蛋白質(zhì)是生命活動的主要執(zhí)行者，而蛋白質(zhì)磷酸化修飾是生物體內(nèi)**重要的共價修飾方式之一，真核生物體內(nèi)有超過三分之一的蛋白可以發(fā)生磷酸化修飾。蛋白質(zhì)的磷酸化和去磷酸化這一可逆過程調(diào)節(jié)著包括細胞增殖、發(fā)育、分化、信號轉導、細胞凋亡、神經(jīng)活動、肌肉收縮及**發(fā)生等過程在內(nèi)的所有生命活動。單一的磷酸化蛋白質(zhì)組學只能解釋蛋白磷酸化水平發(fā)生的變化，而[黃金搭檔]——蛋白質(zhì)組與磷酸化蛋白質(zhì)組聯(lián)合分析，則在揭示疾病相關特性、篩選疾病生物標志物、尋找藥物靶點等方面發(fā)揮了更加重要的作用。蛋白組+代謝組+脂質(zhì)組-數(shù)據(jù)分析系統(tǒng)。廣東靶向蛋白組學
iTRAQ標記定量蛋白組學技術研究方法：2021年7月，海南大學園藝園林學院吳友根教授課題組等在《Horticulture Research》期刊發(fā)表了題為“Integrative iTRAQ-based proteomic and transcriptomic analysis reveals the accumulation patterns of key metabolites associated with oilquality during seed ripening of Camellia oleifera”的研究成果，通過RNA測序(RNA-seq)和iTRAQ標記定量蛋白組學技術研究方法，發(fā)現(xiàn)了油茶種子成熟過程中與油質(zhì)相關關鍵代謝產(chǎn)物的積累模式特征，探究了不同成熟度油茶轉錄組和蛋白質(zhì)組譜機理，描繪了海南油茶種子成熟過程的動態(tài)變化圖譜。為該樹種的遺傳改良提供了理論依據(jù)。廣東蛋白組學相關問題蛋白質(zhì)組學,Label Free/iTRAQ/dia/MRM/PRM。
運用生物技術：磷酸化蛋白質(zhì)組學（歐易鹿明提供）：2022年1月，***醫(yī)學研究院生物工程研究所鐘輝研究員、魏從文副研究員和秦成峰研究員，廣西醫(yī)科大學附屬**醫(yī)院吳飛翔教授等為共同通訊作（一作：萬祿明、鄧永強、柯躍華、麻恩浩、楊歡、林浩天）在Nature Metabolism期刊發(fā)表的題為“GP73 is a glucogenic hormone contributing to SARS-CoV-2-induced hyperglycemia”的研究成果，通過磷酸化蛋白質(zhì)組學、LC-MS靶向代謝組學等研究方法，發(fā)現(xiàn)了一個全新的糖異生調(diào)控***——GP73，***會誘導GP73的產(chǎn)生和分泌，從而導致過度的糖異生。
蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析鑒定出了幾種參與肝葡萄糖脂代謝的蛋白質(zhì)（ACC、FASN、SCD1、CPT1A、GLUT2、GK、GS、G6Pase、PEPCK）。此外，AC顯示出抑制脂肪生成酶（ACC，F(xiàn)ASN和SCD1）表達的趨勢，同時***上調(diào)了GLUT2。與對照組相比，AC***增加了PEPCK的表達，兩種化學物質(zhì)對G6Pase均無***影響（圖4A）。PRM蛋白靶向驗證測定結果與蛋白質(zhì)組變化相一致，這進一步證實了蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù)中蛋白質(zhì)的表達（圖4B）。轉錄組學和蛋白質(zhì)組學聯(lián)合分析結果顯示AC和AL***改善了線粒體功能。GSEA分析顯示，處理組的氧化磷酸化（OXPHOS）通路***上調(diào)，AC組和AL組的富集得分分別為0.826和0.535。一站式服務,研究不同生物體在不同時刻/狀態(tài)下蛋白質(zhì)表達的變化。
蛋白質(zhì)組學、磷酸化蛋白質(zhì)組學研究案例：2021年12月30日復旦大學附屬中山醫(yī)院樊嘉院士、中國科學院上海藥物研究所周虎研究員、中國科學院分子細胞科學***創(chuàng)新中心高大明研究員、復旦大學附屬中山醫(yī)院**教授課題組合作在Cancer Cell上發(fā)表題為“Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroups of intrahepatic cholangiocarcinoma”的研究論文，通過基因組學、轉錄組學、蛋白質(zhì)組學、磷酸化蛋白質(zhì)組學、微生物組學研究方法對262例肝內(nèi)膽管*（iCCA）患者的配對**和*旁組織進行了分析，通過繪制肝內(nèi)膽管*的多維分子圖譜為進一步鑒定iCCA的分子發(fā)病機制、分子分型、預后等提供了寶貴的資源。蛋白組學常見研究模式 | 蛋白質(zhì)組專題_鹿明生物。廣東蛋白組學 武漢公司
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采用TMT標記定量蛋白質(zhì)組學技術對三個脫水特殊階段（21、27和40DAP）的新鮮蓮種胎進行了蛋白質(zhì)組學分析，共鑒定了5,477個蛋白質(zhì)。對測試樣本進行了PCA分析，結果顯示，不同組間樣品具有很好的區(qū)分，每組的三個重復樣本被聚集在一起。PCA的前兩個成分占總方差的70％以上（圖2A）。三個試驗組之間共有815個差異表達蛋白。其中，198個（32%）和198個（26%）蛋白質(zhì)豐度增加，而420個（68%）和558個（74%）蛋白質(zhì)豐度在27DAP和40DAP組分別下降（圖2B）。只有30個蛋白質(zhì)的豐度在27DAP和40DAP組之間具有***變化（圖2C）。廣東靶向蛋白組學
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