iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)技術(shù)研究方法:2021年7月,海南大學(xué)園藝園林學(xué)院吳友根教授課題組等在《Horticulture Research》期刊發(fā)表了題為“Integrative iTRAQ-based proteomic and transcriptomic analysis reveals the accumulation patterns of key metabolites associated with oilquality during seed ripening of Camellia oleifera”的研究成果,通過RNA測(cè)序(RNA-seq)和iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)技術(shù)研究方法,發(fā)現(xiàn)了油茶種子成熟過程中與油質(zhì)相關(guān)關(guān)鍵代謝產(chǎn)物的積累模式特征,探究了不同成熟度油茶轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組譜機(jī)理,描繪了海南油茶種子成熟過程的動(dòng)態(tài)變化圖譜。為該樹種的遺傳改良提供了理論依據(jù)。4D-蛋白組+代謝組雙平臺(tái)知識(shí)干貨帶您。內(nèi)蒙古蛋白組學(xué)質(zhì)譜分析
2022年2月,亞特蘭大埃默里大學(xué)醫(yī)學(xué)院的Erik C. B. Johnson課題組在Nature neuroscience發(fā)表了題為 “Large-scale deep multi-layer analysis of Alzheimer’s disease brain reveals strong proteomic disease-related changes not observed at the RNA level”的研究成果,通過基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)的研究方法,揭示了新的與AD相關(guān)的蛋白共表達(dá)模塊,部分模塊在RNA的網(wǎng)絡(luò)中不存在。這為開發(fā)疾病***的潛在靶點(diǎn)提供依據(jù),為臨床的蛋白質(zhì)組研究提供重要價(jià)值。上海定量蛋白組學(xué)價(jià)格單細(xì)胞蛋白組學(xué)之質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù) 。
蛋白質(zhì)磷酸化修飾是指在磷酸化激酶的作用下將ATP的磷酸基轉(zhuǎn)移到蛋白質(zhì)特定氨基酸上的過程,是生物體內(nèi)**為常見、**為重要的翻譯后修飾之一。生物體內(nèi)蛋白質(zhì)的磷酸化修飾是一個(gè)瞬時(shí)且可逆的過程,通過磷酸化修飾可以改變蛋白質(zhì)空間構(gòu)象,從而影響蛋白質(zhì)的定位、活性及其與其他蛋白的相互作用上海鹿明生物科技有限公司多年來,一直專注于生命科學(xué)和生命技術(shù)領(lǐng)域,是國內(nèi)早期開展以蛋白組學(xué)和代謝組學(xué)為基礎(chǔ)的多層組學(xué)整合實(shí)驗(yàn)與分析的團(tuán)隊(duì)。影響因子:13.511發(fā)表時(shí)間:2022-01-06發(fā)表單位:***醫(yī)學(xué)研究院生物工程研究所運(yùn)用生物技術(shù):磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)(歐易鹿明提供)、LC-MS靶向代謝組學(xué)
作者運(yùn)用iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)對(duì)種子發(fā)育過程中蛋白質(zhì)表達(dá)的定量比較,同時(shí)進(jìn)行GO和KEGG通路富集分析。結(jié)果表明所有鑒定的蛋白被分為29類,主要涉及翻譯和碳水化合物代謝。并且作者繪制了p值小于0.01的前20條KEGG通路的氣泡圖。在三對(duì)比較中,普遍富集的途徑包括脂肪酸降解、苯丙素生物合成和脂肪酸代謝。其中,參與α-亞麻酸代謝的DAPs在S3 vs. S1組和S4 vs. S1組中都非常活躍。為了評(píng)估轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組之間的一致性,以及了解轉(zhuǎn)錄后的mRNA在蛋白質(zhì)水平上是如何表現(xiàn)的,作者進(jìn)行了RNA-seq和iTRAQ分析的聯(lián)合分析。證明DEGs和DAPs參與類黃酮的生物合成和脂肪酸代謝。蛋白組學(xué)近期研究進(jìn)展的盤點(diǎn)。
蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析鑒定出了幾種參與肝葡萄糖脂代謝的蛋白質(zhì)(ACC、FASN、SCD1、CPT1A、GLUT2、GK、GS、G6Pase、PEPCK)。此外,AC顯示出抑制脂肪生成酶(ACC,F(xiàn)ASN和SCD1)表達(dá)的趨勢(shì),同時(shí)***上調(diào)了GLUT2。與對(duì)照組相比,AC***增加了PEPCK的表達(dá),兩種化學(xué)物質(zhì)對(duì)G6Pase均無***影響(圖4A)。PRM蛋白靶向驗(yàn)證測(cè)定結(jié)果與蛋白質(zhì)組變化相一致,這進(jìn)一步證實(shí)了蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)中蛋白質(zhì)的表達(dá)(圖4B)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)聯(lián)合分析結(jié)果顯示AC和AL***改善了線粒體功能。GSEA分析顯示,處理組的氧化磷酸化(OXPHOS)通路***上調(diào),AC組和AL組的富集得分分別為0.826和0.535。蛋白驗(yàn)證新技術(shù)-PRM,平行反應(yīng)監(jiān)視蛋白組學(xué)。遼寧疾病蛋白組學(xué)
蛋白質(zhì)組學(xué)質(zhì)譜分析蛋白質(zhì)組學(xué)三大基本技術(shù)。內(nèi)蒙古蛋白組學(xué)質(zhì)譜分析
轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)分析作者通過轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)分析暴露于DON的C2C12細(xì)胞的差異基因(DEG)。轉(zhuǎn)錄組學(xué)鑒定了2387個(gè)DEG,其中72%被下調(diào)。蛋白質(zhì)組學(xué)鑒定出402個(gè)DEG,其中74%被下調(diào)。GO和KEGG通路富集分析表明,轉(zhuǎn)錄組學(xué)DEGs參與了“男性主要性征的發(fā)育”、“骨骼肌肌球蛋白粗絲組裝”和“骨骼肌收縮的調(diào)節(jié)”等生物學(xué)過程。**富集的通路是“ECM-受體相互作用”、“人**瘤病毒***”和“蛋白質(zhì)消化吸收”。蛋白質(zhì)組學(xué)分析中,富集到了“肌肉收縮”、“中間絲解聚”和“脂質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)”等生物學(xué)過程。細(xì)胞成分中富集到“細(xì)胞骨架”、“細(xì)胞外基質(zhì)”和“整合素”。KEGG通路富集到“新霉素、卡那霉素和慶大霉素生物合成”、“系統(tǒng)性紅斑狼瘡”、“ECM-受體相互作用”和“蛋白質(zhì)消化和吸收”。前兩條通路與上調(diào)的DEG相關(guān),而后兩條通路與下調(diào)的DEG相關(guān),這與轉(zhuǎn)錄組學(xué)結(jié)果一致。內(nèi)蒙古蛋白組學(xué)質(zhì)譜分析
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