雖然焦磷酸測序可以進行單個位點甲基化程度的精確定量，但是目前來看，測序的片段長度還比較短，只有一百多bp，其中有效長度約為60bp。以上是對幾種常用的特異位點甲基化檢測方法進行了介紹及比較，還有一些檢測技術是在常用的檢測手段上進行優(yōu)化或者將不同的方法進行結合應用，比如以MSP方法為基礎，發(fā)展了SMART-MSP技術，該技術利用定量技術對MSP擴增過程進行檢測，同時后續(xù)結合HRM技術來分析甲基化差異。此外，利用質譜平臺進行甲基化檢測的有MALDI-TOF技術，可以對甲基化進行精確檢測并能進行高通量篩選。從對這些技術的比較分析來看，沒中檢測技術都有各自的優(yōu)點，并也存在一定的局限性，研究者可以根據(jù)自己的實際研究情況進行選擇。在特異甲基化位點檢測上，能夠提供BSP、HRM及焦磷酸測序三種技術的完整的檢測服務，具有豐富的經驗，幫助客戶加速甲基化研究進程。 不同的芯片平臺，各自的實驗過程也是不一樣的。重慶MeDIP-Seq技術服務經驗豐富
芯片平臺作為目前比較成熟的篩選工具，已經在很多領域有了相應的應用。多家芯片公司在DNA甲基化這塊兒有了相應的產品提供，其中應用**為***的就Agilent平臺和Illumina平臺，相應的產品包括AgilentHumanCpGIslandMicroarrayKit，InfiniumHumanMethylation27BeadChip和InfiniumHumanMethylation450KBeadChip。另外RocheNimbleGen和Affymetrix也有相應的芯片推出，但是NimbleGen的芯片今年下半年已經停產。不同的芯片平臺，各自的實驗過程也是不一樣的。安捷倫前期采用的甲基化DNA免疫共沉淀（MeDIP）技術。將基因組DNA分成兩份，一份用來做MeDIP，另一份作為對照。兩個樣品都標記熒光(富集的樣品用Cy5標記，對照用Cy3標記)，然后與芯片雜交。芯片上每個探針的Cy5/Cy3強度比例顯示出該區(qū)域的甲基化程度。 北京850K芯片技術服務售后服務焦磷酸測序能提供雜合子缺失及細菌和病毒分型等技術服務。
DNA甲基化修飾類型。5mc是表觀遺傳**重要的一種修飾，***存在于植物、動物等真核生物基因組中，被譽為“第五堿基”；5hmc是***發(fā)現(xiàn)的一種修飾堿基，成為哺乳動物的“第六堿基”；6mA在細菌、藻類及動植物基因組中存在。1992年，F(xiàn)rommeretal.將重亞硫酸鹽處理結合測序進行DNA甲基化檢測。從此，BisulfiteSequencing（BS）成為金標準方案。其特點是：單堿基分辨率；結合測序。甲基化5mc檢測的金標準——BisulfiteSequencing。Wholegenomebisulfitesequencing,WGBS——DNA甲基化檢測**有力的工具。ImprovedReduceRepresentationBisulfiteSequencing,強化RRBS——高性價比DNA甲基化檢測方案。TargetedBisulfiteSequencing,高通量BSP——目標位點/基因甲基化驗證方案。
GOS2基因靶向甲基化測序確定了一種快速復發(fā)、常規(guī)致死的腎上腺皮質*亞型
Targeted Assessment of G0S2
Methylation Identifies a Rapidly Recurrent, Routinely Fatal Molecular Subtype
of Adrenocortical Carcinoma. Clin Cancer Res. 2019; 25(11):3276-3288.
(IF= 10.199)
研究者分析了ACC-TCGA數(shù)據(jù)，在114例腎上腺皮質**的**隊列中鑒定了一個在CIMP高ACC中***被高甲基化并沉默的基因G0S2，并通過高通量BSP得到驗證。G0S2基因CpG島高甲基化**預測不良臨床后果，是ACC快速復發(fā)或致死的標志。評估G0S2甲基化對臨床決策是直接可行的，并有助于對侵襲性ACC進行有效輔助***。 全基因組甲基化分析及特異位點甲基化檢測。
微生物定植對腸道免疫和代謝相關基因DNA甲基化的影響——團隊成員發(fā)表
Early microbial colonization
affects DNA methylation of genes related to intestinal immunity and metabolism
in preterm pigs. DNA Res. 2018 Jan 19. (IF= 5.415)
我們以早產幼豬為模型，采用RRBS測序，比較正常(CON,
n=7) 和口服*** (AB, n=7)早產豬的腸道DNA甲基化差異，發(fā)現(xiàn)***減少了細菌密度及多樣性，同時改變了DNA甲基化水平。其中與先天免疫應答、吞噬、內皮穩(wěn)態(tài)和組織代謝等相關基因的DNA甲基化和表達存在***的差異。這種有賴腸道菌群的表觀遺傳修飾參與調控腸道免疫及營養(yǎng)代謝等，可能對早產兒的短期和長期的腸道健康至關重要。 通過甲基化數(shù)據(jù)與耐藥基因Panel數(shù)據(jù)聯(lián)合分析。單細胞測序技術服務活動
基因組DNA冰袋或者干冰運輸。重慶MeDIP-Seq技術服務經驗豐富
6mAIP-Seq送樣要求一、送樣類型基因組DNA、動植物組織(包含藻類等)二、保存方式基因組DNA、動植物組織(包含藻類)：放-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中長期保存(1年以內)；保存期間避免反復凍融。三、運輸條件1、基因組DNA：冰袋或者干冰運輸；2、植物組織(包含藻類)：干冰運輸，順豐陸運（3-4天時間），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰；四、樣本量要求1、基因組DNA：不少于6ug1）提供樣本DNA完整性質檢結果，例如瓊脂糖凝膠電泳或者Agilent2100電泳等；2）提取基因組DNA，要加RNA酶，去除RNA污染;3）提取基因組DNA，溶到TE或者elutionbuffer,避免溶解到純水；樣本體積不超過100ul;4）提供Qubit檢測濃度，基于OD值的檢測方法，例如NanoDrop,會嚴重高估濃度。2、植物組織(包含藻類)：1g以上;植物組織，不同組織，送樣量不同植物組織：從植物體上，取下新鮮組織，用清水將材料表面的灰塵或泥土沖洗干凈，吸干；取不少于1g葉片等組織，對于果實等含糖很高的組織，送樣前需要咨詢技術人員。3、動物組織：30mg以上用預冷的1×PBS溶液洗掉組織表面殘留的血液；取不少于30mg（1/2綠豆大?。┙M織塊，放置-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中長期保存(1年以內)。 重慶MeDIP-Seq技術服務經驗豐富