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panFGFxpanel的優(yōu)勢在于：針對性強——panel“小而精”，集中研究FGFR及上下游信號通路關(guān)鍵基因；應(yīng)用性廣——panel小，成本低；搭配酶切建庫法、快速雜交法，縮短TAT；靈活性強——探針可實現(xiàn)物理上模塊區(qū)分，隨時滿足伴隨診斷產(chǎn)品開發(fā)需求。??方案3：IHC法檢測FGF-19過表達當前針對肝*及乳腺*的FGFR4抑制劑開發(fā)速度很快，多個藥物進入臨床II期的研究。FGFR4-FGF19信號通路在肝細胞*（HCC）的發(fā)***展過程中發(fā)揮重要的作用。有研究顯示，在骨骼肌中過表達FGF19的轉(zhuǎn)基因小鼠在其生命早期會發(fā)生多發(fā)性HCC，而其他組織則不會受到影響，初步推斷FGF19通過***FGFR4增加肝細胞增殖而誘導(dǎo)肝*（圖6）。

圖6高表達FGF19-FGFR4靶向晚期肝*[10]FGFR4高選擇性抑制劑在FGF-19過表達的HCC荷瘤小鼠病理模型上呈現(xiàn)了***的抗**藥效。FGF-19擴增和過表達有望成為FGFR4選擇性抑制劑***HCC的重要生物標志物。邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學的病理平臺已經(jīng)建立并系統(tǒng)驗證了FGF-19IHC檢測方法，迄今已為國內(nèi)眾多創(chuàng)新藥企的臨床研究提供了檢測支持服務(wù)（圖7）。 邁杰基于基因組學、蛋白組學、細胞組學及病理組學等綜合性轉(zhuǎn)化醫(yī)學平臺，豐富的伴隨診斷開發(fā)經(jīng)驗。山西提供邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學NGS平臺服務(wù)至上

    pcrpurificationkit為德國qiagen公司的產(chǎn)品，產(chǎn)品目錄號為y5-28006。。qubittmdsdnahsassaykit為thermofisher公司的產(chǎn)品，貨號為q32854。truseqdnapcr-freehtlibraryprepkit為illumina公司的產(chǎn)品，產(chǎn)品目錄號為fc-121-3003。kapalibraryquantificationkit為kapa公司的產(chǎn)品，產(chǎn)品目錄號為kk4824。miseqreagentkitv3-600cycles測序試劑為illumina公司的產(chǎn)品，貨號為ms-102-3003。miseqfgx二代測序儀為illumina公司的產(chǎn)品。實施例1、基于二代測序技術(shù)檢測68個基因座的試劑盒的制備一、68個基因座的篩選本發(fā)明的發(fā)明人通過查閱文獻和現(xiàn)有二代測序str分型產(chǎn)品獲得大量候選的y-str基因座，然后根據(jù)中國人群str群體遺傳多態(tài)性分析結(jié)果，**終篩選獲得68個基因座，包括67個y-str基因座和1個性別決定amelogenin基因座。 山西提供邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學NGS平臺創(chuàng)新服務(wù)方法簡單易行，醫(yī)保覆蓋，適于臨床推廣。

    PacBio平臺技術(shù)關(guān)鍵DNA聚合酶，該技術(shù)得到的序列讀長主要跟DNA聚合酶的活性有關(guān)，它主要受激光對其造成的損傷所影響。熒光基團標記在核苷酸3'端磷酸上，在DNA合成過程中，3'端的磷酸鍵隨著DNA鏈的延伸被斷開，標記物被棄去，減少了DNA合成的空間位阻，維持DNA鏈連續(xù)合成，延長了測序讀長。ZMW(零模波導(dǎo)孔)，將反應(yīng)信號與周圍游離堿基的強大熒光背景進行區(qū)分，在一個反應(yīng)管中有許多這樣的圓形納米小孔，其外徑*有100nm，激光從底部打出后不能穿透小孔進入上方溶液區(qū)，能量被限制在一個小范圍里，使得熒光信號*來自這個小反應(yīng)區(qū)域，孔外其它游離核苷酸單體依然留在黑暗中，從而實現(xiàn)將背景熒光降到比較低。PacBio平臺技術(shù)優(yōu)勢1.近乎完美的一致性和準確性三代測序單堿基錯誤率雖然很高，但是這種單堿基的錯誤是隨機發(fā)生的，因此，對同一段序列測序覆蓋多次就能夠進行糾錯，一般覆蓋到10X以上的深度就能達到。2.不存在測序的偏好性因為SMRT技術(shù)在樣本制備時無需PCR擴增，對于某些具有極端的堿基組成的核酸區(qū)域，三代測序也是無偏好性的，同時也不受回文序列的影響。3.序列準確比對二代測序得到的序列由于長度不夠，在進行比對時，會出現(xiàn)很多錯誤匹配，從而造成假陽性SNP位點。

    基于以上研究，邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學可針對患者分層及各類研究指標提供FGFR抑制劑***中生物標志物研究的整體解決方案，包含：HumanComprehensivePanelMed1CDx；定制的panFGFxpanel；QIAGENtherascreen®FGFRRGQRT-PCRKit；RNAscope檢測FGFR1/2/3/4mRNA表達；FISH（FGF19擴增）；IHC（FGF19表達）等（圖4）。圖4FGFR抑制劑相關(guān)的生物標志物整體解決方案??方案1：Med1CDxNGSpanel(601基因)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學的Med1CDx綜合panel包含原*基因、遺傳性驅(qū)動基因、細胞周期基因和免疫/炎癥相關(guān)基因等601個基因，可用于對TMB、MMR、MSI、免疫檢查點分子、**新生抗原和HLA分型等***的分析。對于FGFR抑制劑研究，該panel除了能夠檢測FGFR基因的SNV/INDEL、基因重排和擴增等異常，也可以評估已知和探索新的耐藥變異（圖5）。圖5Med1CDx基因分布??方案2：定制panelpanFGFx（40基因）值得關(guān)注的是，邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學針對FGFR抑制劑的研究研發(fā)了“小而精”的panFGFxpanel：FGFR1-4探針覆蓋基因全部外顯子，包括UTR區(qū)，覆蓋**全，同時檢測已知與未知SNV/InDel；針對融合檢測，加入了已知融合伙伴的相關(guān)探針，提高已知融合檢出率；如有新融合發(fā)現(xiàn)需求，可提供涵蓋全部內(nèi)含子區(qū)版本；針對拷貝數(shù)擴增檢測。 邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學為客戶提供生物標記物發(fā)現(xiàn)、 靶點驗證、伴隨診斷開發(fā)與商業(yè)化、患者用藥指導(dǎo)等一體化解決方案。

    ⑦側(cè)翼序列堿基數(shù)，各部分之間用tab鍵隔開。按照這種格式依次對68個基因座進行錄入。68個基因座基因配置文件錄入完成后，運行***。該文件給出了①基因座名稱，②基因分型，③擴增子堿基數(shù)，④擴增子序列信息，⑤測序深度五個部分。根據(jù)國際法醫(yī)遺傳學會(internationalsocietyforforensicgenetics，isfg)發(fā)表的關(guān)于y-str基因座的str序列指南()和niststr數(shù)據(jù)庫(strbase.)y染色體str情況說明對67個y-str基因座的序列構(gòu)建**重復(fù)結(jié)構(gòu)。實驗結(jié)果見表3。結(jié)果表明，標準品2800m得到了完整的str分型，完全能夠滿足法醫(yī)str檢驗的要求。表3-1注：n與其后數(shù)字表示一段堿基序列，其后數(shù)字表示序列的堿基數(shù)目。表3-2注：n與其后數(shù)字表示一段堿基序列，其后數(shù)字表示序列的堿基數(shù)目。二、采用實施例1制備的試劑盒的應(yīng)用——口腔拭子樣本的基因座分型樣本一、樣本二和樣本三為3名漢族男性無關(guān)個體的口腔拭子的基因組dna，濃度均為1ng/μl。3名漢族男性均知情同意。將步驟一中的標準品2800m水溶液替換為樣本一、樣本二或樣本三，其它步驟均不變。檢測結(jié)果見表3。結(jié)果表明，樣本一、樣本二和樣本三均獲得了完整的str分型結(jié)果。 邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學利用數(shù)字PCR進行低豐度突變研究等；提供循環(huán)腫l瘤DNA檢測，可檢測EGFR、ERBB2等Biomarker。山西提供邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學NGS平臺服務(wù)至上

邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學可以提供覆蓋肺ai、腸ai、肝ai、胃ai、乳腺ai、前列腺ai等多種實體瘤的上百項檢測項目。山西提供邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學NGS平臺服務(wù)至上

    3、主要平臺提供方ABI公司三、二代測序簡介1、Roche454測序:454測序是大規(guī)模平行測序的開始。2003年底，454公司推出了基于焦磷酸測序法的超高通量基因組測序系統(tǒng)—(GS)。2005年454公司被羅氏診斷公司收購，之后優(yōu)化推出GenomeSequencerFLXSystem(GSFLX)。羅森博格博士是該技術(shù)的創(chuàng)始人,也是IonTorrent平臺的創(chuàng)始人。454平臺的突出優(yōu)勢是長讀長(400nt)，但準確率低，成本高。是高通量測序的過渡。454測序技術(shù)的具體步驟為：（1）構(gòu)建測序文庫。將基因組DNA打碎成300～800個堿基片段后，在兩端加上錨定接頭；（2）PCR擴增。擴增產(chǎn)生成千上萬個拷貝；（3）焦磷酸測序。復(fù)制過程中如果發(fā)生堿基互補配對，就會釋放1個焦磷酸，在一系列酶的催化下，釋放出熒光信號，會被CCD捕獲到。每個堿基反應(yīng)都會捕獲到1個熒光信號，由此一一對應(yīng)，模板的堿基序列由此獲得。作者：心平氣和鏈接：源：知乎著作權(quán)歸作者所有。商業(yè)轉(zhuǎn)載請聯(lián)系作者獲得授權(quán)，非商業(yè)轉(zhuǎn)載請注明出處。 山西提供邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學NGS平臺服務(wù)至上