10x Genomics空間轉錄組用于文庫構建的每張載玻片上有四個捕獲區(qū)域，每個捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個被條形碼標記的點（barcoded spots），每個點的直徑為55 μm，點和點之間中心的距離為100 μm，并且每個點都有一個barcode序列。組織切片的細胞中會釋放出mRNA，遷移到每個spot的mRNA會被標記上相應的barcode序列，然后進行文庫構建并進行測序。根據(jù)數(shù)據(jù)的條形碼信息對數(shù)據(jù)進行分析，以確定哪些數(shù)據(jù)來自哪個位置，從而實現(xiàn)空間基因表達的可視化。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過高效的服務，助力各位科研工作者取得新的突破。本次培訓班旨在跟廣大科研工作者介紹空間轉錄組的研究熱點和方案設計。山東宣傳空間轉錄組
10x Genomics空間轉錄組的實現(xiàn)原理是什么？10x Genomics空間轉錄組用于文庫構建的每張載玻片上有四個捕獲區(qū)域，每個捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個被條形碼標記的點（barcoded spots），每個點的直徑為55 μm，點和點之間中心的距離為100 μm，并且每個點都有一個barcode序列。組織切片的細胞中會釋放出mRNA，遷移到每個spot的mRNA會被標記上相應的barcode序列，然后進行文庫構建并進行測序。根據(jù)數(shù)據(jù)的條形碼信息對數(shù)據(jù)進行分析，以確定哪些數(shù)據(jù)來自哪個位置，從而實現(xiàn)空間基因表達的可視化。 甘肅歐易生物空間轉錄組多少錢除了皮膚、胰腺和骨頭組織外，其余樣本類型均可開展10x Genomics空間轉錄組研究。
Visium空間轉錄組能夠做何種組織類型以及推薦切片厚度是什么？10X Genomics測試過很多組織類型，絕大多數(shù)都可以用于空間轉錄組的分析。下圖是他們官網(wǎng)上測試過的組織類型的列表，測試過的組織都可以運用在空間轉錄組的分析上面。但建議用戶用基因表達玻片做正式實驗前，務必用組織優(yōu)化的玻片測試一下，看組織能否用于空間轉錄組的實驗，同時也找到比較好的組織通透時間。切片厚度基本上以10μm為主，但也有少量組織例外。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過質量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破。
轉錄本的空間位置信息可以通過在原位陣列上捕獲的組織切片中的轉錄本來獲取，目前已有多種技術策略被開發(fā)報道， 如空間轉錄組技術（Spatial Transcriptomics，ST）和 Visium 技術，通過將包含空間位置信息的條形碼、UMI 標簽、poly-dT 的探針固定在商用微陣列載玻片上，來捕獲包含 poly(A) 尾巴的轉錄本，并獲取全轉錄組水平的基因表達及位置信息。一些無需成像即可計算重建空間基因表達模式所需信息的技術也被開發(fā)了出來，其中之一就是是 DNA 顯微技術，它記錄 cDNA 之間的接近度，該信息可用于重建轉錄本之間的相對位置。空間轉錄組這對于發(fā)育生物學等眾多領域的研究都具有重要的意義。
1. 10x Genomics空間轉錄組用于文庫構建的每張載玻片上有四個捕獲區(qū)域，每個捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個被條形碼標記的點（barcoded spots），每個點的直徑為55 μm，點和點之間中心的距離為100 μm，并且每個點都有一個barcode序列。10X Visium空間轉錄組的實驗主要分為兩部分：組織學板塊和組學板塊。組織學板塊包括樣品的包埋、切片、固定、染色及成像，記錄切片的形態(tài)學信息；組學板塊包括cDNA的合成、擴增、接頭連接和測序，記錄切片的轉錄本信息和空間位置信息 ?？臻g轉錄組數(shù)據(jù)分析軟件開發(fā)語言統(tǒng)計情況。運用空間轉錄組使用
HE 染色適用于空間轉錄組的組織學呈現(xiàn)方法。山東宣傳空間轉錄組
早期空間轉錄組學的另一條發(fā)展路線是基因捕獲和增強子捕獲篩選，開發(fā)于二十世紀八十年代，當時 DNA 測序通量正在增加，動物基因組是新開放的前沿領域。果蠅和小鼠的篩選是在八十年代后期進行的，目的是觀察未靶向且通常未知的基因表達情況。隨著通量的增加，增強子和基因捕獲技術在九十年代成為空間轉錄組學的技術，直到 WMISH 在九十年代后期興起。WMISH 技術的自動化程度較高，避免了對轉基因品系的依賴，同時由于在二十一世紀初獲得物種的參考基因組信息變得越來越便利，探針設計因此也更為方便。山東宣傳空間轉錄組
上海歐易生物醫(yī)學科技有限公司是一家服務型類企業(yè)，積極探索行業(yè)發(fā)展，努力實現(xiàn)產(chǎn)品創(chuàng)新。是一家私營合伙企業(yè)企業(yè)，隨著市場的發(fā)展和生產(chǎn)的需求，與多家企業(yè)合作研究，在原有產(chǎn)品的基礎上經(jīng)過不斷改進，追求新型，在強化內部管理，完善結構調整的同時，良好的質量、合理的價格、完善的服務，在業(yè)界受到寬泛好評。公司始終堅持客戶需求優(yōu)先的原則，致力于提供高質量的科研服務，科研檢測，學術研究，技術咨詢。歐易生物自成立以來，一直堅持走正規(guī)化、專業(yè)化路線，得到了廣大客戶及社會各界的普遍認可與大力支持。