由于現(xiàn)有的商業(yè)化數(shù)字PCR設(shè)備在物理上只設(shè)置了2個檢測通道，所以存在一個明顯的短板：不能同時進(jìn)行多個位點(diǎn)的檢測。在樣品多位點(diǎn)的檢測中，就需要更多的起始樣品，但臨床上組織的樣品非常有限。相比之下熒光定量PCR儀上就很容易實(shí)現(xiàn)多重檢測。為了考察利用數(shù)字PCR實(shí)現(xiàn)多重檢測的可能性，英國TheInstituteofCancerResearch的研究人員以非小細(xì)胞肺相關(guān)的KRAS基因?yàn)闄z測對象，在Bio-Rad的數(shù)字PCR系統(tǒng)上通過3個三重ddPCR檢測體系來實(shí)現(xiàn)9個KRAS突變位點(diǎn)的檢測。數(shù)字PCR適用于依靠Ct值不能很好分辨的應(yīng)用領(lǐng)域。蘇州全自動數(shù)字PCR技術(shù)
數(shù)字PCR技術(shù)的出現(xiàn)不是為了完全取代原有分子診斷技術(shù)，而是更好的補(bǔ)充和完善現(xiàn)有技術(shù)平臺。數(shù)字PCR為不同應(yīng)用場景下的多樣化核酸檢測需求提供了新的思路，尤其是在臨床檢測方面，在 性疾病早期檢測、 疾病的伴隨診斷、生殖遺傳篩查等領(lǐng)域展現(xiàn)出良好的應(yīng)用前景。國產(chǎn)數(shù)字PCR企業(yè)在商業(yè)化應(yīng)用方面，也不斷“攻城略地”。新羿生物在檢測及 疾病伴隨診斷方面開發(fā)了一系列試劑盒，并積極推進(jìn)注冊臨床試驗(yàn)；領(lǐng)航基因聚焦在血流 （膿毒癥）及呼吸道 領(lǐng)域，相繼推出了多款病原菌檢測試劑盒；銳訊生物聚焦于檢測，2020年其產(chǎn)品獲得FDA緊急授權(quán)。除此之外，在公共衛(wèi)生領(lǐng)域，國產(chǎn)數(shù)字PCR企業(yè)針對食源性致病菌、鼠疫、蟲媒病毒等，也推出多種檢測試劑盒。廣東數(shù)字PCR解決方案使用數(shù)字PCR技術(shù)對436例非小細(xì)胞肺*樣品進(jìn)行檢測，并挑選樣本驗(yàn)證一致性。
Drop-off實(shí)驗(yàn)包括兩個針對相同擴(kuò)增子的TaqMan探針：與野生型序列互補(bǔ)而與突變位點(diǎn)不發(fā)生互補(bǔ)的Drop-off探針和與突變型和野生型基因都互補(bǔ)的Reference探針（如圖1A）。在野生型等位基因的存在下，Drop-off探針和Reference探針都將與目標(biāo)雜交，產(chǎn)生雙重陽性信號（如圖1B，藍(lán)色群）。相反，如果存在突變的等位基因，即使一個核苷酸的突變也會阻止Drop-off探針與之雜交，因此只有Reference探針對目標(biāo)基因進(jìn)行退火，從而得到一個陽性信號。
引物設(shè)計(jì)（DesignPrimers）：引物長度（PrimerLength）：18-25個堿基之間。短的引物更易于同靶序列結(jié)合，但過短的引物也更可能同基因組上的多個區(qū)域相結(jié)合而產(chǎn)生非特異性擴(kuò)增產(chǎn)物。更長的引物會提高同靶序列結(jié)合的特異性，但過長的引物（>30bp）同靶序列結(jié)合速度變慢，降低結(jié)合率。引物長度和組成直接影響引物Tm值（PrimerMeltingTemperature）和退火溫度（AnnealingTemperatures）。引物的組成——GC%含量（GCContent）：指引物總堿基中G和C堿基數(shù)量的百分比，該值應(yīng)在40-60%之間。如果模板序列的GC含量較高，推薦使用較高Tm值的引物。PCR本質(zhì)上是將一個傳統(tǒng)的PCR反應(yīng)分成了數(shù)萬個PCR反應(yīng)。
數(shù)字PCR技術(shù)流分類目前，dPCR的基本方法都已經(jīng)建立，根據(jù)反應(yīng)單元的不同形式，主要可分為微板式、微腔式和和微滴式三大類系統(tǒng)。微液滴制備的方法，目前主流的有四種：1）芯片微孔物理分割法，俗稱物理分隔法，公司有Fluidgm，Qiagen，Roche，ThermoFisher，;2）液滴分割法，俗稱油包水，代替公司有Bio-Rad;3）雜交式芯片液滴法，公司有Stilla;4）注射振動制滴法。PS：芯片式物理分割技術(shù)所有已經(jīng)過期，目前有不少公司在這個技術(shù)的基礎(chǔ)上進(jìn)行開發(fā)，例如羅氏。數(shù)字PCR的兩大應(yīng)用場景在于基因檢測、無創(chuàng)出生缺陷篩查。蘇州銳訊數(shù)字PCR儀器
dPCR的結(jié)果統(tǒng)計(jì)方式有2種，一種是采用標(biāo)記多種顏色，另一種采用概率統(tǒng)計(jì)的數(shù)據(jù)處理方法。蘇州全自動數(shù)字PCR技術(shù)
相比于qPCR，dPCR在轉(zhuǎn)基因檢測中具有以下優(yōu)勢：（1）檢測靈敏度高：理論上dPCR的靈敏度可達(dá)1個拷貝，而實(shí)際應(yīng)用中dPCR的小檢出限和比較低定量限數(shù)值非常接近，所以dPCR可以在非常低的目標(biāo)拷貝數(shù)下得到精確的結(jié)果；通常轉(zhuǎn)基因比參考基因（內(nèi)源基因）濃度低很多；（2）前處理簡單且受基質(zhì)成分干擾較?。篸PCR反應(yīng)效率和精密度受到食品基質(zhì)成分干擾影響較小，可應(yīng)用于混合基質(zhì)樣品中低豐度DNA的檢測；（3）dPCR對抑制劑的敏感性較低：由于dPCR結(jié)果表示為“有熒光“或“無熒光”，即使存在抑制劑降低了熒光強(qiáng)度仍可以表示為“有熒光；（4）適合多重轉(zhuǎn)基因檢測：食品或飼料提取的DNA中可能包含多種轉(zhuǎn)基因片段，可以進(jìn)行多重dPCR檢測，提高分析效率。同時，dPCR可以直接溯源至SI國際單位制摩爾，適合單一、雙重及多重轉(zhuǎn)基因標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)研究，一次可識別不同的轉(zhuǎn)基因區(qū)域。下面詳細(xì)進(jìn)行說明。蘇州全自動數(shù)字PCR技術(shù)
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