病毒(Virus)由一種核酸分子(DNA或RNA)與蛋白質(zhì)(Protein)構(gòu)成或由蛋白質(zhì)構(gòu)成(如朊病毒)。根據(jù)遺傳物質(zhì)的組成,可分為單鏈DNA病毒(ssDNA)、雙鏈DNA病毒(dsDNA)、單鏈RNA病毒(ssRNA)、雙鏈RNA病毒(dsRNA)和蛋白質(zhì)病毒(如朊病毒)。根據(jù)宿主類型的不同,可以分為噬菌體(細(xì)菌病毒)、植物病毒(煙花葉病毒)和動物病毒(如禽流感病毒、天花病毒和HIV等)。病毒全基因組測序(VirusWholeGenomeSequencing,VWGS),是指基于第二代高通量測序技術(shù),對病毒全基因組進(jìn)行測序,利用生物信息分析手段,得到病毒的全基因組序列,解析編碼信息,并獲得相應(yīng)的變異信息。
病毒全基因組測序具有的特點(diǎn):獨(dú)有的一定定量技術(shù),實現(xiàn)病原定量分析!病毒序列測序突變分析診斷
對病毒的全基因組進(jìn)行測序時,生物信息學(xué)分析工作的進(jìn)行:生存環(huán)境和狀態(tài)決定了對病毒的全基因組進(jìn)行測序的下機(jī)數(shù)據(jù)一般都伴隨大量的宿主和其他微生物的數(shù)據(jù)。探普生物基于該特點(diǎn),優(yōu)化了自有數(shù)據(jù)庫,搭載了專門用的的生物信息學(xué)分析流程,可處理復(fù)雜背景下的目標(biāo)物種序列。探普生物基于該特點(diǎn),優(yōu)化了自有數(shù)據(jù)庫,專門搭載了生物信息學(xué)分析流程,可處理復(fù)雜背景下的目標(biāo)物種序列。生物信息學(xué)流程主要包括對非目標(biāo)數(shù)據(jù)進(jìn)行去除以及對目標(biāo)序列進(jìn)行篩選,高質(zhì)量高完整度的序列拼接以及后續(xù)的高級分析,如SNP分析,進(jìn)化分析,耐藥位點(diǎn)分析等。在探普的專門用的流程下,可以獲得完整性很高的基因組序列。浙江病毒測序分析排行探普生物專門針對病毒數(shù)據(jù)搭載了生物信息學(xué)分析流程。
對病毒的全基因組進(jìn)行測序的價格合理,樣品具備什么條件才可以獲得比較質(zhì)量的組裝效果?其他公司對用于測序的樣本的要求較高。探普生物對病毒的全基因組進(jìn)行測序是基于探普的專有流程,樣本要求非常低,不要求粒子純化,不要求總量到達(dá)微克,按探普的專門的收樣標(biāo)準(zhǔn)和送樣流程進(jìn)行即可。簡言之,經(jīng)過細(xì)胞或其他方式培養(yǎng)的樣本,若載量較高,不需要復(fù)雜處理,直接破碎細(xì)胞取上清提取核酸都可以獲得非常好的組裝效果;而臨床標(biāo)本,需要看情況,對于被侵害嚴(yán)重的個體,釋放較高的部位也可以獲得很好的效果;其他類型的樣本,就需要測ct值來確定是否可以進(jìn)行實驗,以及評估測序效果。
探普生物進(jìn)行病毒基因組測序的流程:在探普生物進(jìn)行病毒基因組測序非常簡單,簡而言之,客戶只需要說清楚樣品情況,準(zhǔn)備樣品即可,其他事宜都由探普來進(jìn)行安排。大致流程如下:1)與銷售人員溝通項目需求和樣本情況;2)探普生物工作人員擬定項目合同,雙方協(xié)商合同內(nèi)容后簽字蓋章;3)按樣本準(zhǔn)備指南準(zhǔn)備好樣本,填寫信息單后通知銷售人員預(yù)訂干冰,安排樣本寄運(yùn)輸;4)客戶支付項目啟動款,探普生物啟動項目實驗和分析并提供測序報告;5)客戶支付項目尾款,探普生物提交測序數(shù)據(jù)和分析結(jié)果;6)售后問題處理,項目結(jié)題。
病毒全基因組測序具有的特點(diǎn):獨(dú)有的一定定量技術(shù),實現(xiàn)病原定量分析.
DNA病毒基因組的測序:動物、人、植物被特定病毒株侵染、分離到病毒株、連續(xù)傳代的病毒株往往都需要獲得盡量完整的基因組序列來指導(dǎo)下一步的研究,傳統(tǒng)的sanger測序需要了解序列、設(shè)計引物、做很多PCR,往往效率很低,而NGS作為一種無需特異性引物擴(kuò)增的測序方式,可以直接從DNA中獲得序列。DNA病毒基因組測序:如果,1,您的目的是:獲得一種指定DNA病毒盡量完整的序列;2,您可以提供該病毒的中英文名稱;3,您了解樣本中病毒的載量情況、培養(yǎng)狀況、ct值等任一信息。那么,探普為你準(zhǔn)備了完整的下單、樣本準(zhǔn)備方法,經(jīng)過探普的實驗、測序、分析,你將獲得:1,1-5Gb測序數(shù)據(jù)量rawdata;2,一般可獲得95%以上的拼接序列,100kb以上大基因組病毒除外;其他特殊要求如:突變分析、進(jìn)化分析都可直接與技術(shù)支持聯(lián)系。病毒全基因測序技術(shù)對疾病的致病原進(jìn)行全基因組測序研究,能發(fā)現(xiàn)其中的變異與遺傳情況.浙江病毒測序分析排行
高通量測序技術(shù)正式啟用之后,研究者可以將樣品處理至標(biāo)準(zhǔn)濃度和體積后進(jìn)行測序和分析。病毒序列測序突變分析診斷
病毒基因組測序:病毒基因組測序包括完成圖測序、掃描圖測序和重測序三個層面,通過二代/三代測序平臺,獲得病毒的基因組的序列信息,并在結(jié)構(gòu)基因組學(xué)、比較基因組學(xué)層面通過差異分析、同源基因分析、共線性分析、物種進(jìn)化分析等手段探究病毒的毒力系統(tǒng)、基因組的進(jìn)化與演變歷程等。對疑似傳染標(biāo)本采集提取后直接進(jìn)行高通量測序,通過病原微生物專門用的數(shù)據(jù)庫比對和智能化算法分析,獲得疑似致病微生物種屬信息,并提供全方面深入的報告,為疑難危重傳染提供快速準(zhǔn)確診斷依據(jù),促進(jìn)藥物的合理應(yīng)用。病毒序列測序突變分析診斷