河北定制邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)誠(chéng)信合作

    ，構(gòu)建單鏈DNA測(cè)序文庫(kù)。，固體支撐體的每一個(gè)單獨(dú)小空間中只包含一條DNA鏈，之后通過(guò)PCR特異性的將模板DNA進(jìn)行富集，從而達(dá)到測(cè)序所需的模板量。，反應(yīng)試劑清洗和成像捕捉，不斷反復(fù)進(jìn)行此三步循環(huán)，每一個(gè)循環(huán)按順序測(cè)定序列中的一個(gè)堿基。第二代測(cè)序技術(shù)的優(yōu)缺點(diǎn)第二代測(cè)序技術(shù)的優(yōu)點(diǎn)：一次能夠同時(shí)得到大量的序列數(shù)據(jù)，相比于一代測(cè)序技術(shù)，通量提高了成千上萬(wàn)倍；單條序列成本非常低廉。第二代測(cè)序技術(shù)的缺點(diǎn)：序列讀長(zhǎng)較短，Illumina平臺(tái)**長(zhǎng)為250-300bp，454平臺(tái)也只有500bp左右；由于建庫(kù)中利用了PCR富集序列，因此有一些含量較少的序列可能無(wú)法被大量擴(kuò)增，造成一些信息的丟失，且PCR過(guò)程中有一定概率會(huì)引入錯(cuò)配堿基；想要得到準(zhǔn)確和長(zhǎng)度較長(zhǎng)的拼接結(jié)果，需要測(cè)序的覆蓋率較高，導(dǎo)致結(jié)果錯(cuò)誤較多和成本增加。第二代測(cè)序技術(shù)的應(yīng)用二代測(cè)序是現(xiàn)階段科研市場(chǎng)的主力平臺(tái)，主要應(yīng)用包括：基因組測(cè)序、轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、群體測(cè)序、擴(kuò)增子測(cè)序、宏基因組測(cè)序、重測(cè)序等。由于成本較低，二代測(cè)序在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域應(yīng)用也十分***，主要包括：**基因組、遺傳病基因組、**與代謝疾病等。 邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)分子平臺(tái)可以基于成熟的qPCR技術(shù)定量檢測(cè)外源載體拷貝數(shù)，應(yīng)用于藥物分布實(shí)驗(yàn)如CAR-T等。河北定制邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)誠(chéng)信合作

    實(shí)施例3、實(shí)施例1制備的試劑盒的準(zhǔn)確性驗(yàn)證1、取1ng標(biāo)準(zhǔn)品2800m、樣本一、樣本二或樣本三(見實(shí)施例2中步驟二)，按照yfilerpluspcramplifcationkit(thermofisherscientific)的說(shuō)明書步驟進(jìn)行毛細(xì)管電泳檢測(cè)，得到各個(gè)基因座的等位基因基因型。分型結(jié)果見表4。表4注：m為毛細(xì)管電泳檢測(cè)技術(shù)的分型結(jié)果，e為二代測(cè)序技術(shù)的分型結(jié)果。2、按照實(shí)施例2中步驟一的方法檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)品2800m、樣本一、樣本二或樣本三，得到各個(gè)基因座的等位基因基因型。分型結(jié)果見表4。結(jié)果表明，實(shí)施例1制備的試劑盒與yfilerpluspcramplifcationkit重合的基因座，在標(biāo)準(zhǔn)品2800m、樣本一、樣本二和樣本三中的分型結(jié)果完全一致。實(shí)施例4、實(shí)施例1制備的試劑盒中引物具有不可替換性實(shí)施例1制備的試劑盒是本發(fā)明的發(fā)明人經(jīng)過(guò)大量實(shí)驗(yàn)獲得的，主要包括擴(kuò)增各個(gè)基因座引物的反復(fù)調(diào)試和引物濃度的摸索。由于復(fù)合的基因座數(shù)目較多，引物間相互抑制情況復(fù)雜，所以試劑盒中用于擴(kuò)增各個(gè)基因座的引物不可替換。1、設(shè)計(jì)并合成表5中第2列所示的、用于擴(kuò)增65個(gè)str基因座的引物，然后混合，獲得引物混合物1。設(shè)計(jì)并合成表5中第4列所示的、用于擴(kuò)增66個(gè)str基因座的引物，然后混合，獲得引物混合物2。重慶多靶點(diǎn)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)口碑推薦邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)具有多年伴隨診斷服務(wù)經(jīng)驗(yàn),獲得CNAS國(guó)際實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可,美國(guó)CAP認(rèn)證。

02FGFR通路的異常調(diào)控FGF/FGFR通路的異常調(diào)控由多種因素介導(dǎo)，包括：基因改變（擴(kuò)增、突變和染色體易位）；自分泌和旁分泌信號(hào)；血管生成以及上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化（EMT），進(jìn)而促進(jìn)細(xì)胞增殖、上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化和血管生成，并推動(dòng)**的發(fā)***展、侵襲、轉(zhuǎn)移等（圖2），其中主要的三種調(diào)控途徑為：a.FGFR基因擴(kuò)增導(dǎo)致的蛋白過(guò)表達(dá)；b.***性突變,該突變通常會(huì)導(dǎo)致配體親和力的提高或受體二聚化的增加及活化（配體不存在的情況下），或激酶結(jié)構(gòu)域的組成性***；c.由染色體易位導(dǎo)致的基因融合。圖2FGFR異常調(diào)控的致*機(jī)制[5]圖2FGFR異常調(diào)控的致*機(jī)制[5]03FGFR異常形式以及在不同**中的分布FGFR常見變異形式包括基因擴(kuò)增/過(guò)表達(dá)、***突變、基因融合等，此外還有重排、激酶結(jié)構(gòu)域重復(fù)及自分泌***等。FGFR的異常表達(dá)已在多種實(shí)體瘤腫中檢測(cè)到，如過(guò)表達(dá)常發(fā)生在肺*、腦*、頭頸*、前列腺*等，融合常發(fā)生在骨髓增生綜合征、T細(xì)胞淋巴瘤、膀胱*和肝內(nèi)膽管*等（表1）。

    RUROLimfinityNGS是適用于二代測(cè)序全流程的信息管理平臺(tái)，包含您提到的樣本前處理、樣本接收、處理、樣本存儲(chǔ)、文庫(kù)制備、測(cè)序、完成以及質(zhì)控等全流程信息管理，實(shí)現(xiàn)了真正意義上樣本全生命周期的管理，并且符合21CFRPart11電子簽名的規(guī)定1.不要?jiǎng)h除或篡改試驗(yàn)數(shù)據(jù)2.不隱藏不良的檢驗(yàn)結(jié)果3.了解并符合審查審計(jì)追蹤。每個(gè)反應(yīng)還包含四種雙脫氧核糖核苷酸的混合物，每一種對(duì)應(yīng)一個(gè)DNA堿基。這些雙脫氧核糖核苷酸與DNA單體十分類似，因此可以參與DNA鏈的增長(zhǎng)，但是他們和天然的脫氧核糖核苷酸有兩點(diǎn)不同：（1）他們?nèi)鄙僖粋€(gè)會(huì)影響DNA鏈進(jìn)一步衍生的3’羥基。在DNA延伸過(guò)程中，這個(gè)3’羥基一旦加入DNA分子中就會(huì)導(dǎo)致鏈的終止；（2）每個(gè)雙脫氧核糖核苷酸都有獨(dú)特的熒光染料吸附，使得DNA測(cè)序的自動(dòng)檢測(cè)得以進(jìn)行。 邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)病理檢測(cè)平臺(tái)配備有Roche/Leica/Dako等多種全自動(dòng)檢測(cè)儀器，有病理醫(yī)生進(jìn)行精確的判讀。

    01FGFR簡(jiǎn)介及信號(hào)通路成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子受體(FGFR)是高度保守、***分布的跨膜酪氨酸激酶受體，包括FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4四種受體亞型。成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子（FGF）與FGFR結(jié)合時(shí)，受體二聚化，從而引起受體激酶結(jié)構(gòu)域的細(xì)胞內(nèi)磷酸化、細(xì)胞內(nèi)信號(hào)傳導(dǎo)和基因轉(zhuǎn)錄的級(jí)聯(lián)反應(yīng)[1]。由FGFR***的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路包括RAS–RAF–MAPK，PI3K–AKT，STAT和PLC途徑，它們參與調(diào)控多種生物學(xué)過(guò)程，如***發(fā)育、血管新生、細(xì)胞增殖、遷移、抗凋亡等（圖1）。圖1FGFR信號(hào)通路[2-4]當(dāng)FGFR發(fā)生突變或者過(guò)表達(dá)時(shí)，會(huì)引起四個(gè)關(guān)鍵的下游信號(hào)通路的過(guò)度***，并進(jìn)一步誘發(fā)正常細(xì)胞*變：RAS-RAF-MAPK和PI3K-AKT過(guò)度***可分別刺激細(xì)胞增殖與分化及抑制細(xì)胞凋亡；SATA與促進(jìn)**侵襲和轉(zhuǎn)移，****逃逸能力密切相關(guān)；PLCγ信號(hào)通路則是**細(xì)胞轉(zhuǎn)移調(diào)控的重要途徑。 邁杰與大學(xué)，研究院所，醫(yī)院的科研人員進(jìn)行科研轉(zhuǎn)化研究合作,包括基礎(chǔ)科學(xué)研究及臨床應(yīng)用研究等。廣東多組學(xué)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)技術(shù)指導(dǎo)

邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)利用數(shù)字PCR進(jìn)行低豐度突變研究等；提供循環(huán)腫l瘤DNA檢測(cè)，可檢測(cè)EGFR、ERBB2等Biomarker。河北定制邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)誠(chéng)信合作

    反應(yīng)體系為20μl，由10μl2×mastermix(德國(guó)qiagen公司)、1μl標(biāo)準(zhǔn)品2800m水溶液、引物混合物和無(wú)核酶水組成。該反應(yīng)體系中，各個(gè)引物的濃度見表1中第5列。反應(yīng)程序：95℃5min；95℃30s，60℃2min，72℃2min，28個(gè)循環(huán)；72℃5min；4℃保存。3、純化和定量(1)取pcr擴(kuò)增產(chǎn)物，按照pcrpurificationkit的說(shuō)明書步驟進(jìn)行純化，得到pcr純化產(chǎn)物。(2)將pcr純化產(chǎn)物按照qubittmdsdnahsassaykit說(shuō)明書，采用，得到pcr純化產(chǎn)物的濃度。4、文庫(kù)制備取pcr純化產(chǎn)物，按照truseqdnapcr-freehtlibraryprepkit的說(shuō)明書操作步驟依次進(jìn)行末端修復(fù)、末端修復(fù)產(chǎn)物純化、連接a-tail、連接adapter和連接產(chǎn)物的純化，然后按照kapalibraryquantificationkit的說(shuō)明書步驟進(jìn)行文庫(kù)定量及文庫(kù)標(biāo)準(zhǔn)化，完成文庫(kù)制備。5、上樣測(cè)試取步驟4制備的文庫(kù)，使用miseqreagentkitv3-600cycles測(cè)序試劑于miseqfgx二代測(cè)序儀上進(jìn)行測(cè)序。6、數(shù)據(jù)分析測(cè)序結(jié)束后儀器自動(dòng)生成fastq文件，使用。運(yùn)行，在notepad中錄入68個(gè)基因座基因配置文件?；蜃蚺渲梦募缦拢孩倩蜃Q，②y，③正向引物后12個(gè)堿基，④反向引物前12個(gè)堿基的反向互補(bǔ)序列，⑤該基因座**序列的兩個(gè)重復(fù)單元，⑥一個(gè)重復(fù)單元的堿基數(shù)。 河北定制邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)誠(chéng)信合作