溫州single cell 單細胞多組學測序

來源: 發(fā)布時間:2022-07-06

針對單細胞測序的細胞上樣數(shù),為什么不建議捕獲到的細胞數(shù)量越高越好?一味地追求高數(shù)量的細胞捕獲可能會存在一些問題。例如在上機細胞懸液濃度固定時,如果目標細胞捕獲數(shù)增加到8000甚至10000,上樣細胞懸液體積勢必增加,在細胞懸液質量不是很理想(細胞活性<90%、碎片率>5%、結團率均>5%)的情況下,引入的背景信號會增加,分析結果不理想的直接體現(xiàn)包括:cell、non-cell無法有效區(qū)分和Fraction reads in cells偏低。當cell和non-cell無法有效區(qū)分時,會使得數(shù)據(jù)出現(xiàn)假陽性和假陰性結果!當目標細胞捕獲數(shù)很大時,多細胞率會增加,數(shù)據(jù)分析時,此部分“cell”表現(xiàn)為基因檢測數(shù)和UMI檢測數(shù)是正常cell的N倍(N是一個GEM包裹的細胞數(shù)),導致所有細胞的統(tǒng)計數(shù)據(jù)(單個細胞基因檢測中位數(shù)、單個細胞UMI檢測中位數(shù))虛高。此部分“cell”雖然可以通過設置數(shù)據(jù)分析閾值進行過濾,但是容易會有此類數(shù)據(jù)的殘留和正常高基因檢測細胞的人為去除!自2019年起,烈冰生物BD單細胞測序平臺已助力發(fā)表近20篇一區(qū)CNS高分文章。溫州single cell 單細胞多組學測序

樣本制備后的保存 為了盡可能地減少轉錄組的變化,在對細胞進行清洗和計數(shù)后,單細胞懸液應當保存于冰上,直至用于后續(xù)的上機和文庫制備步驟。在理想狀況下,一旦制備好樣本,應當在3min鐘內將其用于下游步驟。然而,您還有必要了解各類細胞的不同性質,因為這可能會影響細胞應在冰上保存的時間,以及它們在制備后多久便應當被盡快使用。例如,有些細胞(如PBMC)如果在冰上放置一段時間,它們就開始形成團塊。這些團塊很難解離,增加了堵塞的風險,而且每個團塊被當成單細胞計數(shù),又降低了細胞計數(shù)的準確性。此外,有些細胞更加粘稠,形成團塊的速度更快。對于這些細胞,必須盡量減少制備和使用之間的時間差。青島BD Rhapsody單細胞測序2019年,烈冰已助力發(fā)表了采用BD Rahpsody平臺的單細胞風濕類文章。

單細胞測序技術(Single Cell Sequencing)從一種新興的研究角度,借助已有的高通量測序手段,幫助研究者在樣本中細胞的異質性、免疫微環(huán)境、發(fā)育學、免疫學以及其他領域中進行單細胞層面的數(shù)據(jù)解析,解決了Bulk Population Sequencing所無法解決的問題。這樣一個新的研究領域必然也需要足夠可靠的實驗手段來支撐。BD Rhapsody單細胞分選系統(tǒng)為此提供了完善的硬件設備,保證了從單細胞懸液質量評估到單細胞分選標記過程中每一個實驗步驟的準確質控。NovelBio單細胞實驗團隊借助BD Rhapsody單細胞分選系統(tǒng),在實驗實施層面對單細胞測序結果的可靠性提供了強有力的保證。繼單細胞懸液制備之后,又在另一道關鍵關卡提供了可靠的支持,幫助研究者在單細胞測序領域收獲更多的成果。

您的珍貴樣本,可以放心依賴烈冰生物BD Rhapsody單細胞捕獲系統(tǒng),基于BD平臺從原理到效率到通量的多重包容性,使得BD平臺對實驗過程存在的批次效應產(chǎn)生的可能性更小,可在技術、生物學、實驗中心和用戶之間的樣本檢測獲得一致、可靠的結果,而磁珠的拆分使用和即時存儲,可增加實驗設計的靈活性,配套的BD Scanner可視化工作流程質控,從細胞鋪板前微孔板空板檢測,到細胞上樣、磁珠上樣、磁珠洗滌掃描、細胞裂解、磁珠回收、回收磁珠掃描等全過程,均實現(xiàn)BD Scanner的可視化質控,讓您的每個樣本在實驗端全程無憂。單細胞測序技術遍地開花,烈冰BD 單細胞測序服務讓您的醫(yī)學研究如虎添翼。

烈冰生物在上海、北京、廣州、西安、江西等多地部署單細胞測序實驗組中心,多地部署搭建BD Rhapsody單細胞實驗平臺,基于微孔的強大的高通量單細胞分析系統(tǒng),為您提供可靠的單細胞分析工作流程,該系統(tǒng)可通過簡單的唯恐把工作流程和多重條碼標記系統(tǒng),對高通量單細胞進行多組學的信息捕獲,由此捕獲的信息科進一步生成各種類型的二代測序(NGS)文庫。之后對文庫進行測序和基于NovelBrain生物大數(shù)據(jù)分析平臺(云平臺)的數(shù)據(jù)可視化分析,實現(xiàn)高位分辨率下的組織內基因的表達差異和表達豐度。BD Rhapsody平臺在細胞捕獲過程中沒有偏好性,可同樣無差別捕獲中性粒細胞。武漢single cell 單細胞多組學測序

基于“靜態(tài)蜂巢”技術,實現(xiàn)落孔細胞的物力分割和磁珠的一對一匹配。溫州single cell 單細胞多組學測序

細胞計數(shù)和活力評估在評估樣本質量時,需要在細胞清洗和過濾之后測定細胞活力,這一點至關重要。測定細胞活力有許多種方法,烈冰多年單細胞測序經(jīng)驗發(fā)現(xiàn)臺盼藍法在鑒定活細胞與死細胞的比例時效果很好。細胞計數(shù)的準確性以及目標回收量和實際回收量之間的一致性,取決于我們了解樣本中有多少個細胞。一旦過濾和清洗完成,可采用細胞計數(shù)設備(如血球計數(shù)器或自動細胞計數(shù)儀)進行定量。這些設備不但能提供準確的細胞計數(shù),還能計算出向微流體芯片上樣適量細胞所需的細胞懸液體積。溫州single cell 單細胞多組學測序

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