重慶高通量測序單細胞測序平臺

單細胞測序?qū)嶒炘贅颖炯毎蠙C分選簽，需要對細胞數(shù)量、細胞活性進準(zhǔn)判斷，這對Single Cell分選標(biāo)記、建庫、下機數(shù)據(jù)的質(zhì)量都具有著決定性的作用。如若細胞計數(shù)偏高，將會影響建庫的成功率；計數(shù)偏低，則會提高雙細胞的比例；而細胞活率過低，就會使測序數(shù)據(jù)的利用率大打折扣，因此把好單細胞懸液質(zhì)量這一關(guān)尤為重要。而在鋪板過程中，由于不同操作人員手法具有不可避免的差異，不同的液體流速將直接影響單細胞的入孔效果。因此烈冰生物BD Rhapsody單細胞分選平臺配套了專門定制的電動移液器，其具有Prime Treat、Cell Load、Bead Load、Wash、Lysis、Retrieval多種操作模式，來對應(yīng)各種不同的操作。通過已經(jīng)設(shè)定的程序來控制液體的流速，大幅度降低人為操作習(xí)慣帶來的差異，保證實驗操作的一致性。單細胞測序因其強大的探究疾病--細胞--基因的關(guān)系，一度成為高通量測序技術(shù)的“天花板”。重慶高通量測序單細胞測序平臺

一味的追求高細胞數(shù)量的捕獲，小心得不償失，原因在這：單細胞測序所有的分析都是基于細胞聚類進行，而細胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后，獲得細胞基因表達譜，通過降維（pca），無監(jiān)督聚類以及可視化（t-SNE）得到的。進行細胞聚類時需要考慮到每個細胞的基因表達模式，因此即使是相同的數(shù)據(jù)，在剔除幾個細胞的情況下，前后獲得的聚類圖也會出現(xiàn)明顯不同。而當(dāng)細胞捕獲數(shù)過多時，無論是假陰性和假陽性數(shù)據(jù)還是多細胞數(shù)據(jù)，都會對正常細胞聚類產(chǎn)生影響，造成聚類結(jié)果失真。這也是很多文章，特別是很多高分文章，為什么單個樣本捕獲細胞數(shù)在2000-3000的原因了。烈冰建議單個樣本捕獲細胞數(shù)在3000-5000個時，數(shù)據(jù)量在100G左右時，可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求。上海10X Genomics單細胞測序服務(wù)公司單細胞測序是高通量測序下的又一重大技術(shù)突破。

基于10X Next GEM技術(shù)，單細胞測序一次實驗可以同時檢測近萬個細胞，可在一個樣本中同時獲3'端mRNA表達譜、如需和免疫組庫（TCR和BCR）的數(shù)據(jù)進行聯(lián)合時，即某些研究還需結(jié)合基因的表達譜和V(D)J數(shù)據(jù)進行復(fù)雜組織樣本的是影響免疫應(yīng)答分析，監(jiān)測免疫療法的效果，研究疾病發(fā)生、發(fā)展的分子機制，可進行單細胞免疫組庫測序： 烈冰單細胞免疫組庫平臺具備：1000+項目經(jīng)驗，一次實驗可同時獲取1000-20000個細胞的文庫構(gòu)建，獲得轉(zhuǎn)錄組和免疫組數(shù)據(jù)； 具備完善的免疫組庫測序和實驗質(zhì)控流程，獲取V(D)J全長序列的配對信息；豐富的免疫組庫測序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗，實現(xiàn)專屬個性化數(shù)據(jù)分析服務(wù)，搭配單細胞分析云平臺，一鍵導(dǎo)出交互性的動態(tài)結(jié)果報告。

現(xiàn)有的單細胞測序技術(shù)陣營在幾個主要領(lǐng)域存在差別。一個是分隔單個細胞以在其中進行微反應(yīng)的物理平臺。在這個空間，單個細胞的內(nèi)容物釋放，轉(zhuǎn)錄本或其他生物分析物被標(biāo)記或添加索引，以便下游識別?，F(xiàn)有技術(shù)的另一個主要區(qū)別是如何添加索引，就像生成測序文庫所涉及的流程步驟一樣。10X Genomics單細胞測序平臺采用動態(tài)微流控技（Drop-Seq具有類似的技術(shù)原理）。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠，其中一列縱向孔道輸入細胞，凝膠微珠與細胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上，并通過微流控技術(shù)，將之輸入到第二縱向孔道，即油相孔道中。這時候，就形成了一個個油滴并輸出并收集在EP管中。每一個油滴中會落入一個細胞以及一個凝膠微珠，那么在每一個凝膠微珠中上長滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列，再加上一端PolyT的抓手，構(gòu)成我們的捕獲凝膠微珠。而這個凝膠微珠抓手就會使用oligo dT抓住mRNA構(gòu)建文庫。烈冰測序數(shù)據(jù)分析平臺，不依賴已有物種信息，可研究非模式物種，針對不同平臺的數(shù)據(jù)，制定多套流程；

針對單細胞測序的細胞數(shù)量判斷環(huán)節(jié)：主要是對細胞數(shù)量、基因表達量、測序質(zhì)量進行整體描述。過濾標(biāo)準(zhǔn)：由于細胞破碎后游離RNA會釋放到環(huán)境或孔中，并且測序中也會存在一些死細胞，導(dǎo)致數(shù)據(jù)存在background值。因此，我們需要設(shè)定一定的標(biāo)準(zhǔn)來過濾掉假細胞或死細胞。以10× Genomics為例，細胞數(shù)量判斷主要通過分析UMI Counts-Barcode曲線斜率拐點，當(dāng)存在多個斜率拐點的時候，結(jié)合預(yù)期UMI=500時的細胞數(shù)量進行過濾。當(dāng)斜率拐點低于UMI=500的時候，選擇UMI=500作為細胞的判斷的標(biāo)準(zhǔn)；否則，選擇和預(yù)期細胞數(shù)量接近的拐點作為細胞判斷的位置。這樣我們能夠有效獲得真實的并且在基因數(shù)量上可以分析的數(shù)據(jù)。單細胞測序平臺，烈冰提供高性價比服務(wù)方案。吉林單細胞測序多組學(xué)測序

測序可準(zhǔn)確地分析基因表達差異、基因結(jié)構(gòu)變異、篩選分子標(biāo)記（SNPs或SSR）等生命科學(xué)重要問題。重慶高通量測序單細胞測序平臺

烈冰生物成立于2010年，與時俱進，堅持為科研學(xué)者提供國際前沿的高通量測序?qū)嶒灪蜕疃鹊纳镄畔?shù)據(jù)分析服務(wù)，已逐步發(fā)展為單細胞多組學(xué)檢測服務(wù)****。專注于“單細胞測序系列技術(shù)服務(wù)”的專精領(lǐng)域，在上海、北京、廣州、西安和江西等地擁有數(shù)千平辦公場所，并布局多中心產(chǎn)品研發(fā)生產(chǎn)基地和營銷、運營中心。2016年起連續(xù)被評為上海市****，60+項自主知識產(chǎn)權(quán)，轉(zhuǎn)化率近80%。產(chǎn)品覆蓋從單細胞測序，核測序，單細胞多組學(xué)，空間轉(zhuǎn)錄組測序等多組學(xué)聯(lián)合的實驗+數(shù)據(jù)分析全流程服務(wù)平臺。為600+國內(nèi)高校和醫(yī)院、5000+深度合作學(xué)者用戶、10000+生命科學(xué)探索的重要科研項目在醫(yī)藥開發(fā)、科學(xué)研究、醫(yī)學(xué)及臨床研究，疾病分子標(biāo)志物篩選、生命和神經(jīng)發(fā)育研究等提供多層次、多組學(xué)檢測服務(wù)和解決方案，助力300+CNS國際學(xué)術(shù)期刊文章發(fā)表，30+篇單細胞技術(shù)聯(lián)合（助力）發(fā)文，IF 10+文章占比＞65%。重慶高通量測序單細胞測序平臺

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