基因和基因產(chǎn)物并不是單獨(dú)運(yùn)作的，而是參與了相互關(guān)聯(lián)的復(fù)雜通路、網(wǎng)絡(luò)和分子系統(tǒng)，這些合在一起實(shí)現(xiàn)了細(xì)胞、組織和生物體的運(yùn)作。定義這些系統(tǒng)并確定它們的特征和相互作用，對(duì)于了解生物系統(tǒng)如何運(yùn)作至關(guān)重要?！睘榱送苿?dòng)科學(xué)發(fā)現(xiàn)，科學(xué)家們需要各種能夠幫助多方位了解其樣本的潛...

基于10X Geomics 動(dòng)態(tài)微流控技術(shù)，利用Tn5轉(zhuǎn)座酶酶切開(kāi)放染色質(zhì)，形成短片段，單細(xì)胞ATAC測(cè)序在表觀基因組學(xué)水平上，揭示單細(xì)胞染色質(zhì)的可及性問(wèn)題，區(qū)分細(xì)胞異質(zhì)性，獲得開(kāi)放染色質(zhì)的位置、轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)、核小體的調(diào)控區(qū)域和染色質(zhì)狀態(tài)等信息，是單細(xì)胞...

相對(duì)于Smart-Seq技術(shù)在細(xì)胞數(shù)量上的問(wèn)題，10X平臺(tái)普遍提供的細(xì)胞數(shù)量都在1000-20000不等的測(cè)序細(xì)胞量，這個(gè)量級(jí)的測(cè)序細(xì)胞量已經(jīng)可以說(shuō)能夠完全覆蓋絕大部分組織的Single Cell群體類型。因此，這兩種技術(shù)對(duì)于基于基因表達(dá)進(jìn)行準(zhǔn)確細(xì)胞分型上，無(wú)...

現(xiàn)有的單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)陣營(yíng)在幾個(gè)主要領(lǐng)域存在差別。一個(gè)是分隔單個(gè)細(xì)胞以在其中進(jìn)行微反應(yīng)的物理平臺(tái)。在這個(gè)空間，單個(gè)細(xì)胞的內(nèi)容物釋放，轉(zhuǎn)錄本或其他生物分析物被標(biāo)記或添加索引，以便下游識(shí)別?，F(xiàn)有技術(shù)的另一個(gè)主要區(qū)別是如何添加索引，就像生成測(cè)序文庫(kù)所涉及的流程步驟一樣...

基于10X Geomics 動(dòng)態(tài)微流控技術(shù)，利用Tn5轉(zhuǎn)座酶酶切開(kāi)放染色質(zhì)，形成短片段，單細(xì)胞ATAC測(cè)序在表觀基因組學(xué)水平上，揭示單細(xì)胞染色質(zhì)的可及性問(wèn)題，區(qū)分細(xì)胞異質(zhì)性，獲得開(kāi)放染色質(zhì)的位置、轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)、核小體的調(diào)控區(qū)域和染色質(zhì)狀態(tài)等信息，是單細(xì)胞...

現(xiàn)有的單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)陣營(yíng)在幾個(gè)主要領(lǐng)域存在差別。一個(gè)是分隔單個(gè)細(xì)胞以在其中進(jìn)行微反應(yīng)的物理平臺(tái)。在這個(gè)空間，單個(gè)細(xì)胞的內(nèi)容物釋放，轉(zhuǎn)錄本或其他生物分析物被標(biāo)記或添加索引，以便下游識(shí)別?，F(xiàn)有技術(shù)的另一個(gè)主要區(qū)別是如何添加索引，就像生成測(cè)序文庫(kù)所涉及的流程步驟一樣...

10X Genomics和Drop-Seq具有類似的技術(shù)原理。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠，一列縱向孔道輸入細(xì)胞，凝膠微珠與細(xì)胞碰撞后會(huì)吸附在凝膠微珠上，并通過(guò)微流控技術(shù)，將之輸入到第二縱向孔道，即油相孔道中。這時(shí)候，就形成了一個(gè)個(gè)油滴并輸出并收集在EP管中。...

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是在單細(xì)胞水平上高通量測(cè)序分析基因表達(dá)譜的技術(shù)，突破傳統(tǒng)高通量測(cè)序的局限性，組織解離后，單個(gè)樣本一次上機(jī)能捕獲500-20000個(gè)細(xì)胞， 基于每個(gè)細(xì)胞分別建庫(kù)測(cè)序，獲得單個(gè)細(xì)胞的基因結(jié)構(gòu)和基因表達(dá)狀態(tài)，并鑒定細(xì)胞的類型，可以在不同樣本間從細(xì)胞類...

一味的追求高細(xì)胞數(shù)量的捕獲，小心得不償失，原因在這：?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序所有的分析都是基于細(xì)胞聚類進(jìn)行，而細(xì)胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后，獲得細(xì)胞基因表達(dá)譜，通過(guò)降維（pca），無(wú)監(jiān)督聚類以及可視化（t-SNE）得到的。進(jìn)行細(xì)胞聚類時(shí)需要考慮到每個(gè)細(xì)胞的基...

Fluidigm C1平臺(tái)作為應(yīng)用于單細(xì)胞測(cè)序（Single Cell RNA Sequencing）領(lǐng)域的商業(yè)化分選技術(shù)，基于富魯達(dá)（Fluidigm?）的微流控技術(shù)，大約在幾個(gè)小時(shí)中可以捕獲96個(gè)左右的細(xì)胞，進(jìn)行各類的Single-Cell測(cè)序建庫(kù)。當(dāng)然，...

機(jī)體為響應(yīng)各種應(yīng)激，其細(xì)胞會(huì)從一種功能“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”；當(dāng)細(xì)胞在不同狀態(tài)之間轉(zhuǎn)變時(shí)，往往會(huì)經(jīng)歷轉(zhuǎn)錄重組，導(dǎo)致一些基因被沉默，一些基因被重新“喚醒”，但純化這些瞬態(tài)細(xì)胞進(jìn)行研究是很困難或不可能的；scRNA-seq擬時(shí)序分析可以讓我們?cè)诓恍枰兓?..

單細(xì)胞測(cè)序結(jié)果動(dòng)輒上百G數(shù)據(jù)量，龐大的數(shù)據(jù)對(duì)于分析平臺(tái)和分析能力有著很高的要求，首先針對(duì)下機(jī)數(shù)據(jù)的質(zhì)控環(huán)節(jié)：?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序產(chǎn)生數(shù)億的結(jié)果序列，不可避免的會(huì)出現(xiàn)低質(zhì)量的測(cè)序結(jié)果，存在各種情況的序列污染。因此序列過(guò)濾及質(zhì)量評(píng)估就會(huì)變得極為重要。序列質(zhì)量主要通過(guò)測(cè)序質(zhì)量...

科技的發(fā)展讓單細(xì)胞測(cè)序已經(jīng)應(yīng)用于疾病發(fā)展過(guò)程中的關(guān)鍵過(guò)程和事件，如前病變向惡性的轉(zhuǎn)化、惡性向轉(zhuǎn)移性的發(fā)展，以及對(duì)多種用藥的反應(yīng)。單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)作為一個(gè)需要將組織解離成為單細(xì)胞懸液，或者是采用細(xì)胞核捕獲的策略捕獲單細(xì)胞核，進(jìn)而對(duì)于每一個(gè)單細(xì)胞或者細(xì)胞核進(jìn)行測(cè)序得...

10× Genomics官方建議，當(dāng)單細(xì)胞懸液活性低于70%時(shí)應(yīng)做去除死細(xì)胞操作，并推薦使用MACS? Dead Cell Removal Kit(Miltenyi Biotec)。需要注意到，去除死細(xì)胞的操作會(huì)損失一定的細(xì)胞數(shù)量，10× Genomics和M...

細(xì)胞計(jì)數(shù)和活力評(píng)估在評(píng)估樣本質(zhì)量時(shí)，需要在細(xì)胞清洗和過(guò)濾之后測(cè)定細(xì)胞活力，這一點(diǎn)至關(guān)重要。測(cè)定細(xì)胞活力有許多種方法，烈冰多年單細(xì)胞測(cè)序經(jīng)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)臺(tái)盼藍(lán)法在鑒定活細(xì)胞與死細(xì)胞的比例時(shí)效果很好。細(xì)胞計(jì)數(shù)的準(zhǔn)確性以及目標(biāo)回收量和實(shí)際回收量之間的一致性，取決于我們了解樣...

現(xiàn)有的單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)陣營(yíng)在幾個(gè)主要領(lǐng)域存在差別。一個(gè)是分隔單個(gè)細(xì)胞以在其中進(jìn)行微反應(yīng)的物理平臺(tái)。在這個(gè)空間，單個(gè)細(xì)胞的內(nèi)容物釋放，轉(zhuǎn)錄本或其他生物分析物被標(biāo)記或添加索引，以便下游識(shí)別。現(xiàn)有技術(shù)的另一個(gè)主要區(qū)別是如何添加索引，就像生成測(cè)序文庫(kù)所涉及的流程步驟一樣...

RNA測(cè)序（RNA-seq）或芯片分析等大量樣本的轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法作為一類強(qiáng)大的工具，可提供混合樣本的基因表達(dá)平均數(shù)據(jù)，幫助科學(xué)家開(kāi)始揭示這種異質(zhì)性。隨后，技術(shù)創(chuàng)新的飛躍在單細(xì)胞技術(shù)上達(dá)到新高度——使得科學(xué)家能夠定義細(xì)胞類型特異的基因表達(dá)，從過(guò)去的平均數(shù)據(jù)中分辨出...

現(xiàn)有的單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)陣營(yíng)在幾個(gè)主要領(lǐng)域存在差別。一個(gè)是分隔單個(gè)細(xì)胞以在其中進(jìn)行微反應(yīng)的物理平臺(tái)。在這個(gè)空間，單個(gè)細(xì)胞的內(nèi)容物釋放，轉(zhuǎn)錄本或其他生物分析物被標(biāo)記或添加索引，以便下游識(shí)別。現(xiàn)有技術(shù)的另一個(gè)主要區(qū)別是如何添加索引，就像生成測(cè)序文庫(kù)所涉及的流程步驟一樣...

Fluidigm C1平臺(tái)作為應(yīng)用于單細(xì)胞測(cè)序（Single Cell RNA Sequencing）領(lǐng)域的商業(yè)化分選技術(shù)，基于富魯達(dá)（Fluidigm?）的微流控技術(shù)，大約在幾個(gè)小時(shí)中可以捕獲96個(gè)左右的細(xì)胞，進(jìn)行各類的Single-Cell測(cè)序建庫(kù)。當(dāng)然，...

單細(xì)胞獲得困難，不同組織要求不盡相同難以搞定？ 烈冰2000+項(xiàng)目消化經(jīng)驗(yàn)，100+組織類型解離protocol，精心設(shè)計(jì)不同組織實(shí)驗(yàn)的解離、細(xì)胞懸浮實(shí)驗(yàn)體系，確保單細(xì)胞的獲得。 凍存樣本無(wú)法實(shí)驗(yàn)，珍貴樣本無(wú)法使用？ 烈冰采用國(guó)際認(rèn)可的凍存組織復(fù)蘇技術(shù)以及死細(xì)...

單細(xì)胞多組學(xué)帶來(lái)的突破 單細(xì)胞測(cè)序方法不但改進(jìn)了實(shí)驗(yàn)過(guò)程，還幫助科學(xué)家在健康和疾病研究的關(guān)鍵領(lǐng)域取得新進(jìn)展。那些過(guò)去從轉(zhuǎn)錄平均值或單項(xiàng)參數(shù)讀取中無(wú)法獲得的新發(fā)現(xiàn)正在改變我們對(duì)傳染病、神經(jīng)退行性疾病等疾病的認(rèn)識(shí)。從鑒定新的細(xì)胞類型和狀態(tài)，到揭開(kāi)疾病用藥應(yīng)答和耐...

相對(duì)于Smart-Seq技術(shù)在細(xì)胞數(shù)量上的問(wèn)題，10X平臺(tái)普遍提供的細(xì)胞數(shù)量都在1000-20000不等的測(cè)序細(xì)胞量，這個(gè)量級(jí)的測(cè)序細(xì)胞量已經(jīng)可以說(shuō)能夠完全覆蓋絕大部分組織的Single Cell群體類型。因此，這兩種技術(shù)對(duì)于基于基因表達(dá)進(jìn)行準(zhǔn)確細(xì)胞分型上，無(wú)...

單細(xì)胞RNA-seq、RNA-seq和逆轉(zhuǎn)錄qPCR（RT-qPCR）都采用一個(gè)共同過(guò)程，即分離RNA并將其轉(zhuǎn)化為cDNA進(jìn)行分析。不過(guò)，每種分析在開(kāi)展方式和獲得的數(shù)據(jù)上有所不同。RNA-seq和RT-qPCR都是先從大量細(xì)胞中分離RNA，然后將其轉(zhuǎn)化為cDN...

單細(xì)胞RNA-seq、RNA-seq和逆轉(zhuǎn)錄qPCR（RT-qPCR）都采用一個(gè)共同過(guò)程，即分離RNA并將其轉(zhuǎn)化為cDNA進(jìn)行分析。不過(guò)，每種分析在開(kāi)展方式和獲得的數(shù)據(jù)上有所不同。RNA-seq和RT-qPCR都是先從大量細(xì)胞中分離RNA，然后將其轉(zhuǎn)化為cDN...

單細(xì)胞多組學(xué)提升見(jiàn)解 基于測(cè)序的數(shù)據(jù)能夠?qū)⒄蔑@其強(qiáng)大之處，因?yàn)樗軌蛄私馔粏渭?xì)胞的多種生物分析指標(biāo)。如果說(shuō)單細(xì)胞基因表達(dá)提供了一種顏色的詳細(xì)信息，那么單細(xì)胞多組學(xué)提供了同一細(xì)節(jié)的全彩色圖譜，為您帶來(lái)樣本的真實(shí)視圖。烈冰2021年強(qiáng)勢(shì)引進(jìn)的10x Genom...

樣本制備后的保存 為了盡可能地減少轉(zhuǎn)錄組的變化，在對(duì)細(xì)胞進(jìn)行清洗和計(jì)數(shù)后，單細(xì)胞懸液應(yīng)當(dāng)保存于冰上，直至用于后續(xù)的上機(jī)和文庫(kù)制備步驟。在理想狀況下，一旦制備好樣本，應(yīng)當(dāng)在3min鐘內(nèi)將其用于下游步驟。然而，您還有必要了解各類細(xì)胞的不同性質(zhì)，因?yàn)檫@可能會(huì)影響細(xì)...

關(guān)于10X Genomics單細(xì)胞平臺(tái)的樣本類型和樣本制備 ：10X平臺(tái)在上機(jī)前需要注意細(xì)胞消化后的細(xì)胞團(tuán)塊，獲得分離良好的細(xì)胞懸液、無(wú)細(xì)胞隨便、極少的細(xì)胞團(tuán)塊，且細(xì)胞活力高（＞70%）；此外，了解您所研究細(xì)胞的大小范圍也很重要。細(xì)胞大小通常與細(xì)胞表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本...

單細(xì)胞獲得困難，不同組織要求不盡相同難以搞定？ 烈冰2000+項(xiàng)目消化經(jīng)驗(yàn)，100+組織類型解離protocol，精心設(shè)計(jì)不同組織實(shí)驗(yàn)的解離、細(xì)胞懸浮實(shí)驗(yàn)體系，確保單細(xì)胞的獲得。 凍存樣本無(wú)法實(shí)驗(yàn)，珍貴樣本無(wú)法使用？ 烈冰采用國(guó)際認(rèn)可的凍存組織復(fù)蘇技術(shù)以及死細(xì)...

單細(xì)胞RNA-seq、RNA-seq和逆轉(zhuǎn)錄qPCR（RT-qPCR）都采用一個(gè)共同過(guò)程，即分離RNA并將其轉(zhuǎn)化為cDNA進(jìn)行分析。不過(guò)，每種分析在開(kāi)展方式和獲得的數(shù)據(jù)上有所不同。RNA-seq和RT-qPCR都是先從大量細(xì)胞中分離RNA，然后將其轉(zhuǎn)化為cDN...

10X Genomics和Drop-Seq具有類似的技術(shù)原理。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠，一列縱向孔道輸入細(xì)胞，凝膠微珠與細(xì)胞碰撞后會(huì)吸附在凝膠微珠上，并通過(guò)微流控技術(shù)，將之輸入到第二縱向孔道，即油相孔道中。這時(shí)候，就形成了一個(gè)個(gè)油滴并輸出并收集在EP管中。...