湖北一體化邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺經(jīng)驗(yàn)豐富

    ***代測序技術(shù)常見問題及解決方法樣品測序無信號此時測序完全失敗，**可能的原因是待測樣品出現(xiàn)了降解或引物失效，從而導(dǎo)致測序引物與待測樣品無法結(jié)合。此時探索造成測序失敗的具體原因并無實(shí)際意義，**快速、簡便的辦法是重新提供質(zhì)量合格的引物和樣品再次進(jìn)行測序。樣品測序信號差此種情況可能是引物或模板的質(zhì)量不高或是引物和模板的匹配性不好引起的，但**有可能的原因是待測樣品濃度偏低。待測樣品濃度偏低可能是由于PCR效率較低，也可能是PCR與測序間隔時間過長，導(dǎo)致PCR產(chǎn)物降解。建議PCR完成后盡快進(jìn)行測序，如果PCR產(chǎn)物濃度本身較低，可以使用PCR產(chǎn)物作為模板進(jìn)行二次PCR，也可以對PCR產(chǎn)物進(jìn)行克隆后，再進(jìn)行測序。樣品測序衰減可能是由于待測樣品包含特殊的核酸結(jié)構(gòu)，如重復(fù)序列、回文結(jié)構(gòu)、發(fā)卡結(jié)構(gòu)、GC富集區(qū)、AT富集區(qū)等。由于是樣品本身結(jié)構(gòu)問題，因此，無法通過優(yōu)化測序反應(yīng)解決，應(yīng)從待測樣品另一端進(jìn)行反向測序，之后兩端的測序結(jié)果拼接得到完整序列。樣品測序中斷此種情況是由于待測樣品包含特殊高級結(jié)構(gòu)，導(dǎo)致堿基無法與模板結(jié)合，DNA聚合酶無法繼續(xù)延伸。此情況與樣品測序衰減解決辦法相同，均為從待測樣品另一端進(jìn)行反向測序。 邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)致力于解決創(chuàng)新藥物的研發(fā)痛點(diǎn)及患者的用藥痛點(diǎn)，助力精zhun醫(yī)療！湖北一體化邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺經(jīng)驗(yàn)豐富

    1、文庫把DNA樣本片段化或篩分成指定長度的目標(biāo)序列，再加上寡核苷酸接頭（和條形碼DN**段的大小是NGS文庫構(gòu)建的主要因素。片段化可以通過不同的方法，比如PCR擴(kuò)增法。（NGS實(shí)驗(yàn)流程相對復(fù)雜，在過程中會應(yīng)用到PCR擴(kuò)增技術(shù)）），用于后續(xù)測序上機(jī)。2、讀長被片段化后的DNA鏈長度，二代測序通常是100-200bp（bp是雙鏈DNA堿基對單位）。3、通量一次測序上機(jī)可以運(yùn)行的樣本（基因）數(shù)量。4、測序深度一個基因片段被掃描的次數(shù)，測序深度深可提高低頻突變檢出率和檢測準(zhǔn)確率。5、全基因組測序一種生物的全部基因序列的測序，人的基因組序列約3G，基因組是一個細(xì)胞或者生物體所攜帶的全部遺傳信息。作者：心平氣和鏈接：源：知乎著作權(quán)歸作者所有。商業(yè)轉(zhuǎn)載請聯(lián)系作者獲得授權(quán)，非商業(yè)轉(zhuǎn)載請注明出處。 北京多組學(xué)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺值得推薦邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)可以提供覆蓋肺ai、腸ai、肝ai、胃ai、乳腺ai、前列腺ai等多種實(shí)體瘤的上百項(xiàng)檢測項(xiàng)目。

    67個y-str基因座分別為：dys19、dys385a/b、dyf387s1a/b、dys388、dys389-i、dys389-ii、dys390、dys391、dys392、dys393、dyf399s1、dyf404s1a/b、dys437、dys438、dys439、dys443、dys444、dys446、dys447、dys448、dys449、dys456、dys458、dys459a/b、dys460、dys481、dys485、dys504、dys505、dys508、dys510、dys518、dys520、dys522、dys527a/b、dys531、dys533、dys549、dys552、dys557、dys570、dys576、dys587、dys593、dys596、dys612、dys617、dys622、dys626、dys627、dys630、dys635、dys641、dys643、dys644、dys645、dys710、dys720、y-gata-a10、y-gata-h4；其中，dys385a/b、dyf387s1a/b、dyf404s1a/b、dys459a/b、dys527a/b分別包含兩個分型片段，dyf399s1包含三個分型片段。二、引物組合的制備1、人工設(shè)計(jì)并合成用于擴(kuò)增每個基因座的引物(要求擴(kuò)增長度**好300bp以下)，然后進(jìn)行pcr擴(kuò)增，獲得每個基因座的特異性擴(kuò)增產(chǎn)物。2、綜合單個基因座的擴(kuò)增條件，選擇適宜擴(kuò)增程序，進(jìn)行復(fù)合擴(kuò)增。由于復(fù)合的基因座數(shù)目較多，引物間相互抑制情況復(fù)雜，所以需要一一排除，找出這些基因座，重新設(shè)計(jì)并合成引物。此外，不同基因座的引物之間還會形成引物二聚體。

    ⑦側(cè)翼序列堿基數(shù)，各部分之間用tab鍵隔開。按照這種格式依次對68個基因座進(jìn)行錄入。68個基因座基因配置文件錄入完成后，運(yùn)行***。該文件給出了①基因座名稱，②基因分型，③擴(kuò)增子堿基數(shù)，④擴(kuò)增子序列信息，⑤測序深度五個部分。根據(jù)國際法醫(yī)遺傳學(xué)會(internationalsocietyforforensicgenetics，isfg)發(fā)表的關(guān)于y-str基因座的str序列指南()和niststr數(shù)據(jù)庫(strbase.)y染色體str情況說明對67個y-str基因座的序列構(gòu)建**重復(fù)結(jié)構(gòu)。實(shí)驗(yàn)結(jié)果見表3。結(jié)果表明，標(biāo)準(zhǔn)品2800m得到了完整的str分型，完全能夠滿足法醫(yī)str檢驗(yàn)的要求。表3-1注：n與其后數(shù)字表示一段堿基序列，其后數(shù)字表示序列的堿基數(shù)目。表3-2注：n與其后數(shù)字表示一段堿基序列，其后數(shù)字表示序列的堿基數(shù)目。二、采用實(shí)施例1制備的試劑盒的應(yīng)用——口腔拭子樣本的基因座分型樣本一、樣本二和樣本三為3名漢族男性無關(guān)個體的口腔拭子的基因組dna，濃度均為1ng/μl。3名漢族男性均知情同意。將步驟一中的標(biāo)準(zhǔn)品2800m水溶液替換為樣本一、樣本二或樣本三，其它步驟均不變。檢測結(jié)果見表3。結(jié)果表明，樣本一、樣本二和樣本三均獲得了完整的str分型結(jié)果。 邁杰中心實(shí)驗(yàn)室設(shè)有SLAN 96P、Rotor-Gene Q、ABI 7500、ABI ViiA7、Roche z480等實(shí)時熒光定量PCR儀及數(shù)字PCR儀！

    1977年，WalterGilbert和FrederickSanger發(fā)明了***臺測序儀，并應(yīng)用其測定了***個基因組序列，噬菌體X174，全長5375個堿基。由此開始，人類獲得了探索生命遺傳本質(zhì)的能力，生命科學(xué)的研究進(jìn)入了基因組學(xué)的時代，到至今為止的四十年時間內(nèi)，測序技術(shù)已取得了相當(dāng)大的發(fā)展，從***代發(fā)展到了第三代測序技術(shù)。Sanger所發(fā)明的測序方法被稱為***代測序技術(shù)，該技術(shù)直到現(xiàn)在依然被***使用，但是其一次只能獲得一條長度在700～1000個堿基的序列，無法滿足現(xiàn)代科學(xué)發(fā)展對生物基因序列獲取的迫切需求。高通量測序(High-ThroughputSequencing,HTS)是對傳統(tǒng)Sanger測序的**性變革，其解決了一代測序一次只能測定一條序列的限制，一次運(yùn)行即可同時得到幾十萬到幾百萬條核酸分子的序列，因此也被稱為新一代測序(NextGenerationSequencing,NGS)或第二代測序。第二代測序技術(shù)雖然測序的通量**增加，但是其獲得單條序列長度很短，想要得到準(zhǔn)確的基因序列信息依賴于較高的測序覆蓋度和準(zhǔn)確的序列拼接技術(shù)，因此**終得到的結(jié)果中會存在一定的錯誤信息。因此，科研人員又發(fā)明了第三代測序技術(shù)也稱為單分子測序技術(shù)，該技術(shù)在保證測序通量的基礎(chǔ)上，對單條長序列進(jìn)行從頭測序。 使用北歐免疫組化質(zhì)控中心NordiQC推薦的IHC抗體組合。浙江一體化邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺口碑推薦

邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)蛋白免疫產(chǎn)品開發(fā)平臺可提供基于IHC平臺的體外診斷試劑盒以及蛋白抗體原料一站式開發(fā)服務(wù)。湖北一體化邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺經(jīng)驗(yàn)豐富

    ：針對特定目的核酸片段的測序，首先要對目的測序區(qū)域進(jìn)行PCR擴(kuò)增；而針對碎片化DNA的測序，則要將碎片化的DN**段通過克隆的方式連接到質(zhì)粒載體中；對于部分PCR產(chǎn)物的測序也可以對其進(jìn)行克隆，以保證測序樣品的純度和濃度。：向得到的待測樣品中分別加入4種dNTP和4種ddNTP，從而得到不同位置匹配終止的序列。ddNTP循環(huán)測序4.凝膠電泳獲得序列：對得到的序列進(jìn)行凝膠電泳，根據(jù)堿基的順序和位置確定序列信息。電泳確定序列***代測序技術(shù)的優(yōu)勢和劣勢優(yōu)勢：***代測序技術(shù)的準(zhǔn)確性遠(yuǎn)高于二、三代測序，因此被稱為測序行業(yè)的“金標(biāo)準(zhǔn)”；***代測序每個反應(yīng)可以得到700-1000bp的序列，序列長度高于二代測序；***代測序價格低廉，設(shè)備運(yùn)行時間短，適用于低通量的快速研究項(xiàng)目。劣勢：***代測序技術(shù)一個反應(yīng)只能得到一條序列，因此測序通量很低；***代測序技術(shù)雖然單個反應(yīng)價格低廉，但是獲得大量序列的成本很高。***代測序技術(shù)的應(yīng)用PCR產(chǎn)物測序：對目的基因的PCR產(chǎn)物進(jìn)行測序，得到目的基因序列；重測序：突變、SNPs、插入或缺失克隆產(chǎn)物的驗(yàn)證；分型分析：微生物和***分類學(xué)鑒定、HLA分型、病毒分型等；臨床應(yīng)用：**突變基因的檢測和**個體化***。 湖北一體化邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺經(jīng)驗(yàn)豐富