病原體-宏基因組測序:1.開發(fā)了一種經(jīng)過驗(yàn)證的臨床mNGS檢測方法，用于在許可的微生物實(shí)驗(yàn)室中診斷腦脊髓液（CSF）引起的腦膜炎和腦炎的傳染原因。2.開發(fā)了定制的生物信息學(xué)管道SURPI+，以快速分析mNGS數(shù)據(jù)，生成檢測到的病原體的自動摘要，并提供用于評估和...

病毒宏基因組學(xué)文庫中包含兆級的短序列片段（Reads）。通過不同的序列拼接軟件將Reads拼接較長的DNA序列片斷（Contigs）。數(shù)據(jù)組裝可通過K-mer分析評估各個(gè)樣品的測序深度，通過對SOAPdenovo設(shè)置不同K值，篩選較好組裝結(jié)果，對較好組裝結(jié)果進(jìn)...

微生物鑒定可以采用不同微生物對周圍環(huán)境的資源的利用度有所不同的特性來區(qū)別。比如說微生物能否以二氧化碳作為微生物自身生長的碳源以及對糖類等物質(zhì)的需求程度來區(qū)分。亦或者說對不同類型生長因子的需求也是重點(diǎn)。其實(shí)我們還可以通過控制微生物的生長環(huán)境來判斷微生物的種屬類型...

樣品具備什么條件才可以獲得比較質(zhì)量的組裝效果？生物進(jìn)行病原基因組測序，基于探普的專有流程，樣本要求非常低，不要求病原粒子純化，不要求總量到達(dá)微克，有專門的收樣標(biāo)準(zhǔn)和送樣流程。簡言之，經(jīng)過細(xì)胞或其他方式培養(yǎng)的病原，病原載量較高，不需要復(fù)雜處理，直接上清提取核酸都...

病原微生物檢測方法-多種PCR結(jié)合使用，基因芯片技術(shù)與多重PCR結(jié)合可以通過PCR對目的基因進(jìn)行放大，通過基因芯片的熒光探針增加檢測的靈敏性和特異性，使得兩種檢測技術(shù)的優(yōu)勢互補(bǔ)，已應(yīng)用于病原微生物的檢測。將病原體特異性基因作為靶基因設(shè)計(jì)出引物與探針，進(jìn)行多重P...

微生物鑒定還可以用微生物對噬菌體的敏感性作為指標(biāo)來鑒定微生物的種屬。因?yàn)楦鞣N噬菌體都有其嚴(yán)格的宿主范圍，不同的細(xì)菌作為噬菌體的宿主對應(yīng)有特定的已知特性的噬菌體，其和噬菌體的作用方式也有接合，轉(zhuǎn)化，轉(zhuǎn)接，溶原性轉(zhuǎn)換和原生質(zhì)體融合等多種方式。部分細(xì)菌可以采用血清學(xué)...

微生物檢測崗位職責(zé)：1.負(fù)責(zé)產(chǎn)品無菌檢查、微生物限度檢查、細(xì)菌內(nèi)檢查、支原體及外源病毒的分析方法開發(fā)、驗(yàn)證；2.對產(chǎn)品及環(huán)境實(shí)施無菌檢查、微生物限度檢查、細(xì)菌內(nèi)檢查；3.對原輔料、內(nèi)包材、工藝用水等實(shí)施微生物限度、細(xì)菌內(nèi)檢查；4.對微生物實(shí)驗(yàn)室的試劑、耗材、儀...

在探普生物長時(shí)間運(yùn)行過程中，我們接觸到的對病毒的全基因組進(jìn)行測序項(xiàng)目有比較豐富的應(yīng)用場景。先，從事基因進(jìn)化/疫苗/藥品/抗體研制方向的研究的研究者一定會用到測序。這種場景一般是用密集的sanger測序監(jiān)測某幾個(gè)關(guān)鍵基因，搭載一定頻率的全基因組測序。這樣的組合省...

微生物怎么進(jìn)行檢測？通過顯微鏡直接觀察。一般來說，在一定的培養(yǎng)條件下（相同的培養(yǎng)基、溫度以及培養(yǎng)時(shí)間），同種微生物表現(xiàn)出穩(wěn)定的菌落特征。這些特征包括菌落的形狀、大小、隆起程度和顏色等方面。因此可以通過顯微鏡觀察菌落特征對微生物種類進(jìn)行判斷。使用選擇培養(yǎng)基培養(yǎng)微...

病原微生物檢測方法-高通量測序技術(shù)。隨著技術(shù)飛速發(fā)展高通量測序技術(shù)，又稱為新一代測序技術(shù)，相對應(yīng)于以Sanger測序法為一代測序技術(shù)而得名。具有高準(zhǔn)確性、高通量、高靈敏度和低運(yùn)行成本等突出優(yōu)勢。隨著高通量測序技術(shù)的迅猛發(fā)展，科研工作者開始越來越多地應(yīng)用高通量測...

病毒宏基因組測序：可直接對樣本中的核酸進(jìn)行高通量測序，鑒定樣本中可能存在的病原菌，輔助臨床決策。覆蓋細(xì)菌、病毒、寄生蟲、衣原體、立克次氏體、螺旋體等13396種微生物；同時(shí)進(jìn)行耐藥基因檢測，涵蓋266種耐藥菌，2984種抗性基因。宏基因組測序在新發(fā)腹瀉病毒鑒定...

傳統(tǒng)上，人類血液被認(rèn)為是無菌的。微生物血漿細(xì)胞游離DNA（mcfDNA）可能有兩種來源，包括微生物（細(xì)菌，病毒或噬菌體）的易位，這是指屬于人類微生物組的微生物細(xì)胞或其組成部分通過與外部環(huán)境連通的上皮粘膜進(jìn)入循環(huán)系統(tǒng)。另外，當(dāng)組織粘膜被局部傳染（例如口腔，肺和皮...

病毒宏基因組測序：可直接對樣本中的核酸進(jìn)行高通量測序，鑒定樣本中可能存在的病原菌，輔助臨床決策。覆蓋細(xì)菌、病毒、寄生蟲、衣原體、立克次氏體、螺旋體等13396種微生物；同時(shí)進(jìn)行耐藥基因檢測，涵蓋266種耐藥菌，2984種抗性基因。宏基因組測序在新發(fā)腹瀉病毒鑒定...

病毒是引發(fā)人畜共患病的主要病原體之一，伴隨環(huán)境、生態(tài)和人類行為等各方面因素的變化，新發(fā)人畜共患病也呈現(xiàn)逐年遞增的趨勢，它們極大地威脅著人類和動物的健康和生命，并給畜牧業(yè)和農(nóng)業(yè)的健康發(fā)展以及自然界生態(tài)鏈的平衡帶來危害及災(zāi)難。然而，許多新發(fā)人畜共患病的病原初往往是...

用二代測序?qū)颖具M(jìn)行宏病毒組測序有哪些挑戰(zhàn)？二代測序技術(shù)基本流程是核酸純化-文庫構(gòu)建-生物信息學(xué)分析。用二代測序?qū)颖具M(jìn)行宏病毒組測序，每一步都是很大的挑戰(zhàn)。無論是來自腸道還是水體或者土壤，樣本都會伴隨基因組數(shù)倍于病毒的細(xì)菌和宿主細(xì)胞。為了提高數(shù)據(jù)有效利用率，...

用二代測序?qū)颖具M(jìn)行宏病毒組測序有哪些挑戰(zhàn)？二代測序技術(shù)基本流程是核酸純化-文庫構(gòu)建-生物信息學(xué)分析。用二代測序?qū)颖具M(jìn)行宏病毒組測序，每一步都是很大的挑戰(zhàn)。無論是來自腸道還是水體或者土壤，樣本都會伴隨基因組數(shù)倍于病毒的細(xì)菌和宿主細(xì)胞。為了提高數(shù)據(jù)有效利用率，...

近年來，隨著測序技術(shù)的發(fā)展，對微生物群（微生物組）的研究逐漸加深，研究熱點(diǎn)越來越多集中于環(huán)境和生物體相互作用的微生物群。加之測序成本降低，分析技術(shù)不斷提升，都使得宏基因組測序技術(shù)得到普遍應(yīng)用。為什么要做宏基因組：宏基因組相對16S來說其物種分辨率會更高，隨著物...

用二代測序?qū)颖具M(jìn)行宏病毒組測序有哪些挑戰(zhàn)？二代測序技術(shù)基本流程是核酸純化-文庫構(gòu)建-生物信息學(xué)分析。用二代測序?qū)颖具M(jìn)行宏病毒組測序，每一步都是很大的挑戰(zhàn)。無論是來自腸道還是水體或者土壤，樣本都會伴隨基因組數(shù)倍于病毒的細(xì)菌和宿主細(xì)胞。為了提高數(shù)據(jù)有效利用率，...

近年來，新發(fā)人畜共患病呈現(xiàn)逐年遞增的趨勢，人類想要征服新發(fā)人畜共患病，就必須提前發(fā)掘潛在的新的致病的病原，并針對新病原進(jìn)行基因組分析、流行病學(xué)調(diào)查、致病機(jī)制及疫苗開發(fā)等方面的研究。病毒宏基因組學(xué)是在宏基因組學(xué)基礎(chǔ)上發(fā)展起來研究特定環(huán)境中病毒的新興技術(shù)，該技術(shù)結(jié)...

宏基因組（也稱微生物環(huán)境基因組或元基因組）是1998年提出的新名詞，其定義為“thegenomesofthetotalmicrobiotafoundinnature”,即生境中全部微小生物遺傳物質(zhì)的總和。它包含了可培養(yǎng)的和未可培養(yǎng)的微生物的基因，目前主要指環(huán)境...

傳統(tǒng)微生物檢測由于時(shí)間長、陽性率低、檢測目標(biāo)單一，限制了傳染疾病的診治。宏基因組測序技術(shù)不依賴于微生物的分離培養(yǎng)，克服了傳統(tǒng)的純培養(yǎng)方法的技術(shù)限制，為研究和開發(fā)利用占微生物種類99%以上的未可培養(yǎng)的微生物提供了一種新的途徑和良好的策略。宏基因組測序以無需純化培...

病毒是地球上數(shù)量多的生物實(shí)體，其中細(xì)菌病毒(即噬菌體)約有1031個(gè)類群，從海洋到陸地再到人體幾乎都是它們的棲息地。研究者將病毒視為調(diào)節(jié)人類生態(tài)系統(tǒng)的重要成員，人體內(nèi)主要包括真核病毒和噬菌體，包括雙鏈DNA(double-strandedDNA,dsDNA)，...

對病毒的全基因組進(jìn)行測序費(fèi)用合理，上海探普生物科技有限公司致力于醫(yī)藥、保養(yǎng)，以科技創(chuàng)新實(shí)現(xiàn)管理的追求。探普生物擁有一支經(jīng)驗(yàn)豐富、技術(shù)創(chuàng)新的專業(yè)研發(fā)團(tuán)隊(duì)，以高度的專注和執(zhí)著為客戶提供病毒測序，病毒全基因組測序，病毒宏基因組測序，未知病原鑒定。探普生物繼續(xù)堅(jiān)定不移...

病原宏基因組測序（mNGS）可與實(shí)時(shí)熒光定量PCR（RT-PCR）技術(shù)聯(lián)合使用，實(shí)現(xiàn)優(yōu)勢互補(bǔ)?！癛T-PCR由于其檢測速度快、操作流程簡單、成本較低的原因，更適用于大規(guī)模的篩查中，以便快速獲得是否為核酸陽性的初步證據(jù)，而對于RT-PCR檢測陰性、但臨床表型高度...

病毒宏基因組學(xué)的應(yīng)用：病毒宏基因組學(xué)已經(jīng)應(yīng)用到人類、動物和環(huán)境中，涉及到農(nóng)業(yè)、工業(yè)及畜牧業(yè)等各個(gè)領(lǐng)域，其應(yīng)用范圍已延伸到海洋、湖水、熱泉、下水道等無機(jī)環(huán)境，以及組織病料、血液、呼吸道、動物排泄物等有機(jī)環(huán)境。應(yīng)用病毒宏基因組學(xué)的方法研究佛羅里達(dá)綠海龜?shù)睦w維狀瘤組...

宏基因組應(yīng)用：特定生物種基因組研究使人們的認(rèn)識單元實(shí)現(xiàn)了從單一基因到聚合基因的轉(zhuǎn)變，宏基因組研究將使人們擺脫物種界限，揭示更高更復(fù)雜層次上的生命運(yùn)動規(guī)律。在目前的基因結(jié)構(gòu)功能認(rèn)識和基因操作技術(shù)背景下，細(xì)菌宏基因組成為研究和開發(fā)的主要對象。細(xì)菌宏基因組細(xì)菌人工染...

DNA宏基因組測序的病原檢出率均高于培養(yǎng)等傳統(tǒng)方法，表現(xiàn)出良好的診斷性能。DNA宏基因組測序已被用于診斷各種臨床傳染性疾病，例如血液傳染，肺和肺外結(jié)核（TB），侵襲性傳染，寄生蟲傳染，傳染性心內(nèi)膜炎，復(fù)雜性肺炎，尿路傳染和實(shí)體移植后的繼發(fā)傳染等，為臨床傳染性疾...

病原微生物二代測序，也稱宏基因組測序（mNGS）是目前臨床上針對病原較常用的基因測序方法。通過對疑似傳染標(biāo)本采集提取后（無需培養(yǎng)）直接進(jìn)行高通量測序，利用病原微生物數(shù)據(jù)庫比對和分析后可以獲得疑似致病微生物種屬信息。基于NGS的宏基因組學(xué)檢測技術(shù)在2014年被用...

宏基因組應(yīng)用：特定生物種基因組研究使人們的認(rèn)識單元實(shí)現(xiàn)了從單一基因到聚合基因的轉(zhuǎn)變，宏基因組研究將使人們擺脫物種界限，揭示更高更復(fù)雜層次上的生命運(yùn)動規(guī)律。在目前的基因結(jié)構(gòu)功能認(rèn)識和基因操作技術(shù)背景下，細(xì)菌宏基因組成為研究和開發(fā)的主要對象。細(xì)菌宏基因組細(xì)菌人工染...

病毒宏基因組學(xué)的應(yīng)用：病毒宏基因組學(xué)已經(jīng)應(yīng)用到人類、動物和環(huán)境中，涉及到農(nóng)業(yè)、工業(yè)及畜牧業(yè)等各個(gè)領(lǐng)域，其應(yīng)用范圍已延伸到海洋、湖水、熱泉、下水道等無機(jī)環(huán)境，以及組織病料、血液、呼吸道、動物排泄物等有機(jī)環(huán)境。應(yīng)用病毒宏基因組學(xué)的方法研究佛羅里達(dá)綠海龜?shù)睦w維狀瘤組...