industryTemplate對模板量要求高,過多會導(dǎo)致無法定量,過少會導(dǎo)致信號過低。四川數(shù)字PCR經(jīng)驗(yàn)豐富
與傳統(tǒng)qPCR技術(shù)相比,數(shù)字PCR技術(shù)具有極高的靈敏度、特異性和精確性,但截止目前而言,數(shù)字PCR對廣大科研工作者仍然是一種全新的檢測方法,我們在看待數(shù)字PCR的應(yīng)用前景時,更應(yīng)該保持一種開放的心態(tài),與其說數(shù)字PCR技術(shù)是一個新的檢測平臺,不如把它視為一種全新的技術(shù)思路和手段,在這個平臺上必將有更多的應(yīng)用幫助我們深入到分子生物學(xué)研究的更高層次。數(shù)字PCR被稱為第三代PCR技術(shù),相比于傳統(tǒng)的PCR技術(shù)和熒光定量PCR技術(shù),其具有諸多優(yōu)勢:(1)***定量,不依賴標(biāo)準(zhǔn)品和參考曲線,定量結(jié)果更加準(zhǔn)確可靠;(2)高靈敏度,可實(shí)現(xiàn)單分子級檢測;(3)高分辨率,適合在大量背景模板的干擾下對罕見的目標(biāo)分子進(jìn)行檢測;(4)高穩(wěn)定性,對抑制劑的耐受程度**增強(qiáng)。憑借這些優(yōu)勢,數(shù)字PCR被廣泛應(yīng)用于多個不同的領(lǐng)域[4],特別是生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域,包括稀有突變檢測、基因拷貝數(shù)變異檢測、基因表達(dá)研究、甲基化水平檢測、**液體活檢、無創(chuàng)產(chǎn)前檢測、微生物(病毒、細(xì)菌等)檢測、移植排斥監(jiān)控和二代測序輔助建庫等。此外,此技術(shù)也被用于農(nóng)業(yè)、食品安全和環(huán)境科學(xué)等諸多領(lǐng)域。上海數(shù)字PCR數(shù)字PCR售后服務(wù)對干擾分子(背景信號、PCR抑制劑等)耐受度高,通過信號的“有”“無”定量而不是Ct值。
數(shù)字PCR (Digital PCR) 技術(shù)作為新一代核酸檢測和***定量技術(shù),目前在痕量核酸樣本檢測、復(fù)雜樣本稀有突變檢測和微小表達(dá)差異鑒定等方面表現(xiàn)出的優(yōu)勢已被普遍認(rèn)可。NGS和CRISPR等分子生物學(xué)技術(shù)的發(fā)展,為數(shù)字PCR技術(shù)在microRNA研究、基因組拷貝數(shù)精細(xì)鑒定、致病微生物鑒定、轉(zhuǎn)基因成分鑒定及基因細(xì)胞***等諸多領(lǐng)域帶來了新的契機(jī)。良好的引物探針設(shè)計是數(shù)字PCR實(shí)驗(yàn)獲得成功的關(guān)鍵因素之一。這正是眾多研究人員選擇LNA(鎖核酸技術(shù))的原因——LNA修飾的引物和探針采用了成熟可靠的算法設(shè)計,獲得了全世界科學(xué)家的信賴。
PCR擴(kuò)增效率的高低直接影響**終信號的判讀和實(shí)驗(yàn)結(jié)果分析。在進(jìn)行熱循環(huán)實(shí)驗(yàn)時,需檢查樣品的密封性以及PCR反應(yīng)板是否和PCR儀熱蓋完全接觸,確保PCR過程中樣品反應(yīng)液沒有蒸發(fā)。QIAcuity數(shù)字PCR系統(tǒng)采用**的微反應(yīng)腔室封閉方式,固態(tài)的物理分割和封閉可有效避免PCR過程中微反應(yīng)體系的水分蒸發(fā),確保微反應(yīng)體系中樣本反應(yīng)液濃度的恒定,更易實(shí)現(xiàn)準(zhǔn)確和精確的定量。原始數(shù)據(jù)中往往發(fā)現(xiàn)陽性信號與陰性背景之間存在許多弱陽性信號。因此需要對引物探針進(jìn)行重新設(shè)計和優(yōu)化(詳見引物探針優(yōu)化設(shè)計)或提升退火溫度(探針通常比引物高5~10℃),以消除疑似熒光信號的“雨區(qū)“現(xiàn)象;此外,陽性信號和陰性背景間隙過小,導(dǎo)致**終結(jié)果無法準(zhǔn)確判讀。因此需要調(diào)整引物探針濃度(建議總反應(yīng)體系引物濃度為600~800nM;探針濃度為200-400nM)或5' 端**個堿基如有G出現(xiàn),則將其互補(bǔ)序列設(shè)計為實(shí)驗(yàn)所用探針,以提高陰陽性信號間隙,便于分析結(jié)果的準(zhǔn)確判讀。一體化全自動的QIAcuity數(shù)字PCR系統(tǒng)很大程度解放了實(shí)驗(yàn)人員的雙手,同時又避免由于手動操作而引入的誤差。
常規(guī)PCR和實(shí)時熒光PCR定量檢測都需要已知拷貝數(shù)的標(biāo)準(zhǔn)DNA制定標(biāo)準(zhǔn)曲線,由于樣品測定在各種條件上不會完全一致,會造成PCR擴(kuò)增效率的差異,從而影響定量結(jié)果的準(zhǔn)確性。而ddPCR不受標(biāo)準(zhǔn)曲線和擴(kuò)增動力學(xué)影響,可以進(jìn)行***定量。dPCR也有一些缺點(diǎn),數(shù)字PCR系統(tǒng)成本高,通量有限、操作繁瑣等不足。芯片式dPCR由于芯片加工成本高,系統(tǒng)復(fù)雜度高,使得商業(yè)化優(yōu)勢不是特別明顯,特別是目前大多數(shù)分子診斷qPCR也能夠很好的滿足需求,dPCR增加的收益成本比并不算高。液滴式相對芯片式成本有所下降,但典型的液滴式dPCR液滴形成和PCR擴(kuò)增和檢測都分別在不同儀器中完成,增加了很多操作,也增加了系統(tǒng)的復(fù)雜性,從這點(diǎn)上看全自動熒光定量PCR做的更好。目前有超過130萬條經(jīng)鎖核酸修飾的引物,提供至少3種設(shè)計方案以滿足不同跨外顯子區(qū)域的檢測需求。四川數(shù)字PCR經(jīng)驗(yàn)豐富
基因豐度非常低的,或者樣本濃度低的,可以選擇數(shù)字化PCR。四川數(shù)字PCR經(jīng)驗(yàn)豐富
CRISPR-Cas9基因編輯結(jié)果驗(yàn)證:CRISPR-Cas9技術(shù)的發(fā)明,是基因編輯技術(shù)的一大突破,但如何驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)是否成功,仍需要高靈敏度的檢測方法,數(shù)字PCR技術(shù)可以滿足這一需求。Broad研究所張鋒團(tuán)隊發(fā)明了以CRISPR為基礎(chǔ)的SHERLOCK技術(shù)可以對核酸進(jìn)行高靈敏度的定性檢測,但精確定量評估時仍采取了數(shù)字PCR進(jìn)行確認(rèn)。*****的伴隨診斷:常用體液來源(如血液,胸腹水,唾液及尿液等)的待檢標(biāo)本中的DNA,有正常脫落體細(xì)胞和病變脫落細(xì)胞兩種來源,前者的量遠(yuǎn)大于后者。通過微液滴處理能在每個微液滴中有效減少正常體細(xì)胞DNA的干擾,實(shí)現(xiàn)**標(biāo)記物的有效檢測,如EGFR,ALK,ROS1,KRAS、BRAF等基因的突變檢測、乳腺*/胃*的HER2基因擴(kuò)增檢測等,應(yīng)用于**精細(xì)醫(yī)學(xué)的伴隨診斷。四川數(shù)字PCR經(jīng)驗(yàn)豐富