首要部分是前期分析部分，包括對(duì)實(shí)驗(yàn)方案的設(shè)計(jì)、測(cè)序方案的設(shè)計(jì)、以及測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)控。第二部分則是主要分析，包括轉(zhuǎn)錄組測(cè)序整體評(píng)估，基因差異表達(dá)分析及功能分析。第三部分是高級(jí)分析，這部分需要針對(duì)特定的實(shí)驗(yàn)?zāi)康暮托枨筮M(jìn)行選擇，如轉(zhuǎn)錄因子的分析、融合基因分析、與其他組學(xué)的聯(lián)合分析等。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的根本目的在于回答特定的生物學(xué)問(wèn)題，因此一個(gè)良好的實(shí)驗(yàn)方案的設(shè)計(jì)是其根本。其中，生物學(xué)重復(fù)的數(shù)量、文庫(kù)類(lèi)型及測(cè)序深度等因素直接關(guān)系到結(jié)果的好壞。在這里要尤其強(qiáng)調(diào)至少三個(gè)以上的生物學(xué)重復(fù)的重要性。三個(gè)以上的生物學(xué)重復(fù)是進(jìn)行任何可信的下游數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)分析的基礎(chǔ)，過(guò)少的生物學(xué)重復(fù)或者沒(méi)有重復(fù)將使分析結(jié)果的可信度較大降低。（融享生物是提供轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，宏基因組，16SITS等擴(kuò)增子服務(wù)商之一。河南醫(yī)學(xué)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序公司哪家好
轉(zhuǎn)錄組成為研究基因表達(dá)的主要手段，轉(zhuǎn)錄組是連接基因組遺傳信息與生物功能的蛋白質(zhì)組的必然紐帶，轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控是目前研究較多的，也是生物體較重要的調(diào)控方式。對(duì)于真核生物來(lái)說(shuō)，基因組比較大，測(cè)一個(gè)全基因組比較難，但是測(cè)轉(zhuǎn)錄組還是比較容易實(shí)現(xiàn)的。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(Transcriptome sequencing)是通過(guò)二代測(cè)序平臺(tái)快速多面地獲得某一物種特定細(xì)胞或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有的轉(zhuǎn)錄本及基因序列，可以用于研究基因表達(dá)量、基因功能、結(jié)構(gòu)、可變剪接和新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測(cè)等。目前，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序已經(jīng)被廣泛應(yīng)用于基礎(chǔ)研究、臨床診斷和藥物研發(fā)等領(lǐng)域。河南醫(yī)學(xué)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序公司哪家好轉(zhuǎn)錄服務(wù)博士團(tuán)隊(duì)專(zhuān)門(mén)為您打造屬于您的服務(wù)。
轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)質(zhì)量評(píng)估合格的轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)是轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的必要條件，為確保文庫(kù)的質(zhì)量，要從以下三方面對(duì)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序文庫(kù)進(jìn)行質(zhì)量評(píng)估:通過(guò)檢驗(yàn)插入片段在基因上的分布，評(píng)估m(xù)RN段化的隨機(jī)性、mRNA的降解情況;通過(guò)插入片段的長(zhǎng)度分布，評(píng)估插入片段長(zhǎng)度的離散程度;通過(guò)繪制飽和度圖，評(píng)估文庫(kù)容量和MappedData是否充足。插入片段長(zhǎng)度檢驗(yàn)插入片段長(zhǎng)度檢驗(yàn)用于反映文庫(kù)制備過(guò)程中磁珠純化的效果。通過(guò)插入片段兩端的Reads在參考基因組上的比對(duì)起止點(diǎn)之間的距離計(jì)算插入片段長(zhǎng)度。大部分的真核生物基因?yàn)閿嗔鸦颍怙@子被內(nèi)含子隔斷，而轉(zhuǎn)錄組測(cè)序得到的是無(wú)內(nèi)含子的成熟mRNA。當(dāng)mRNA中跨內(nèi)含子的片段兩端的Reads比對(duì)到基因組上時(shí)，比對(duì)起止點(diǎn)之間的距離要大于插入片段長(zhǎng)度。因此，在插入片段長(zhǎng)度模擬分布圖中，主峰右側(cè)有時(shí)會(huì)形成1個(gè)或多個(gè)小峰，此現(xiàn)象屬于正常。
本申請(qǐng)涉及轉(zhuǎn)錄組基因測(cè)序領(lǐng)域，特別是涉及一種轉(zhuǎn)錄組建庫(kù)的方法、試劑和應(yīng)用。背景技術(shù)：：基因組和轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是生命科學(xué)領(lǐng)域的基礎(chǔ)性工作。由于絕大部分非模式生物缺乏基因組數(shù)據(jù)，全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序就變得尤為重要，全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本可以促進(jìn)這些物種的基因功能、基因表達(dá)調(diào)控和進(jìn)化關(guān)系等多方面的基礎(chǔ)與應(yīng)用研究。當(dāng)前，絕大多數(shù)的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)都是基于第二代高通量測(cè)序技術(shù)獲得的。然而，第二代測(cè)序技術(shù)測(cè)序序列短，短序列拼接無(wú)法提供大量的長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本并且丟失了可變剪接等重要信息，因而轉(zhuǎn)錄組的從頭測(cè)序開(kāi)始采用pacbio第三代測(cè)序技術(shù)。在2013年pacbiorsii推出時(shí)，其通量較低，測(cè)序成本一直讓科研人員望而止步。到2015年10月，pacbio推出sequel平臺(tái)，大幅提升了全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組的測(cè)序通量，在通量上是pacbiorsii的5-10倍。鑒于三代測(cè)序技術(shù)在科研甚至臨床領(lǐng)域的發(fā)展?jié)摿Γ芏喙鞠嗬^引入sequel平臺(tái)，提供pacbio三代測(cè)序的全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序服務(wù)。目前pacbio三代測(cè)序的全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組按照pacbio公司推出的標(biāo)準(zhǔn)方案來(lái)進(jìn)行，過(guò)程如圖1所示，主要包括兩個(gè)方面：cdna的制備和轉(zhuǎn)錄組建庫(kù)。其中，cdna的制備包括使用clontech公司的smarterpcrcdnasynthesiskit試劑盒，將rna反轉(zhuǎn)錄生成cdna。融享生物在線為您提供眾多企業(yè)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序/mRNA測(cè)序技術(shù)服務(wù)。
如何獲取mRN段？真核生物成熟的mRNA一般帶有polyA尾巴，因此常規(guī)的轉(zhuǎn)錄組建庫(kù)流程中通常直接對(duì)具有PolyA尾巴的片段進(jìn)行捕獲，這樣可以得到純度較高的mRNA。但是這樣的方式對(duì)于mRNA的完整度要求較高，發(fā)生降解的樣本使用這種建庫(kù)方式會(huì)損失一定的轉(zhuǎn)錄組信息。另一種獲得mRNA的方式則去除在TotalRNA中占比比較高的rRNA（通常占比超過(guò)90%以上），而剩下的RNA中就包括了mRNA（占比為1-2%），這種方式對(duì)降解樣本的耐受度相對(duì)較高，但需要更高的測(cè)序數(shù)據(jù)量，且成本也更高。原核生物由于其mRNA不具有PolyA尾巴，因此只能選擇rRNA去除的方式。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，提供更精確的數(shù)字化信號(hào)，更高的檢測(cè)通量以及更多的檢測(cè)范圍。河南醫(yī)學(xué)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序公司哪家好
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全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 通過(guò)全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可快速的獲取某一條件下組織或細(xì)胞中大部分轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)情況。與常規(guī)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序相比，全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以同時(shí)獲得mRNA、lncRNA和circRNA三種類(lèi)型的RNA信息。 歐易特色 豐富的建庫(kù)經(jīng)驗(yàn)，過(guò)硬的建庫(kù)質(zhì)量 10余年文庫(kù)構(gòu)建技術(shù)沉淀，具備處理復(fù)雜樣品的能力和豐富的建庫(kù)經(jīng)驗(yàn) 具有特色的高級(jí)分析 lncRNA調(diào)控機(jī)制預(yù)測(cè)，lncRNA和mRNA的共表達(dá)分析，lncRNA、mRNA和circRNA的聯(lián)合分析等 結(jié)合客戶(hù)的需求，靈活進(jìn)行定制化信息分析 推薦測(cè)序模式 Hiseq4000，PE150 一般測(cè)序：10 Gb/樣本 深度測(cè)序：20 Gb/樣本 案例展示 案例一 鑒別肺結(jié)核中circRNA的表達(dá)特征及構(gòu)建ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 研究背景 肺結(jié)核（PTB）是由結(jié)核桿菌引起的慢性疾病，對(duì)人類(lèi)健康構(gòu)成嚴(yán)重威脅。circRNA被認(rèn)為在許多疾病的發(fā)病機(jī)理和發(fā)展過(guò)程中具有潛在的調(diào)控作用，然而，PTB中circRNA的表達(dá)模式和調(diào)控機(jī)理仍有待于研究。 技術(shù)路線 ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 研究?jī)?nèi)容 歐易生物攜手蘇州大學(xué)生物與基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)學(xué)院，通過(guò)全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序探究肺結(jié)核中circRNA的表達(dá)特征。作者闡明了肺結(jié)核中circRNA的表達(dá)特征，通過(guò)GO和KEGG富集分析對(duì)circRNA進(jìn)行了功能富集分析，構(gòu)建了肺結(jié)核中circRNA的ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。 河南醫(yī)學(xué)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序公司哪家好