北京個性化邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺技術(shù)指導(dǎo)

    室溫孵育1分鐘。e.孔板再次放上磁力架，等待2分鐘，溶液澄清后，轉(zhuǎn)移上清到新的孔板中。三、第二輪多重PCRa.第二輪特異性引物是普通的PCR擴(kuò)增引物，在其5’端加上測序接頭5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-3’共80個左右的堿基，其中根據(jù)目標(biāo)區(qū)域設(shè)計得到的序列長度是20個堿基左右，Tm值設(shè)定在60℃，多個引物混成一個IP引物池做為第二輪PCR的上游引物。P7的序列：5’-CAAGCAGAAGACGGCATACGAG-3’。配置PCR總體系，按照理論值的125％配制，震蕩混勻，短時離心。b.孔板放入PCR儀中，選擇MAPlex-2nd程序運(yùn)行2個小時。四、PCR產(chǎn)物純化步驟同二，做兩次純化，徹底去除引物二聚體。***次使用28uL的磁珠純化，用20uL的NFW洗脫；第二次用20uL的磁珠純化，用25uL的NFW洗脫。五、電泳鑒定每個樣品取5uL，進(jìn)行％的瓊脂糖電泳，觀察是否有條帶，以及條帶長度是否在300-400bp之間。實(shí)施例5.文庫定量與混合a.將標(biāo)準(zhǔn)品、熒光定量試劑、引物從-20℃取出放置于冰上融化。b.樣品稀釋10000倍，分兩次梯度稀釋。***次取文庫原液2uL，加入198uL的NFW，振蕩混勻或者用***吹打混勻，短時離心。再從中取出10uL，加入990uLNFW，振蕩混勻或者用***吹打混勻，短時離心。邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)同時擁有符合GMP和ISO 13485的要求的GMP生產(chǎn)車間及倉儲，可以充分滿足客戶的需求。北京個性化邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺技術(shù)指導(dǎo)

    目前***使用的用于蛋白質(zhì)鑒定的質(zhì)譜分析主要使用兩種類型質(zhì)譜：一種是MALDI-TOF直接對分子量進(jìn)行測量；另一種是使用ESI-MS高分辨率質(zhì)譜分析電噴霧得到的多電荷信號，然后對信號進(jìn)行去卷積分析，獲得精確分子量數(shù)值。這兩種方法各有其優(yōu)點(diǎn)及適用的領(lǐng)域。百泰派克生物同時配備了這兩種質(zhì)譜分析系統(tǒng)，可用于各類蛋白質(zhì)樣品分子量測定，滿足包括肽指紋圖譜分析及蛋白質(zhì)鑒定在內(nèi)的多種蛋白質(zhì)分子量分析需求。ESI電離噴霧測定分子量案例分析：1大于10KDa分子量的某蛋白藥物精確分子量測定百泰派克通過online反相色譜分離后，直接用QExactive質(zhì)譜儀對原始信號進(jìn)行采集。然后使用ProMassforXcaliburTM對原始數(shù)據(jù)進(jìn)行deconvolution計算，得到樣品精確分子量。進(jìn)入質(zhì)譜之前的反相色譜分離過程中連接了紫外檢測器（如下圖所示），在實(shí)現(xiàn)對樣品分離的同時，還會對樣品的純度進(jìn)行評估；色譜分離的過程也降低了在精確分子量檢測過程中對樣品純度的要求。利用軟件對質(zhì)譜原始數(shù)據(jù)進(jìn)行分析時，可以根據(jù)TIC（總離子流圖）分別對樣品中的主要成分和次要成分的分子量進(jìn)行選擇和分析。例如我們對上圖中紅框標(biāo)注的主要成分進(jìn)行分子量分析，我們只需要找到該時刻得到質(zhì)譜原始數(shù)據(jù)（如下圖所示）。北京個性化邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺技術(shù)指導(dǎo)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)目前已完成約30+靶點(diǎn)的方法學(xué)驗(yàn)證，50+靶點(diǎn)的方法學(xué)建立。

    二代測序是一個強(qiáng)大的功能平臺，它可以同時給數(shù)以萬計的DNA分子進(jìn)行測序。由于這種可以多個樣本同時測序的能力，在個性化醫(yī)療、遺傳疾病和臨床診斷等方面，二代測序也就是高通量測序開創(chuàng)了**性的領(lǐng)域。早在1900年代就發(fā)明的Sanger測序法，成為了DNA測序的黃金法則，即便到了***它仍被***用來進(jìn)行常規(guī)測序和NGS數(shù)據(jù)的驗(yàn)證。它利用高保真DNA聚合酶生成與單鏈DNA模版互補(bǔ)的拷貝。在每個反應(yīng)中，一個可以特異性識別模版的單鏈引物，可以從3端開始啟動DNA合成，根據(jù)堿基互補(bǔ)配對原則，脫氧核糖核苷酸或簡單的核苷酸是一個接一個的與模版配對。NGS平臺自身的軟件大多是做分析及報告的，樣本管理或者實(shí)驗(yàn)管理一般需要單獨(dú)上信息化，對整體業(yè)務(wù)效率還是有明顯提高的。

    吸棄上清。f.每孔加入100uL80％乙醇，靜置30秒，吸棄上清。重復(fù)一遍。短時離心，吸棄上清。g.晾干3-5分鐘，觀察磁珠表面不再潮濕反光，成霧面狀，可離開磁力架，每孔加入30uLNFW，吹打混勻重懸磁珠，室溫孵育1分鐘。h.孔板再次放上磁力架，等待2分鐘，溶液澄清后，轉(zhuǎn)移上清到新的孔板中。實(shí)施例3.多重PCR一、***輪多重PCRa.按照QubitdsDNAHSAssayKit操作手冊檢測樣品濃度，根據(jù)Qubit檢測的樣本濃度，每個樣品取同樣的量(10ng)，每5～10個樣本混合在一起轉(zhuǎn)移到新的孔板中。b.***輪特異性引物是普通的PCR擴(kuò)增引物，共20個左右的堿基，Tm值設(shè)定在60℃，序列根據(jù)目標(biāo)區(qū)域設(shè)計得到，多個引物混成一個OP引物池做為***輪PCR的上游引物。配置PCR總體系,按照理論值的125％配，震蕩混勻，短時離心。c.孔板放入PCR儀中，選擇MAPlex-1st程序運(yùn)行2個小時。二、PCR產(chǎn)物純化，取下孔板，打開蓋子，每孔加入60uL的磁珠，吹打混勻，室溫下孵育5分鐘。b.將孔板或八聯(lián)管放上磁力架，等待2分鐘，溶液澄清后，吸棄上清。c.每孔加入100uL80％乙醇，靜置30秒，吸棄上清。重復(fù)一遍。d.晾干3-5分鐘，觀察磁珠表面不再潮濕反光，成霧面狀，可離開磁力架，每孔加入20uLNFW，吹打混勻重懸磁珠。邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)致力于解決創(chuàng)新藥物的研發(fā)痛點(diǎn)及患者的用藥痛點(diǎn)，助力精zhun醫(yī)療！

    測序成本的變化除了測序通量和讀長的進(jìn)步之外，測序技術(shù)的大范圍應(yīng)用**主要應(yīng)該歸功于成本的下降，在早期只有***代測序技術(shù)之時，人類基因組計劃耗資30億美元才獲得了大部分的人類基因組信息，這樣高昂的成本顯然不是常規(guī)科學(xué)研究者能夠承受的?；驕y序技術(shù)成本變化新一代測序技術(shù)的發(fā)明和應(yīng)用**降低了獲取核酸序列所需的成本，其打破了摩爾定律的限制，使得獲得基因序列所需的金錢出現(xiàn)了斷崖式的下降，在2008年，全基因組測序的成本降至20萬美元，到2010年，該費(fèi)用已經(jīng)可以控制在10000美元以內(nèi)，目前，測定一個人類的全基因組只需要不到1000美元即可完成。測序技術(shù)的發(fā)展方向目前，基因測序技術(shù)已經(jīng)在眾多領(lǐng)域得到廣泛應(yīng)用，包括生物的基因組圖譜繪制、環(huán)境基因組學(xué)和微生物多樣性、轉(zhuǎn)錄水平動態(tài)響應(yīng)及其調(diào)控機(jī)制，疾病相關(guān)基因的確定和診斷、表觀遺傳學(xué)和考古學(xué)、物種進(jìn)化演替過程等等。就當(dāng)前市場形勢看來第二代短讀長測序技術(shù)在全球測序市場上仍然占有著***的優(yōu)勢地位，但第三代測序技術(shù)的應(yīng)用也已在近幾年實(shí)驗(yàn)了快速發(fā)展。未來基因測序技術(shù)發(fā)展方向：更快的序列獲取速度；更準(zhǔn)確的堿基識別方式；更長的單條測序序列長度；更輕便的測序儀器平臺；更簡便的操作過程。 邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)與全球品牌藥企廣f泛展開伴隨診斷產(chǎn)品的開發(fā)合作，已有多個診斷產(chǎn)品上市。福建專注邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺共同合作

邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)--伴隨診斷整體解決方案提供者,檢測技術(shù)平臺全涵蓋.北京個性化邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺技術(shù)指導(dǎo)

    基于以上研究，邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)可針對患者分層及各類研究指標(biāo)提供FGFR抑制劑***中生物標(biāo)志物研究的整體解決方案，包含：HumanComprehensivePanelMed1CDx；定制的panFGFxpanel；QIAGENtherascreen®FGFRRGQRT-PCRKit；RNAscope檢測FGFR1/2/3/4mRNA表達(dá)；FISH（FGF19擴(kuò)增）；IHC（FGF19表達(dá)）等（圖4）。圖4FGFR抑制劑相關(guān)的生物標(biāo)志物整體解決方案??方案1：Med1CDxNGSpanel(601基因)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)的Med1CDx綜合panel包含原*基因、遺傳性驅(qū)動基因、細(xì)胞周期基因和免疫/炎癥相關(guān)基因等601個基因，可用于對TMB、MMR、MSI、免疫檢查點(diǎn)分子、**新生抗原和HLA分型等***的分析。對于FGFR抑制劑研究，該panel除了能夠檢測FGFR基因的SNV/INDEL、基因重排和擴(kuò)增等異常，也可以評估已知和探索新的耐藥變異（圖5）。圖5Med1CDx基因分布??方案2：定制panelpanFGFx（40基因）值得關(guān)注的是，邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)針對FGFR抑制劑的研究研發(fā)了“小而精”的panFGFxpanel：FGFR1-4探針覆蓋基因全部外顯子，包括UTR區(qū)，覆蓋**全，同時檢測已知與未知SNV/InDel；針對融合檢測，加入了已知融合伙伴的相關(guān)探針，提高已知融合檢出率；如有新融合發(fā)現(xiàn)需求，可提供涵蓋全部內(nèi)含子區(qū)版本；針對拷貝數(shù)擴(kuò)增檢測。 北京個性化邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺技術(shù)指導(dǎo)