安徽專業(yè)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)值得推薦

    本發(fā)明涉及生物技術(shù)領(lǐng)域，特別涉及二代測(cè)序文庫構(gòu)建技術(shù)。背景技術(shù)：二代測(cè)序由于其超高的測(cè)序能力在科研和臨床中具有極為重要的應(yīng)用。二代測(cè)序技術(shù)也稱深度測(cè)序、大規(guī)模平行測(cè)序，**思想是邊合成邊測(cè)序(SequencingbySynthesis)，即通過捕捉新合成的末端的標(biāo)記來確定DNA的序列，現(xiàn)有的技術(shù)平臺(tái)主要有Roche/454FLX、Illumina/SolexaGenomeAnalyzer和AppliedBiosystemsSOLIDsystem。這三個(gè)技術(shù)平臺(tái)各有優(yōu)點(diǎn)，454FLX的測(cè)序片段比較長(zhǎng)，高質(zhì)量的讀長(zhǎng)能達(dá)到400bp；Solexa測(cè)序性價(jià)比**高，不*機(jī)器的售價(jià)比其他兩種低，而且運(yùn)行成本也低，在數(shù)據(jù)量相同的情況下，成本只有454測(cè)序的1/10；SOLID測(cè)序的準(zhǔn)確度高，原始?jí)A基數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確度大于％，而在15×覆蓋率時(shí)的準(zhǔn)確度可以達(dá)到％。Illumina/SolexaGenomeAnalyzer測(cè)序的基本原理是邊合成變測(cè)序。在Sanger等測(cè)序方法的基礎(chǔ)上，通過技術(shù)創(chuàng)新，用不同顏色的熒光標(biāo)記四種不同的dNTP，當(dāng)DNA聚合酶合成互補(bǔ)鏈時(shí)，每添加一種dNTP就會(huì)釋放出不同的熒光，根據(jù)捕捉的熒光信號(hào)并經(jīng)過特定的計(jì)算機(jī)軟件處理，從而獲得待測(cè)DNA的序列信息。二代測(cè)序的一般流程如下：1)文庫制備，將DNA用霧化或超聲波隨機(jī)片段化成幾百堿基或更短的小片段。經(jīng)多平臺(tái)平行驗(yàn)證（MSI-PCR、MSI-NGS)，一致性高，特異性好.安徽專業(yè)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)值得推薦

    3、主要平臺(tái)提供方ABI公司三、二代測(cè)序簡(jiǎn)介1、Roche454測(cè)序:454測(cè)序是大規(guī)模平行測(cè)序的開始。2003年底，454公司推出了基于焦磷酸測(cè)序法的超高通量基因組測(cè)序系統(tǒng)—(GS)。2005年454公司被羅氏診斷公司收購(gòu)，之后優(yōu)化推出GenomeSequencerFLXSystem(GSFLX)。羅森博格博士是該技術(shù)的創(chuàng)始人,也是IonTorrent平臺(tái)的創(chuàng)始人。454平臺(tái)的突出優(yōu)勢(shì)是長(zhǎng)讀長(zhǎng)(400nt)，但準(zhǔn)確率低，成本高。是高通量測(cè)序的過渡。454測(cè)序技術(shù)的具體步驟為：（1）構(gòu)建測(cè)序文庫。將基因組DNA打碎成300～800個(gè)堿基片段后，在兩端加上錨定接頭；（2）PCR擴(kuò)增。擴(kuò)增產(chǎn)生成千上萬個(gè)拷貝；（3）焦磷酸測(cè)序。復(fù)制過程中如果發(fā)生堿基互補(bǔ)配對(duì)，就會(huì)釋放1個(gè)焦磷酸，在一系列酶的催化下，釋放出熒光信號(hào)，會(huì)被CCD捕獲到。每個(gè)堿基反應(yīng)都會(huì)捕獲到1個(gè)熒光信號(hào)，由此一一對(duì)應(yīng)，模板的堿基序列由此獲得。作者：心平氣和鏈接：源：知乎著作權(quán)歸作者所有。商業(yè)轉(zhuǎn)載請(qǐng)聯(lián)系作者獲得授權(quán)，非商業(yè)轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明出處。 廣東抗體全邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)誠(chéng)信合作邁杰與大學(xué)，研究院所，醫(yī)院的科研人員進(jìn)行科研轉(zhuǎn)化研究合作,包括基礎(chǔ)科學(xué)研究及臨床應(yīng)用研究等。

    pcrpurificationkit為德國(guó)qiagen公司的產(chǎn)品，產(chǎn)品目錄號(hào)為y5-28006。。qubittmdsdnahsassaykit為thermofisher公司的產(chǎn)品，貨號(hào)為q32854。truseqdnapcr-freehtlibraryprepkit為illumina公司的產(chǎn)品，產(chǎn)品目錄號(hào)為fc-121-3003。kapalibraryquantificationkit為kapa公司的產(chǎn)品，產(chǎn)品目錄號(hào)為kk4824。miseqreagentkitv3-600cycles測(cè)序試劑為illumina公司的產(chǎn)品，貨號(hào)為ms-102-3003。miseqfgx二代測(cè)序儀為illumina公司的產(chǎn)品。實(shí)施例1、基于二代測(cè)序技術(shù)檢測(cè)68個(gè)基因座的試劑盒的制備一、68個(gè)基因座的篩選本發(fā)明的發(fā)明人通過查閱文獻(xiàn)和現(xiàn)有二代測(cè)序str分型產(chǎn)品獲得大量候選的y-str基因座，然后根據(jù)中國(guó)人群str群體遺傳多態(tài)性分析結(jié)果，**終篩選獲得68個(gè)基因座，包括67個(gè)y-str基因座和1個(gè)性別決定amelogenin基因座。

    2、IlluminaSolexa測(cè)序方法：由Solexa公司開發(fā)，2006年發(fā)布，于2007年被Illumina收購(gòu)，并將測(cè)序儀命名商品化為IlluminaGenomeAnalyzer（簡(jiǎn)稱GA）；Illumina不斷升級(jí)GA，特別是HiSeq系列測(cè)序儀的研發(fā)完成，由此打破了***的“摩爾定律”。基本流程：（1）構(gòu)建測(cè)序文庫。提取基因組DNA，隨機(jī)打斷成100-200bp片段，末端加上接頭；（2）橋式擴(kuò)增。解鏈后的單鏈DN**段兩端被分別固定于芯片上，形成橋狀結(jié)構(gòu)，進(jìn)行橋式PCR擴(kuò)增。經(jīng)過PCR擴(kuò)增，產(chǎn)生數(shù)百萬條待測(cè)的DN**段，隨后被線性化；（3）測(cè)序。將熒光標(biāo)記的dNTP、聚合酶、引物加入到測(cè)序通道啟動(dòng)測(cè)序循環(huán)。DNA合成時(shí)，伴隨著堿基的加入會(huì)有焦磷酸被釋放，從而發(fā)出熒光，不同堿基用不同熒光標(biāo)記，讀取到核苷酸發(fā)出的熒光后，將3羥基末端切割，隨后加入第2個(gè)核苷酸，重復(fù)***個(gè)核苷酸的步驟，直到模板序列全部被合成雙鏈DNA。Illumina現(xiàn)有二代測(cè)序平臺(tái)：MiSeq、HiSeq2500(1000G)、HiSeq3000、HiSeq4000、NextSeq500、HiSeqX10(10臺(tái)HiSeq2500并行)、HiSeqXFive。 邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)具備從樣本制備到H&E，IHC、FISH、RNAscope及多重免疫組化等全套組織病理和分子病理檢測(cè)能力。

  上述任一所述復(fù)合擴(kuò)增體系還可包括進(jìn)行pcr擴(kuò)增反應(yīng)所需的試劑。所述“進(jìn)行pcr擴(kuò)增反應(yīng)所需的試劑”不包括pcr擴(kuò)增反應(yīng)所需的引物。上述任一所述復(fù)合擴(kuò)增體系可為20μl，由10μl2×mastermix、上述任一所述引物組合和模板組成。2×mastermix具體可為德國(guó)qiagen公司的產(chǎn)品。所述模板具體可為濃度為1ng/μl的標(biāo)準(zhǔn)品2800m的水溶液或樣品的基因組dna。所述樣品可為人口腔拭子。所述標(biāo)準(zhǔn)品2800m具體可為promega公司的產(chǎn)品，產(chǎn)品目錄號(hào)為dd7251。含有上述任一所述引物組合的試劑盒也屬于本發(fā)明的保護(hù)范圍；所述試劑盒的用途可為(h1)-(h5)中的至少一種：(h1)str分型；(h2)y-str分型；(h3)個(gè)體識(shí)別；(h4)親權(quán)鑒定；(h5)種族推斷。本發(fā)明還保護(hù)上述任一所述復(fù)合擴(kuò)增體系或上述任一所述試劑盒的制備方法；該制備方法包括將上述任一所述引物組合中的各條引物單獨(dú)包裝的步驟。本發(fā)明還保護(hù)上述任一所述引物組合或上述任一所述復(fù)合擴(kuò)增體系在制備試劑盒中的應(yīng)用；所述試劑盒的用途可為(h1)-(h5)中的至少一種：。 邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)利用數(shù)字PCR進(jìn)行低豐度突變研究等；提供循環(huán)腫l瘤DNA檢測(cè)，可檢測(cè)EGFR、ERBB2等Biomarker。河南專注邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)鄭重承諾

邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)有多年的藥企服務(wù)經(jīng)驗(yàn)，緊跟藥物研發(fā)趨勢(shì)，熟悉新藥研發(fā)動(dòng)向。安徽專業(yè)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)值得推薦

    既節(jié)約時(shí)間又降低測(cè)序成本。目前，基于法庭科學(xué)領(lǐng)域運(yùn)用**多的ngs系統(tǒng)為illumina公司的miseqfgxtm系統(tǒng)和thermofisher公司的iontorrentpgmtm系統(tǒng)，但針對(duì)以上平臺(tái)的二代測(cè)序商業(yè)化str分型試劑盒的研發(fā)尚處于起步階段，主要有powerseqautosystem(promega，madison，wi,usa)、forenseqtmdnasignatureprepkit(illumina，sandiego，ca，usa)和precisionidglobalfilerngsstrkit(termofisher，waltham，ma，usa)。但以上試劑盒涉及的y-str相對(duì)較少，三個(gè)試劑盒分別包含了1個(gè)y-str基因座、26個(gè)y-str基因座、2個(gè)y-str基因座。同時(shí)存在試劑盒價(jià)格昂貴，配套的數(shù)據(jù)分析軟件只能針對(duì)各自開發(fā)試劑盒，參數(shù)的設(shè)置相對(duì)固定，只能對(duì)固有基因座的測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，不利于法醫(yī)學(xué)實(shí)際應(yīng)用。因此，構(gòu)建一種適用于當(dāng)前主流二代測(cè)序檢測(cè)平臺(tái)miseqfgxtm系統(tǒng)及開放性測(cè)序數(shù)據(jù)分析軟件straitrazor、myflq等，且能容納更多y-str基因座的復(fù)合擴(kuò)增體系具有一定的意義。技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素：本發(fā)明的目的是制備檢測(cè)更多y-str基因座的試劑盒，提高了父系親緣關(guān)系分析能力和鑒定效能。本發(fā)明首先保護(hù)引物組合，可包括引物1—引物120；引物1—引物120均為單鏈dna分子，核苷酸序列依次可如seqid**—seqid**20所示。安徽專業(yè)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)值得推薦