ITS高通量測序NGS

來源: 發(fā)布時間:2022-08-15

生工高通量測序樣品要求,環(huán)境樣品:如果是新鮮土壤/污泥樣品,可以以冰袋運輸,不超過3天;如果是凍存過的樣品(-20°C或者-80°C冰箱保存),為避免反復凍融,建議用足量的干冰(根據(jù)經(jīng)驗,在秋冬季節(jié),如果打包合適,3公斤塊狀干冰可以維持30-40小時)寄送;如果是水體樣品,建議采用濾膜過濾后,將濾膜寄送來生工。生工不負責過濾。要求濾膜3張,冰袋運輸,不超過3天。其余特殊環(huán)境樣品,具體咨詢生工高通量測序部。

DNA樣品:請?zhí)峁╇娪灸z圖,濃度>20 ng/μl,總量一般1~2 μg。乙醇沉淀DNA或凍干DNA,可冰袋運輸,不超過3天。 準確、迅速,可以說是KBSeq的代名詞了。ITS高通量測序NGS

生工人、大、小鼠全基因組測序,項目介紹:人或者大、小鼠全部基因組重測序,研究其突變信息(包括SNP/InDel/CNV/SV),并注釋突變位點信息。該技術可同時獲取編碼區(qū)及非編碼區(qū)突變信息,被廣泛應用于遺傳病、tumour及其它其它疾病研究中。測序平臺:HiSeq XTen平臺進行PE150測序。生工微生物基因組測序,項目介紹:微生物基因組重測序(有參)目前越來越多的微生物基因組被解析出來了。從而使得科研工作者們可以對某些物種微生物進行進行物種進化、種群特征、選擇壓力等研究。利用高通量測序技術,對有參考基因組微生物進行多個體的基因組重測序,精細分析其與參考基因組的SNP、InDel、SV等變異信息。上海SNP高通量測序高通量關鍵是KBSeq還可以省錢。

真核/原核有參mRNA-Seq,項目介紹:轉(zhuǎn)錄組(transcriptome)廣義上指某一生理條件下,細胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的gather,狹義上指所有mRNA的gather。轉(zhuǎn)錄組是研究基因表達的主要手段,是連接基因組遺傳信息與生物功能的蛋白質(zhì)組的紐帶。轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控是生物體重要的調(diào)控方式,通過轉(zhuǎn)錄組測序分析轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控,是目前運用較多的研究方式。測序使用Illumina Xten平臺,測序原始數(shù)據(jù)經(jīng)過質(zhì)控后,mapping至參考基因組序列,對mapping到基因上的reads進行計數(shù),計算基因的表達量后,進行基因表達差異及差異基因GO、KOG(原核生物為COG)、KEGG功能富集分析,KEGG pathway等分析。對于多個樣本,可進行重復相關性檢查、共表達分析、PCA主成分分析。另外,依據(jù)參考基因組,可進行諸如基因覆蓋度、測序飽和度等驗證性分析;可變剪切分析、SNP/InDel分析、新轉(zhuǎn)錄本預測以及聯(lián)合miRNA數(shù)據(jù)進行關聯(lián)分析等分析。另外,還可以進行基因功能互作、蛋白網(wǎng)絡互作等分析,深入研究基因功能,進一步揭示基因間互作網(wǎng)絡等信息,為研究網(wǎng)絡調(diào)控機理提供方向。

長鏈非編碼RNA(lncRNA)測序(只限有參考基因組物種),項目介紹:長鏈非編碼RNAs(Long non-coding RNAs,LncRNAs)是一類轉(zhuǎn)錄本長度大于200 nt且不編碼蛋白質(zhì)的RNAs(不含rRNA),普遍存在于各種生物體內(nèi)。哺乳動物基因組序列中4%~9%的序列產(chǎn)生的轉(zhuǎn)錄本是LncRNA(相應的蛋白編碼RNA比例是1%)。近年來研究表明,LncRNA參與了多種重要的調(diào)控過程,如X染色體沉默、基因組印記及染色質(zhì)修飾等。通過LncRNA測序,可以快速獲得與其生物學過程或者疾病相關的LncRNA的表達變化,從而促進LncRNA的深入研究。生工一直秉持只要生工已經(jīng)標準化的分析內(nèi)容(以生工分析報告模板為準),全部無費用。

核酸適配體測序,項目介紹:核酸適配體是一類能夠特異性地和靶物質(zhì)結合的寡核苷酸序列。它可作用于蛋白質(zhì)、金屬離子、小分子化合物、細胞膜表面受體等靶標。其結合能力可與抗體相當甚至更強,同時具有低免疫原性、 穩(wěn)定性好等特點,并可結合各種藥物及載體構建多元復合靶向給藥系統(tǒng)用于tumour靶向treat, 在生物醫(yī)學領域有潛在高價值。生工生物針對核酸適配體特殊結構,結合Illumina MiSeq測序平臺,可以快速對核酸適配體文庫進行大規(guī)模高通量測序,省去克隆測序的麻煩,提高測序深度,快速計算適配體序列頻率,方便科研客戶快速評估序列富集程度。DNA樣品建議用藍冰運輸。上海SNP高通量測序高通量

單細胞轉(zhuǎn)錄組測序指在單細胞水平上對 mRNA 進行高通量測序和分析的技術。ITS高通量測序NGS

對于用RNA組織保存液寄送的樣品,請按照RNA組織保存液說明保存和寄送。請注意:1)樣品浸入組織保存液之前,對于動物組織樣品,須以建議快速度將樣品剪切成厚度小于0.5cm的碎塊;對于植物樣品,須以建議快速度將樣品剪切成厚度小于0.3cm的碎塊。2)鼠肝、腎和脾等小organ樣品和沒有蠟質(zhì)保護層的植物樣品可不剪切直接放入保存液中保存,有蠟質(zhì)保護層的植物樣品需要先將蠟表皮破壞。3)確保將樣品完全浸泡在保存液中,不讓其粘貼在管壁和蓋上。ITS高通量測序NGS

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