上海市small RNA高通量測(cè)序原理

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2022-10-21

微生物基因組重測(cè)序(有參):目前越來(lái)越多的微生物基因組被解析出來(lái)了。從而使得科研工作者們可以對(duì)某些物種微生物進(jìn)行進(jìn)行物種進(jìn)化、種群特征、選擇壓力等研究。利用高通量測(cè)序技術(shù),對(duì)有參考基因組微生物進(jìn)行多個(gè)體的基因組重測(cè)序,精細(xì)分析其與參考基因組的SNP、InDel、SV等變異信息。微生物基因組從頭測(cè)序(無(wú)參):對(duì)于不斷分離培養(yǎng)微生物的客戶(hù)來(lái)說(shuō),要確定一個(gè)菌株是否是新菌株或者新菌種,較快捷的辦法就是,直接進(jìn)行基因組測(cè)序。利用高通量測(cè)序技術(shù),對(duì)這些基因組進(jìn)行高深度測(cè)序,然后進(jìn)行基因組組裝,獲得基因組的框架圖或者精細(xì)圖甚至是完成圖。從而可以快速解析其基因組結(jié)構(gòu)、基因功能、進(jìn)化關(guān)系。于微生物樣品,請(qǐng)客戶(hù)如實(shí)聲明所屬物種,對(duì)于可能致病的微生物,生工保留拒收的權(quán)利。上海市small RNA高通量測(cè)序原理

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序中,制備高質(zhì)量的單細(xì)胞懸液至關(guān)重要。而懸液制備好后質(zhì)檢結(jié)果的判斷也是大家需要掌握的必備技能。單細(xì)胞懸液質(zhì)檢關(guān)卡究竟是怎樣運(yùn)作的呢?單細(xì)胞懸液質(zhì)控要求:?細(xì)胞濃度:700-1200cells/μl;?細(xì)胞活率>80%(當(dāng)細(xì)胞懸液活率低于70%時(shí)建議進(jìn)行去除死細(xì)胞處理);細(xì)胞團(tuán)及碎片雜質(zhì)<5%(無(wú)細(xì)胞粘連,無(wú)明顯的細(xì)胞碎片和細(xì)胞團(tuán),并保證細(xì)胞的完整性);?細(xì)胞狀態(tài):細(xì)胞直徑在7-40um之間(細(xì)胞直徑過(guò)大則建議進(jìn)行抽核處理);?不存在逆轉(zhuǎn)錄抑制劑和非細(xì)胞的核酸分子。上海地區(qū)多重?cái)U(kuò)增高通量測(cè)序應(yīng)用Illumina HiSeq2500/4000 可以運(yùn)行PE150/PE250模式。

長(zhǎng)鏈非編碼RNA(lncRNA)測(cè)序(只限有參考基因組物種),項(xiàng)目介紹:長(zhǎng)鏈非編碼RNAs(Long non-coding RNAs,LncRNAs)是一類(lèi)轉(zhuǎn)錄本長(zhǎng)度大于200 nt且不編碼蛋白質(zhì)的RNAs(不含rRNA),普遍存在于各種生物體內(nèi)。哺乳動(dòng)物基因組序列中4%~9%的序列產(chǎn)生的轉(zhuǎn)錄本是LncRNA(相應(yīng)的蛋白編碼RNA比例是1%)。近年來(lái)研究表明,LncRNA參與了多種重要的調(diào)控過(guò)程,如X染色體沉默、基因組印記及染色質(zhì)修飾等。通過(guò)LncRNA測(cè)序,可以快速獲得與其生物學(xué)過(guò)程或者疾病相關(guān)的LncRNA的表達(dá)變化,從而促進(jìn)LncRNA的深入研究。

真核/原核有參mRNA-Seq,項(xiàng)目介紹:轉(zhuǎn)錄組(transcriptome)廣義上指某一生理?xiàng)l件下,細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的gather,狹義上指所有mRNA的gather。轉(zhuǎn)錄組是研究基因表達(dá)的主要手段,是連接基因組遺傳信息與生物功能的蛋白質(zhì)組的紐帶。轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控是生物體重要的調(diào)控方式,通過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控,是目前運(yùn)用較多的研究方式。測(cè)序使用Illumina Xten平臺(tái),測(cè)序原始數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)質(zhì)控后,mapping至參考基因組序列,對(duì)mapping到基因上的reads進(jìn)行計(jì)數(shù),計(jì)算基因的表達(dá)量后,進(jìn)行基因表達(dá)差異及差異基因GO、KOG(原核生物為COG)、KEGG功能富集分析,KEGG pathway等分析。對(duì)于多個(gè)樣本,可進(jìn)行重復(fù)相關(guān)性檢查、共表達(dá)分析、PCA主成分分析。另外,依據(jù)參考基因組,可進(jìn)行諸如基因覆蓋度、測(cè)序飽和度等驗(yàn)證性分析;可變剪切分析、SNP/InDel分析、新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測(cè)以及聯(lián)合miRNA數(shù)據(jù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析等分析。另外,還可以進(jìn)行基因功能互作、蛋白網(wǎng)絡(luò)互作等分析,深入研究基因功能,進(jìn)一步揭示基因間互作網(wǎng)絡(luò)等信息,為研究網(wǎng)絡(luò)調(diào)控機(jī)理提供方向。KBSeq全質(zhì)粒測(cè)序?qū)τ跇颖镜牧?,要求的也比較少。

懸液制備好后質(zhì)檢結(jié)果的判斷也是大家需要掌握的必備技能。單細(xì)胞懸液質(zhì)檢關(guān)卡究竟是怎樣運(yùn)作的呢?單細(xì)胞懸液質(zhì)控要求:?細(xì)胞濃度:700-1200cells/μl;?細(xì)胞活率>80%(當(dāng)細(xì)胞懸液活率低于70%時(shí)建議進(jìn)行去除死細(xì)胞處理);細(xì)胞團(tuán)及碎片雜質(zhì)<5%(無(wú)細(xì)胞粘連,無(wú)明顯的細(xì)胞碎片和細(xì)胞團(tuán),并保證細(xì)胞的完整性);?細(xì)胞狀態(tài):細(xì)胞直徑在7-40um之間(細(xì)胞直徑過(guò)大則建議進(jìn)行抽核處理);?不存在逆轉(zhuǎn)錄抑制劑和非細(xì)胞的核酸分子。使用足量的干冰運(yùn)輸,并且盡量選用較快的郵遞方式,以降低運(yùn)輸過(guò)程中樣品降解的可能性。上海市16s高通量測(cè)序應(yīng)用

X儀器本身有16個(gè)通道(Controller為8通道),每個(gè)通道極限多捕獲20000個(gè)細(xì)胞(Controller為10000個(gè)細(xì)胞) 。上海市small RNA高通量測(cè)序原理

全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(Total RNA-Seq),項(xiàng)目介紹:全轉(zhuǎn)錄組是指特定細(xì)胞在特定狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA(non-coding RNA)。針對(duì)非編碼RNA的研究主要集中在具有調(diào)控作用的miRNA,lncRNA和circRNA?;诙鷾y(cè)序技術(shù)的全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序研究,同時(shí)分析同一樣本中的mRNA,lncRNA,circRNA和miRNA,并且通過(guò)關(guān)聯(lián)分析,使研究?jī)?nèi)容更加系統(tǒng)化,致力于深入挖掘生命現(xiàn)象背后的轉(zhuǎn)錄調(diào)控問(wèn)題。組織樣品或者總 RNA, 樣品名稱(chēng)清晰,干冰運(yùn)輸。上海市small RNA高通量測(cè)序原理

生工生物工程(上海)股份有限公司是一家有著先進(jìn)的發(fā)展理念,先進(jìn)的管理經(jīng)驗(yàn),在發(fā)展過(guò)程中不斷完善自己,要求自己,不斷創(chuàng)新,時(shí)刻準(zhǔn)備著迎接更多挑戰(zhàn)的活力公司,在上海市等地區(qū)的醫(yī)藥健康中匯聚了大量的人脈以及**,在業(yè)界也收獲了很多良好的評(píng)價(jià),這些都源自于自身不努力和大家共同進(jìn)步的結(jié)果,這些評(píng)價(jià)對(duì)我們而言是比較好的前進(jìn)動(dòng)力,也促使我們?cè)谝院蟮牡缆飞媳3謯^發(fā)圖強(qiáng)、一往無(wú)前的進(jìn)取創(chuàng)新精神,努力把公司發(fā)展戰(zhàn)略推向一個(gè)新高度,在全體員工共同努力之下,全力拼搏將共同生工生物工程供應(yīng)和您一起攜手走向更好的未來(lái),創(chuàng)造更有價(jià)值的產(chǎn)品,我們將以更好的狀態(tài),更認(rèn)真的態(tài)度,更飽滿(mǎn)的精力去創(chuàng)造,去拼搏,去努力,讓我們一起更好更快的成長(zhǎng)!

標(biāo)簽: 高通量測(cè)序