湖北專注邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)來電咨詢

    既節(jié)約時(shí)間又降低測(cè)序成本。目前，基于法庭科學(xué)領(lǐng)域運(yùn)用**多的ngs系統(tǒng)為illumina公司的miseqfgxtm系統(tǒng)和thermofisher公司的iontorrentpgmtm系統(tǒng)，但針對(duì)以上平臺(tái)的二代測(cè)序商業(yè)化str分型試劑盒的研發(fā)尚處于起步階段，主要有powerseqautosystem(promega，madison，wi,usa)、forenseqtmdnasignatureprepkit(illumina，sandiego，ca，usa)和precisionidglobalfilerngsstrkit(termofisher，waltham，ma，usa)。但以上試劑盒涉及的y-str相對(duì)較少，三個(gè)試劑盒分別包含了1個(gè)y-str基因座、26個(gè)y-str基因座、2個(gè)y-str基因座。同時(shí)存在試劑盒價(jià)格昂貴，配套的數(shù)據(jù)分析軟件只能針對(duì)各自開發(fā)試劑盒，參數(shù)的設(shè)置相對(duì)固定，只能對(duì)固有基因座的測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，不利于法醫(yī)學(xué)實(shí)際應(yīng)用。因此，構(gòu)建一種適用于當(dāng)前主流二代測(cè)序檢測(cè)平臺(tái)miseqfgxtm系統(tǒng)及開放性測(cè)序數(shù)據(jù)分析軟件straitrazor、myflq等，且能容納更多y-str基因座的復(fù)合擴(kuò)增體系具有一定的意義。技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素：本發(fā)明的目的是制備檢測(cè)更多y-str基因座的試劑盒，提高了父系親緣關(guān)系分析能力和鑒定效能。本發(fā)明首先保護(hù)引物組合，可包括引物1—引物120；引物1—引物120均為單鏈dna分子，核苷酸序列依次可如seqid**—seqid**20所示。 覆蓋多個(gè)主流IHC自動(dòng)染色平臺(tái)，適用范圍廣。湖北專注邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)來電咨詢

    基于以上研究，邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)可針對(duì)患者分層及各類研究指標(biāo)提供FGFR抑制劑***中生物標(biāo)志物研究的整體解決方案，包含：HumanComprehensivePanelMed1CDx；定制的panFGFxpanel；QIAGENtherascreen®FGFRRGQRT-PCRKit；RNAscope檢測(cè)FGFR1/2/3/4mRNA表達(dá)；FISH（FGF19擴(kuò)增）；IHC（FGF19表達(dá)）等（圖4）。圖4FGFR抑制劑相關(guān)的生物標(biāo)志物整體解決方案??方案1：Med1CDxNGSpanel(601基因)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)的Med1CDx綜合panel包含原*基因、遺傳性驅(qū)動(dòng)基因、細(xì)胞周期基因和免疫/炎癥相關(guān)基因等601個(gè)基因，可用于對(duì)TMB、MMR、MSI、免疫檢查點(diǎn)分子、**新生抗原和HLA分型等***的分析。對(duì)于FGFR抑制劑研究，該panel除了能夠檢測(cè)FGFR基因的SNV/INDEL、基因重排和擴(kuò)增等異常，也可以評(píng)估已知和探索新的耐藥變異（圖5）。圖5Med1CDx基因分布??方案2：定制panelpanFGFx（40基因）值得關(guān)注的是，邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)針對(duì)FGFR抑制劑的研究研發(fā)了“小而精”的panFGFxpanel：FGFR1-4探針覆蓋基因全部外顯子，包括UTR區(qū)，覆蓋**全，同時(shí)檢測(cè)已知與未知SNV/InDel；針對(duì)融合檢測(cè)，加入了已知融合伙伴的相關(guān)探針，提高已知融合檢出率；如有新融合發(fā)現(xiàn)需求，可提供涵蓋全部內(nèi)含子區(qū)版本；針對(duì)拷貝數(shù)擴(kuò)增檢測(cè)。 福建定制邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)推薦咨詢MSH6抗體試劑 蘇蘇械備20180569號(hào).

    且是隨機(jī)錯(cuò)誤，而不是聚集在讀取的兩端；③數(shù)據(jù)可實(shí)時(shí)讀??；④通量很高(30x人類基因組有望在***內(nèi)完成)；⑤起始DNA在測(cè)序過程中不被破壞；⑥樣品制備簡單又便宜；⑦可直接測(cè)序RNA。2、PacBioSMRT納米孔+熒光可逆終止dNTP技術(shù)原理：PacBioSMRT技術(shù)其實(shí)是應(yīng)用了邊合成邊測(cè)序的思想（使用4色熒光標(biāo)記4種堿基），其超長讀長的關(guān)鍵在于使用了活性持久且高保真的DNA聚合酶，并以SMRT芯片為測(cè)序載體（ZMW原理）。優(yōu)勢(shì)劣勢(shì)：①SMRT技術(shù)的測(cè)序速度很快，每秒約10個(gè)dNTP；②錯(cuò)誤率較高，達(dá)到15%，出錯(cuò)隨機(jī)，可通過多次測(cè)序來進(jìn)行有效的糾錯(cuò)（如使用Sparc對(duì)30X的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，錯(cuò)誤率可達(dá)到）；③原始DNA不被破壞；④讀長可達(dá)10kbp。3、HelicosHeliscope單分子熒光可逆終止技術(shù)原理：該技術(shù)基于邊合成邊測(cè)序的思想，將DNA隨機(jī)打斷成小片段分別進(jìn)行dNTP熒光標(biāo)記，經(jīng)過不斷地重復(fù)合成、洗脫、成像、淬滅過程完成測(cè)序。主要步驟：①制備：DNA打斷加polyA+Cy3②測(cè)序：dNTP熒光可逆終止特點(diǎn)：①讀取長度約為30-35bp，每個(gè)循環(huán)的數(shù)據(jù)產(chǎn)出量為21-28Gb；在測(cè)序完成前，各小片段的測(cè)序進(jìn)度不同；②可根據(jù)同聚物的合成會(huì)導(dǎo)致熒光信號(hào)的減弱這一特點(diǎn)來推測(cè)同聚物的長度。

    甲基化分析PacBio測(cè)序的技術(shù)原理可以直接檢測(cè)到發(fā)生甲基化的核苷酸，因此可以在進(jìn)行其它測(cè)序分析的同時(shí)完成DNA甲基化的分析。Nanopore技術(shù)測(cè)序原理將在某一面上含有一對(duì)電極的特殊脂質(zhì)雙分子層置于一個(gè)微孔之上，該雙分子層中含有很多由α溶血素蛋白組成的納米孔，并且每個(gè)納米孔會(huì)結(jié)合一個(gè)核酸外切酶。當(dāng)DNA模板進(jìn)入孔道時(shí)，孔道中的核酸外切酶會(huì)“抓住”DNA分子，順序剪切掉穿過納米孔道的DNA堿基，每一個(gè)堿基通過納米孔時(shí)都會(huì)產(chǎn)生一個(gè)阻斷，根據(jù)阻斷電流的變化就能檢測(cè)出相應(yīng)堿基的種類，**終得出DNA分子的序列。Nanopore技術(shù)的優(yōu)缺點(diǎn)Nanopore技術(shù)的優(yōu)點(diǎn)：可以檢測(cè)結(jié)構(gòu)變異和可變剪切；能直接對(duì)RNA分子進(jìn)行測(cè)序；能對(duì)修飾過的堿基進(jìn)行測(cè)序；測(cè)序讀長更長，可以達(dá)到150kb；測(cè)序數(shù)據(jù)可以做到實(shí)時(shí)監(jiān)控；運(yùn)行速度快。Nanopore技術(shù)的缺點(diǎn)：采用的是水解測(cè)序法，不能進(jìn)行重復(fù)測(cè)序，因而無法達(dá)到一個(gè)滿意的測(cè)序精確度。Nanopore技術(shù)的應(yīng)用基因組組裝利用其測(cè)序長的特點(diǎn)，可以填補(bǔ)基因組中大片段的gap。臨床應(yīng)用對(duì)于臨床實(shí)踐，實(shí)時(shí)獲取和分析DNA/RNA序列是一件很重要的事情，對(duì)于傳統(tǒng)的高通量測(cè)序，做到這一點(diǎn)非常困難，但對(duì)于Nanopore技術(shù)平臺(tái)，實(shí)現(xiàn)實(shí)時(shí)獲取序列相對(duì)容易。 邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)希望能和創(chuàng)新型藥企共同探索創(chuàng)新生物標(biāo)志物的臨床應(yīng)用潛力。

    P7的序列：5’-CAAGCAGAAGACGGCATACGAG3’。PCR總體系為：2倍PCRMix15uL，10umol/LP71uL，1umol/LOP1uL或OP2uL，DNA5uL，NFW5uL。上述技術(shù)方案中，作為推薦，所述步驟4中的PCR總體系10uL具體為：VAHTSSYBRqPCRMasterMix5uL，qPCRPrimerMix1uL，DNA2uL，ROXReferenceDye2，NFW5uL。上述技術(shù)方案中，作為推薦，所述的***輪PCR擴(kuò)增循環(huán)數(shù)目為10-14。上述技術(shù)方案中，作為推薦，所述的第二輪PCR擴(kuò)增循環(huán)數(shù)目為10-14。本發(fā)明的優(yōu)點(diǎn)和有益效果在于：提供一種基于多重PCR的二代測(cè)序建庫技術(shù)。在二代測(cè)序過程中采用該技術(shù)則不需要再購買商業(yè)的建庫試劑盒，所有反應(yīng)試劑都可以單獨(dú)購買組合，極大的降低了實(shí)驗(yàn)成本。另外由于在PCR過程中固定了一端的通用引物，極大的降低了多重PCR反應(yīng)體系中的引物種類和數(shù)量，可以有效的抑制非特異性擴(kuò)增和引物之間的相互干擾，也降低了不同引物間的擴(kuò)增效率的差異。附圖說明為了更清楚地說明本發(fā)明實(shí)施例或現(xiàn)有技術(shù)中的技術(shù)方案，下面將對(duì)實(shí)施例或現(xiàn)有技術(shù)描述中所需要使用的附圖作簡單地介紹，顯而易見地，下面描述中的附圖**是本發(fā)明的一些實(shí)施例，對(duì)于本領(lǐng)域普通技術(shù)人員來講，在不付出創(chuàng)造性勞動(dòng)性的前提下，還可以根據(jù)這些附圖獲得其他的附圖。邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)--伴隨診斷整體解決方案提供者,檢測(cè)技術(shù)平臺(tái)全涵蓋.吉林多靶點(diǎn)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)口碑推薦

經(jīng)多平臺(tái)平行驗(yàn)證（MSI-PCR、MSI-NGS)，一致性高，特異性好.湖北專注邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)來電咨詢

    然后對(duì)上述原始數(shù)據(jù)進(jìn)行去卷積處理，得到該蛋白樣品中主要成分的精確分子質(zhì)量（如下圖所示）。2小于10KDa分子量的某肽段藥物精確分子量測(cè)定百泰派克生物科技通過online反相色譜分離后，直接用QExactive質(zhì)譜儀對(duì)原始信號(hào)進(jìn)行采集，然后利用經(jīng)典的計(jì)算分子量的方法對(duì)原始數(shù)據(jù)直接進(jìn)行計(jì)算，得到樣品精確分子量。進(jìn)入質(zhì)譜之前的反相色譜分離過程中連接了紫外檢測(cè)器（如下圖所示），在實(shí)現(xiàn)對(duì)樣品分離的同時(shí)，還會(huì)對(duì)樣品的純度進(jìn)行評(píng)估；色譜分離的過程同樣也降低了在肽段精確分子量檢測(cè)過程中對(duì)樣品純度的要求。在進(jìn)行肽段精確分子量計(jì)算的過程中，我們只需要找到肽段洗脫時(shí)間點(diǎn)的質(zhì)譜原始數(shù)據(jù)（如下圖所示）按照經(jīng)典的計(jì)算分子質(zhì)量的方法，同時(shí)對(duì)帶有兩個(gè)以上電荷的分子進(jìn)行分子量計(jì)算，得到該肽段樣品的精確分子質(zhì)量。同時(shí)我們還會(huì)給高豐度的帶電離子質(zhì)譜原始數(shù)據(jù)供您參考（如下圖所示）。MALDI與ESI的優(yōu)缺點(diǎn)比較：進(jìn)入質(zhì)譜之前的反相色譜分離過程中連接了紫外檢測(cè)器在技術(shù)報(bào)告中，百泰派克會(huì)為您提供詳細(xì)的中英文雙語版技術(shù)報(bào)告，報(bào)告包括：1.實(shí)驗(yàn)步驟（中英文）2.相關(guān)的質(zhì)譜參數(shù)。湖北專注邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)來電咨詢