重慶專注邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺值得推薦

    ***代測序技術(shù)1975年由FrederickSanger所提出的鏈終止法以及1977年由WalterGibert所發(fā)明的鏈降解法被稱為***代測序技術(shù)。1977年，WalterGilbert和FrederickSanger發(fā)明了***臺測序儀，并應(yīng)用其測定了***個基因組序列，噬菌體X174，全長5375個堿基。WalterGilbert和FrederickSanger也因在測序技術(shù)中的貢獻獲得了1980年諾貝爾化學(xué)獎。技術(shù)原理目前，基于***代測序技術(shù)的測序儀幾乎都是采用Sanger提出的鏈終止法。鏈終止法測序的**原理是ddNTP的2'和3'端都不含羥基，因此在合成核酸鏈的過程中無法形成磷酸二酯鍵，從而導(dǎo)致DNA合成反應(yīng)中斷。在測定待測核酸片段的序列時，向反應(yīng)體系中加入一定比例的帶有放射性同位素標記的4種ddNTP，利用DNA聚合酶來延伸結(jié)合在待測核酸模板上的引物，直到摻入一種鏈終止核苷酸為止，**終會得到一組長度各相差一個堿基的鏈終止產(chǎn)物，這些產(chǎn)物可通過高分辨率變性凝膠電泳分離并根據(jù)其長度排序，凝膠處理后可用X-光膠片放射自顯影進行檢測，從而確定目的核酸片段各個位置的堿基。完整的測序過程分為4步：：如要利用Sanger測序方法進行完整基因組的測定，首先要將提取得到的樣品完整DNA打碎，形成DN**段，如只是測定單個目的基因的序列。 邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)--伴隨診斷整體解決方案提供者,檢測技術(shù)平臺全涵蓋.重慶專注邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺值得推薦

    邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺現(xiàn)有IlluminaNovaSeq6000、NextSeq500、Miniseq測序儀及QiagenGenereader等一站式臨床診斷測序平臺，目前已建立的常規(guī)檢測能力包括WGS、WES、mRNA-Seq，lncRNA-Seq，miRNA-Seq，靶向富集測序，單細胞基因組/轉(zhuǎn)錄組測序，免疫組庫測序、慢病毒插入位點檢測等。平臺多次滿分通過國家衛(wèi)生部臨檢中心（NCCL）及美國病理學(xué)家協(xié)會（CAP）組織的室間質(zhì)評與能力認證；已完成20+方法學(xué)開發(fā)與驗證，支持40多個臨床實驗，完成了數(shù)千例余例樣本的檢測。6、全外顯子組測序一種生物的外顯子序列的測序，外顯子測序需要將全基因組外顯子區(qū)域DNA捕獲并富集后進行測序；人的外顯子序列只占全部基因序列的1%，約30MB，是基因組的編碼序列；相對于基因組測序分析的信息量小，成本較低。7、轉(zhuǎn)錄組測序細胞內(nèi)轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物RNA的測序，廣義上包括mRNA、核糖體RNA、轉(zhuǎn)運RNA及非編碼RNA；狹義指所有mRNA的**。8、靶向測序作者：心平氣和鏈接：源：知乎著作權(quán)歸作者所有。商業(yè)轉(zhuǎn)載請聯(lián)系作者獲得授權(quán)，非商業(yè)轉(zhuǎn)載請注明出處。 重慶專注邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺值得推薦邁杰中心實驗室設(shè)有SLAN 96P、Rotor-Gene Q、ABI 7500、ABI ViiA7、Roche z480等實時熒光定量PCR儀及數(shù)字PCR儀！

    既節(jié)約時間又降低測序成本。目前，基于法庭科學(xué)領(lǐng)域運用**多的ngs系統(tǒng)為illumina公司的miseqfgxtm系統(tǒng)和thermofisher公司的iontorrentpgmtm系統(tǒng)，但針對以上平臺的二代測序商業(yè)化str分型試劑盒的研發(fā)尚處于起步階段，主要有powerseqautosystem(promega，madison，wi,usa)、forenseqtmdnasignatureprepkit(illumina，sandiego，ca，usa)和precisionidglobalfilerngsstrkit(termofisher，waltham，ma，usa)。但以上試劑盒涉及的y-str相對較少，三個試劑盒分別包含了1個y-str基因座、26個y-str基因座、2個y-str基因座。同時存在試劑盒價格昂貴，配套的數(shù)據(jù)分析軟件只能針對各自開發(fā)試劑盒，參數(shù)的設(shè)置相對固定，只能對固有基因座的測序數(shù)據(jù)進行分析，不利于法醫(yī)學(xué)實際應(yīng)用。因此，構(gòu)建一種適用于當(dāng)前主流二代測序檢測平臺miseqfgxtm系統(tǒng)及開放性測序數(shù)據(jù)分析軟件straitrazor、myflq等，且能容納更多y-str基因座的復(fù)合擴增體系具有一定的意義。技術(shù)實現(xiàn)要素：本發(fā)明的目的是制備檢測更多y-str基因座的試劑盒，提高了父系親緣關(guān)系分析能力和鑒定效能。本發(fā)明首先保護引物組合，可包括引物1—引物120；引物1—引物120均為單鏈dna分子，核苷酸序列依次可如seqid**—seqid**20所示。

    本發(fā)明屬于法醫(yī)學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及基于二代測序技術(shù)檢測68個基因座的試劑盒及其使用的引物組合，尤其涉及基于二代測序技術(shù)檢測67個y-str基因座和amelogenin基因座的試劑盒及其使用的引物組合。背景技術(shù)：短串聯(lián)重復(fù)(shorttandemrepeat，str)是由2～6bp重復(fù)單位串聯(lián)組成且***存在于人類基因組中的一類具有長度多態(tài)性的dna序列，是目前法醫(yī)個體識別和親子鑒定應(yīng)用*****的遺傳標記。人類y染色體短串聯(lián)重復(fù)(y-chromosomeshorttandemrepeats，y-str)具有父系遺傳、缺乏重組、分型簡單、信息量大、多態(tài)性高等特點，是研究人類的起源進化、民族差異、種族差異、群體及地區(qū)分布等的有力工具。因此，y染色體str基因座多態(tài)性研究可為法醫(yī)學(xué)個體識別和親權(quán)鑒定提供重要手段，在諸如父系家族的親權(quán)鑒定、混合斑男性成分的檢測、不同男性個體混合物的分析、追溯父系遷移歷史及重構(gòu)同一父系家族等方向都具有獨特的應(yīng)用價值。目前，熒光標記多重擴增結(jié)合毛細管電泳(fluorescentlabeledmultiplexpcr-capillaryelectrophoresis，pcr-ce)是str分型的主流技術(shù)；常用的商業(yè)化y-str分型試劑盒有y23(promega)、y(promega)、yfiler(thermofisherscientific)和yfilerplus。邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)擁有全技術(shù)平臺及豐富的伴隨診斷開發(fā)經(jīng)驗，為藥企合作伙伴提供一體化開發(fā)服務(wù)。

    實施例3、實施例1制備的試劑盒的準確性驗證1、取1ng標準品2800m、樣本一、樣本二或樣本三(見實施例2中步驟二)，按照yfilerpluspcramplifcationkit(thermofisherscientific)的說明書步驟進行毛細管電泳檢測，得到各個基因座的等位基因基因型。分型結(jié)果見表4。表4注：m為毛細管電泳檢測技術(shù)的分型結(jié)果，e為二代測序技術(shù)的分型結(jié)果。2、按照實施例2中步驟一的方法檢測標準品2800m、樣本一、樣本二或樣本三，得到各個基因座的等位基因基因型。分型結(jié)果見表4。結(jié)果表明，實施例1制備的試劑盒與yfilerpluspcramplifcationkit重合的基因座，在標準品2800m、樣本一、樣本二和樣本三中的分型結(jié)果完全一致。實施例4、實施例1制備的試劑盒中引物具有不可替換性實施例1制備的試劑盒是本發(fā)明的發(fā)明人經(jīng)過大量實驗獲得的，主要包括擴增各個基因座引物的反復(fù)調(diào)試和引物濃度的摸索。由于復(fù)合的基因座數(shù)目較多，引物間相互抑制情況復(fù)雜，所以試劑盒中用于擴增各個基因座的引物不可替換。1、設(shè)計并合成表5中第2列所示的、用于擴增65個str基因座的引物，然后混合，獲得引物混合物1。設(shè)計并合成表5中第4列所示的、用于擴增66個str基因座的引物，然后混合，獲得引物混合物2。邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)目前已完成約30+靶點的方法學(xué)驗證，50+靶點的方法學(xué)建立。重慶專注邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺值得推薦

邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)可以提供覆蓋肺ai、腸ai、肝ai、胃ai、乳腺ai、前列腺ai等多種實體瘤的上百項檢測項目。重慶專注邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺值得推薦

    3、主要平臺提供方ABI公司三、二代測序簡介1、Roche454測序:454測序是大規(guī)模平行測序的開始。2003年底，454公司推出了基于焦磷酸測序法的超高通量基因組測序系統(tǒng)—(GS)。2005年454公司被羅氏診斷公司收購，之后優(yōu)化推出GenomeSequencerFLXSystem(GSFLX)。羅森博格博士是該技術(shù)的創(chuàng)始人,也是IonTorrent平臺的創(chuàng)始人。454平臺的突出優(yōu)勢是長讀長(400nt)，但準確率低，成本高。是高通量測序的過渡。454測序技術(shù)的具體步驟為：（1）構(gòu)建測序文庫。將基因組DNA打碎成300～800個堿基片段后，在兩端加上錨定接頭；（2）PCR擴增。擴增產(chǎn)生成千上萬個拷貝；（3）焦磷酸測序。復(fù)制過程中如果發(fā)生堿基互補配對，就會釋放1個焦磷酸，在一系列酶的催化下，釋放出熒光信號，會被CCD捕獲到。每個堿基反應(yīng)都會捕獲到1個熒光信號，由此一一對應(yīng)，模板的堿基序列由此獲得。作者：心平氣和鏈接：源：知乎著作權(quán)歸作者所有。商業(yè)轉(zhuǎn)載請聯(lián)系作者獲得授權(quán)，非商業(yè)轉(zhuǎn)載請注明出處。 重慶專注邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺值得推薦