cfDNABS-Seq送樣要求一、送樣類型分離好的血漿二、保存方式分離后的血漿，用ml離心管分裝，例如：1ml/管；放-20℃冰箱中保存（短暫保存，1-2周）；放-80℃冰箱中長(zhǎng)期保存(1年以內(nèi))；保存期間不能凍融。三、運(yùn)輸條件干冰運(yùn)輸：順豐陸運(yùn)（3-4天時(shí)間），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰四、抽血要求1、使用Streck**管（不建議使用普通的EDTA-鈉抗凝管），采集10ml外周靜脈血（客戶沒(méi)有Streck**管，公司配送）；2、室溫或者放置4℃冰箱中半小時(shí)以上，不超過(guò)8小時(shí)，進(jìn)行血漿分離步驟五、血漿分離步驟1、4℃條件下以1600g離心10min，離心后將上清（血漿）分裝到2、4℃條件下以16000g離心10min去除殘余細(xì)胞，將上清移入新的離心管中，每管分裝1ml;3、血漿樣本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰運(yùn)輸,提取之前不能凍融。備注1：血漿分離在4℃條件進(jìn)行，如果客戶沒(méi)有冷凍離心機(jī)，也可以在室溫條件下進(jìn)行；備注2：離心后取血漿上清，避免吸取白細(xì)胞；通常10ml全血可以獲得4-5ml血漿。 通過(guò)甲基化數(shù)據(jù)，篩選疾病耐藥的差異甲基化。廣東ATAC技術(shù)服務(wù)服務(wù)
聯(lián)合亞硫酸氫鈉的限制性內(nèi)切酶分析法（COBRA）
這種方法是將亞硫酸氫鹽處理與酶切相結(jié)合來(lái)進(jìn)行甲基化檢測(cè)。DNA樣本經(jīng)亞硫酸氫鹽處理后，利用PCR擴(kuò)增。擴(kuò)增產(chǎn)物純化后用限制性內(nèi)切酶（BstUI）消化。若其識(shí)別序列中的C發(fā)生完全甲基化(5mCG5mCG)，則 PCR擴(kuò)增后保留為CGCG，BstU I能夠識(shí)別并進(jìn)行切割；若待測(cè)序列中，C未發(fā)生甲基化，則PCR后轉(zhuǎn)變?yōu)門GTG，BstUI識(shí)別位點(diǎn)丟失，不能進(jìn)行切割。這樣酶切產(chǎn)物再經(jīng)電泳分離、探針雜交、掃描定量后即可計(jì)算出原樣本中甲基化的比例。
這種方法**的優(yōu)點(diǎn)就是相對(duì)簡(jiǎn)單，可進(jìn)行快速定量，且需要的樣本量少。然而，它的局限性也十分明顯，只能獲得特殊酶切位點(diǎn)的甲基化情況，且陰性結(jié)果并不能排除樣品DNA中存在甲基化的可能。 上海焦磷酸測(cè)序技術(shù)服務(wù)售后分析RRBS用于人、哺乳動(dòng)物及魚(yú)類方向的高水平甲基化研究。
甲基化特異性PCR（MS-PCR）
DNA在亞硫酸氫鹽作用后，DNA CpG若無(wú)甲基化，則序列中的C改變?yōu)閁，若有甲基化則保持不變，因此從理論上講，用不同的引物做PCR，即可檢測(cè)出這種差異，從而確定基因有無(wú)CpG島甲基化。因此根據(jù)目的基因修飾前后的改變，就可以相應(yīng)設(shè)計(jì)M和U引物，有時(shí)我們需要設(shè)計(jì)兩輪引物。
這種方法靈敏度高，無(wú)需特殊儀器，因此經(jīng)濟(jì)實(shí)用，是目前應(yīng)用**為***的檢測(cè)方法。不過(guò)也存在一定的局限性，預(yù)先需要知道待測(cè)片段的DNA序列，引物的設(shè)計(jì)非常重要。另外，亞硫酸氫鹽處理也十分關(guān)鍵，若處理不完全則可能導(dǎo)致假陽(yáng)性的出現(xiàn)。
發(fā)育基因的表觀突變是養(yǎng)殖歐洲鱸魚(yú)開(kāi)始馴化的基礎(chǔ)
Epimutations in developmental
genes underlie the onset of domestication in farmed European sea bass. Mol Biol Evol. 2019 May 30 (IF= 14.797)
本研究通過(guò)RRBS測(cè)序，比較了早期馴化的
(n=12)與野生的(n=12)
歐洲鱸魚(yú)在馴化過(guò)程中DNA甲基化變化，發(fā)現(xiàn)早期馴化的鱸魚(yú)與野生的沒(méi)有遺傳差異，但在不同胚胎起源的組織中發(fā)生DNA甲基化變化。這些甲基化突變與經(jīng)過(guò)25年選擇性育種后的胞嘧啶至胸腺嘧啶多態(tài)性***重疊，表觀突變基因與正選擇基因一致。結(jié)果表明馴化初始階的表觀變異是一個(gè)重要事件。 DNA甲基化作為表觀遺傳學(xué)研究的重要范疇。
DNA甲基化作為表觀遺傳學(xué)研究的重要范疇，已經(jīng)越來(lái)越受到研究者的關(guān)注。近些年來(lái)，隨著DNA甲基化與組蛋白甲基化的聯(lián)合作用機(jī)制、RNA干擾機(jī)制及去甲基化機(jī)制的發(fā)現(xiàn)，使得DNA甲基化研究受到***關(guān)注，從醫(yī)學(xué)領(lǐng)域擴(kuò)展到動(dòng)植物研究當(dāng)中，同時(shí)在研究方法上也取得了很大的突破。現(xiàn)在用于DNA甲基化檢測(cè)的方法大概有十多種，從應(yīng)用上來(lái)分，大致可以分成兩類：全基因組甲基化分析及特異位點(diǎn)甲基化檢測(cè)。下面，我們就這兩大類檢測(cè)技術(shù)進(jìn)行分析比較，以便于在實(shí)際的科研工作中進(jìn)行選擇。CpG島常位于基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)附近。上海焦磷酸測(cè)序技術(shù)服務(wù)售后分析
重亞硫酸鹽處理結(jié)合測(cè)序是目前檢測(cè)甲基化的金標(biāo)準(zhǔn)。廣東ATAC技術(shù)服務(wù)服務(wù)
微生物定植對(duì)腸道免疫和代謝相關(guān)基因DNA甲基化的影響——團(tuán)隊(duì)成員發(fā)表
Early microbial colonization
affects DNA methylation of genes related to intestinal immunity and metabolism
in preterm pigs. DNA Res. 2018 Jan 19. (IF= 5.415)
我們以早產(chǎn)幼豬為模型，采用RRBS測(cè)序，比較正常(CON,
n=7) 和口服*** (AB, n=7)早產(chǎn)豬的腸道DNA甲基化差異，發(fā)現(xiàn)***減少了細(xì)菌密度及多樣性，同時(shí)改變了DNA甲基化水平。其中與先天免疫應(yīng)答、吞噬、內(nèi)皮穩(wěn)態(tài)和組織代謝等相關(guān)基因的DNA甲基化和表達(dá)存在***的差異。這種有賴腸道菌群的表觀遺傳修飾參與調(diào)控腸道免疫及營(yíng)養(yǎng)代謝等，可能對(duì)早產(chǎn)兒的短期和長(zhǎng)期的腸道健康至關(guān)重要。 廣東ATAC技術(shù)服務(wù)服務(wù)