數(shù)字PCR產(chǎn)品的發(fā)展,為不同場景下的多樣化核酸檢測需求提供了新的思路,尤其是在醫(yī)學(xué)檢驗方面,在 性疾病早期檢測、病癥的液體活檢、無創(chuàng)產(chǎn)前檢查等領(lǐng)域展現(xiàn)出良好的應(yīng)用前景。實(shí)現(xiàn) 性疾病早期高效檢測——以病毒為例,有病毒檢測、和臨床樣本病毒載量評估He監(jiān)測環(huán)境病毒載量;二代熒光定量PCR檢測技術(shù)是目前病毒檢測的"金標(biāo)準(zhǔn)",但由于病毒探針結(jié)合位點(diǎn)突變、樣本病毒載量不足等原因,在臨床檢測過程中經(jīng)常出現(xiàn)假陰性結(jié)果,由于數(shù)字PCR具有更高的靈敏度、精細(xì)度,以及其適合痕量樣本檢測的特性,能夠檢測出熒光定量PCR檢測過程中錯過的 ,可作為后者的補(bǔ)充。在人群篩查及臨床診療中,為科學(xué)選取采樣方式,需要評估不同臨床樣本病毒載量,如鼻咽拭子、血尿、糞便、肺泡灌洗液等,由于數(shù)字PCR可提供一定程度上量化指標(biāo),為采樣方法的選取提供了參考,從而提高檢出率。在外防輸入的戰(zhàn)略要求下,環(huán)境病毒檢測工作尤為重要,數(shù)字PCR可對低核酸豐度樣本進(jìn)行有效檢測,包括從不同環(huán)境中取樣的樣本,如病房、醫(yī)院衛(wèi)生間、實(shí)驗室等等,在病情防控中起到了不可忽視的作用。此外,數(shù)字PCR的應(yīng)用場景還有病程不同階段的病毒載量評估、核酸參考品制備、抗病毒藥物研發(fā)等環(huán)節(jié)。數(shù)字PCR主要采用當(dāng)前分析化學(xué)熱門研究領(lǐng)域的微流控或微滴化方法。廣東全自動數(shù)字PCR
數(shù)字PCR實(shí)驗步驟包括:1)試劑配制:將10xdPCRBuffer、dPCR酶、引物和探針、無核酸酶水混合成dPCR預(yù)混液,并分裝到8聯(lián)排管中或96孔板中;將各待測樣本的核酸模板、陽性對照、陰性對照分別加入相應(yīng)的8聯(lián)排管中或96孔板中;2)芯片進(jìn)樣:在小海龜BioDigital·青全自動樣品處理系統(tǒng)上進(jìn)行芯片上反應(yīng)液進(jìn)樣和液滴生成;3)芯片擴(kuò)增:在小海龜BioDigital·青PCR擴(kuò)增儀上進(jìn)行芯片上PCR擴(kuò)增反應(yīng);4)芯片閱讀:在小海龜BioDigital·青生物芯片閱讀儀上進(jìn)行芯片上熒光信號閱讀;5)數(shù)據(jù)分析:使用生物芯片數(shù)據(jù)分析·青軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)分析和報告導(dǎo)出;德國國產(chǎn)數(shù)字PCR系統(tǒng)在dPCR中,樣品被分區(qū),使得樣品內(nèi)單個的核酸分子被定位并被集中在許多分離的區(qū)域內(nèi)。
dPCR在使用過程中需要特別注意體積誤差造成的結(jié)果偏差。體積誤差對于測量拷貝數(shù)濃度會產(chǎn)生偏差。目前dPCR中體積優(yōu)化方法以光學(xué)顯微鏡觀測為主。分散體積的差異會增加拷貝數(shù)結(jié)果的不確定性,Emslie等使用光學(xué)顯微鏡縱向拍照比較圖片邊緣的微小差異,考察了數(shù)字PCR系統(tǒng)中每個微孔內(nèi)和孔與孔間的體積差異對實(shí)驗結(jié)果的影響程度。Corbisier等使用微滴數(shù)字PCR對6種不同質(zhì)量分?jǐn)?shù)棉籽粉質(zhì)粒DNA標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)[ERM-AD623a-f,濃度范圍(10~10)copies/ul]進(jìn)行分析,優(yōu)化了液滴體積得到相應(yīng)校正因子,并使用該校正因子發(fā)現(xiàn)并校準(zhǔn)了運(yùn)行軟件中液滴體積不變的假設(shè)而引起的數(shù)據(jù)偏離,數(shù)據(jù)結(jié)果的一致性有明顯提高。
引物設(shè)計(DesignPrimers):引物長度(PrimerLength):18-25個堿基之間。短的引物更易于同靶序列結(jié)合,但過短的引物也更可能同基因組上的多個區(qū)域相結(jié)合而產(chǎn)生非特異性擴(kuò)增產(chǎn)物。更長的引物會提高同靶序列結(jié)合的特異性,但過長的引物(>30bp)同靶序列結(jié)合速度變慢,降低結(jié)合率。引物長度和組成直接影響引物Tm值(PrimerMeltingTemperature)和退火溫度(AnnealingTemperatures)。引物的組成——GC%含量(GCContent):指引物總堿基中G和C堿基數(shù)量的百分比,該值應(yīng)在40-60%之間。如果模板序列的GC含量較高,推薦使用較高Tm值的引物。在使用dPCR進(jìn)行轉(zhuǎn)基因檢測時,通常直接參照qPCR的方法。
產(chǎn)物越短,往往擴(kuò)增效率越高。模板二級結(jié)構(gòu)(Templatesecondarystructure):PCR變性中和變性后的單鏈DNA不夠穩(wěn)定,容易自發(fā)折疊形成二級結(jié)構(gòu)。應(yīng)避免可形成穩(wěn)定二級結(jié)構(gòu)的模板鏈區(qū)域,因為如果模板鏈形成的二級結(jié)構(gòu)在退火溫度下穩(wěn)定存在,定位在模板鏈二級結(jié)構(gòu)處的引物將無法同模板鏈相結(jié)合。使用mfold可預(yù)測引物待結(jié)合的區(qū)域是否存在復(fù)雜的二級結(jié)構(gòu)。設(shè)計引物時,盡量使引物定位在模板二級結(jié)構(gòu)以外的序列上。避免具有4個以上相同的連續(xù)堿基的區(qū)域(Avoid>4repeatsofsamebases):以避免延伸階段聚合酶“滑動(PolymeraseSlippage)”。選擇GC含量(GCContent)在50-60%之間的區(qū)域。如果高GC含量區(qū)域不可避免,可以嘗試提高退火溫度,并使用添加劑,例如甘油,分散方式與數(shù)量由數(shù)字PCR系統(tǒng)決定,分散體積和結(jié)果表達(dá)方式需要實(shí)驗人員在實(shí)驗過程中優(yōu)化得到。廣東全自動數(shù)字PCR
無創(chuàng)產(chǎn)前篩查有望成為數(shù)字PCR在臨床快速落地的應(yīng)用。廣東全自動數(shù)字PCR
無創(chuàng)產(chǎn)前篩查有望成為數(shù)字PCR在臨床快速落地的锏應(yīng)用。首先,無創(chuàng)產(chǎn)前篩查領(lǐng)域?qū)τ诩骖櫝杀?、?zhǔn)確性、速度的創(chuàng)新技術(shù)的需求還未滿足。其次,無創(chuàng)產(chǎn)前篩查市場空間龐大,雖說中國每年新生兒的增長速度正在放緩,但每年仍有超過1000萬的新生兒,帶來了巨大的想象空間。2022年6月,鄭大一附院遺傳與產(chǎn)前診斷中心、塔歌生物聯(lián)合在JournalofTranslationalMedicine(影響因子5.531)雜志上發(fā)表文章,驗證了數(shù)字PCR作為T21,T18和T13產(chǎn)前篩查方法的可行性,這是世界上報道在真實(shí)臨床條件下通過盲檢實(shí)現(xiàn)一管反應(yīng)可從孕婦血漿樣本中同時檢測出T21、T18和T13的數(shù)字PCR無創(chuàng)產(chǎn)前篩查試劑盒。文章顯示,塔歌生物胎兒染色體非整倍體無創(chuàng)產(chǎn)前篩查數(shù)字PCR試劑盒總體篩查的靈敏度為100%,特異性為95.12%,均優(yōu)于血清學(xué)篩查。除準(zhǔn)確率高之外,塔歌生物的產(chǎn)品還擁有成本低、操作簡便,及檢測速度快等優(yōu)勢,可以加速無創(chuàng)產(chǎn)前篩查在各級醫(yī)院,特別是基層地區(qū)普遍落地,助力中國出生缺陷防控。廣東全自動數(shù)字PCR
廣州雙螺旋科學(xué)儀器有限公司擁有儀器儀表批發(fā);商品批發(fā)貿(mào)易(許可審批類商品除外);商品零售貿(mào)易(許可審批類商品除外);教學(xué)設(shè)備的研究開發(fā);辦公設(shè)備耗材批發(fā);生物技術(shù)開發(fā)服務(wù);生物技術(shù)推廣服務(wù);計算機(jī)批發(fā);生物技術(shù)轉(zhuǎn)讓服務(wù);農(nóng)業(yè)科學(xué)研究和試驗發(fā)展;醫(yī)學(xué)研究和試驗發(fā)展;自然科學(xué)研究和試驗發(fā)展;水處理設(shè)備的研究、開發(fā);食品科學(xué)技術(shù)研究服務(wù);環(huán)保設(shè)備批發(fā);辦公設(shè)備批發(fā);等多項業(yè)務(wù),主營業(yè)務(wù)涵蓋數(shù)字PCR,純水機(jī),病理切片機(jī),倍性分析儀。公司目前擁有專業(yè)的技術(shù)員工,為員工提供廣闊的發(fā)展平臺與成長空間,為客戶提供高質(zhì)的產(chǎn)品服務(wù),深受員工與客戶好評。公司以誠信為本,業(yè)務(wù)領(lǐng)域涵蓋數(shù)字PCR,純水機(jī),病理切片機(jī),倍性分析儀,我們本著對客戶負(fù)責(zé),對員工負(fù)責(zé),更是對公司發(fā)展負(fù)責(zé)的態(tài)度,爭取做到讓每位客戶滿意。公司憑著雄厚的技術(shù)力量、飽滿的工作態(tài)度、扎實(shí)的工作作風(fēng)、良好的職業(yè)道德,樹立了良好的數(shù)字PCR,純水機(jī),病理切片機(jī),倍性分析儀形象,贏得了社會各界的信任和認(rèn)可。