全基因組甲基化測序(WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS)是結合重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測序，對有參考基因組進行全基因組的單堿基分辨率的甲基化檢測“金標準”方案，***用于人、哺乳動物及農(nóng)林牧漁方向的高水平甲基化研究。WGBS滿足全基因組DNA甲基化圖譜及疾病關聯(lián)分析、基因調(diào)控分析、疾病的甲基化標志物篩選等探索性課題的研究。靈長類早期著床前胚胎發(fā)育中的DNA甲基化重編程研究——(團隊成員發(fā)表).(IF=)靈長類胚胎發(fā)生的關鍵表觀遺傳調(diào)控需要DNA甲基化重編程。我們首先建立了基于轉(zhuǎn)座酶的超微量WGBS測序技術，詳細研究了獼猴早期著床前胚胎7個階段(Sperm、Oocytes、Zygotes、2-cell、8-cell、Morula和ICM)的DNA甲基化動態(tài)變化過程。******闡明了DNA甲基化動力學的“盈與虧”階段特征，并通過DNA甲基轉(zhuǎn)移酶功能缺失實驗表明DNA甲基化影響早期猴胚胎發(fā)育。 強化版RRBS技術及應用是高性價比方案。上海RIP-seq技術服務服務
DNA甲基化作為表觀遺傳學研究的重要范疇，已經(jīng)越來越受到研究者的關注。近些年來，隨著DNA甲基化與組蛋白甲基化的聯(lián)合作用機制、RNA干擾機制及去甲基化機制的發(fā)現(xiàn)，使得DNA甲基化研究受到***關注，從醫(yī)學領域擴展到動植物研究當中，同時在研究方法上也取得了很大的突破?，F(xiàn)在用于DNA甲基化檢測的方法大概有十多種，從應用上來分，大致可以分成兩類：全基因組甲基化分析及特異位點甲基化檢測。下面，我們就這兩大類檢測技術進行分析比較，以便于在實際的科研工作中進行選擇。上海RIP-seq技術服務服務焦磷酸測序技術服務基于QIAGEN公司的PyroMark Q96 ID平臺。
cfDNABS-Seq送樣要求一、送樣類型分離好的血漿二、保存方式分離后的血漿，用ml離心管分裝，例如：1ml/管；放-20℃冰箱中保存（短暫保存，1-2周）；放-80℃冰箱中長期保存(1年以內(nèi))；保存期間不能凍融。三、運輸條件干冰運輸：順豐陸運（3-4天時間），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰。四、抽血要求1、使用Streck**管（不建議使用普通的EDTA-鈉抗凝管），采集10ml外周靜脈血（客戶沒有Streck**管，公司配送）；2、室溫或者放置4℃冰箱中半小時以上，不超過8小時，進行血漿分離步驟。五、血漿分離步驟1、4℃條件下以1600g離心10min，離心后將上清（血漿）分裝到2、4℃條件下以16000g離心10min去除殘余細胞，將上清移入新的離心管中，每管分裝1ml;3、血漿樣本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰運輸,提取之前不能凍融。備注1：血漿分離在4℃條件進行，如果客戶沒有冷凍離心機，也可以在室溫條件下進行；備注2：離心后取血漿上清，避免吸取白細胞；通常10ml全血可以獲得4-5ml血漿。
DNA甲基化修飾類型。5mc是表觀遺傳**重要的一種修飾，***存在于植物、動物等真核生物基因組中，被譽為“第五堿基”；5hmc是***發(fā)現(xiàn)的一種修飾堿基，成為哺乳動物的“第六堿基”；6mA在細菌、藻類及動植物基因組中存在。1992年，F(xiàn)rommeretal.將重亞硫酸鹽處理結合測序進行DNA甲基化檢測。從此，BisulfiteSequencing（BS）成為金標準方案。其特點是：單堿基分辨率；結合測序。甲基化5mc檢測的金標準——BisulfiteSequencing。Wholegenomebisulfitesequencing,WGBS——DNA甲基化檢測**有力的工具。ImprovedReduceRepresentationBisulfiteSequencing,強化RRBS——高性價比DNA甲基化檢測方案。TargetedBisulfiteSequencing,高通量BSP——目標位點/基因甲基化驗證方案。 cfDNA，cell free DNA，就是血液中游離的自身DNA。
熒光定量法（Methylight）
這種技術是在MSP技術上發(fā)展起來的，在MSP擴增過程中利用熒光染料進行定量。TaqMan? 探針法的應用使得該技術具有更高的精確性。其原理與SNP檢測類似，針對亞硫酸氫鹽處理之后的DN**段，在甲基化位點上會存在單堿基的差異，根據(jù)這種差異進行探針設計，隨后進行實時定量PCR，就能夠檢測甲基化的差異。這種方法**的優(yōu)勢在于其高敏感性和較高通量，且無需在PCR后電泳、雜交等操作，減少了污染和操作誤差。但是TaqMan? 探針訂購費用較高，適用于少數(shù)位點大量樣本篩選。 DNA異常甲基化與疾病的發(fā)生、發(fā)展有著密切的聯(lián)系。山東ATAC技術服務售后服務
ChIP-Seq 能實現(xiàn)真正的全基因組分析。上海RIP-seq技術服務服務
羥甲基化DNA免疫沉淀測序（HydroxymethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing，hMeDIP-Seq）是通過5hmC特異性抗體富集羥甲基化的DN**段，然后結合高通量測序技術在全基因組水平上以較小的數(shù)據(jù)量，快速、高效地尋找羥甲基化區(qū)域。可廣泛應用于羥甲基化與疾病關系研究以及羥甲基化在胚胎發(fā)育過程中的研究。技術優(yōu)勢從項目背景了解、協(xié)助方案設計、實驗材料選取、建庫測序，到數(shù)據(jù)分析每個項目有特定的科學問題；需要專業(yè)、有價值的建議；科學、縝密的設計及時高效的溝通；以保障高質(zhì)量研究成果樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>50ng/ul；無RNA和蛋白污染建庫測序：測序策略：IlluminaHiSeq,PE150;測序深度：20-30Mreads信息分析基于全基因組范圍的羥甲基化分析，數(shù)據(jù)質(zhì)控，Peak鋒Calling，Peak鋒在基因組、染色體、功能元件上的分布，多樣本羥甲基化差異聚類，差異羥甲基化DMR鑒定及相關基因的功能分析，結合項目背景和科學問題的數(shù)據(jù)亮點挖掘。 上海RIP-seq技術服務服務