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ABI/SOLiDSOLiD技術(shù)是由連接酶測(cè)序法發(fā)展而來(lái),LerroyHood在上世紀(jì)80年代中期利用連接酶法設(shè)計(jì)了***臺(tái)自動(dòng)熒光測(cè)序儀。SOLiD以四色熒光標(biāo)記寡核苷酸的連續(xù)連接合成為基礎(chǔ),取代了傳統(tǒng)的聚合酶連接反應(yīng),可對(duì)單拷貝DN**段進(jìn)行大規(guī)模擴(kuò)增和高通量并行測(cè)序。Illumina/SolexaIllumina公司的第二代測(cè)序儀**早由Solexa公司研發(fā),其同樣為邊合成邊測(cè)序,該技術(shù)在測(cè)序的過(guò)程中,加入改造過(guò)的DNA聚合酶和帶有4種熒光標(biāo)記的dNTP,因?yàn)閐NTP的3'羥基末端帶有可化學(xué)切割的部分,它只容許每個(gè)循環(huán)摻入單個(gè)堿基,此時(shí),用激光掃描反應(yīng)板表面,根據(jù)dNTP所帶的熒光讀取每條模板序列每一輪反應(yīng)所聚合上去的核苷酸種類,經(jīng)過(guò)“合成-清洗-拍照”的循環(huán)過(guò)程,**終得到目的片段的堿基排列順序。技術(shù)原理Roche/454Roche/454技術(shù)原理,并在片段兩端加上不同的接頭,或?qū)⒋郎y(cè)DNA變性后用雜交引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增,連接載體,構(gòu)建單鏈DNA文庫(kù)。,將包含PCR所有反應(yīng)成分的水溶液注入高速旋轉(zhuǎn)的礦物油表面,形成被礦物油包裹的無(wú)數(shù)個(gè)小水滴,每一個(gè)小水滴即為一個(gè)**的PCR反應(yīng)空間,理想狀態(tài)下,每一個(gè)小水滴只包含一個(gè)DNA模板和一個(gè)磁珠,磁珠表面含有與接頭互補(bǔ)的DNA序列,經(jīng)過(guò)PCR擴(kuò)增后。 邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)同時(shí)擁有符合GMP和ISO 13485的要求的GMP生產(chǎn)車(chē)間及倉(cāng)儲(chǔ),可以充分滿足客戶的需求。上海全平臺(tái)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)來(lái)電咨詢
上述任一所述復(fù)合擴(kuò)增體系還可包括進(jìn)行pcr擴(kuò)增反應(yīng)所需的試劑。所述“進(jìn)行pcr擴(kuò)增反應(yīng)所需的試劑”不包括pcr擴(kuò)增反應(yīng)所需的引物。上述任一所述復(fù)合擴(kuò)增體系可為20μl,由10μl2×mastermix、上述任一所述引物組合和模板組成。2×mastermix具體可為德國(guó)qiagen公司的產(chǎn)品。所述模板具體可為濃度為1ng/μl的標(biāo)準(zhǔn)品2800m的水溶液或樣品的基因組dna。所述樣品可為人口腔拭子。所述標(biāo)準(zhǔn)品2800m具體可為promega公司的產(chǎn)品,產(chǎn)品目錄號(hào)為dd7251。含有上述任一所述引物組合的試劑盒也屬于本發(fā)明的保護(hù)范圍;所述試劑盒的用途可為(h1)-(h5)中的至少一種:(h1)str分型;(h2)y-str分型;(h3)個(gè)體識(shí)別;(h4)親權(quán)鑒定;(h5)種族推斷。本發(fā)明還保護(hù)上述任一所述復(fù)合擴(kuò)增體系或上述任一所述試劑盒的制備方法;該制備方法包括將上述任一所述引物組合中的各條引物單獨(dú)包裝的步驟。本發(fā)明還保護(hù)上述任一所述引物組合或上述任一所述復(fù)合擴(kuò)增體系在制備試劑盒中的應(yīng)用;所述試劑盒的用途可為(h1)-(h5)中的至少一種:。河北多基因聯(lián)合檢測(cè)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)共同合作使用北歐免疫組化質(zhì)控中心NordiQC推薦的IHC抗體組合。
包括67個(gè)y-str基因座和1個(gè)性別決定基因座amelogenin)。相比于illumina公司的forenseqtmdnasignatureprepkit,本發(fā)明提供的試劑盒中包含41個(gè)新的y-str基因座,能提供更多新的遺傳信息。而且本發(fā)明提供的復(fù)合擴(kuò)增體系中所有y-str基因座的**大擴(kuò)增子長(zhǎng)度都小于300bp,而forenseqtmdnasignatureprepkit中有約%(7/24)基因座的**大擴(kuò)增子長(zhǎng)度大于300bp,不利于降解檢材的分析。本發(fā)明提供的試劑盒是本發(fā)明的發(fā)明人經(jīng)過(guò)大量實(shí)驗(yàn)摸索獲得的,試劑盒中的引物具有不可替換性;即引物被替換后,部分基因座將會(huì)被抑制且抑制效果不可預(yù)知。實(shí)驗(yàn)證明,采用本發(fā)明提供的試劑盒檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)品2800m中68個(gè)基因座的str分型,分型結(jié)果準(zhǔn)確。本發(fā)明具有重要的應(yīng)用價(jià)值。附圖說(shuō)明圖1為67個(gè)y-str基因座的pcr擴(kuò)增產(chǎn)物的長(zhǎng)度范圍分布。具體實(shí)施方式以下的實(shí)施例便于更好地理解本發(fā)明,但并不限定本發(fā)明。下述實(shí)施例中的實(shí)驗(yàn)方法,如無(wú)特殊說(shuō)明,均為常規(guī)方法。下述實(shí)施例中所用的試驗(yàn)材料,如無(wú)特殊說(shuō)明,均為自常規(guī)生化試劑商店購(gòu)買(mǎi)得到的。以下實(shí)施例中的定量試驗(yàn),均設(shè)置三次重復(fù)實(shí)驗(yàn),結(jié)果取平均值。標(biāo)準(zhǔn)品2800m為promega公司的產(chǎn)品,產(chǎn)品目錄號(hào)為dd7251。
測(cè)序成本的變化除了測(cè)序通量和讀長(zhǎng)的進(jìn)步之外,測(cè)序技術(shù)的大范圍應(yīng)用**主要應(yīng)該歸功于成本的下降,在早期只有***代測(cè)序技術(shù)之時(shí),人類基因組計(jì)劃耗資30億美元才獲得了大部分的人類基因組信息,這樣高昂的成本顯然不是常規(guī)科學(xué)研究者能夠承受的。基因測(cè)序技術(shù)成本變化新一代測(cè)序技術(shù)的發(fā)明和應(yīng)用**降低了獲取核酸序列所需的成本,其打破了摩爾定律的限制,使得獲得基因序列所需的金錢(qián)出現(xiàn)了斷崖式的下降,在2008年,全基因組測(cè)序的成本降至20萬(wàn)美元,到2010年,該費(fèi)用已經(jīng)可以控制在10000美元以內(nèi),目前,測(cè)定一個(gè)人類的全基因組只需要不到1000美元即可完成。測(cè)序技術(shù)的發(fā)展方向目前,基因測(cè)序技術(shù)已經(jīng)在眾多領(lǐng)域得到廣泛應(yīng)用,包括生物的基因組圖譜繪制、環(huán)境基因組學(xué)和微生物多樣性、轉(zhuǎn)錄水平動(dòng)態(tài)響應(yīng)及其調(diào)控機(jī)制,疾病相關(guān)基因的確定和診斷、表觀遺傳學(xué)和考古學(xué)、物種進(jìn)化演替過(guò)程等等。就當(dāng)前市場(chǎng)形勢(shì)看來(lái)第二代短讀長(zhǎng)測(cè)序技術(shù)在全球測(cè)序市場(chǎng)上仍然占有著***的優(yōu)勢(shì)地位,但第三代測(cè)序技術(shù)的應(yīng)用也已在近幾年實(shí)驗(yàn)了快速發(fā)展。未來(lái)基因測(cè)序技術(shù)發(fā)展方向:更快的序列獲取速度;更準(zhǔn)確的堿基識(shí)別方式;更長(zhǎng)的單條測(cè)序序列長(zhǎng)度;更輕便的測(cè)序儀器平臺(tái);更簡(jiǎn)便的操作過(guò)程。 邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)擁有全技術(shù)平臺(tái)及豐富的伴隨診斷開(kāi)發(fā)經(jīng)驗(yàn),為藥企合作伙伴提供一體化開(kāi)發(fā)服務(wù)。
01FGFR簡(jiǎn)介及信號(hào)通路成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子受體(FGFR)是高度保守、***分布的跨膜酪氨酸激酶受體,包括FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4四種受體亞型。成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子(FGF)與FGFR結(jié)合時(shí),受體二聚化,從而引起受體激酶結(jié)構(gòu)域的細(xì)胞內(nèi)磷酸化、細(xì)胞內(nèi)信號(hào)傳導(dǎo)和基因轉(zhuǎn)錄的級(jí)聯(lián)反應(yīng)[1]。由FGFR***的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路包括RAS–RAF–MAPK,PI3K–AKT,STAT和PLC途徑,它們參與調(diào)控多種生物學(xué)過(guò)程,如***發(fā)育、血管新生、細(xì)胞增殖、遷移、抗凋亡等(圖1)。圖1FGFR信號(hào)通路[2-4]當(dāng)FGFR發(fā)生突變或者過(guò)表達(dá)時(shí),會(huì)引起四個(gè)關(guān)鍵的下游信號(hào)通路的過(guò)度***,并進(jìn)一步誘發(fā)正常細(xì)胞*變:RAS-RAF-MAPK和PI3K-AKT過(guò)度***可分別刺激細(xì)胞增殖與分化及抑制細(xì)胞凋亡;SATA與促進(jìn)**侵襲和轉(zhuǎn)移,****逃逸能力密切相關(guān);PLCγ信號(hào)通路則是**細(xì)胞轉(zhuǎn)移調(diào)控的重要途徑。 邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)針對(duì)藥物研發(fā)過(guò)程中靶點(diǎn)、適應(yīng)癥及PD研究中生物標(biāo)志物等研究的進(jìn)行方案開(kāi)發(fā)設(shè)計(jì)。福建多組學(xué)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)來(lái)電咨詢
邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)利用數(shù)字PCR進(jìn)行低豐度突變研究等;提供循環(huán)腫l瘤DNA檢測(cè),可檢測(cè)EGFR、ERBB2等Biomarker。上海全平臺(tái)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)來(lái)電咨詢
其中擴(kuò)增dys19、dys388、dys389i、dys389ii、dys392、dys449、dys459a/b、dys485、dys504、dys531、dys626和dys627的引物不同。表52、取標(biāo)準(zhǔn)品2800m,用超純水稀釋,獲得濃度為1ng/μl的標(biāo)準(zhǔn)品2800m水溶液。3、以標(biāo)準(zhǔn)品2800m水溶液為模板,分別采用引物混合物1和引物混合物2進(jìn)行pcr擴(kuò)增,得到pcr擴(kuò)增產(chǎn)物。每條引物在反應(yīng)體系的濃度均為μm。4、同實(shí)施例2步驟一中3。5、同實(shí)施例2步驟一中4。6、同實(shí)施例2步驟一中5。檢測(cè)結(jié)果見(jiàn)表6。結(jié)果表明,實(shí)施例1制備的試劑盒中的引物被替換后,部分基因座被抑制且引物混合物1和引物混合物2的抑制情況不同。表6注:n與其后數(shù)字表示一段堿基序列,其后數(shù)字表示序列的堿基數(shù)目;“-”表示未獲得基因型。上述結(jié)果表明,實(shí)施例1制備的試劑盒中引物具有不可替換性,本發(fā)明的發(fā)明人經(jīng)過(guò)大量實(shí)驗(yàn)摸索,才獲得了試劑盒中的引物組合及引物濃度。上海全平臺(tái)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)來(lái)電咨詢