焦磷酸測(cè)序（Pyrosequencing）技術(shù)服務(wù)基于QIAGEN公司的PyroMarkQ96ID平臺(tái)，能提供基于序列測(cè)定的SNP檢測(cè)、等位基因頻率分析和甲基化檢測(cè)，雜合子缺失及細(xì)菌和病毒分型等技術(shù)服務(wù)。樣品要求·樣品類(lèi)型細(xì)胞、新鮮組織或DNA樣品·樣品量細(xì)胞樣品請(qǐng)?zhí)峁┲辽?×106個(gè)細(xì)胞，組織樣品請(qǐng)?zhí)峁┲辽?00mg的組織塊或切片，DNA樣品請(qǐng)?zhí)峁?μg以上的DNA·樣品質(zhì)量基因組DNA無(wú)明顯降解，主帶清晰，大于23Kb，無(wú)明顯彌散。OD260/280值在～，濃度≥50ng/μl·樣品保存細(xì)胞樣品或新鮮組織塊（切成～50mg的小塊）可液氮凍存后，-80℃保存。DNA樣品可溶于乙醇或超純水中，-80℃保存。樣品保存期間避免反復(fù)凍融·樣品運(yùn)輸樣品置于ml凍存管中，封口膜封好，干冰運(yùn)輸。 在哺乳動(dòng)物中CpG以?xún)煞N形式存在。TBS技術(shù)服務(wù)歡迎咨詢(xún)
industryTemplate山東技術(shù)服務(wù)歡迎咨詢(xún)DNA甲基化是生物界神奇的“帽子”。
芯片平臺(tái)作為目前比較成熟的篩選工具，已經(jīng)在很多領(lǐng)域有了相應(yīng)的應(yīng)用。多家芯片公司在DNA甲基化這塊兒有了相應(yīng)的產(chǎn)品提供，其中應(yīng)用**為***的就Agilent平臺(tái)和Illumina平臺(tái)，相應(yīng)的產(chǎn)品包括AgilentHumanCpGIslandMicroarrayKit，InfiniumHumanMethylation27BeadChip和InfiniumHumanMethylation450KBeadChip。另外RocheNimbleGen和Affymetrix也有相應(yīng)的芯片推出，但是NimbleGen的芯片今年下半年已經(jīng)停產(chǎn)。不同的芯片平臺(tái)，各自的實(shí)驗(yàn)過(guò)程也是不一樣的。安捷倫前期采用的甲基化DNA免疫共沉淀（MeDIP）技術(shù)。將基因組DNA分成兩份，一份用來(lái)做MeDIP，另一份作為對(duì)照。兩個(gè)樣品都標(biāo)記熒光(富集的樣品用Cy5標(biāo)記，對(duì)照用Cy3標(biāo)記)，然后與芯片雜交。芯片上每個(gè)探針的Cy5/Cy3強(qiáng)度比例顯示出該區(qū)域的甲基化程度。
相比之下，VeraCode GoldenGate甲基化分析技術(shù)更適合中通量的篩選及驗(yàn)證研究，它以以矩陣微珠芯片(Sentrix Array Matrix(SAM)）形式分析48至384個(gè)用戶(hù)指定的CpG位點(diǎn)。首先，將亞硫酸氫鹽處理的基因組DNA 與分析oligo混合，oligo與未甲基化位點(diǎn)的U互補(bǔ)，或者與甲基化位點(diǎn)的C互補(bǔ)。雜交之后，引物延伸，并連接上位點(diǎn)特異的oligo來(lái)產(chǎn)生通用 PCR的模板。***，用標(biāo)記的PCR引物生成可檢測(cè)的產(chǎn)物。據(jù)Illumina的產(chǎn)品**介紹，其產(chǎn)品的**優(yōu)勢(shì)在于單個(gè)CpG位點(diǎn)的分辨率。其它分析將甲基化定位在一段區(qū)域，而通過(guò)Illumina分析，你能精確測(cè)定某個(gè)CpG位點(diǎn)的甲基化水平。ATAC-seq實(shí)驗(yàn)過(guò)程短，從實(shí)驗(yàn)到分析可達(dá)2周。
甲基化DNA免疫沉淀測(cè)序（MethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing，MeDIP-Seq）是通過(guò)5mC特異性抗體富集甲基化的DN**段，然后結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù)在全基因組水平上以較小的數(shù)據(jù)量，快速、高效地尋找甲基化區(qū)域?？蓮V泛應(yīng)用于甲基化與疾病關(guān)系研究。技術(shù)優(yōu)勢(shì)全基因組范圍鑒定甲基化修飾區(qū)域針對(duì)性檢測(cè)基因組內(nèi)具有甲基化修飾的區(qū)域與WGBS技術(shù)相比，成本更低科學(xué)方案設(shè)計(jì)從項(xiàng)目背景了解、協(xié)助方案設(shè)計(jì)、實(shí)驗(yàn)材料選取、建庫(kù)測(cè)序，到數(shù)據(jù)分析每個(gè)項(xiàng)目有特定的科學(xué)問(wèn)題；需要專(zhuān)業(yè)、有價(jià)值的建議；科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì)及時(shí)高效的溝通；以保障高質(zhì)量研究成果樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>50ng/ul；無(wú)RNA和蛋白污染建庫(kù)測(cè)序：測(cè)序策略：IlluminaHiSeq,PE150。 TBS具有高深度、定量、高準(zhǔn)確性 。山東hMeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)售后分析
人類(lèi)基因組有約56M的CpG位點(diǎn)，CpG島約3萬(wàn)個(gè)。TBS技術(shù)服務(wù)歡迎咨詢(xún)
發(fā)育基因的表觀(guān)突變是養(yǎng)殖歐洲鱸魚(yú)開(kāi)始馴化的基礎(chǔ)
Epimutations in developmental
genes underlie the onset of domestication in farmed European sea bass. Mol Biol Evol. 2019 May 30 (IF= 14.797)
本研究通過(guò)RRBS測(cè)序，比較了早期馴化的
(n=12)與野生的(n=12)
歐洲鱸魚(yú)在馴化過(guò)程中DNA甲基化變化，發(fā)現(xiàn)早期馴化的鱸魚(yú)與野生的沒(méi)有遺傳差異，但在不同胚胎起源的組織中發(fā)生DNA甲基化變化。這些甲基化突變與經(jīng)過(guò)25年選擇性育種后的胞嘧啶至胸腺嘧啶多態(tài)性***重疊，表觀(guān)突變基因與正選擇基因一致。結(jié)果表明馴化初始階的表觀(guān)變異是一個(gè)重要事件。 TBS技術(shù)服務(wù)歡迎咨詢(xún)