成都二代測序單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班

單細(xì)胞測序結(jié)果動輒上百G數(shù)據(jù)量，龐大的數(shù)據(jù)對于分析平臺和分析能力有著很高的要求，首先針對下機數(shù)據(jù)的質(zhì)控環(huán)節(jié)：單細(xì)胞測序產(chǎn)生數(shù)億的結(jié)果序列，不可避免的會出現(xiàn)低質(zhì)量的測序結(jié)果，存在各種情況的序列污染。因此序列過濾及質(zhì)量評估就會變得極為重要。序列質(zhì)量主要通過測序質(zhì)量值Q20/Q30的占比來表征，即堿基測序結(jié)果的錯誤率在1% / 0.1%以下的比例。理想的測序結(jié)果reads的堿基質(zhì)量均高于30。保證數(shù)據(jù)獲得后的處理結(jié)果的準(zhǔn)確性，為后續(xù)細(xì)胞類型鑒定和功能分析打下堅實基礎(chǔ)。過去的十年，我們是知識的承載者；現(xiàn)在，我們在努力構(gòu)建醫(yī)學(xué)的大數(shù)據(jù)時代；未來我們將重新定義知識形態(tài)！成都二代測序單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班

細(xì)胞中基因的表達是嚴(yán)格按照時間和空間順序發(fā)生，因此細(xì)胞類型和基因表達具有時間特異性和空間特異性。時間特異性可以通過收集不同時間點的樣本進行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序來分析。但是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序（scRNA-Seq）在單細(xì)胞懸液制備的過程中破壞了細(xì)胞的空間結(jié)構(gòu)，無法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細(xì)胞空間排布信息。而空間轉(zhuǎn)錄組可以解決這個問題，其以點陣形式記錄組織切片細(xì)胞的空間信息，在保留組織形態(tài)結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上，獲得細(xì)胞/基因的空間表達特異性。成都二代測序單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班基因測序相關(guān)產(chǎn)品和技術(shù)已由實驗室研究逐漸演變到臨床應(yīng)用，是下一個改變世界的技術(shù)。

樣本制備后的保存 為了盡可能地減少轉(zhuǎn)錄組的變化，在對細(xì)胞進行清洗和計數(shù)后，單細(xì)胞懸液應(yīng)當(dāng)保存于冰上，直至用于后續(xù)的上機和文庫制備步驟。在理想狀況下，一旦制備好樣本，應(yīng)當(dāng)在3min鐘內(nèi)將其用于下游步驟。然而，您還有必要了解各類細(xì)胞的不同性質(zhì)，因為這可能會影響細(xì)胞應(yīng)在冰上保存的時間，以及它們在制備后多久便應(yīng)當(dāng)被盡快使用。例如，有些細(xì)胞（如PBMC）如果在冰上放置一段時間，它們就開始形成團塊。這些團塊很難解離，增加了堵塞的風(fēng)險，而且每個團塊被當(dāng)成單細(xì)胞計數(shù)，又降低了細(xì)胞計數(shù)的準(zhǔn)確性。此外，有些細(xì)胞更加粘稠，形成團塊的速度更快。對于這些細(xì)胞，必須盡量減少制備和使用之間的時間差。

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序是在單細(xì)胞水平上高通量測序分析基因表達譜的技術(shù)，突破傳統(tǒng)高通量測序的局限性，組織解離后，單個樣本一次上機能捕獲500-20000個細(xì)胞， 基于每個細(xì)胞分別建庫測序，獲得單個細(xì)胞的基因結(jié)構(gòu)和基因表達狀態(tài)，并鑒定細(xì)胞的類型，可以在不同樣本間從細(xì)胞類型的組成和豐度角度進行比較，反映細(xì)胞間的異質(zhì)性。而2021年橫空出世的10X Genomics Chromium X平臺實現(xiàn)了單塊chip上的百萬級別通量的細(xì)胞捕獲，系統(tǒng)實現(xiàn)16個通道同時運行，每個通道可捕獲2000-20000個細(xì)胞（不混樣），并支持原Chromium Controller體統(tǒng)外的多種細(xì)胞捕獲百萬級別通量實驗，可準(zhǔn)確鑒別稀有細(xì)胞類型和適配大規(guī)模單細(xì)胞研究。強勢發(fā)文！烈冰單細(xì)胞測序助力揭示愈傷組織能再生的機制。

單細(xì)胞測序?qū)嶒炘贅颖炯?xì)胞上機分選簽，需要對細(xì)胞數(shù)量、細(xì)胞活性進準(zhǔn)判斷，這對Single Cell分選標(biāo)記、建庫、下機數(shù)據(jù)的質(zhì)量都具有著決定性的作用。如若細(xì)胞計數(shù)偏高，將會影響建庫的成功率；計數(shù)偏低，則會提高雙細(xì)胞的比例；而細(xì)胞活率過低，就會使測序數(shù)據(jù)的利用率大打折扣，因此把好單細(xì)胞懸液質(zhì)量這一關(guān)尤為重要。而在鋪板過程中，由于不同操作人員手法具有不可避免的差異，不同的液體流速將直接影響單細(xì)胞的入孔效果。因此烈冰生物BD Rhapsody單細(xì)胞分選平臺配套了專門定制的電動移液器，其具有Prime Treat、Cell Load、Bead Load、Wash、Lysis、Retrieval多種操作模式，來對應(yīng)各種不同的操作。通過已經(jīng)設(shè)定的程序來控制液體的流速，大幅度降低人為操作習(xí)慣帶來的差異，保證實驗操作的一致性。單細(xì)胞測序是高通量測序下的又一重大技術(shù)突破。天津高通量測序單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析

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現(xiàn)有的單細(xì)胞測序技術(shù)陣營在幾個主要領(lǐng)域存在差別。一個是分隔單個細(xì)胞以在其中進行微反應(yīng)的物理平臺。在這個空間，單個細(xì)胞的內(nèi)容物釋放，轉(zhuǎn)錄本或其他生物分析物被標(biāo)記或添加索引，以便下游識別。現(xiàn)有技術(shù)的另一個主要區(qū)別是如何添加索引，就像生成測序文庫所涉及的流程步驟一樣。10X Genomics單細(xì)胞測序平臺采用動態(tài)微流控技（Drop-Seq具有類似的技術(shù)原理）。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠，其中一列縱向孔道輸入細(xì)胞，凝膠微珠與細(xì)胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上，并通過微流控技術(shù)，將之輸入到第二縱向孔道，即油相孔道中。這時候，就形成了一個個油滴并輸出并收集在EP管中。每一個油滴中會落入一個細(xì)胞以及一個凝膠微珠，那么在每一個凝膠微珠中上長滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列，再加上一端PolyT的抓手，構(gòu)成我們的捕獲凝膠微珠。而這個凝膠微珠抓手就會使用oligo dT抓住mRNA構(gòu)建文庫。成都二代測序單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班

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