上海多基因聯(lián)合檢測(cè)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)共同合作

    既節(jié)約時(shí)間又降低測(cè)序成本。目前，基于法庭科學(xué)領(lǐng)域運(yùn)用**多的ngs系統(tǒng)為illumina公司的miseqfgxtm系統(tǒng)和thermofisher公司的iontorrentpgmtm系統(tǒng)，但針對(duì)以上平臺(tái)的二代測(cè)序商業(yè)化str分型試劑盒的研發(fā)尚處于起步階段，主要有powerseqautosystem(promega，madison，wi,usa)、forenseqtmdnasignatureprepkit(illumina，sandiego，ca，usa)和precisionidglobalfilerngsstrkit(termofisher，waltham，ma，usa)。但以上試劑盒涉及的y-str相對(duì)較少，三個(gè)試劑盒分別包含了1個(gè)y-str基因座、26個(gè)y-str基因座、2個(gè)y-str基因座。同時(shí)存在試劑盒價(jià)格昂貴，配套的數(shù)據(jù)分析軟件只能針對(duì)各自開發(fā)試劑盒，參數(shù)的設(shè)置相對(duì)固定，只能對(duì)固有基因座的測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，不利于法醫(yī)學(xué)實(shí)際應(yīng)用。因此，構(gòu)建一種適用于當(dāng)前主流二代測(cè)序檢測(cè)平臺(tái)miseqfgxtm系統(tǒng)及開放性測(cè)序數(shù)據(jù)分析軟件straitrazor、myflq等，且能容納更多y-str基因座的復(fù)合擴(kuò)增體系具有一定的意義。技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素：本發(fā)明的目的是制備檢測(cè)更多y-str基因座的試劑盒，提高了父系親緣關(guān)系分析能力和鑒定效能。本發(fā)明首先保護(hù)引物組合，可包括引物1—引物120；引物1—引物120均為單鏈dna分子，核苷酸序列依次可如seqid**—seqid**20所示。 覆蓋多個(gè)主流IHC自動(dòng)染色平臺(tái)，適用范圍廣。上海多基因聯(lián)合檢測(cè)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)共同合作

    為了展現(xiàn)并比較以上幾種測(cè)序方法技術(shù)方面的不同，給所有人，鼠，擬南芥和大腸桿菌基因組測(cè)序時(shí)，每個(gè)測(cè)序產(chǎn)生的覆蓋數(shù)量都會(huì)在這里計(jì)算和展示。展示的數(shù)據(jù)都是來(lái)自于每種技術(shù)強(qiáng)大的儀器。全基因組測(cè)序時(shí)，為使數(shù)據(jù)有效，**少需要30x的覆蓋面。就像大家看到的，焦磷酸測(cè)序法只能給大腸柑橘基因組測(cè)序，并且需要足夠的覆蓋面來(lái)產(chǎn)生有效的數(shù)據(jù)。RUROLimfinityNGS是適用于二代測(cè)序全流程的信息管理平臺(tái)，包含您提到的樣本前處理、樣本接收、處理、樣本存儲(chǔ)、文庫(kù)制備、測(cè)序、完成以及質(zhì)控等全流程信息管理，實(shí)現(xiàn)了真正意義上樣本全生命周期的管理，并且符合21CFRPart11電子簽名的規(guī)定1.不要?jiǎng)h除或篡改試驗(yàn)數(shù)據(jù)2.不隱藏不良的檢驗(yàn)結(jié)果3.了解并符合審查審計(jì)追蹤。作者：Siri鏈接：源：知乎著作權(quán)歸作者所有。商業(yè)轉(zhuǎn)載請(qǐng)聯(lián)系作者獲得授權(quán)，非商業(yè)轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明出處。 湖北定制邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)鄭重承諾【邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)】一直以來(lái)致力于轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)服務(wù)和伴隨診斷產(chǎn)品開發(fā)及商業(yè)化。

    h1)str分型；(h2)y-str分型；(h3)個(gè)體識(shí)別；(h4)親權(quán)鑒定；(h5)種族推斷。本發(fā)明還保護(hù)上述任一所述引物組合或上述任一所述復(fù)合擴(kuò)增體系的應(yīng)用，可為(h1)-(h5)中的至少一種：(h1)str分型；(h2)y-str分型；(h3)個(gè)體識(shí)別；(h4)親權(quán)鑒定；(h5)種族推斷。上述任一所述68個(gè)基因座具體可由amelogenin、dys19、dys385a/b、dyf387s1a/b、dys388、dys389-i、dys389-ii、dys390、dys391、dys392、dys393、dyf399s1、dyf404s1a/b、dys437、dys438、dys439、dys443、dys444、dys446、dys447、dys448、dys449、dys456、dys458、dys459a/b、dys460、dys481、dys485、dys504、dys505、dys508、dys510、dys518、dys520、dys522、dys527a/b、dys531、dys533、dys549、dys552、dys557、dys570、dys576、dys587、dys593、dys596、dys612、dys617、dys622、dys626、dys627、dys630、dys635、dys641、dys643、dys644、dys645、dys710、dys720、y-gata-a10和y-gata-h4組成。其中，amelogenin為性別決定基因座。dyf399s1包含三個(gè)分型片段。dys385a/b、dyf387s1a/b、dyf404s1a/b、dys459a/b和dys527a/b均包含兩個(gè)分型片段。本發(fā)明提供的試劑盒可以檢測(cè)68個(gè)基因座。

    降低引物的擴(kuò)增效率，也需要重新設(shè)計(jì)并合成引物。3、初次復(fù)合擴(kuò)增時(shí)，各個(gè)引物在反應(yīng)體系中的濃度均為μm；之后對(duì)引物濃度進(jìn)行調(diào)整，獲得進(jìn)行pcr擴(kuò)增時(shí)各個(gè)引物的**佳濃度。經(jīng)過(guò)上述步驟，獲得引物組合。引物組合由120條引物組成，用于檢測(cè)68個(gè)基因座。各個(gè)基因座的名稱、擴(kuò)增基因座對(duì)應(yīng)的引物名稱和引物的核苷酸序列依次見(jiàn)表1中第1列、第2列和第3列。進(jìn)行pcr擴(kuò)增時(shí)各個(gè)引物的**佳濃度見(jiàn)表1中第5列。表1各個(gè)基因座對(duì)應(yīng)的引物在hg38人類參考基因組(hg38人類基因組的信息見(jiàn)網(wǎng)址./goldenpath/hg38/bigzips/)中的pcr擴(kuò)增產(chǎn)物的長(zhǎng)度和核苷酸序列詳見(jiàn)表2。各個(gè)str基因座的pcr擴(kuò)增產(chǎn)物的長(zhǎng)度范圍分布見(jiàn)圖1。表2三、基于二代測(cè)序技術(shù)檢測(cè)68個(gè)基因座的試劑盒的制備基于二代測(cè)序技術(shù)檢測(cè)68個(gè)基因座的試劑盒包括引物混合物；引物混合物由步驟二制備的120條引物混合而成。實(shí)施例2、實(shí)施例1制備的試劑盒檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)品2800m的str分型及其應(yīng)用一、實(shí)施例1制備的試劑盒檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)品2800m的str分型1、dna樣本準(zhǔn)備取標(biāo)準(zhǔn)品2800m，用超純水稀釋，獲得濃度為1ng/μl的標(biāo)準(zhǔn)品2800m水溶液。2、pcr擴(kuò)增以標(biāo)準(zhǔn)品2800m水溶液為模板，采用實(shí)施例1步驟三制備的引物混合物進(jìn)行pcr擴(kuò)增，得到pcr擴(kuò)增產(chǎn)物。邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)有多年的藥企服務(wù)經(jīng)驗(yàn)，緊跟藥物研發(fā)趨勢(shì)，熟悉新藥研發(fā)動(dòng)向。

    吸棄上清。f.每孔加入100uL80％乙醇，靜置30秒，吸棄上清。重復(fù)一遍。短時(shí)離心，吸棄上清。g.晾干3-5分鐘，觀察磁珠表面不再潮濕反光，成霧面狀，可離開磁力架，每孔加入30uLNFW，吹打混勻重懸磁珠，室溫孵育1分鐘。h.孔板再次放上磁力架，等待2分鐘，溶液澄清后，轉(zhuǎn)移上清到新的孔板中。實(shí)施例3.多重PCR一、***輪多重PCRa.按照QubitdsDNAHSAssayKit操作手冊(cè)檢測(cè)樣品濃度，根據(jù)Qubit檢測(cè)的樣本濃度，每個(gè)樣品取同樣的量(10ng)，每5～10個(gè)樣本混合在一起轉(zhuǎn)移到新的孔板中。b.***輪特異性引物是普通的PCR擴(kuò)增引物，共20個(gè)左右的堿基，Tm值設(shè)定在60℃，序列根據(jù)目標(biāo)區(qū)域設(shè)計(jì)得到，多個(gè)引物混成一個(gè)OP引物池做為***輪PCR的上游引物。配置PCR總體系,按照理論值的125％配，震蕩混勻，短時(shí)離心。c.孔板放入PCR儀中，選擇MAPlex-1st程序運(yùn)行2個(gè)小時(shí)。二、PCR產(chǎn)物純化，取下孔板，打開蓋子，每孔加入60uL的磁珠，吹打混勻，室溫下孵育5分鐘。b.將孔板或八聯(lián)管放上磁力架，等待2分鐘，溶液澄清后，吸棄上清。c.每孔加入100uL80％乙醇，靜置30秒，吸棄上清。重復(fù)一遍。d.晾干3-5分鐘，觀察磁珠表面不再潮濕反光，成霧面狀，可離開磁力架，每孔加入20uLNFW，吹打混勻重懸磁珠。邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)--伴隨診斷整體解決方案提供者,檢測(cè)技術(shù)平臺(tái)全涵蓋.河南專業(yè)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)值得推薦

邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)設(shè)有病原體檢測(cè)平臺(tái)Qiastat-Dx進(jìn)行呼吸道及胃腸道病原體檢測(cè)。上海多基因聯(lián)合檢測(cè)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)共同合作

    下游的引物IP用于第二輪多重PCR。具體的建庫(kù)過(guò)程是：步驟1，將樣本DNA進(jìn)行片段化處理，隨后每個(gè)片段兩端加上特殊的接頭；步驟2，加入***輪擴(kuò)增的上游引物混合池，與特殊接頭互補(bǔ)的通用引物，配制成PCR總體系，進(jìn)行***輪擴(kuò)增；步驟3，將***輪PCR產(chǎn)物純化后，加入第二輪擴(kuò)增的下游引物混合池，與第二步中使用過(guò)的特殊接頭互補(bǔ)的通用引物配制成PCR總體系，進(jìn)行第二輪擴(kuò)增；步驟4，將第二輪PCR產(chǎn)物純化后，配置反應(yīng)總體系，進(jìn)行Q-PCR定量，稀釋到合適的濃度，即可用于二代測(cè)序。上述技術(shù)方案中，作為推薦，步驟2中，***輪特異性引物是普通的PCR擴(kuò)增引物，共20個(gè)左右的堿基，Tm值設(shè)定在60℃，序列根據(jù)目標(biāo)區(qū)域設(shè)計(jì)得到，多個(gè)引物混成一個(gè)OP引物池做為***輪PCR的上游引物。PCR總體系為：2倍PCRMix35uL，10umol/LP71uL，1umol/LOP1uL或OP2uL，DNA25uL。上述技術(shù)方案中，作為推薦，步驟3中，第二輪特異性引物是普通的PCR擴(kuò)增引物，在其5’端加上測(cè)序接頭5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-3’共80個(gè)左右的堿基，其中根據(jù)目標(biāo)區(qū)域設(shè)計(jì)得到的序列長(zhǎng)度是20個(gè)堿基左右，Tm值設(shè)定在60℃，多個(gè)引物混成一個(gè)IP引物池做為第二輪PCR的上游引物。上海多基因聯(lián)合檢測(cè)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)共同合作