微生物定植對(duì)腸道免疫和代謝相關(guān)基因DNA甲基化的影響——團(tuán)隊(duì)成員發(fā)表
Early microbial colonization
affects DNA methylation of genes related to intestinal immunity and metabolism
in preterm pigs. DNA Res. 2018 Jan 19. (IF= 5.415)
我們以早產(chǎn)幼豬為模型，采用RRBS測(cè)序，比較正常(CON,
n=7) 和口服*** (AB, n=7)早產(chǎn)豬的腸道DNA甲基化差異，發(fā)現(xiàn)***減少了細(xì)菌密度及多樣性，同時(shí)改變了DNA甲基化水平。其中與先天免疫應(yīng)答、吞噬、內(nèi)皮穩(wěn)態(tài)和組織代謝等相關(guān)基因的DNA甲基化和表達(dá)存在***的差異。這種有賴腸道菌群的表觀遺傳修飾參與調(diào)控腸道免疫及營(yíng)養(yǎng)代謝等，可能對(duì)早產(chǎn)兒的短期和長(zhǎng)期的腸道健康至關(guān)重要。 芯片平臺(tái)作為目前比較成熟的篩選工具。江蘇WGBS技術(shù)服務(wù)口碑推薦
N6-甲基脫氧腺苷(6mA)是原核生物和真核生物的DNA修飾類型之一，在細(xì)菌、藻類及植物基因組中***存在，在DNA錯(cuò)配修復(fù)、染色體分離和毒力調(diào)節(jié)中發(fā)揮作用。6mA免疫沉淀測(cè)序(6mA-IPSeq)通過(guò)特異性抗體富集6mA甲基化的DN**段，然后結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù)在全基因組水平上以較小的數(shù)據(jù)量，快速、高效地尋找6mA甲基化區(qū)域。技術(shù)優(yōu)勢(shì)全基因組范圍鑒定6mA甲基化修飾區(qū)域技術(shù)方法適合所有物種(一般推薦藻類及植物)科學(xué)方案設(shè)計(jì)從項(xiàng)目背景了解、協(xié)助方案設(shè)計(jì)、實(shí)驗(yàn)材料選取、建庫(kù)測(cè)序，到數(shù)據(jù)分析每個(gè)項(xiàng)目有特定的科學(xué)問(wèn)題；需要專業(yè)、有價(jià)值的建議；科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì)及時(shí)高效的溝通；以保障高質(zhì)量研究成果樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>50ng/ul；無(wú)RNA和蛋白污染建庫(kù)測(cè)序：測(cè)序策略：IlluminaHiSeq,PE150。 廣東TBS技術(shù)服務(wù)通過(guò)甲基化數(shù)據(jù)與耐藥基因Panel數(shù)據(jù)聯(lián)合分析。
甲基化DNA免疫沉淀測(cè)序（MethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing，MeDIP-Seq）是通過(guò)5mC特異性抗體富集甲基化的DN**段，然后結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù)在全基因組水平上以較小的數(shù)據(jù)量，快速、高效地尋找甲基化區(qū)域。可廣泛應(yīng)用于甲基化與疾病關(guān)系研究。技術(shù)優(yōu)勢(shì)全基因組范圍鑒定甲基化修飾區(qū)域針對(duì)性檢測(cè)基因組內(nèi)具有甲基化修飾的區(qū)域與WGBS技術(shù)相比，成本更低科學(xué)方案設(shè)計(jì)從項(xiàng)目背景了解、協(xié)助方案設(shè)計(jì)、實(shí)驗(yàn)材料選取、建庫(kù)測(cè)序，到數(shù)據(jù)分析每個(gè)項(xiàng)目有特定的科學(xué)問(wèn)題；需要專業(yè)、有價(jià)值的建議；科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì)及時(shí)高效的溝通；以保障高質(zhì)量研究成果樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>50ng/ul；無(wú)RNA和蛋白污染建庫(kù)測(cè)序：測(cè)序策略：IlluminaHiSeq,PE150。
芯片平臺(tái)作為目前比較成熟的篩選工具，已經(jīng)在很多領(lǐng)域有了相應(yīng)的應(yīng)用。多家芯片公司在DNA甲基化這塊兒有了相應(yīng)的產(chǎn)品提供，其中應(yīng)用**為***的就Agilent平臺(tái)和Illumina平臺(tái)，相應(yīng)的產(chǎn)品包括AgilentHumanCpGIslandMicroarrayKit，InfiniumHumanMethylation27BeadChip和InfiniumHumanMethylation450KBeadChip。另外RocheNimbleGen和Affymetrix也有相應(yīng)的芯片推出，但是NimbleGen的芯片今年下半年已經(jīng)停產(chǎn)。不同的芯片平臺(tái)，各自的實(shí)驗(yàn)過(guò)程也是不一樣的。安捷倫前期采用的甲基化DNA免疫共沉淀（MeDIP）技術(shù)。將基因組DNA分成兩份，一份用來(lái)做MeDIP，另一份作為對(duì)照。兩個(gè)樣品都標(biāo)記熒光(富集的樣品用Cy5標(biāo)記，對(duì)照用Cy3標(biāo)記)，然后與芯片雜交。芯片上每個(gè)探針的Cy5/Cy3強(qiáng)度比例顯示出該區(qū)域的甲基化程度。 WGBS和RRBS都是金標(biāo)準(zhǔn)技術(shù), CNS發(fā)表文章都很多，廣發(fā)被接受。
焦磷酸測(cè)序(Pyrosequencing)隨著技術(shù)的不斷改進(jìn)，現(xiàn)在認(rèn)為焦磷酸測(cè)序技術(shù)（Pyrosequencing）是甲基化檢測(cè)新的金標(biāo)準(zhǔn)。焦磷酸測(cè)序作為一種新的序列分析技術(shù)，能夠快速地檢測(cè)甲基化的頻率，對(duì)樣品中的甲基化位點(diǎn)進(jìn)行定性及定量檢測(cè)，為甲基化研究提供了新的途徑。在序列延伸過(guò)程中，根據(jù)C和T的摻入量來(lái)定量確定單個(gè)位點(diǎn)的C-T比例。因此，不同位點(diǎn)的甲基化變異就能被準(zhǔn)確檢測(cè)，并給出精確的甲基化程度的數(shù)據(jù)。QIAGEN公司在焦磷酸測(cè)序的應(yīng)用上具有明顯的優(yōu)勢(shì)，目前提供三種焦磷酸測(cè)序儀器，通量由低到高，適合不同的應(yīng)用。PyroMarkQ24的強(qiáng)項(xiàng)在于可對(duì)多達(dá)24個(gè)樣品進(jìn)行焦磷酸測(cè)序。需要大樣品量的應(yīng)用更適合在PyroMarkQ96ID上進(jìn)行。在考慮到處理成百上千個(gè)樣品所需的大量試劑時(shí)，運(yùn)行通量**化可能會(huì)使實(shí)驗(yàn)成本變得很高。而PyroMarkQ96MD裝有一臺(tái)高度靈敏的光檢測(cè)攝像頭，可以在減少試劑量的情況下對(duì)少量的DNA模板進(jìn)行準(zhǔn)確測(cè)序。這些不同平臺(tái)的推出，對(duì)于我們實(shí)際研究提供了更有效的檢測(cè)手段。 通過(guò)甲基化數(shù)據(jù)，篩選疾病耐藥的差異甲基化。浙江ATAC技術(shù)服務(wù)口碑推薦
云生物提供甲基化服務(wù)。江蘇WGBS技術(shù)服務(wù)口碑推薦
聯(lián)合亞硫酸氫鈉的限制性內(nèi)切酶分析法（COBRA）
這種方法是將亞硫酸氫鹽處理與酶切相結(jié)合來(lái)進(jìn)行甲基化檢測(cè)。DNA樣本經(jīng)亞硫酸氫鹽處理后，利用PCR擴(kuò)增。擴(kuò)增產(chǎn)物純化后用限制性內(nèi)切酶（BstUI）消化。若其識(shí)別序列中的C發(fā)生完全甲基化(5mCG5mCG)，則 PCR擴(kuò)增后保留為CGCG，BstU I能夠識(shí)別并進(jìn)行切割；若待測(cè)序列中，C未發(fā)生甲基化，則PCR后轉(zhuǎn)變?yōu)門(mén)GTG，BstUI識(shí)別位點(diǎn)丟失，不能進(jìn)行切割。這樣酶切產(chǎn)物再經(jīng)電泳分離、探針雜交、掃描定量后即可計(jì)算出原樣本中甲基化的比例。
這種方法**的優(yōu)點(diǎn)就是相對(duì)簡(jiǎn)單，可進(jìn)行快速定量，且需要的樣本量少。然而，它的局限性也十分明顯，只能獲得特殊酶切位點(diǎn)的甲基化情況，且陰性結(jié)果并不能排除樣品DNA中存在甲基化的可能。 江蘇WGBS技術(shù)服務(wù)口碑推薦