),引導(dǎo)行業(yè)的發(fā)展。